ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51352

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.006, 0.016, 0.025, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.010
N9 A 0, 0.008, 0.018, 0.028, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.018 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.012, 0.022, 0.032, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.022 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.013, 0.025, 0.037, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.025 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.003, 0.018, 0.033, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.018 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.016, 0.034, 0.051, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.034 std_dev=0.018
C6 A 0, 0.005, 0.024, 0.044, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.024 std_dev=0.019
C8 A 0, 0.011, 0.030, 0.050, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.030 std_dev=0.020
N7 A 0, 0.016, 0.038, 0.061, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.038 std_dev=0.022
N1 A 0, 0.036, 0.063, 0.089, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.063 std_dev=0.027
N2 A 0, 0.027, 0.054, 0.082, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.054 std_dev=0.028
O6 A 0, 0.031, 0.068, 0.105, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.068 std_dev=0.037
O2' A 0, 0.082, 0.203, 0.324, 0.368 max_d=0.368 avg_d=0.203 std_dev=0.121
C2' A 0, 0.072, 0.211, 0.350, 0.380 max_d=0.380 avg_d=0.211 std_dev=0.139
O4' A 0, 0.085, 0.231, 0.376, 0.433 max_d=0.433 avg_d=0.231 std_dev=0.145
P B 0, 0.170, 0.320, 0.471, 0.510 max_d=0.510 avg_d=0.320 std_dev=0.150
P A 0, 0.153, 0.328, 0.502, 0.532 max_d=0.532 avg_d=0.328 std_dev=0.174
OP1 B 0, 0.181, 0.372, 0.562, 0.592 max_d=0.592 avg_d=0.372 std_dev=0.191
O5' B 0, 0.206, 0.402, 0.598, 0.639 max_d=0.639 avg_d=0.402 std_dev=0.196
O5' A 0, 0.068, 0.269, 0.471, 0.631 max_d=0.631 avg_d=0.269 std_dev=0.201
O3' B 0, 0.073, 0.279, 0.485, 0.709 max_d=0.709 avg_d=0.279 std_dev=0.206
OP2 A 0, 0.197, 0.410, 0.623, 0.726 max_d=0.726 avg_d=0.410 std_dev=0.213
C3' A 0, 0.207, 0.428, 0.649, 0.738 max_d=0.738 avg_d=0.428 std_dev=0.221
OP2 B 0, 0.244, 0.472, 0.699, 0.766 max_d=0.766 avg_d=0.472 std_dev=0.227
C4' A 0, 0.180, 0.410, 0.640, 0.751 max_d=0.751 avg_d=0.410 std_dev=0.230
C4' B 0, 0.200, 0.435, 0.670, 0.842 max_d=0.842 avg_d=0.435 std_dev=0.235
C5' B 0, 0.241, 0.497, 0.753, 0.794 max_d=0.794 avg_d=0.497 std_dev=0.256
C3' B 0, 0.152, 0.415, 0.677, 0.932 max_d=0.932 avg_d=0.415 std_dev=0.262
OP1 A 0, 0.267, 0.530, 0.793, 0.872 max_d=0.872 avg_d=0.530 std_dev=0.263
O4' B 0, 0.282, 0.555, 0.828, 0.982 max_d=0.982 avg_d=0.555 std_dev=0.273
O3' A 0, 0.325, 0.647, 0.969, 1.087 max_d=1.087 avg_d=0.647 std_dev=0.322
C1' B 0, 0.323, 0.645, 0.968, 1.179 max_d=1.179 avg_d=0.645 std_dev=0.322
