ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51351

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 1, 1, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.006, 0.013, 0.020, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.013 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.014, 0.023, 0.032, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.023 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.015, 0.025, 0.036, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.025 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.014, 0.027, 0.040, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.027 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.021, 0.034, 0.048, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.034 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.017, 0.030, 0.044, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.030 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.022, 0.036, 0.050, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.036 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.016, 0.031, 0.047, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.031 std_dev=0.015
N7 A 0, 0.022, 0.038, 0.054, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.038 std_dev=0.016
N2 A 0, 0.028, 0.047, 0.065, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.047 std_dev=0.018
C8 A 0, 0.030, 0.051, 0.073, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.051 std_dev=0.021
O6 A 0, 0.031, 0.057, 0.082, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.057 std_dev=0.026
O4' A 0, 0.056, 0.145, 0.234, 0.279 max_d=0.279 avg_d=0.145 std_dev=0.089
C2' A 0, 0.024, 0.117, 0.211, 0.270 max_d=0.270 avg_d=0.117 std_dev=0.093
C3' A 0, 0.080, 0.192, 0.304, 0.335 max_d=0.335 avg_d=0.192 std_dev=0.112
O2' A 0, 0.093, 0.209, 0.326, 0.371 max_d=0.371 avg_d=0.209 std_dev=0.117
C4' A 0, 0.090, 0.224, 0.359, 0.399 max_d=0.399 avg_d=0.224 std_dev=0.134
O3' A 0, 0.088, 0.226, 0.363, 0.434 max_d=0.434 avg_d=0.226 std_dev=0.137
OP2 B 0, 0.200, 0.405, 0.609, 0.616 max_d=0.616 avg_d=0.405 std_dev=0.204
C5' A 0, 0.086, 0.364, 0.641, 0.755 max_d=0.755 avg_d=0.364 std_dev=0.278
OP1 B 0, 0.225, 0.546, 0.867, 1.002 max_d=1.002 avg_d=0.546 std_dev=0.321
P B 0, 0.125, 0.519, 0.914, 1.365 max_d=1.365 avg_d=0.519 std_dev=0.394
O5' A 0, -0.388, 0.484, 1.357, 2.771 max_d=2.771 avg_d=0.484 std_dev=0.873
OP2 A 0, -0.215, 0.678, 1.572, 2.958 max_d=2.958 avg_d=0.678 std_dev=0.894
O5' B 0, -0.111, 0.842, 1.794, 3.275 max_d=3.275 avg_d=0.842 std_dev=0.953
C5' B 0, -0.386, 0.970, 2.327, 4.476 max_d=4.476 avg_d=0.970 std_dev=1.356
P A 0, -0.608, 0.770, 2.148, 4.387 max_d=4.387 avg_d=0.770 std_dev=1.378
C4' B 0, -0.611, 1.231, 3.072, 6.011 max_d=6.011 avg_d=1.231 std_dev=1.841
C3' B 0, -0.799, 1.240, 3.278, 6.557 max_d=6.557 avg_d=1.240 std_dev=2.039
O3' B 0, -0.811, 1.259, 3.330, 6.647 max_d=6.647 avg_d=1.259 std_dev=2.070
