ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51354

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 1, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.014, 0.032, 0.050, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.032 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.010, 0.030, 0.049, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.030 std_dev=0.019
C5 A 0, 0.007, 0.029, 0.052, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.029 std_dev=0.023
N3 A 0, 0.015, 0.038, 0.061, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.038 std_dev=0.023
C2 A 0, 0.019, 0.042, 0.065, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.042 std_dev=0.023
C8 A 0, 0.022, 0.046, 0.069, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.046 std_dev=0.024
C6 A 0, 0.002, 0.026, 0.050, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.026 std_dev=0.024
N7 A 0, 0.023, 0.053, 0.082, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.053 std_dev=0.029
N2 A 0, 0.037, 0.068, 0.099, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.068 std_dev=0.031
C1' A 0, 0.016, 0.048, 0.079, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.048 std_dev=0.031
N9 A 0, 0.030, 0.063, 0.096, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.063 std_dev=0.033
O6 A 0, 0.003, 0.085, 0.166, 0.251 max_d=0.251 avg_d=0.085 std_dev=0.082
OP2 B 0, 0.190, 0.379, 0.567, 0.596 max_d=0.596 avg_d=0.379 std_dev=0.189
P B 0, 0.194, 0.485, 0.776, 0.747 max_d=0.747 avg_d=0.485 std_dev=0.291
OP1 B 0, 0.286, 0.580, 0.875, 0.842 max_d=0.842 avg_d=0.580 std_dev=0.295
O4' A 0, 0.090, 0.468, 0.846, 0.995 max_d=0.995 avg_d=0.468 std_dev=0.378
C2' A 0, 0.158, 0.579, 0.999, 1.188 max_d=1.188 avg_d=0.579 std_dev=0.421
O5' B 0, 0.225, 0.775, 1.325, 1.511 max_d=1.511 avg_d=0.775 std_dev=0.550
C3' A 0, 0.204, 0.796, 1.389, 1.621 max_d=1.621 avg_d=0.796 std_dev=0.592
C4' A 0, 0.189, 0.859, 1.528, 1.802 max_d=1.802 avg_d=0.859 std_dev=0.670
O3' A 0, 0.416, 1.256, 2.097, 2.430 max_d=2.430 avg_d=1.256 std_dev=0.840
O2' A 0, 0.133, 1.035, 1.936, 2.289 max_d=2.289 avg_d=1.035 std_dev=0.902
C5' A 0, 0.278, 1.238, 2.198, 2.563 max_d=2.563 avg_d=1.238 std_dev=0.960
C5' B 0, 0.639, 1.649, 2.658, 2.833 max_d=2.833 avg_d=1.649 std_dev=1.009
O5' A 0, 0.035, 1.105, 2.174, 2.637 max_d=2.637 avg_d=1.105 std_dev=1.069
C3' B 0, 0.529, 1.710, 2.891, 3.335 max_d=3.335 avg_d=1.710 std_dev=1.181
O3' B 0, 0.553, 1.770, 2.986, 3.439 max_d=3.439 avg_d=1.770 std_dev=1.217
P A 0, 0.204, 1.488, 2.771, 3.262 max_d=3.262 avg_d=1.488 std_dev=1.283
OP2 A 0, 0.318, 1.608, 2.898, 3.419 max_d=3.419 avg_d=1.608 std_dev=1.290
O2' B 0, 1.151, 2.641, 4.132, 4.470 max_d=4.470 avg_d=2.641 std_dev=1.491
C2' B 0, 0.791, 2.338, 3.885, 4.388 max_d=4.388 avg_d=2.338 std_dev=1.547
OP1 A 0, 0.331, 1.952, 3.573, 4.262 max_d=4.262 avg_d=1.952 std_dev=1.621
