ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51357

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.008, 0.020, 0.032, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.020 std_dev=0.012
C8 A 0, 0.005, 0.018, 0.031, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.018 std_dev=0.013
N7 A 0, 0.004, 0.017, 0.030, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.017 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.015 std_dev=0.015
N9 A 0, 0.005, 0.021, 0.036, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.021 std_dev=0.016
N3 A 0, 0.014, 0.032, 0.050, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.032 std_dev=0.018
C2 A 0, 0.004, 0.024, 0.045, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.024 std_dev=0.021
N1 A 0, 0.002, 0.024, 0.045, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.024 std_dev=0.022
N2 A 0, 0.021, 0.048, 0.075, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.048 std_dev=0.027
O6 A 0, 0.009, 0.038, 0.066, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.038 std_dev=0.028
C1' A 0, -0.001, 0.028, 0.057, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.028 std_dev=0.029
P B 0, 0.132, 0.299, 0.467, 0.481 max_d=0.481 avg_d=0.299 std_dev=0.167
OP2 B 0, 0.110, 0.318, 0.526, 0.574 max_d=0.574 avg_d=0.318 std_dev=0.208
O3' B 0, 0.170, 0.505, 0.840, 0.806 max_d=0.806 avg_d=0.505 std_dev=0.335
OP1 B 0, 0.162, 0.625, 1.088, 1.375 max_d=1.375 avg_d=0.625 std_dev=0.463
O3' A 0, -0.152, 0.347, 0.846, 1.331 max_d=1.331 avg_d=0.347 std_dev=0.499
O5' B 0, -0.116, 0.523, 1.162, 1.780 max_d=1.780 avg_d=0.523 std_dev=0.639
C5' B 0, -0.291, 0.666, 1.622, 2.566 max_d=2.566 avg_d=0.666 std_dev=0.957
C3' A 0, -0.292, 0.681, 1.654, 2.615 max_d=2.615 avg_d=0.681 std_dev=0.973
O4' A 0, -0.268, 0.711, 1.691, 2.650 max_d=2.650 avg_d=0.711 std_dev=0.979
C2' A 0, -0.311, 0.694, 1.698, 2.690 max_d=2.690 avg_d=0.694 std_dev=1.004
C3' B 0, -0.219, 0.847, 1.912, 2.936 max_d=2.936 avg_d=0.847 std_dev=1.066
C4' A 0, -0.312, 0.895, 2.101, 3.281 max_d=3.281 avg_d=0.895 std_dev=1.206
C4' B 0, -0.485, 0.925, 2.335, 3.734 max_d=3.734 avg_d=0.925 std_dev=1.410
O2' A 0, -0.485, 1.173, 2.830, 4.460 max_d=4.460 avg_d=1.173 std_dev=1.657
C2' B 0, -0.643, 1.437, 3.518, 5.571 max_d=5.571 avg_d=1.437 std_dev=2.081
O2' B 0, -0.589, 1.530, 3.648, 5.733 max_d=5.733 avg_d=1.530 std_dev=2.118
C5' A 0, -0.681, 1.592, 3.865, 6.106 max_d=6.106 avg_d=1.592 std_dev=2.273
O4' B 0, -0.972, 1.411, 3.794, 6.171 max_d=6.171 avg_d=1.411 std_dev=2.383
O5' A 0, -0.807, 1.622, 4.051, 6.453 max_d=6.453 avg_d=1.622 std_dev=2.429
C1' B 0, -1.086, 1.750, 4.585, 7.408 max_d=7.408 avg_d=1.750 std_dev=2.835
C6 B 0, -1.395, 1.771, 4.937, 8.095 max_d=8.095 avg_d=1.771 std_dev=3.166