C5' A 0, 0.269, 0.602, 0.935, 1.088 max_d=1.088 avg_d=0.602 std_dev=0.333
N1 B 0, 0.300, 0.642, 0.984, 1.215 max_d=1.215 avg_d=0.642 std_dev=0.342
C6 B 0, 0.235, 0.580, 0.925, 1.074 max_d=1.074 avg_d=0.580 std_dev=0.345
C2' B 0, 0.235, 0.582, 0.930, 1.273 max_d=1.273 avg_d=0.582 std_dev=0.347
O2' B 0, 0.155, 0.553, 0.951, 1.408 max_d=1.408 avg_d=0.553 std_dev=0.398
C5 B 0, 0.326, 0.728, 1.130, 1.248 max_d=1.248 avg_d=0.728 std_dev=0.402
C2 B 0, 0.413, 0.824, 1.235, 1.489 max_d=1.489 avg_d=0.824 std_dev=0.411
C4 B 0, 0.444, 0.890, 1.336, 1.516 max_d=1.516 avg_d=0.890 std_dev=0.446
N3 B 0, 0.479, 0.933, 1.387, 1.612 max_d=1.612 avg_d=0.933 std_dev=0.454
O2 B 0, 0.476, 0.934, 1.392, 1.656 max_d=1.656 avg_d=0.934 std_dev=0.458
N4 B 0, 0.538, 1.049, 1.559, 1.718 max_d=1.718 avg_d=1.049 std_dev=0.511

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.01 0.02 0.05 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.07 0.06 0.08 0.15 0.09
C2 0.03 0.00 0.10 0.09 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.12 0.11 0.05 0.09 0.03 0.08 0.15 0.07
C2' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.07 0.02 0.06 0.01 0.08 0.03 0.08 0.10 0.09 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.05 0.09 0.09 0.05 0.02
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.07 0.06 0.07 0.10 0.08 0.06 0.03 0.02 0.01 0.04 0.07 0.09 0.13 0.06 0.07
C4 0.01 0.02 0.07 0.05 0.00 0.03 0.01 0.05 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.06 0.06 0.02 0.09 0.04 0.07 0.15 0.07
C4' 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.06 0.06 0.02 0.05 0.03 0.06 0.04 0.09 0.02 0.01 0.02 0.09 0.08 0.07 0.04
C5 0.02 0.02 0.06 0.05 0.01 0.05 0.00 0.08 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.05 0.02 0.10 0.04 0.08 0.15 0.07
C5' 0.02 0.04 0.01 0.02 0.05 0.00 0.08 0.00 0.08 0.09 0.05 0.05 0.04 0.10 0.06 0.09 0.05 0.01 0.02 0.12 0.09 0.05 0.03
C6 0.04 0.02 0.08 0.07 0.02 0.06 0.02 0.08 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.08 0.08 0.04 0.11 0.01 0.09 0.16 0.09
C8 0.01 0.03 0.03 0.06 0.02 0.06 0.01 0.09 0.02 0.00 0.02 0.04 0.03 0.00 0.01 0.03 0.07 0.03 0.11 0.06 0.08 0.16 0.07
N1 0.02 0.01 0.08 0.07 0.02 0.02 0.02 0.05 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.10 0.09 0.04 0.09 0.02 0.08 0.16 0.08
N2 0.05 0.00 0.10 0.10 0.02 0.05 0.02 0.05 0.03 0.04 0.02 0.00 0.02 0.03 0.04 0.12 0.13 0.07 0.09 0.04 0.08 0.15 0.07
N3 0.03 0.01 0.09 0.08 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.11 0.09 0.05 0.09 0.04 0.08 0.15 0.07
N7 0.01 0.03 0.03 0.06 0.02 0.06 0.01 0.10 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.06 0.02 0.11 0.05 0.08 0.15 0.07
N9 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.04 0.01 0.06 0.03 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.09 0.05 0.08 0.16 0.08
