ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51349

back

Distances from reference structure (by RMSD)

6, 11, 8, 3, 3, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.004, 0.009, 0.015, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.001, 0.007, 0.013, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.007 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.006, 0.013, 0.021, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.004, 0.012, 0.020, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.012 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.002, 0.012, 0.022, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.012 std_dev=0.010
N2 A 0, 0.011, 0.024, 0.036, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.024 std_dev=0.013
C5 A 0, -0.001, 0.013, 0.028, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.013 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.000, 0.016, 0.031, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.016 std_dev=0.015
N9 A 0, -0.001, 0.017, 0.035, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.017 std_dev=0.018
O6 A 0, 0.004, 0.029, 0.055, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.029 std_dev=0.026
N7 A 0, -0.005, 0.028, 0.061, 0.138 max_d=0.138 avg_d=0.028 std_dev=0.033
C8 A 0, -0.006, 0.030, 0.067, 0.162 max_d=0.162 avg_d=0.030 std_dev=0.037
O4' A 0, -0.019, 0.085, 0.189, 0.571 max_d=0.571 avg_d=0.085 std_dev=0.104
C2' A 0, -0.018, 0.091, 0.200, 0.565 max_d=0.565 avg_d=0.091 std_dev=0.109
P B 0, 0.019, 0.207, 0.396, 0.985 max_d=0.985 avg_d=0.207 std_dev=0.189
C4' A 0, -0.056, 0.135, 0.326, 0.864 max_d=0.864 avg_d=0.135 std_dev=0.191
C3' A 0, -0.112, 0.147, 0.406, 1.439 max_d=1.439 avg_d=0.147 std_dev=0.259
C5' A 0, -0.062, 0.199, 0.460, 1.445 max_d=1.445 avg_d=0.199 std_dev=0.261
OP2 B 0, -0.009, 0.273, 0.555, 1.564 max_d=1.564 avg_d=0.273 std_dev=0.282
O2' A 0, -0.120, 0.178, 0.476, 1.628 max_d=1.628 avg_d=0.178 std_dev=0.298
OP1 B 0, -0.026, 0.302, 0.630, 1.501 max_d=1.501 avg_d=0.302 std_dev=0.328
O5' A 0, -0.109, 0.240, 0.588, 1.841 max_d=1.841 avg_d=0.240 std_dev=0.349
O3' A 0, -0.273, 0.212, 0.697, 2.925 max_d=2.925 avg_d=0.212 std_dev=0.485
P A 0, -0.148, 0.369, 0.887, 2.547 max_d=2.547 avg_d=0.369 std_dev=0.517
O5' B 0, -0.236, 0.314, 0.863, 3.158 max_d=3.158 avg_d=0.314 std_dev=0.550
OP1 A 0, -0.332, 0.438, 1.208, 3.491 max_d=3.491 avg_d=0.438 std_dev=0.770
C5' B 0, -0.430, 0.379, 1.188, 4.973 max_d=4.973 avg_d=0.379 std_dev=0.809
OP2 A 0, -0.328, 0.528, 1.383, 4.629 max_d=4.629 avg_d=0.528 std_dev=0.855
C4' B 0, -0.656, 0.508, 1.671, 7.096 max_d=7.096 avg_d=0.508 std_dev=1.163
C3' B 0, -0.709, 0.569, 1.847, 7.725 max_d=7.725 avg_d=0.569 std_dev=1.278
O4' B 0, -0.729, 0.607, 1.943, 7.530 max_d=7.530 avg_d=0.607 std_dev=1.336