P A 0, -1.173, 2.215, 5.603, 8.955 max_d=8.955 avg_d=2.215 std_dev=3.388
N1 B 0, -1.373, 2.037, 5.447, 8.847 max_d=8.847 avg_d=2.037 std_dev=3.410
OP2 A 0, -1.185, 2.312, 5.809, 9.262 max_d=9.262 avg_d=2.312 std_dev=3.497
C5 B 0, -1.728, 2.175, 6.078, 9.971 max_d=9.971 avg_d=2.175 std_dev=3.903
OP1 A 0, -1.463, 2.564, 6.592, 10.585 max_d=10.585 avg_d=2.564 std_dev=4.028
C2 B 0, -1.666, 2.679, 7.024, 11.337 max_d=11.337 avg_d=2.679 std_dev=4.345
O2 B 0, -1.586, 2.980, 7.545, 12.038 max_d=12.038 avg_d=2.980 std_dev=4.565
C4 B 0, -2.089, 2.787, 7.662, 12.531 max_d=12.531 avg_d=2.787 std_dev=4.875
N3 B 0, -2.012, 3.028, 8.069, 13.086 max_d=13.086 avg_d=3.028 std_dev=5.040
N4 B 0, -2.448, 3.232, 8.912, 14.583 max_d=14.583 avg_d=3.232 std_dev=5.680

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.06 0.05 0.01 0.06 0.07 0.06 0.01 0.01 0.01 0.10 0.01 0.31 0.05 0.21 0.54 0.32
C2 0.07 0.00 0.47 0.47 0.03 0.34 0.02 0.68 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.28 0.02 0.13 0.34 0.03 0.58 0.32 0.18
C2' 0.00 0.47 0.00 0.01 0.24 0.02 0.07 0.11 0.16 0.28 0.34 0.59 0.48 0.17 0.02 0.00 0.02 0.00 0.62 0.09 0.44 0.87 0.57
C3' 0.02 0.47 0.01 0.00 0.20 0.00 0.06 0.02 0.15 0.26 0.34 0.62 0.45 0.17 0.02 0.01 0.00 0.01 0.33 0.09 0.11 0.35 0.16
C4 0.03 0.03 0.24 0.20 0.00 0.15 0.01 0.25 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.13 0.05 0.07 0.15 0.03 0.12 0.74 0.38
C4' 0.01 0.34 0.02 0.00 0.15 0.00 0.04 0.01 0.09 0.22 0.23 0.45 0.33 0.16 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.13 0.06 0.12
C5 0.03 0.02 0.07 0.06 0.01 0.04 0.00 0.10 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.04 0.09 0.02 0.39 0.02 0.46 1.15 0.74
C5' 0.06 0.68 0.11 0.02 0.25 0.01 0.10 0.00 0.20 0.49 0.48 0.93 0.62 0.37 0.11 0.10 0.04 0.01 0.01 0.11 0.09 0.03 0.01
C6 0.05 0.02 0.16 0.15 0.02 0.09 0.02 0.20 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.09 0.07 0.04 0.23 0.01 0.27 1.03 0.60
C8 0.01 0.02 0.28 0.26 0.00 0.22 0.00 0.49 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.18 0.16 0.09 0.92 0.03 1.06 1.56 1.22
N1 0.06 0.01 0.34 0.34 0.03 0.23 0.02 0.48 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.20 0.03 0.09 0.14 0.02 0.26 0.62 0.22
N2 0.07 0.01 0.59 0.62 0.03 0.45 0.03 0.93 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.03 0.04 0.37 0.06 0.17 0.60 0.04 0.99 0.18 0.48
N3 0.06 0.01 0.48 0.45 0.01 0.33 0.01 0.62 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.28 0.01 0.13 0.28 0.02 0.49 0.31 0.15
N7 0.01 0.02 0.17 0.17 0.01 0.16 0.00 0.37 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.12 0.13 0.05 0.80 0.03 1.01 1.64 1.21
N9 0.01 0.04 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.11 0.03 0.00 0.04 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.10 0.01 0.46 0.04 0.44 0.93 0.63
