ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51350

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 3, 6, 3, 3, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.002, 0.006, 0.011, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.006 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.004, 0.009, 0.014, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.004, 0.012, 0.019, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.012 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.004, 0.012, 0.021, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.012 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.012 std_dev=0.009
N2 A 0, 0.008, 0.017, 0.027, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.017 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.005, 0.015, 0.024, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.006, 0.019, 0.031, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.019 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.008, 0.022, 0.037, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.022 std_dev=0.015
O6 A 0, 0.011, 0.028, 0.044, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.028 std_dev=0.017
N7 A 0, 0.010, 0.031, 0.053, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.031 std_dev=0.021
C8 A 0, 0.013, 0.039, 0.065, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.039 std_dev=0.026
O4' A 0, 0.032, 0.073, 0.115, 0.195 max_d=0.195 avg_d=0.073 std_dev=0.041
C2' A 0, 0.023, 0.077, 0.130, 0.217 max_d=0.217 avg_d=0.077 std_dev=0.053
C4' A 0, 0.038, 0.110, 0.182, 0.341 max_d=0.341 avg_d=0.110 std_dev=0.072
C3' A 0, 0.038, 0.114, 0.190, 0.359 max_d=0.359 avg_d=0.114 std_dev=0.076
O2' A 0, 0.083, 0.167, 0.250, 0.364 max_d=0.364 avg_d=0.167 std_dev=0.084
O3' A 0, 0.067, 0.152, 0.236, 0.438 max_d=0.438 avg_d=0.152 std_dev=0.084
O5' A 0, 0.058, 0.157, 0.255, 0.392 max_d=0.392 avg_d=0.157 std_dev=0.098
C5' A 0, 0.054, 0.183, 0.313, 0.544 max_d=0.544 avg_d=0.183 std_dev=0.130
P A 0, 0.075, 0.208, 0.340, 0.474 max_d=0.474 avg_d=0.208 std_dev=0.132
OP2 B 0, 0.105, 0.244, 0.383, 0.559 max_d=0.559 avg_d=0.244 std_dev=0.139
P B 0, 0.131, 0.311, 0.491, 0.750 max_d=0.750 avg_d=0.311 std_dev=0.180
OP2 A 0, 0.080, 0.281, 0.481, 0.899 max_d=0.899 avg_d=0.281 std_dev=0.201
O5' B 0, 0.139, 0.388, 0.636, 0.908 max_d=0.908 avg_d=0.388 std_dev=0.249
N4 B 0, 0.133, 0.383, 0.633, 1.017 max_d=1.017 avg_d=0.383 std_dev=0.250
N3 B 0, 0.083, 0.336, 0.588, 0.979 max_d=0.979 avg_d=0.336 std_dev=0.253
OP1 B 0, 0.144, 0.401, 0.658, 1.076 max_d=1.076 avg_d=0.401 std_dev=0.257
C4 B 0, 0.101, 0.359, 0.617, 1.000 max_d=1.000 avg_d=0.359 std_dev=0.258
C2 B 0, 0.076, 0.349, 0.622, 1.035 max_d=1.035 avg_d=0.349 std_dev=0.273
OP1 A 0, -0.004, 0.275, 0.553, 1.248 max_d=1.248 avg_d=0.275 std_dev=0.279
O2' B 0, 0.114, 0.394, 0.674, 1.025 max_d=1.025 avg_d=0.394 std_dev=0.280
C5 B 0, 0.115, 0.400, 0.684, 1.056 max_d=1.056 avg_d=0.400 std_dev=0.284
O2 B 0, 0.094, 0.379, 0.664, 1.111 max_d=1.111 avg_d=0.379 std_dev=0.285
N1 B 0, 0.080, 0.370, 0.661, 1.052 max_d=1.052 avg_d=0.370 std_dev=0.291
C6 B 0, 0.103, 0.395, 0.687, 1.043 max_d=1.043 avg_d=0.395 std_dev=0.292
C2' B 0, 0.089, 0.384, 0.678, 1.035 max_d=1.035 avg_d=0.384 std_dev=0.295
C1' B 0, 0.086, 0.409, 0.732, 1.164 max_d=1.164 avg_d=0.409 std_dev=0.323
C3' B 0, 0.093, 0.444, 0.795, 1.238 max_d=1.238 avg_d=0.444 std_dev=0.351
O4' B 0, 0.109, 0.469, 0.829, 1.303 max_d=1.303 avg_d=0.469 std_dev=0.360