O2' 0.03 0.12 0.01 0.02 0.06 0.09 0.05 0.09 0.08 0.03 0.10 0.12 0.11 0.01 0.01 0.00 0.06 0.08 0.08 0.09 0.11 0.06 0.06
O3' 0.01 0.11 0.01 0.01 0.06 0.02 0.05 0.05 0.08 0.07 0.09 0.13 0.09 0.06 0.03 0.06 0.00 0.03 0.10 0.10 0.20 0.12 0.13
O4' 0.00 0.05 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.03 0.04 0.07 0.05 0.02 0.01 0.08 0.03 0.00 0.09 0.06 0.11 0.20 0.14
O5' 0.07 0.09 0.05 0.07 0.09 0.02 0.10 0.02 0.11 0.11 0.09 0.09 0.09 0.11 0.09 0.08 0.10 0.09 0.00 0.14 0.02 0.03 0.01
O6 0.06 0.03 0.09 0.09 0.04 0.09 0.04 0.12 0.01 0.06 0.02 0.04 0.04 0.05 0.05 0.09 0.10 0.06 0.14 0.00 0.13 0.18 0.12
OP1 0.08 0.08 0.09 0.13 0.07 0.08 0.08 0.09 0.09 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.11 0.20 0.11 0.02 0.13 0.00 0.02 0.01
OP2 0.15 0.15 0.05 0.06 0.15 0.07 0.15 0.05 0.16 0.16 0.16 0.15 0.15 0.15 0.16 0.06 0.12 0.20 0.03 0.18 0.02 0.00 0.01
P 0.09 0.07 0.02 0.07 0.07 0.04 0.07 0.03 0.09 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.08 0.06 0.13 0.14 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.11 0.11 0.12 0.12 0.10 0.11 0.09 0.15 0.10 0.10 0.11 0.09 0.12 0.21 0.17 0.12 0.11 0.08 0.10 0.09
C2 0.10 0.09 0.08 0.08 0.10 0.08 0.10 0.13 0.09 0.08 0.09 0.11 0.09 0.16 0.14 0.11 0.08 0.12 0.12 0.09
C2' 0.16 0.13 0.13 0.10 0.10 0.13 0.08 0.21 0.09 0.12 0.12 0.12 0.15 0.18 0.08 0.17 0.14 0.06 0.05 0.09
C3' 0.15 0.12 0.13 0.11 0.10 0.14 0.08 0.21 0.09 0.11 0.11 0.10 0.14 0.18 0.10 0.16 0.13 0.05 0.06 0.08
C4 0.10 0.09 0.08 0.09 0.09 0.08 0.09 0.14 0.09 0.08 0.10 0.10 0.09 0.16 0.15 0.12 0.09 0.07 0.11 0.08
C4' 0.11 0.11 0.11 0.11 0.10 0.11 0.10 0.14 0.10 0.10 0.11 0.10 0.12 0.21 0.15 0.11 0.10 0.08 0.12 0.08
C5 0.11 0.10 0.08 0.09 0.10 0.08 0.09 0.15 0.09 0.09 0.10 0.10 0.10 0.13 0.14 0.13 0.09 0.06 0.11 0.08
C5' 0.12 0.14 0.13 0.12 0.15 0.12 0.15 0.13 0.14 0.13 0.15 0.14 0.14 0.22 0.16 0.12 0.11 0.11 0.17 0.12
C6 0.12 0.10 0.07 0.09 0.10 0.08 0.10 0.15 0.10 0.09 0.11 0.11 0.10 0.11 0.14 0.14 0.08 0.07 0.12 0.08
C8 0.11 0.10 0.08 0.10 0.10 0.09 0.09 0.14 0.09 0.09 0.11 0.10 0.10 0.16 0.15 0.12 0.10 0.06 0.10 0.08
N1 0.11 0.09 0.07 0.09 0.09 0.08 0.09 0.14 0.09 0.08 0.09 0.10 0.09 0.12 0.14 0.13 0.08 0.07 0.11 0.07
N2 0.11 0.11 0.10 0.09 0.12 0.09 0.13 0.15 0.12 0.10 0.11 0.14 0.11 0.18 0.14 0.13 0.11 0.16 0.13 0.13
N3 0.10 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.14 0.09 0.08 0.10 0.10 0.10 0.18 0.15 0.11 0.09 0.10 0.11 0.09
N7 0.12 0.11 0.08 0.10 0.11 0.09 0.10 0.15 0.10 0.10 0.12 0.12 0.11 0.14 0.14 0.14 0.10 0.07 0.10 0.09
N9 0.10 0.10 0.09 0.10 0.09 0.09 0.09 0.14 0.09 0.09 0.10 0.10 0.10 0.18 0.16 0.11 0.10 0.07 0.11 0.08
O2' 0.19 0.15 0.16 0.12 0.13 0.15 0.11 0.23 0.12 0.14 0.15 0.15 0.17 0.20 0.07 0.18 0.17 0.08 0.08 0.12
O3' 0.18 0.13 0.15 0.13 0.10 0.15 0.08 0.24 0.09 0.12 0.12 0.11 0.15 0.18 0.09 0.18 0.15 0.06 0.05 0.09
O4' 0.12 0.14 0.14 0.15 0.13 0.13 0.14 0.14 0.14 0.13 0.14 0.12 0.14 0.24 0.20 0.12 0.12 0.10 0.15 0.11