C4' B 0, 0.261, 1.910, 3.559, 4.221 max_d=4.221 avg_d=1.910 std_dev=1.649
O4' B 0, 0.196, 2.789, 5.383, 6.465 max_d=6.465 avg_d=2.789 std_dev=2.593
C1' B 0, 0.351, 3.069, 5.787, 6.876 max_d=6.876 avg_d=3.069 std_dev=2.718
N1 B 0, -0.069, 3.353, 6.776, 8.176 max_d=8.176 avg_d=3.353 std_dev=3.423
C6 B 0, 0.025, 3.498, 6.971, 8.450 max_d=8.450 avg_d=3.498 std_dev=3.473
O2 B 0, -0.502, 3.625, 7.753, 9.498 max_d=9.498 avg_d=3.625 std_dev=4.128
C2 B 0, -0.533, 3.702, 7.937, 9.682 max_d=9.682 avg_d=3.702 std_dev=4.235
C5 B 0, -0.383, 4.060, 8.504, 10.380 max_d=10.380 avg_d=4.060 std_dev=4.444
N3 B 0, -0.900, 4.289, 9.479, 11.633 max_d=11.633 avg_d=4.289 std_dev=5.189
C4 B 0, -0.875, 4.487, 9.850, 12.078 max_d=12.078 avg_d=4.487 std_dev=5.362
N4 B 0, -1.196, 5.237, 11.671, 14.340 max_d=14.340 avg_d=5.237 std_dev=6.434

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.08 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.04 0.04 0.04 0.06 0.10 0.08 0.05 0.01 0.01 0.34 0.00 0.04 0.06 0.05 0.12 0.04
C2 0.08 0.00 0.40 0.22 0.03 0.11 0.02 0.12 0.03 0.05 0.02 0.02 0.01 0.03 0.05 0.27 0.25 0.21 0.15 0.05 0.16 0.27 0.18
C2' 0.01 0.40 0.00 0.01 0.19 0.01 0.09 0.16 0.17 0.22 0.31 0.48 0.37 0.13 0.01 0.01 0.05 0.03 0.38 0.13 0.38 0.57 0.43
C3' 0.03 0.22 0.01 0.00 0.22 0.02 0.31 0.03 0.33 0.31 0.29 0.18 0.16 0.34 0.20 0.01 0.01 0.03 0.08 0.36 0.11 0.10 0.09
C4 0.02 0.03 0.19 0.22 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.04 0.01 0.01 0.01 0.09 0.17 0.12 0.21 0.04 0.23 0.28 0.24
C4' 0.02 0.11 0.01 0.02 0.02 0.00 0.10 0.01 0.08 0.26 0.05 0.17 0.12 0.21 0.09 0.29 0.02 0.01 0.02 0.12 0.10 0.05 0.04
C5 0.02 0.02 0.09 0.31 0.01 0.10 0.00 0.14 0.02 0.02 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.33 0.07 0.06 0.35 0.04 0.39 0.44 0.40
C5' 0.04 0.12 0.16 0.03 0.03 0.01 0.14 0.00 0.12 0.33 0.06 0.21 0.14 0.30 0.10 0.12 0.22 0.02 0.01 0.18 0.14 0.04 0.02
C6 0.04 0.03 0.17 0.33 0.03 0.08 0.02 0.12 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.04 0.04 0.24 0.07 0.10 0.35 0.02 0.39 0.48 0.40
C8 0.04 0.05 0.22 0.31 0.02 0.26 0.02 0.33 0.04 0.00 0.05 0.06 0.04 0.01 0.01 0.63 0.13 0.16 0.46 0.08 0.47 0.42 0.48
N1 0.06 0.02 0.31 0.29 0.03 0.05 0.02 0.06 0.01 0.05 0.00 0.05 0.02 0.03 0.04 0.08 0.13 0.16 0.25 0.04 0.27 0.38 0.29
N2 0.10 0.02 0.48 0.18 0.04 0.17 0.04 0.21 0.05 0.06 0.05 0.00 0.02 0.04 0.06 0.47 0.32 0.25 0.09 0.08 0.08 0.23 0.12
N3 0.08 0.01 0.37 0.16 0.01 0.12 0.01 0.14 0.02 0.04 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.29 0.31 0.21 0.10 0.04 0.11 0.20 0.13
N7 0.05 0.03 0.13 0.34 0.01 0.21 0.01 0.30 0.04 0.01 0.03 0.04 0.01 0.00 0.03 0.61 0.15 0.07 0.49 0.08 0.53 0.56 0.54
N9 0.01 0.05 0.01 0.20 0.01 0.09 0.02 0.10 0.04 0.01 0.04 0.06 0.03 0.03 0.00 0.25 0.13 0.01 0.22 0.07 0.24 0.22 0.24