C5' B 0, 0.143, 0.507, 0.870, 1.297 max_d=1.297 avg_d=0.507 std_dev=0.363
C4' B 0, 0.114, 0.490, 0.865, 1.340 max_d=1.340 avg_d=0.490 std_dev=0.376
O3' B 0, 0.116, 0.496, 0.876, 1.408 max_d=1.408 avg_d=0.496 std_dev=0.380

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.08 0.12 0.06
C2 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.06 0.03 0.07 0.00 0.12 0.15 0.09
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.03 0.03 0.03 0.04 0.06 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.03 0.08 0.17 0.06
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.12 0.16 0.08
C4 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.02 0.07 0.00 0.12 0.14 0.09
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.10 0.08 0.04
C5 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.02 0.08 0.00 0.15 0.15 0.11
C5' 0.02 0.03 0.03 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.04 0.03 0.03 0.03 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.05 0.07 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.04 0.02 0.08 0.00 0.16 0.16 0.11
C8 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.02 0.08 0.01 0.13 0.14 0.10
N1 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.06 0.03 0.07 0.00 0.14 0.16 0.10
N2 0.02 0.00 0.06 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.10 0.07 0.03 0.07 0.00 0.12 0.15 0.09
N3 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.06 0.02 0.07 0.00 0.11 0.14 0.08
N7 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.02 0.08 0.01 0.16 0.15 0.11
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.07 0.01 0.11 0.13 0.08
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.05 0.05 0.07 0.10 0.07 0.05 0.02 0.00 0.03 0.01 0.06 0.06 0.09 0.20 0.07
O3' 0.03 0.06 0.01 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.04 0.03 0.06 0.07 0.06 0.03 0.03 0.03 0.00 0.02 0.02 0.04 0.14 0.16 0.08
O4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.03 0.07 0.08 0.05
O5' 0.05 0.07 0.05 0.03 0.07 0.01 0.08 0.00 0.08 0.08 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.06 0.02 0.05 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.04 0.03 0.08 0.00 0.17 0.17 0.12
OP1 0.08 0.12 0.08 0.12 0.12 0.10 0.15 0.07 0.16 0.13 0.14 0.12 0.11 0.16 0.11 0.09 0.14 0.07 0.01 0.17 0.00 0.01 0.00
OP2 0.12 0.15 0.17 0.16 0.14 0.08 0.15 0.01 0.16 0.14 0.16 0.15 0.14 0.15 0.13 0.20 0.16 0.08 0.01 0.17 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.09 0.06 0.08 0.09 0.04 0.11 0.01 0.11 0.10 0.10 0.09 0.08 0.11 0.08 0.07 0.08 0.05 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.16 0.16 0.17 0.17 0.14 0.17 0.15 0.17 0.16 0.16 0.16 0.10 0.17 0.16 0.16 0.16 0.15 0.10 0.10 0.10
C2 0.08 0.08 0.11 0.14 0.11 0.14 0.12 0.16 0.10 0.06 0.11 0.13 0.11 0.11 0.13 0.10 0.16 0.11 0.10 0.12
C2' 0.15 0.15 0.14 0.15 0.15 0.15 0.17 0.16 0.16 0.15 0.15 0.15 0.15 0.14 0.14 0.15 0.14 0.07 0.08 0.08
C3' 0.18 0.19 0.17 0.18 0.20 0.19 0.19 0.19 0.19 0.19 0.20 0.20 0.19 0.16 0.17 0.19 0.15 0.09 0.09 0.09
C4 0.10 0.08 0.13 0.13 0.08 0.12 0.10 0.13 0.11 0.08 0.10 0.11 0.12 0.13 0.12 0.10 0.13 0.10 0.11 0.10
C4' 0.21 0.22 0.20 0.20 0.20 0.21 0.19 0.21 0.20 0.21 0.22 0.18 0.22 0.20 0.20 0.21 0.17 0.12 0.11 0.12
C5 0.07 0.12 0.09 0.10 0.12 0.08 0.12 0.08 0.11 0.08 0.15 0.14 0.15 0.12 0.11 0.06 0.10 0.10 0.12 0.10
C5' 0.20 0.20 0.19 0.19 0.18 0.20 0.17 0.20 0.18 0.20 0.20 0.16 0.22 0.19 0.19 0.20 0.16 0.12 0.11 0.11
C6 0.09 0.16 0.08 0.08 0.16 0.06 0.15 0.07 0.14 0.12 0.18 0.16 0.19 0.12 0.10 0.07 0.10 0.10 0.13 0.10