O5' 0.18 0.19 0.17 0.15 0.20 0.16 0.19 0.19 0.18 0.18 0.20 0.20 0.19 0.26 0.16 0.19 0.17 0.15 0.18 0.17
O6 0.14 0.13 0.10 0.12 0.13 0.10 0.13 0.16 0.13 0.12 0.14 0.13 0.12 0.09 0.15 0.18 0.10 0.12 0.15 0.12
OP1 0.16 0.15 0.13 0.11 0.14 0.13 0.13 0.18 0.13 0.13 0.15 0.16 0.15 0.21 0.12 0.17 0.14 0.11 0.09 0.12
OP2 0.22 0.21 0.17 0.15 0.21 0.18 0.20 0.24 0.19 0.20 0.21 0.24 0.21 0.18 0.11 0.24 0.18 0.19 0.12 0.18
P 0.15 0.14 0.11 0.10 0.14 0.11 0.13 0.17 0.12 0.12 0.15 0.16 0.15 0.18 0.11 0.16 0.12 0.10 0.10 0.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.06 0.03 0.02 0.04 0.03 0.06 0.02 0.03 0.01 0.07 0.05 0.20 0.08
C2 0.04 0.00 0.05 0.04 0.01 0.06 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.10 0.03 0.05 0.04 0.08 0.19 0.09
C2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.04 0.02 0.04 0.06 0.04 0.03 0.05 0.05 0.06 0.00 0.03 0.03 0.05 0.07 0.14 0.06
C3' 0.02 0.04 0.01 0.00 0.07 0.01 0.08 0.08 0.08 0.04 0.05 0.08 0.05 0.04 0.02 0.04 0.09 0.11 0.10 0.09
C4 0.02 0.01 0.04 0.07 0.00 0.10 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.07 0.08 0.06 0.06 0.07 0.16 0.06
C4' 0.02 0.06 0.02 0.01 0.10 0.00 0.12 0.00 0.11 0.06 0.07 0.11 0.06 0.11 0.03 0.01 0.02 0.05 0.09 0.03
C5 0.03 0.01 0.04 0.08 0.00 0.12 0.00 0.23 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.04 0.10 0.07 0.07 0.06 0.15 0.06
C5' 0.06 0.16 0.06 0.08 0.21 0.00 0.23 0.00 0.21 0.16 0.19 0.22 0.15 0.11 0.12 0.02 0.03 0.07 0.05 0.03
C6 0.03 0.01 0.04 0.08 0.01 0.11 0.01 0.21 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.03 0.09 0.07 0.05 0.07 0.17 0.07
N1 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.06 0.01 0.16 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.05 0.05 0.05 0.04 0.07 0.19 0.08
N3 0.04 0.01 0.05 0.05 0.01 0.07 0.01 0.19 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.10 0.04 0.06 0.04 0.08 0.17 0.08
N4 0.03 0.03 0.05 0.08 0.01 0.11 0.03 0.22 0.03 0.02 0.03 0.00 0.06 0.08 0.09 0.06 0.08 0.08 0.15 0.06
O2 0.06 0.01 0.06 0.05 0.03 0.06 0.03 0.15 0.03 0.02 0.03 0.06 0.00 0.13 0.03 0.07 0.06 0.09 0.20 0.11
O2' 0.02 0.10 0.00 0.04 0.07 0.11 0.04 0.11 0.03 0.05 0.10 0.08 0.13 0.00 0.06 0.11 0.12 0.14 0.14 0.12
O3' 0.03 0.03 0.03 0.02 0.08 0.03 0.10 0.12 0.09 0.05 0.04 0.09 0.03 0.06 0.00 0.02 0.18 0.19 0.10 0.15
O4' 0.01 0.05 0.03 0.04 0.06 0.01 0.07 0.02 0.07 0.05 0.06 0.06 0.07 0.11 0.02 0.00 0.12 0.06 0.22 0.11
O5' 0.07 0.04 0.05 0.09 0.06 0.02 0.07 0.03 0.05 0.04 0.04 0.08 0.06 0.12 0.18 0.12 0.00 0.04 0.05 0.01
OP1 0.05 0.08 0.07 0.11 0.07 0.05 0.06 0.07 0.07 0.07 0.08 0.08 0.09 0.14 0.19 0.06 0.04 0.00 0.02 0.00
OP2 0.20 0.19 0.14 0.10 0.16 0.09 0.15 0.05 0.17 0.19 0.17 0.15 0.20 0.14 0.10 0.22 0.05 0.02 0.00 0.01
P 0.08 0.09 0.06 0.09 0.06 0.03 0.06 0.03 0.07 0.08 0.08 0.06 0.11 0.12 0.15 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00