O2' 0.01 0.27 0.01 0.01 0.09 0.29 0.33 0.12 0.24 0.63 0.08 0.47 0.29 0.61 0.25 0.00 0.08 0.18 0.29 0.36 0.28 0.67 0.37
O3' 0.34 0.25 0.05 0.01 0.17 0.02 0.07 0.22 0.07 0.13 0.13 0.32 0.31 0.15 0.13 0.08 0.00 0.18 0.16 0.11 0.25 0.17 0.19
O4' 0.00 0.21 0.03 0.03 0.12 0.01 0.06 0.02 0.10 0.16 0.16 0.25 0.21 0.07 0.01 0.18 0.18 0.00 0.13 0.10 0.21 0.12 0.16
O5' 0.04 0.15 0.38 0.08 0.21 0.02 0.35 0.01 0.35 0.46 0.25 0.09 0.10 0.49 0.22 0.29 0.16 0.13 0.00 0.41 0.02 0.02 0.01
O6 0.06 0.05 0.13 0.36 0.04 0.12 0.04 0.18 0.02 0.08 0.04 0.08 0.04 0.08 0.07 0.36 0.11 0.10 0.41 0.00 0.46 0.54 0.46
OP1 0.05 0.16 0.38 0.11 0.23 0.10 0.39 0.14 0.39 0.47 0.27 0.08 0.11 0.53 0.24 0.28 0.25 0.21 0.02 0.46 0.00 0.01 0.01
OP2 0.12 0.27 0.57 0.10 0.28 0.05 0.44 0.04 0.48 0.42 0.38 0.23 0.20 0.56 0.22 0.67 0.17 0.12 0.02 0.54 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.18 0.43 0.09 0.24 0.04 0.40 0.02 0.40 0.48 0.29 0.12 0.13 0.54 0.24 0.37 0.19 0.16 0.01 0.46 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.79 3.34 1.01 0.65 4.58 0.74 4.03 0.77 3.07 2.76 4.18 5.44 3.01 0.68 0.46 1.53 0.12 0.19 0.12 0.13
C2 1.32 2.52 0.76 0.54 3.51 0.53 3.27 0.63 2.52 2.16 3.13 3.98 2.19 0.50 0.42 1.09 0.10 0.08 0.10 0.14
C2' 1.81 3.21 1.04 0.89 4.36 1.02 3.82 1.06 2.94 2.67 3.99 5.18 2.92 0.83 0.83 1.65 0.31 0.51 0.41 0.42
C3' 1.94 3.47 1.08 0.77 4.59 0.95 3.94 0.98 3.05 2.84 4.30 5.46 3.24 0.79 0.61 1.72 0.20 0.52 0.39 0.39
C4 1.49 2.80 0.83 0.57 3.91 0.61 3.56 0.69 2.71 2.37 3.50 4.57 2.48 0.57 0.43 1.26 0.10 0.16 0.10 0.11
C4' 2.01 3.67 1.19 0.72 4.87 0.82 4.17 0.80 3.22 2.99 4.56 5.81 3.42 0.85 0.42 1.70 0.21 0.19 0.09 0.11
C5 1.26 2.40 0.68 0.51 3.38 0.53 3.11 0.64 2.37 2.04 3.02 3.95 2.10 0.49 0.43 1.07 0.06 0.21 0.10 0.10
C5' 1.94 3.59 1.16 0.70 4.76 0.79 4.07 0.80 3.13 2.91 4.48 5.69 3.35 0.84 0.41 1.62 0.17 0.22 0.10 0.12
C6 0.98 1.96 0.51 0.44 2.81 0.44 2.62 0.58 2.00 1.67 2.48 3.26 1.69 0.39 0.43 0.82 0.07 0.22 0.13 0.12
C8 1.49 2.78 0.81 0.57 3.87 0.62 3.47 0.70 2.65 2.34 3.49 4.56 2.49 0.58 0.44 1.28 0.09 0.23 0.10 0.09
N1 1.00 2.01 0.55 0.45 2.86 0.43 2.69 0.57 2.06 1.72 2.52 3.26 1.72 0.39 0.42 0.83 0.08 0.13 0.12 0.13
N2 1.27 2.48 0.78 0.52 3.38 0.48 3.13 0.55 2.45 2.12 3.06 3.75 2.16 0.49 0.39 1.01 0.15 0.05 0.15 0.19
N3 1.55 2.92 0.90 0.59 4.07 0.63 3.71 0.69 2.83 2.47 3.65 4.71 2.58 0.59 0.43 1.30 0.13 0.10 0.09 0.13
N7 1.29 2.45 0.68 0.51 3.43 0.54 3.12 0.64 2.38 2.06 3.07 4.03 2.16 0.51 0.43 1.10 0.07 0.24 0.10 0.09
N9 1.62 3.01 0.90 0.60 4.18 0.67 3.74 0.73 2.86 2.53 3.78 4.93 2.69 0.63 0.44 1.38 0.11 0.18 0.09 0.10
O2' 2.00 3.45 1.16 0.91 4.64 1.03 4.09 0.96 3.18 2.90 4.25 5.47 3.14 0.91 0.82 1.83 0.19 0.19 0.13 0.14
O3' 2.40 4.00 1.45 0.96 5.04 1.15 4.30 0.96 3.42 3.30 4.83 5.91 3.82 1.15 0.69 2.13 0.45 0.23 0.14 0.15
O4' 1.90 3.54 1.15 0.68 4.79 0.72 4.16 0.71 3.18 2.91 4.43 5.71 3.24 0.81 0.36 1.58 0.30 0.12 0.12 0.15