OP1 A 0, -0.901, 1.215, 3.330, 6.780 max_d=6.780 avg_d=1.215 std_dev=2.115
O4' B 0, -0.775, 1.454, 3.683, 7.256 max_d=7.256 avg_d=1.454 std_dev=2.229
C6 B 0, -0.839, 1.739, 4.318, 8.445 max_d=8.445 avg_d=1.739 std_dev=2.578
C2' B 0, -1.062, 1.536, 4.135, 8.334 max_d=8.334 avg_d=1.536 std_dev=2.599
N1 B 0, -1.009, 1.592, 4.193, 8.394 max_d=8.394 avg_d=1.592 std_dev=2.601
C5 B 0, -0.857, 1.761, 4.379, 8.580 max_d=8.580 avg_d=1.761 std_dev=2.618
C1' B 0, -1.021, 1.597, 4.215, 8.440 max_d=8.440 avg_d=1.597 std_dev=2.618
C2 B 0, -1.089, 1.569, 4.227, 8.533 max_d=8.533 avg_d=1.569 std_dev=2.658
O2 B 0, -1.019, 1.645, 4.308, 8.623 max_d=8.623 avg_d=1.645 std_dev=2.663
C4 B 0, -1.056, 1.633, 4.322, 8.678 max_d=8.678 avg_d=1.633 std_dev=2.689
N3 B 0, -1.098, 1.594, 4.286, 8.653 max_d=8.653 avg_d=1.594 std_dev=2.692
N4 B 0, -1.087, 1.664, 4.415, 8.879 max_d=8.879 avg_d=1.664 std_dev=2.751
O2' B 0, -1.418, 1.919, 5.256, 10.666 max_d=10.666 avg_d=1.919 std_dev=3.337

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.05 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.10 0.00 0.28 0.02 0.31 0.38 0.30
C2 0.02 0.00 0.05 0.04 0.01 0.08 0.01 0.10 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.12 0.13 0.10 0.25 0.01 0.64 0.50 0.37
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.09 0.02 0.04 0.04 0.06 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.44 0.02 0.37 0.38 0.42
C3' 0.03 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.05 0.04 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.21 0.03 0.23 0.20 0.14
C4 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.04 0.00 0.10 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.06 0.11 0.06 0.38 0.01 0.80 0.56 0.52
C4' 0.00 0.08 0.02 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.06 0.08 0.07 0.11 0.07 0.07 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.07 0.31 0.20 0.04
C5 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.10 0.04 0.49 0.01 1.15 0.68 0.72
C5' 0.05 0.10 0.09 0.01 0.10 0.01 0.15 0.00 0.14 0.19 0.12 0.10 0.08 0.19 0.11 0.08 0.02 0.01 0.01 0.16 0.29 0.16 0.02
C6 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.06 0.01 0.14 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.06 0.11 0.06 0.45 0.00 1.18 0.69 0.70
C8 0.01 0.02 0.04 0.04 0.01 0.08 0.01 0.19 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.06 0.08 0.05 0.64 0.03 1.21 0.69 0.85
N1 0.02 0.00 0.04 0.03 0.02 0.07 0.01 0.12 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.10 0.12 0.09 0.34 0.01 0.92 0.60 0.53
N2 0.03 0.00 0.06 0.05 0.02 0.11 0.01 0.10 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.14 0.14 0.12 0.16 0.02 0.46 0.43 0.24
N3 0.02 0.01 0.05 0.04 0.00 0.07 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.13 0.10 0.24 0.01 0.53 0.46 0.33
N7 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.07 0.00 0.19 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.08 0.03 0.63 0.03 1.41 0.76 0.91
