ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51359

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.007, 0.026, 0.045, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.026 std_dev=0.019
C5 A 0, 0.010, 0.036, 0.063, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.036 std_dev=0.026
O6 A 0, 0.015, 0.050, 0.086, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.050 std_dev=0.036
N1 A 0, 0.017, 0.059, 0.100, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.059 std_dev=0.042
C4 A 0, 0.018, 0.062, 0.106, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.062 std_dev=0.044
N7 A 0, 0.022, 0.074, 0.126, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.074 std_dev=0.052
C8 A 0, 0.023, 0.078, 0.134, 0.122 max_d=0.122 avg_d=0.078 std_dev=0.056
N3 A 0, 0.027, 0.092, 0.157, 0.139 max_d=0.139 avg_d=0.092 std_dev=0.065
C2 A 0, 0.027, 0.094, 0.162, 0.152 max_d=0.152 avg_d=0.094 std_dev=0.067
N9 A 0, 0.030, 0.103, 0.175, 0.162 max_d=0.162 avg_d=0.103 std_dev=0.073
C1' A 0, 0.034, 0.115, 0.196, 0.173 max_d=0.173 avg_d=0.115 std_dev=0.081
N2 A 0, 0.063, 0.214, 0.365, 0.330 max_d=0.330 avg_d=0.214 std_dev=0.151
O3' A 0, 0.102, 0.366, 0.629, 0.609 max_d=0.609 avg_d=0.366 std_dev=0.263
OP2 B 0, 0.151, 0.521, 0.891, 0.822 max_d=0.822 avg_d=0.521 std_dev=0.370
P B 0, 0.200, 0.719, 1.238, 1.206 max_d=1.206 avg_d=0.719 std_dev=0.519
C2' A 0, 0.294, 1.007, 1.721, 1.562 max_d=1.562 avg_d=1.007 std_dev=0.713
C3' A 0, 0.324, 1.108, 1.893, 1.713 max_d=1.713 avg_d=1.108 std_dev=0.785
O4' A 0, 0.360, 1.232, 2.104, 1.885 max_d=1.885 avg_d=1.232 std_dev=0.872
OP1 B 0, 0.369, 1.265, 2.160, 1.955 max_d=1.955 avg_d=1.265 std_dev=0.895
O2' A 0, 0.501, 1.717, 2.934, 2.670 max_d=2.670 avg_d=1.717 std_dev=1.217
C4' A 0, 0.543, 1.860, 3.177, 2.872 max_d=2.872 avg_d=1.860 std_dev=1.317
O5' B 0, 0.592, 2.024, 3.455, 3.091 max_d=3.091 avg_d=2.024 std_dev=1.432
O5' A 0, 0.685, 2.367, 4.049, 3.758 max_d=3.758 avg_d=2.367 std_dev=1.682
C5' A 0, 0.892, 3.052, 5.213, 4.699 max_d=4.699 avg_d=3.052 std_dev=2.160
P A 0, 0.938, 3.213, 5.487, 4.957 max_d=4.957 avg_d=3.213 std_dev=2.274
C5' B 0, 0.947, 3.234, 5.521, 4.852 max_d=4.852 avg_d=3.234 std_dev=2.287
OP2 A 0, 0.982, 3.354, 5.725, 5.047 max_d=5.047 avg_d=3.354 std_dev=2.372
OP1 A 0, 1.108, 3.882, 6.656, 6.312 max_d=6.312 avg_d=3.882 std_dev=2.774
C5 B 0, 1.208, 4.140, 7.073, 6.421 max_d=6.421 avg_d=4.140 std_dev=2.933
C6 B 0, 1.351, 4.623, 7.896, 7.118 max_d=7.118 avg_d=4.623 std_dev=3.273