C8 0.10 0.09 0.12 0.12 0.08 0.10 0.10 0.10 0.10 0.09 0.10 0.10 0.13 0.13 0.13 0.09 0.10 0.09 0.12 0.09
N1 0.04 0.12 0.06 0.09 0.14 0.07 0.14 0.10 0.12 0.08 0.15 0.15 0.15 0.10 0.09 0.04 0.12 0.10 0.11 0.10
N2 0.10 0.09 0.12 0.16 0.11 0.17 0.12 0.21 0.11 0.08 0.10 0.14 0.11 0.11 0.15 0.13 0.20 0.13 0.08 0.13
N3 0.12 0.10 0.14 0.16 0.09 0.16 0.12 0.18 0.13 0.11 0.10 0.12 0.12 0.13 0.14 0.13 0.16 0.11 0.10 0.11
N7 0.10 0.13 0.10 0.10 0.12 0.09 0.12 0.08 0.12 0.10 0.15 0.13 0.17 0.12 0.13 0.09 0.09 0.10 0.13 0.09
N9 0.12 0.11 0.14 0.14 0.07 0.13 0.11 0.14 0.12 0.11 0.09 0.07 0.13 0.14 0.14 0.12 0.13 0.10 0.11 0.10
O2' 0.14 0.14 0.13 0.13 0.17 0.15 0.19 0.15 0.18 0.15 0.15 0.17 0.14 0.12 0.13 0.15 0.13 0.06 0.07 0.06
O3' 0.19 0.20 0.18 0.18 0.22 0.20 0.22 0.20 0.21 0.20 0.21 0.24 0.20 0.16 0.18 0.20 0.15 0.09 0.09 0.08
O4' 0.20 0.20 0.20 0.20 0.15 0.20 0.15 0.19 0.17 0.19 0.19 0.11 0.21 0.20 0.19 0.19 0.16 0.13 0.12 0.12
O5' 0.13 0.13 0.13 0.13 0.10 0.13 0.11 0.12 0.12 0.12 0.11 0.10 0.14 0.13 0.13 0.13 0.10 0.06 0.08 0.06
O6 0.16 0.21 0.14 0.11 0.18 0.11 0.17 0.09 0.17 0.18 0.20 0.17 0.24 0.18 0.15 0.14 0.10 0.12 0.13 0.11
OP1 0.16 0.15 0.15 0.15 0.18 0.16 0.19 0.16 0.18 0.16 0.16 0.20 0.15 0.15 0.15 0.16 0.15 0.11 0.13 0.11
OP2 0.13 0.12 0.12 0.13 0.09 0.12 0.11 0.12 0.11 0.11 0.10 0.10 0.15 0.14 0.15 0.12 0.13 0.10 0.12 0.11
P 0.12 0.11 0.11 0.11 0.11 0.12 0.12 0.12 0.12 0.12 0.11 0.12 0.13 0.12 0.12 0.12 0.11 0.06 0.08 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.07 0.14 0.07
C2 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.05 0.02 0.06 0.07 0.13 0.07
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.04 0.01 0.03 0.02 0.07 0.00 0.01 0.00 0.03 0.09 0.15 0.09
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.00 0.00 0.03 0.10 0.12 0.08
C4 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.06 0.07 0.14 0.08
C4' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.08 0.04
C5 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.02 0.07 0.08 0.17 0.11
C5' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.05 0.03 0.04 0.05 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01
C6 0.00 0.01 0.04 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.03 0.07 0.08 0.18 0.11
N1 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.05 0.06 0.14 0.07
N3 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.02 0.06 0.07 0.13 0.08
N4 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.04 0.01 0.06 0.07 0.14 0.09
O2 0.02 0.00 0.07 0.05 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.10 0.07 0.03 0.07 0.09 0.13 0.08
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.04 0.01 0.05 0.02 0.05 0.02 0.05 0.04 0.10 0.00 0.03 0.01 0.04 0.11 0.17 0.10
O3' 0.02 0.05 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.07 0.03 0.00 0.02 0.03 0.11 0.14 0.09
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.04 0.05 0.11 0.06
O5' 0.03 0.06 0.03 0.03 0.06 0.01 0.07 0.00 0.07 0.05 0.06 0.06 0.07 0.04 0.03 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.07 0.07 0.09 0.10 0.07 0.06 0.08 0.03 0.08 0.06 0.07 0.07 0.09 0.11 0.11 0.05 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.14 0.13 0.15 0.12 0.14 0.08 0.17 0.03 0.18 0.14 0.13 0.14 0.13 0.17 0.14 0.11 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.07 0.07 0.09 0.08 0.08 0.04 0.11 0.01 0.11 0.07 0.08 0.09 0.08 0.10 0.09 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00