N9 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.11 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.09 0.01 0.44 0.02 0.77 0.54 0.55
O2' 0.02 0.12 0.00 0.02 0.06 0.01 0.04 0.08 0.06 0.06 0.10 0.14 0.11 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.44 0.05 0.41 0.38 0.44
O3' 0.10 0.13 0.01 0.01 0.11 0.04 0.10 0.02 0.11 0.08 0.12 0.14 0.13 0.08 0.09 0.02 0.00 0.12 0.11 0.11 0.46 0.16 0.09
O4' 0.00 0.10 0.01 0.02 0.06 0.00 0.04 0.01 0.06 0.05 0.09 0.12 0.10 0.03 0.01 0.01 0.12 0.00 0.10 0.06 0.13 0.31 0.15
O5' 0.28 0.25 0.44 0.21 0.38 0.01 0.49 0.01 0.45 0.64 0.34 0.16 0.24 0.63 0.44 0.44 0.11 0.10 0.00 0.50 0.01 0.01 0.01
O6 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.07 0.01 0.16 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.05 0.11 0.06 0.50 0.00 1.36 0.75 0.80
OP1 0.31 0.64 0.37 0.23 0.80 0.31 1.15 0.29 1.18 1.21 0.92 0.46 0.53 1.41 0.77 0.41 0.46 0.13 0.01 1.36 0.00 0.01 0.00
OP2 0.38 0.50 0.38 0.20 0.56 0.20 0.68 0.16 0.69 0.69 0.60 0.43 0.46 0.76 0.54 0.38 0.16 0.31 0.01 0.75 0.01 0.00 0.00
P 0.30 0.37 0.42 0.14 0.52 0.04 0.72 0.02 0.70 0.85 0.53 0.24 0.33 0.91 0.55 0.44 0.09 0.15 0.01 0.80 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.33 0.91 1.43 0.96 0.85 1.14 1.28 1.09 1.43 1.22 0.72 0.58 0.81 1.73 0.78 1.32 0.41 0.33 0.15 0.16
C2 0.57 0.16 0.80 0.52 0.50 0.69 0.25 0.80 0.24 0.26 0.41 0.82 0.18 0.92 0.34 0.68 0.24 0.33 0.16 0.17
C2' 1.43 1.03 1.58 1.08 0.99 1.19 1.38 1.11 1.51 1.32 0.86 0.75 0.93 1.95 0.91 1.37 0.46 0.32 0.14 0.16
C3' 1.34 0.99 1.43 0.96 1.04 1.13 1.42 1.07 1.49 1.27 0.86 0.86 0.86 1.79 0.80 1.32 0.38 0.31 0.15 0.14
C4 1.27 0.72 1.45 1.00 0.47 1.14 0.87 1.10 1.19 1.06 0.46 0.17 0.69 1.67 0.77 1.26 0.47 0.32 0.11 0.16
C4' 1.41 1.12 1.38 0.91 1.28 1.16 1.64 1.12 1.64 1.39 1.04 1.15 0.96 1.71 0.75 1.43 0.39 0.33 0.18 0.18
C5 1.54 0.97 1.76 1.27 0.67 1.33 1.03 1.21 1.39 1.30 0.69 0.35 0.94 1.99 1.00 1.46 0.62 0.31 0.05 0.18
C5' 1.65 1.50 1.54 1.01 1.77 1.27 2.02 1.16 1.93 1.70 1.50 1.76 1.32 1.91 0.85 1.61 0.41 0.35 0.21 0.17
C6 1.30 0.68 1.57 1.18 0.31 1.22 0.59 1.14 0.96 0.98 0.38 0.19 0.72 1.72 0.90 1.26 0.65 0.31 0.07 0.19
C8 1.85 1.43 1.99 1.40 1.31 1.46 1.72 1.28 1.93 1.74 1.23 1.01 1.33 2.37 1.18 1.70 0.64 0.30 0.06 0.19
N1 0.78 0.20 1.03 0.74 0.33 0.86 0.23 0.91 0.39 0.44 0.21 0.61 0.27 1.13 0.51 0.84 0.41 0.33 0.07 0.14
N2 0.15 0.60 0.34 0.16 1.07 0.34 0.85 0.51 0.42 0.34 0.92 1.38 0.52 0.42 0.11 0.28 0.10 0.33 0.23 0.23
N3 0.81 0.26 1.01 0.66 0.16 0.85 0.29 0.91 0.63 0.56 0.16 0.48 0.28 1.17 0.48 0.91 0.30 0.33 0.16 0.17
N7 1.92 1.42 2.12 1.53 1.19 1.53 1.55 1.31 1.86 1.74 1.17 0.86 1.36 2.47 1.27 1.73 0.72 0.29 0.05 0.21
N9 1.50 1.04 1.63 1.12 0.91 1.25 1.35 1.17 1.56 1.37 0.82 0.61 0.95 1.93 0.91 1.45 0.50 0.32 0.11 0.16
O2' 1.27 0.82 1.51 1.05 0.68 1.10 1.05 1.03 1.25 1.11 0.61 0.43 0.75 1.87 0.89 1.21 0.46 0.32 0.17 0.19
O3' 0.99 0.57 1.11 0.70 0.57 0.89 0.97 0.90 1.09 0.88 0.40 0.35 0.45 1.43 0.56 1.02 0.24 0.28 0.17 0.11