C4' B 0, 1.421, 4.854, 8.286, 7.326 max_d=7.326 avg_d=4.854 std_dev=3.432
N4 B 0, 1.433, 4.910, 8.386, 7.586 max_d=7.586 avg_d=4.910 std_dev=3.477
C4 B 0, 1.557, 5.329, 9.102, 8.198 max_d=8.198 avg_d=5.329 std_dev=3.772
O4' B 0, 1.579, 5.390, 9.201, 8.112 max_d=8.112 avg_d=5.390 std_dev=3.811
C3' B 0, 1.709, 5.836, 9.962, 8.808 max_d=8.808 avg_d=5.836 std_dev=4.127
N1 B 0, 1.813, 6.195, 10.577, 9.435 max_d=9.435 avg_d=6.195 std_dev=4.382
O3' B 0, 1.846, 6.306, 10.766, 9.580 max_d=9.580 avg_d=6.306 std_dev=4.460
C1' B 0, 1.939, 6.620, 11.301, 9.974 max_d=9.974 avg_d=6.620 std_dev=4.681
N3 B 0, 2.006, 6.857, 11.708, 10.457 max_d=10.457 avg_d=6.857 std_dev=4.851
C2' B 0, 2.101, 7.172, 12.244, 10.804 max_d=10.804 avg_d=7.172 std_dev=5.072
C2 B 0, 2.141, 7.314, 12.488, 11.117 max_d=11.117 avg_d=7.314 std_dev=5.173
O2' B 0, 2.372, 8.105, 13.838, 12.345 max_d=12.345 avg_d=8.105 std_dev=5.733
O2 B 0, 2.557, 8.733, 14.910, 13.227 max_d=13.227 avg_d=8.733 std_dev=6.176

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.08 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.07 0.04 0.02 0.06 0.12 0.08 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.24 0.05 0.37 0.18 0.10
C2 0.08 0.00 0.22 0.09 0.02 0.07 0.01 0.24 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.28 0.10 0.22 0.28 0.00 0.08 0.61 0.30
C2' 0.01 0.22 0.00 0.00 0.13 0.01 0.07 0.07 0.10 0.12 0.17 0.24 0.22 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.33 0.07 0.64 0.30 0.39
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.07 0.01 0.06 0.01 0.07 0.01 0.10 0.08 0.08 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.24 0.06 0.70 0.32 0.42
C4 0.04 0.02 0.13 0.07 0.00 0.04 0.01 0.23 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.13 0.04 0.10 0.32 0.03 0.11 0.49 0.26
C4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.04 0.00 0.08 0.01 0.06 0.13 0.05 0.12 0.07 0.13 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.35 0.19 0.09
C5 0.02 0.01 0.07 0.06 0.01 0.08 0.00 0.28 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.09 0.03 0.04 0.39 0.03 0.26 0.63 0.42
C5' 0.07 0.24 0.07 0.01 0.23 0.01 0.28 0.00 0.30 0.22 0.29 0.20 0.20 0.28 0.19 0.06 0.02 0.00 0.01 0.31 0.24 0.26 0.01
C6 0.04 0.01 0.10 0.07 0.02 0.06 0.01 0.30 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.11 0.05 0.09 0.39 0.01 0.34 0.75 0.50
C8 0.02 0.02 0.12 0.01 0.01 0.13 0.02 0.22 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.18 0.02 0.12 0.37 0.04 0.19 0.34 0.26