O3' B 0, -0.863, 0.617, 2.098, 9.001 max_d=9.001 avg_d=0.617 std_dev=1.481
C6 B 0, -0.817, 0.701, 2.218, 7.296 max_d=7.296 avg_d=0.701 std_dev=1.518
C1' B 0, -0.863, 0.720, 2.302, 8.791 max_d=8.791 avg_d=0.720 std_dev=1.583
C2' B 0, -0.877, 0.723, 2.324, 9.357 max_d=9.357 avg_d=0.723 std_dev=1.600
N1 B 0, -0.930, 0.759, 2.448, 7.880 max_d=7.880 avg_d=0.759 std_dev=1.689
C5 B 0, -0.983, 0.819, 2.620, 9.679 max_d=9.679 avg_d=0.819 std_dev=1.802
O2' B 0, -1.061, 0.827, 2.716, 11.366 max_d=11.366 avg_d=0.827 std_dev=1.888
C2 B 0, -1.161, 0.939, 3.038, 9.461 max_d=9.461 avg_d=0.939 std_dev=2.100
C4 B 0, -1.230, 0.974, 3.178, 11.839 max_d=11.839 avg_d=0.974 std_dev=2.204
O2 B 0, -1.266, 1.046, 3.358, 10.826 max_d=10.826 avg_d=1.046 std_dev=2.312
N3 B 0, -1.295, 1.032, 3.360, 11.739 max_d=11.739 avg_d=1.032 std_dev=2.328
N4 B 0, -1.419, 1.111, 3.642, 14.225 max_d=14.225 avg_d=1.111 std_dev=2.530

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.13 0.00 0.06 0.01 0.10 0.15 0.04
C2 0.02 0.00 0.08 0.05 0.01 0.04 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.19 0.18 0.06 0.05 0.01 0.22 0.20 0.08
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.08 0.05 0.04 0.07 0.09 0.07 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.19 0.05 0.24 0.32 0.21
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.07 0.00 0.12 0.01 0.11 0.16 0.08 0.06 0.04 0.16 0.09 0.02 0.00 0.01 0.05 0.13 0.16 0.07 0.07
C4 0.01 0.01 0.04 0.07 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.15 0.09 0.03 0.05 0.01 0.22 0.21 0.08
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.08 0.03 0.05 0.03 0.08 0.04 0.12 0.02 0.00 0.01 0.06 0.10 0.07 0.02
C5 0.01 0.01 0.04 0.12 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.18 0.04 0.03 0.08 0.01 0.30 0.27 0.11
C5' 0.03 0.05 0.08 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.06 0.07 0.05 0.06 0.04 0.08 0.03 0.04 0.08 0.01 0.01 0.07 0.14 0.14 0.01
C6 0.01 0.00 0.05 0.11 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.21 0.06 0.04 0.09 0.00 0.32 0.28 0.13
C8 0.01 0.01 0.04 0.16 0.00 0.08 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.12 0.09 0.03 0.09 0.01 0.29 0.26 0.10
N1 0.01 0.00 0.07 0.08 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.21 0.12 0.05 0.07 0.01 0.28 0.24 0.11
N2 0.02 0.00 0.09 0.06 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.19 0.24 0.08 0.05 0.01 0.20 0.18 0.07
N3 0.01 0.00 0.07 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.16 0.19 0.06 0.04 0.01 0.18 0.18 0.06
N7 0.00 0.01 0.03 0.16 0.00 0.08 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.16 0.09 0.02 0.11 0.01 0.35 0.30 0.13
N9 0.00 0.01 0.01 0.09 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.10 0.05 0.01 0.04 0.01 0.20 0.20 0.06
O2' 0.01 0.19 0.00 0.02 0.15 0.12 0.18 0.04 0.21 0.12 0.21 0.19 0.16 0.16 0.10 0.00 0.04 0.08 0.15 0.22 0.21 0.37 0.19