O5' 1.69 3.23 0.95 0.65 4.37 0.78 3.76 0.91 2.86 2.62 4.07 5.25 2.97 0.69 0.49 1.44 0.21 0.51 0.38 0.38
O6 0.71 1.53 0.35 0.39 2.26 0.41 2.11 0.53 1.58 1.29 1.97 2.65 1.29 0.33 0.44 0.59 0.17 0.32 0.19 0.19
OP1 1.70 3.27 0.96 0.64 4.41 0.78 3.75 0.92 2.85 2.63 4.13 5.31 3.04 0.70 0.48 1.42 0.24 0.58 0.42 0.43
OP2 1.42 2.79 0.78 0.66 3.87 0.82 3.33 1.01 2.50 2.25 3.56 4.68 2.53 0.62 0.62 1.23 0.43 0.77 0.58 0.60
P 1.56 3.08 0.87 0.61 4.22 0.75 3.62 0.92 2.73 2.47 3.91 5.09 2.82 0.63 0.50 1.31 0.28 0.60 0.45 0.46

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.12 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.31 0.01 0.37 0.36 0.53 0.29
C2 0.02 0.00 0.16 0.26 0.03 0.08 0.03 0.16 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.18 0.19 0.08 0.68 0.52 1.11 0.61
C2' 0.00 0.16 0.00 0.01 0.04 0.02 0.12 0.26 0.16 0.02 0.12 0.05 0.28 0.00 0.04 0.02 0.18 0.25 0.21 0.18
C3' 0.01 0.26 0.01 0.00 0.29 0.01 0.25 0.02 0.20 0.18 0.30 0.31 0.26 0.03 0.01 0.01 0.12 0.26 0.26 0.12
C4 0.02 0.03 0.04 0.29 0.00 0.07 0.01 0.17 0.03 0.01 0.01 0.01 0.05 0.32 0.12 0.07 0.86 0.63 1.55 0.82
C4' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.07 0.00 0.05 0.01 0.03 0.04 0.09 0.08 0.09 0.26 0.03 0.01 0.02 0.21 0.22 0.03
C5 0.02 0.03 0.12 0.25 0.01 0.05 0.00 0.16 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.33 0.11 0.05 0.86 0.64 1.51 0.80
C5' 0.12 0.16 0.26 0.02 0.17 0.01 0.16 0.00 0.15 0.13 0.18 0.18 0.16 0.05 0.19 0.02 0.01 0.32 0.34 0.02
C6 0.02 0.02 0.16 0.20 0.03 0.03 0.01 0.15 0.00 0.01 0.04 0.04 0.02 0.28 0.07 0.06 0.77 0.57 1.20 0.67
N1 0.01 0.02 0.02 0.18 0.01 0.04 0.02 0.13 0.01 0.00 0.03 0.02 0.02 0.18 0.12 0.03 0.64 0.48 0.98 0.54
N3 0.02 0.01 0.12 0.30 0.01 0.09 0.02 0.18 0.04 0.03 0.00 0.01 0.05 0.25 0.16 0.08 0.79 0.58 1.37 0.73
N4 0.03 0.02 0.05 0.31 0.01 0.08 0.03 0.18 0.04 0.02 0.01 0.00 0.05 0.35 0.15 0.08 0.89 0.67 1.71 0.88
O2 0.03 0.01 0.28 0.26 0.05 0.09 0.04 0.16 0.02 0.02 0.05 0.05 0.00 0.11 0.33 0.11 0.57 0.47 0.93 0.52
O2' 0.02 0.18 0.00 0.03 0.32 0.26 0.33 0.05 0.28 0.18 0.25 0.35 0.11 0.00 0.04 0.20 0.14 0.13 0.21 0.06
O3' 0.31 0.19 0.04 0.01 0.12 0.03 0.11 0.19 0.07 0.12 0.16 0.15 0.33 0.04 0.00 0.26 0.31 0.62 0.38 0.35
O4' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.07 0.01 0.05 0.02 0.06 0.03 0.08 0.08 0.11 0.20 0.26 0.00 0.34 0.39 0.45 0.27
O5' 0.37 0.68 0.18 0.12 0.86 0.02 0.86 0.01 0.77 0.64 0.79 0.89 0.57 0.14 0.31 0.34 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.36 0.52 0.25 0.26 0.63 0.21 0.64 0.32 0.57 0.48 0.58 0.67 0.47 0.13 0.62 0.39 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.53 1.11 0.21 0.26 1.55 0.22 1.51 0.34 1.20 0.98 1.37 1.71 0.93 0.21 0.38 0.45 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.29 0.61 0.18 0.12 0.82 0.03 0.80 0.02 0.67 0.54 0.73 0.88 0.52 0.06 0.35 0.27 0.01 0.01 0.01 0.00