N1 0.06 0.00 0.17 0.10 0.02 0.05 0.01 0.29 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.20 0.07 0.16 0.34 0.01 0.25 0.73 0.43
N2 0.12 0.00 0.24 0.08 0.03 0.12 0.02 0.20 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.02 0.05 0.35 0.15 0.28 0.26 0.02 0.02 0.59 0.25
N3 0.08 0.01 0.22 0.08 0.01 0.07 0.02 0.20 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.29 0.09 0.21 0.27 0.03 0.09 0.47 0.20
N7 0.01 0.01 0.06 0.03 0.01 0.13 0.01 0.28 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.15 0.02 0.07 0.41 0.04 0.32 0.56 0.44
N9 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.06 0.01 0.19 0.02 0.00 0.02 0.05 0.02 0.01 0.00 0.06 0.01 0.01 0.30 0.04 0.16 0.31 0.14
O2' 0.02 0.28 0.00 0.01 0.13 0.01 0.09 0.06 0.11 0.18 0.20 0.35 0.29 0.15 0.06 0.00 0.04 0.01 0.36 0.10 0.77 0.42 0.49
O3' 0.02 0.10 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.05 0.02 0.07 0.15 0.09 0.02 0.01 0.04 0.00 0.05 0.15 0.05 0.71 0.32 0.37
O4' 0.00 0.22 0.01 0.01 0.10 0.00 0.04 0.00 0.09 0.12 0.16 0.28 0.21 0.07 0.01 0.01 0.05 0.00 0.18 0.08 0.28 0.23 0.06
O5' 0.24 0.28 0.33 0.24 0.32 0.01 0.39 0.01 0.39 0.37 0.34 0.26 0.27 0.41 0.30 0.36 0.15 0.18 0.00 0.42 0.01 0.02 0.01
O6 0.05 0.00 0.07 0.06 0.03 0.07 0.03 0.31 0.01 0.04 0.01 0.02 0.03 0.04 0.04 0.10 0.05 0.08 0.42 0.00 0.45 0.81 0.58
OP1 0.37 0.08 0.64 0.70 0.11 0.35 0.26 0.24 0.34 0.19 0.25 0.02 0.09 0.32 0.16 0.77 0.71 0.28 0.01 0.45 0.00 0.01 0.01
OP2 0.18 0.61 0.30 0.32 0.49 0.19 0.63 0.26 0.75 0.34 0.73 0.59 0.47 0.56 0.31 0.42 0.32 0.23 0.02 0.81 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.30 0.39 0.42 0.26 0.09 0.42 0.01 0.50 0.26 0.43 0.25 0.20 0.44 0.14 0.49 0.37 0.06 0.01 0.58 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.31 0.35 0.44 0.42 0.32 0.28 0.29 0.07 0.29 0.32 0.35 0.32 0.38 0.54 0.56 0.23 0.37 0.10 0.12 0.06
C2 0.34 0.39 0.43 0.44 0.38 0.37 0.35 0.23 0.35 0.37 0.39 0.37 0.41 0.48 0.54 0.28 0.43 0.10 0.19 0.05
C2' 0.33 0.43 0.46 0.50 0.51 0.34 0.48 0.22 0.43 0.40 0.48 0.55 0.41 0.47 0.62 0.25 0.53 0.20 0.43 0.25
C3' 0.32 0.41 0.46 0.48 0.45 0.32 0.42 0.17 0.38 0.37 0.44 0.48 0.41 0.50 0.61 0.24 0.48 0.12 0.32 0.17
C4 0.27 0.29 0.33 0.29 0.29 0.25 0.28 0.07 0.27 0.28 0.30 0.29 0.30 0.42 0.37 0.22 0.40 0.04 0.18 0.09
C4' 0.33 0.36 0.42 0.38 0.34 0.30 0.32 0.11 0.31 0.34 0.36 0.33 0.38 0.52 0.48 0.27 0.42 0.09 0.18 0.13
C5 0.20 0.19 0.22 0.15 0.20 0.16 0.21 0.10 0.21 0.20 0.19 0.19 0.18 0.33 0.16 0.19 0.36 0.06 0.19 0.14
C5' 0.46 0.50 0.49 0.45 0.53 0.44 0.53 0.30 0.51 0.49 0.51 0.54 0.48 0.57 0.48 0.45 0.67 0.38 0.49 0.42