O3' 0.13 0.18 0.02 0.00 0.09 0.02 0.04 0.08 0.06 0.09 0.12 0.24 0.19 0.09 0.05 0.04 0.00 0.09 0.07 0.06 0.14 0.07 0.06
O4' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.03 0.05 0.08 0.06 0.02 0.01 0.08 0.09 0.00 0.04 0.04 0.09 0.04 0.06
O5' 0.06 0.05 0.19 0.05 0.05 0.01 0.08 0.01 0.09 0.09 0.07 0.05 0.04 0.11 0.04 0.15 0.07 0.04 0.00 0.10 0.01 0.02 0.00
O6 0.01 0.01 0.05 0.13 0.01 0.06 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.22 0.06 0.04 0.10 0.00 0.37 0.31 0.15
OP1 0.10 0.22 0.24 0.16 0.22 0.10 0.30 0.14 0.32 0.29 0.28 0.20 0.18 0.35 0.20 0.21 0.14 0.09 0.01 0.37 0.00 0.01 0.00
OP2 0.15 0.20 0.32 0.07 0.21 0.07 0.27 0.14 0.28 0.26 0.24 0.18 0.18 0.30 0.20 0.37 0.07 0.04 0.02 0.31 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.08 0.21 0.07 0.08 0.02 0.11 0.01 0.13 0.10 0.11 0.07 0.06 0.13 0.06 0.19 0.06 0.06 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.82 1.31 0.76 0.54 1.60 0.55 1.35 0.43 1.08 1.08 1.56 1.80 1.26 0.71 0.49 0.69 0.31 0.14 0.09 0.13
C2 0.51 0.75 0.48 0.32 0.78 0.36 0.65 0.30 0.56 0.62 0.82 0.82 0.76 0.38 0.26 0.46 0.26 0.11 0.10 0.11
C2' 0.89 1.37 0.85 0.63 1.73 0.65 1.45 0.50 1.15 1.13 1.65 1.99 1.30 0.86 0.61 0.75 0.31 0.19 0.16 0.17
C3' 0.82 1.32 0.79 0.57 1.70 0.57 1.43 0.43 1.11 1.07 1.62 2.00 1.25 0.78 0.54 0.67 0.27 0.15 0.16 0.14
C4 0.71 1.14 0.64 0.47 1.25 0.47 1.04 0.38 0.88 0.93 1.29 1.34 1.12 0.56 0.44 0.62 0.30 0.17 0.08 0.11
C4' 0.81 1.34 0.75 0.53 1.68 0.53 1.40 0.41 1.10 1.08 1.64 1.97 1.29 0.71 0.50 0.67 0.30 0.13 0.08 0.11
C5 0.70 1.15 0.60 0.47 1.18 0.45 0.95 0.35 0.81 0.91 1.27 1.25 1.17 0.51 0.50 0.62 0.30 0.23 0.10 0.11
C5' 0.80 1.39 0.73 0.54 1.73 0.53 1.41 0.40 1.10 1.09 1.71 2.04 1.34 0.70 0.54 0.65 0.29 0.15 0.07 0.11
C6 0.57 0.90 0.47 0.39 0.85 0.37 0.66 0.29 0.57 0.70 0.96 0.89 0.96 0.38 0.45 0.54 0.28 0.25 0.11 0.11
C8 0.83 1.43 0.73 0.56 1.60 0.53 1.29 0.40 1.06 1.12 1.67 1.75 1.42 0.67 0.59 0.69 0.31 0.22 0.09 0.11
N1 0.46 0.70 0.41 0.31 0.67 0.32 0.52 0.27 0.46 0.56 0.75 0.69 0.75 0.31 0.31 0.43 0.27 0.20 0.09 0.10
N2 0.41 0.57 0.39 0.24 0.59 0.29 0.50 0.26 0.45 0.48 0.62 0.62 0.58 0.30 0.15 0.38 0.22 0.06 0.14 0.12
N3 0.63 0.95 0.59 0.40 1.06 0.43 0.90 0.36 0.76 0.79 1.07 1.13 0.93 0.50 0.33 0.56 0.28 0.11 0.10 0.12
N7 0.79 1.35 0.66 0.53 1.41 0.49 1.12 0.36 0.94 1.04 1.52 1.51 1.38 0.59 0.59 0.67 0.30 0.24 0.11 0.11
N9 0.80 1.31 0.72 0.53 1.52 0.52 1.26 0.41 1.03 1.06 1.53 1.67 1.28 0.65 0.51 0.67 0.31 0.17 0.08 0.12
O2' 1.12 1.45 1.08 0.87 1.78 0.92 1.57 0.75 1.30 1.28 1.69 2.01 1.40 1.13 0.82 1.01 0.55 0.33 0.27 0.37
O3' 0.92 1.30 0.91 0.70 1.65 0.71 1.43 0.58 1.15 1.11 1.56 1.92 1.24 0.91 0.66 0.80 0.42 0.26 0.21 0.28
O4' 0.79 1.33 0.72 0.50 1.61 0.51 1.34 0.40 1.07 1.07 1.60 1.85 1.29 0.64 0.45 0.66 0.32 0.14 0.07 0.12