O2' 0.01 0.28 0.00 0.01 0.13 0.01 0.04 0.10 0.09 0.18 0.20 0.37 0.28 0.12 0.02 0.00 0.04 0.01 0.63 0.06 0.50 0.96 0.59
O3' 0.10 0.02 0.02 0.00 0.05 0.01 0.09 0.04 0.07 0.16 0.03 0.06 0.01 0.13 0.10 0.04 0.00 0.11 0.13 0.09 0.20 0.06 0.18
O4' 0.01 0.13 0.00 0.01 0.07 0.00 0.02 0.01 0.04 0.09 0.09 0.17 0.13 0.05 0.01 0.01 0.11 0.00 0.03 0.03 0.07 0.09 0.03
O5' 0.31 0.34 0.62 0.33 0.15 0.01 0.39 0.01 0.23 0.92 0.14 0.60 0.28 0.80 0.46 0.63 0.13 0.03 0.00 0.34 0.01 0.00 0.01
O6 0.05 0.03 0.09 0.09 0.03 0.04 0.02 0.11 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.03 0.04 0.06 0.09 0.03 0.34 0.00 0.46 1.24 0.79
OP1 0.21 0.58 0.44 0.11 0.12 0.13 0.46 0.09 0.27 1.06 0.26 0.99 0.49 1.01 0.44 0.50 0.20 0.07 0.01 0.46 0.00 0.01 0.00
OP2 0.54 0.32 0.87 0.35 0.74 0.06 1.15 0.03 1.03 1.56 0.62 0.18 0.31 1.64 0.93 0.96 0.06 0.09 0.00 1.24 0.01 0.00 0.00
P 0.32 0.18 0.57 0.16 0.38 0.12 0.74 0.01 0.60 1.22 0.22 0.48 0.15 1.21 0.63 0.59 0.18 0.03 0.01 0.79 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.37 2.86 1.24 0.69 3.91 0.15 3.30 0.37 2.45 2.25 3.64 4.67 2.60 0.79 0.28 0.72 0.33 0.07 0.04 0.03
C2 0.93 1.86 0.86 0.54 2.60 0.10 2.47 0.35 1.90 1.59 2.32 2.92 1.60 0.49 0.24 0.48 0.32 0.05 0.08 0.09
C2' 1.85 3.23 1.77 1.24 4.15 0.65 3.60 0.20 2.84 2.67 3.93 4.79 2.99 1.30 0.72 1.21 0.83 0.39 0.45 0.53
C3' 2.12 3.61 2.09 1.50 4.47 0.84 3.82 0.33 3.06 2.96 4.33 5.11 3.41 1.62 1.00 1.40 0.96 0.42 0.54 0.60
C4 1.25 2.48 1.09 0.64 3.46 0.17 3.09 0.31 2.30 2.04 3.12 4.03 2.20 0.70 0.27 0.70 0.36 0.02 0.06 0.07
C4' 2.26 3.88 2.21 1.56 4.78 0.88 4.01 0.33 3.21 3.15 4.68 5.49 3.70 1.76 1.05 1.48 0.94 0.34 0.49 0.50
C5 1.22 2.34 1.02 0.59 3.27 0.20 2.95 0.24 2.20 1.94 2.94 3.82 2.09 0.68 0.26 0.73 0.37 0.07 0.06 0.07
C5' 3.14 4.78 3.13 2.39 5.47 1.67 4.62 1.01 3.90 3.98 5.52 6.05 4.68 2.74 1.89 2.28 1.54 0.72 0.94 0.97
C6 1.03 1.93 0.85 0.50 2.69 0.18 2.52 0.21 1.90 1.64 2.40 3.09 1.71 0.56 0.24 0.64 0.35 0.13 0.06 0.07
C8 1.42 2.78 1.21 0.68 3.82 0.24 3.29 0.24 2.45 2.24 3.51 4.58 2.53 0.82 0.28 0.84 0.39 0.05 0.06 0.07
N1 0.88 1.69 0.76 0.47 2.37 0.13 2.28 0.27 1.75 1.46 2.09 2.66 1.46 0.47 0.23 0.51 0.33 0.09 0.07 0.08
N2 0.68 1.45 0.69 0.47 2.04 0.15 1.96 0.46 1.53 1.26 1.81 2.26 1.22 0.35 0.22 0.25 0.23 0.12 0.08 0.08
N3 1.13 2.27 1.04 0.63 3.17 0.12 2.88 0.35 2.17 1.89 2.85 3.61 1.99 0.62 0.26 0.58 0.34 0.05 0.08 0.09
N7 1.33 2.55 1.10 0.62 3.52 0.24 3.09 0.21 2.30 2.08 3.21 4.18 2.31 0.76 0.26 0.82 0.38 0.08 0.06 0.07
N9 1.37 2.75 1.20 0.68 3.80 0.19 3.28 0.31 2.44 2.21 3.48 4.52 2.48 0.78 0.28 0.77 0.37 0.03 0.06 0.06
O2' 1.28 2.58 1.16 0.69 3.51 0.20 3.03 0.28 2.28 2.07 3.26 4.15 2.33 0.69 0.15 0.72 0.47 0.27 0.27 0.33
O3' 1.39 2.90 1.34 0.78 3.83 0.15 3.19 0.32 2.40 2.26 3.67 4.54 2.69 0.86 0.31 0.70 0.36 0.10 0.10 0.11