O4' 1.41 1.09 1.39 0.92 1.18 1.17 1.60 1.13 1.64 1.38 0.97 0.99 0.93 1.69 0.74 1.43 0.39 0.34 0.19 0.18
O5' 1.75 1.78 1.54 0.95 2.11 1.26 2.21 1.09 2.05 1.86 1.86 2.21 1.61 1.89 0.78 1.69 0.29 0.51 0.34 0.21
O6 1.42 0.79 1.74 1.40 0.39 1.33 0.61 1.17 0.98 1.06 0.49 0.20 0.86 1.89 1.09 1.33 0.80 0.28 0.15 0.24
OP1 1.19 1.42 0.89 0.30 1.84 0.59 1.80 0.41 1.56 1.39 1.62 2.10 1.27 1.22 0.26 1.11 0.48 1.27 0.94 0.87
OP2 1.53 1.73 1.18 0.62 2.15 0.96 2.09 0.77 1.87 1.71 1.93 2.41 1.57 1.57 0.46 1.46 0.17 0.80 0.65 0.49
P 1.63 1.80 1.31 0.71 2.20 1.06 2.17 0.88 1.96 1.80 1.97 2.43 1.64 1.65 0.52 1.57 0.13 0.75 0.52 0.39

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.22 0.00 0.23 0.23 0.31 0.26
C2 0.02 0.00 0.20 0.25 0.00 0.04 0.01 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.11 0.11 0.56 0.61 0.79 0.66
C2' 0.01 0.20 0.00 0.00 0.02 0.01 0.16 0.12 0.21 0.01 0.15 0.02 0.38 0.00 0.03 0.02 0.03 0.10 0.17 0.07
C3' 0.01 0.25 0.00 0.00 0.29 0.01 0.27 0.01 0.23 0.18 0.29 0.31 0.27 0.02 0.01 0.01 0.04 0.14 0.12 0.06
C4 0.02 0.00 0.02 0.29 0.00 0.17 0.00 0.27 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.31 0.10 0.03 0.89 1.01 1.22 1.07
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.17 0.00 0.25 0.01 0.24 0.10 0.09 0.18 0.09 0.21 0.04 0.00 0.02 0.15 0.16 0.04
C5 0.01 0.01 0.16 0.27 0.00 0.25 0.00 0.36 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.43 0.17 0.13 0.96 1.04 1.19 1.12
C5' 0.02 0.08 0.12 0.01 0.27 0.01 0.36 0.00 0.33 0.13 0.15 0.30 0.08 0.07 0.14 0.01 0.01 0.24 0.25 0.02
C6 0.01 0.01 0.21 0.23 0.01 0.24 0.00 0.33 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.40 0.16 0.16 0.83 0.82 0.88 0.90
N1 0.01 0.00 0.01 0.18 0.01 0.10 0.01 0.13 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.17 0.07 0.01 0.56 0.57 0.66 0.62
N3 0.02 0.00 0.15 0.29 0.00 0.09 0.00 0.15 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.14 0.10 0.07 0.73 0.83 1.04 0.88
N4 0.02 0.00 0.02 0.31 0.00 0.18 0.01 0.30 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.34 0.13 0.03 0.96 1.15 1.38 1.20
O2 0.04 0.00 0.38 0.27 0.01 0.09 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.22 0.22 0.21 0.40 0.44 0.65 0.48
O2' 0.01 0.05 0.00 0.02 0.31 0.21 0.43 0.07 0.40 0.17 0.14 0.34 0.22 0.00 0.05 0.16 0.04 0.11 0.16 0.06
O3' 0.22 0.11 0.03 0.01 0.10 0.04 0.17 0.14 0.16 0.07 0.10 0.13 0.22 0.05 0.00 0.13 0.10 0.25 0.16 0.11
O4' 0.00 0.11 0.02 0.01 0.03 0.00 0.13 0.01 0.16 0.01 0.07 0.03 0.21 0.16 0.13 0.00 0.20 0.25 0.24 0.23
O5' 0.23 0.56 0.03 0.04 0.89 0.02 0.96 0.01 0.83 0.56 0.73 0.96 0.40 0.04 0.10 0.20 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.23 0.61 0.10 0.14 1.01 0.15 1.04 0.24 0.82 0.57 0.83 1.15 0.44 0.11 0.25 0.25 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.31 0.79 0.17 0.12 1.22 0.16 1.19 0.25 0.88 0.66 1.04 1.38 0.65 0.16 0.16 0.24 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.26 0.66 0.07 0.06 1.07 0.04 1.12 0.02 0.90 0.62 0.88 1.20 0.48 0.06 0.11 0.23 0.01 0.00 0.01 0.00