O5' 0.79 1.40 0.71 0.55 1.73 0.52 1.39 0.39 1.08 1.08 1.73 2.03 1.37 0.70 0.58 0.64 0.28 0.16 0.08 0.10
O6 0.50 0.82 0.39 0.37 0.71 0.32 0.51 0.24 0.44 0.61 0.85 0.73 0.92 0.31 0.50 0.50 0.26 0.30 0.15 0.12
OP1 1.02 1.71 0.90 0.68 1.99 0.63 1.61 0.45 1.31 1.35 2.05 2.28 1.71 0.84 0.66 0.85 0.46 0.20 0.26 0.22
OP2 0.57 1.08 0.64 0.66 1.42 0.62 1.08 0.54 0.77 0.77 1.42 1.75 1.06 0.77 0.83 0.49 0.32 0.40 0.31 0.35
P 0.75 1.43 0.66 0.50 1.77 0.46 1.40 0.33 1.07 1.08 1.78 2.10 1.40 0.65 0.56 0.59 0.22 0.17 0.10 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.12 0.00 0.13 0.12 0.18 0.14
C2 0.02 0.00 0.11 0.11 0.01 0.03 0.02 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.05 0.08 0.19 0.14 0.41 0.24
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.03 0.01 0.08 0.08 0.10 0.01 0.08 0.03 0.19 0.00 0.02 0.01 0.09 0.09 0.08 0.05
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.14 0.00 0.12 0.01 0.10 0.08 0.13 0.15 0.11 0.01 0.01 0.01 0.13 0.18 0.05 0.06
C4 0.01 0.01 0.03 0.14 0.00 0.06 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.14 0.05 0.02 0.37 0.32 0.76 0.48
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.11 0.04 0.03 0.07 0.07 0.12 0.02 0.00 0.01 0.10 0.09 0.02
C5 0.01 0.02 0.08 0.12 0.00 0.10 0.00 0.14 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.22 0.06 0.08 0.47 0.42 0.86 0.58
C5' 0.03 0.06 0.08 0.01 0.10 0.00 0.14 0.00 0.12 0.04 0.07 0.11 0.10 0.05 0.08 0.01 0.01 0.12 0.05 0.01
C6 0.01 0.01 0.10 0.10 0.01 0.11 0.00 0.12 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.22 0.04 0.10 0.44 0.37 0.69 0.49
N1 0.01 0.01 0.01 0.08 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.08 0.04 0.01 0.26 0.20 0.43 0.29
N3 0.01 0.00 0.08 0.13 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.03 0.06 0.26 0.20 0.57 0.35
N4 0.01 0.01 0.03 0.15 0.00 0.07 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.15 0.07 0.03 0.40 0.35 0.86 0.54
O2 0.04 0.00 0.19 0.11 0.01 0.07 0.02 0.10 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.18 0.09 0.14 0.09 0.07 0.24 0.12
O2' 0.02 0.04 0.00 0.01 0.14 0.12 0.22 0.05 0.22 0.08 0.05 0.15 0.18 0.00 0.04 0.09 0.14 0.18 0.06 0.07
O3' 0.12 0.05 0.02 0.01 0.05 0.02 0.06 0.08 0.04 0.04 0.03 0.07 0.09 0.04 0.00 0.08 0.12 0.28 0.09 0.08
O4' 0.00 0.08 0.01 0.01 0.02 0.00 0.08 0.01 0.10 0.01 0.06 0.03 0.14 0.09 0.08 0.00 0.09 0.11 0.12 0.12
O5' 0.13 0.19 0.09 0.13 0.37 0.01 0.47 0.01 0.44 0.26 0.26 0.40 0.09 0.14 0.12 0.09 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.12 0.14 0.09 0.18 0.32 0.10 0.42 0.12 0.37 0.20 0.20 0.35 0.07 0.18 0.28 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.18 0.41 0.08 0.05 0.76 0.09 0.86 0.05 0.69 0.43 0.57 0.86 0.24 0.06 0.09 0.12 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.24 0.05 0.06 0.48 0.02 0.58 0.01 0.49 0.29 0.35 0.54 0.12 0.07 0.08 0.12 0.00 0.00 0.01 0.00