O4' 1.84 3.44 1.73 1.11 4.48 0.51 3.74 0.22 2.87 2.75 4.27 5.28 3.21 1.28 0.63 1.10 0.61 0.13 0.23 0.22
O5' 3.17 4.90 3.07 2.23 5.52 1.58 4.55 0.84 3.83 4.00 5.69 6.15 4.87 2.75 1.68 2.27 1.31 0.39 0.64 0.66
O6 0.94 1.71 0.74 0.43 2.35 0.20 2.19 0.15 1.67 1.46 2.11 2.71 1.53 0.51 0.24 0.63 0.33 0.20 0.05 0.07
OP1 3.98 5.63 4.01 3.06 5.81 2.34 4.83 1.47 4.28 4.65 6.22 6.25 5.83 3.84 2.60 2.98 1.80 0.64 0.96 1.01
OP2 3.09 4.83 2.96 1.99 5.14 1.40 4.06 0.55 3.44 3.80 5.53 5.71 5.01 2.83 1.49 2.12 0.84 0.34 0.12 0.15
P 3.29 5.02 3.25 2.33 5.40 1.65 4.37 0.83 3.74 4.04 5.72 5.96 5.14 3.04 1.85 2.32 1.20 0.18 0.41 0.45

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.18 0.05 0.02
C2 0.02 0.00 0.03 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.04 0.01 0.07 0.50 0.26 0.05
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.07 0.00 0.01 0.00 0.02 0.06 0.10 0.02
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.06 0.03 0.04 0.06 0.06 0.02 0.00 0.01 0.04 0.10 0.08 0.03
C4 0.02 0.01 0.01 0.05 0.00 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.06 0.02 0.11 0.81 0.45 0.10
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.04 0.02 0.03 0.04 0.04 0.05 0.01 0.00 0.01 0.17 0.17 0.01
C5 0.02 0.01 0.03 0.06 0.01 0.05 0.00 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.07 0.02 0.12 0.82 0.46 0.10
C5' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.08 0.00 0.09 0.00 0.07 0.04 0.06 0.09 0.04 0.04 0.01 0.01 0.00 0.32 0.30 0.01
C6 0.02 0.01 0.03 0.06 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.06 0.02 0.10 0.60 0.33 0.06
N1 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.06 0.43 0.21 0.03
N3 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.06 0.04 0.01 0.09 0.67 0.36 0.07
N4 0.02 0.02 0.02 0.06 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.05 0.07 0.02 0.13 0.93 0.51 0.12
O2 0.03 0.00 0.07 0.06 0.01 0.04 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.09 0.06 0.02 0.05 0.39 0.18 0.04
O2' 0.01 0.06 0.00 0.02 0.04 0.05 0.03 0.04 0.03 0.03 0.06 0.05 0.09 0.00 0.02 0.04 0.03 0.10 0.04 0.03
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.06 0.01 0.07 0.01 0.06 0.02 0.04 0.07 0.06 0.02 0.00 0.01 0.06 0.29 0.05 0.05
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.00 0.05 0.08 0.13 0.05
O5' 0.03 0.07 0.02 0.04 0.11 0.01 0.12 0.00 0.10 0.06 0.09 0.13 0.05 0.03 0.06 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.18 0.50 0.06 0.10 0.81 0.17 0.82 0.32 0.60 0.43 0.67 0.93 0.39 0.10 0.29 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.26 0.10 0.08 0.45 0.17 0.46 0.30 0.33 0.21 0.36 0.51 0.18 0.04 0.05 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.02 0.05 0.02 0.03 0.10 0.01 0.10 0.01 0.06 0.03 0.07 0.12 0.04 0.03 0.05 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00