C6 0.17 0.15 0.20 0.18 0.17 0.14 0.18 0.14 0.18 0.16 0.16 0.16 0.14 0.29 0.23 0.18 0.34 0.08 0.19 0.16
C8 0.22 0.21 0.25 0.17 0.21 0.16 0.21 0.09 0.21 0.21 0.21 0.20 0.21 0.38 0.19 0.20 0.36 0.05 0.18 0.12
N1 0.20 0.22 0.20 0.16 0.24 0.20 0.23 0.06 0.23 0.22 0.23 0.23 0.22 0.29 0.17 0.20 0.39 0.04 0.19 0.10
N2 0.47 0.55 0.62 0.66 0.53 0.52 0.48 0.41 0.48 0.51 0.55 0.52 0.57 0.62 0.79 0.37 0.45 0.15 0.21 0.02
N3 0.36 0.41 0.48 0.49 0.40 0.37 0.36 0.20 0.36 0.38 0.42 0.39 0.43 0.54 0.62 0.28 0.42 0.09 0.19 0.04
N7 0.22 0.19 0.26 0.21 0.17 0.17 0.18 0.17 0.19 0.19 0.18 0.16 0.18 0.37 0.26 0.20 0.33 0.09 0.18 0.15
N9 0.26 0.29 0.34 0.29 0.28 0.23 0.27 0.04 0.27 0.28 0.29 0.28 0.30 0.44 0.38 0.22 0.39 0.04 0.17 0.09
O2' 0.31 0.48 0.52 0.60 0.58 0.35 0.54 0.26 0.46 0.43 0.54 0.63 0.45 0.48 0.78 0.20 0.52 0.21 0.48 0.24
O3' 0.28 0.37 0.50 0.51 0.35 0.28 0.29 0.10 0.28 0.32 0.38 0.36 0.41 0.55 0.72 0.15 0.32 0.12 0.09 0.07
O4' 0.28 0.29 0.39 0.31 0.23 0.24 0.20 0.04 0.22 0.27 0.27 0.20 0.33 0.52 0.43 0.22 0.29 0.20 0.04 0.13
O5' 0.27 0.33 0.24 0.27 0.39 0.29 0.39 0.29 0.36 0.33 0.36 0.41 0.32 0.22 0.25 0.30 0.56 0.39 0.47 0.39
O6 0.24 0.21 0.38 0.45 0.19 0.26 0.19 0.29 0.19 0.21 0.21 0.17 0.21 0.41 0.61 0.20 0.27 0.18 0.21 0.23
OP1 0.26 0.30 0.23 0.20 0.41 0.23 0.43 0.14 0.38 0.31 0.35 0.44 0.25 0.30 0.18 0.28 0.63 0.55 0.56 0.49
OP2 0.59 0.64 0.54 0.51 0.80 0.58 0.84 0.53 0.77 0.66 0.70 0.85 0.56 0.59 0.47 0.64 1.06 1.06 1.08 1.00
P 0.41 0.45 0.36 0.33 0.56 0.38 0.58 0.31 0.54 0.47 0.50 0.59 0.40 0.41 0.29 0.44 0.79 0.69 0.73 0.66

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.03 0.00 0.11 0.07 0.14 0.03
C2 0.01 0.00 0.03 0.06 0.02 0.06 0.02 0.16 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.07 0.06 0.01 0.17 0.08 0.13 0.03
C2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.03 0.02 0.07 0.00 0.02 0.01 0.16 0.22 0.09 0.07
C3' 0.02 0.06 0.01 0.00 0.07 0.00 0.08 0.01 0.09 0.07 0.07 0.07 0.08 0.02 0.01 0.00 0.21 0.33 0.06 0.14
C4 0.01 0.02 0.02 0.07 0.00 0.11 0.01 0.25 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.08 0.04 0.22 0.07 0.07 0.01
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.11 0.00 0.13 0.00 0.12 0.07 0.08 0.11 0.05 0.04 0.01 0.01 0.02 0.10 0.19 0.05
C5 0.01 0.02 0.02 0.08 0.01 0.13 0.00 0.26 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.10 0.05 0.22 0.06 0.07 0.01
C5' 0.05 0.16 0.02 0.01 0.25 0.00 0.26 0.00 0.22 0.15 0.21 0.26 0.13 0.04 0.01 0.01 0.01 0.17 0.27 0.01
C6 0.02 0.01 0.04 0.09 0.01 0.12 0.01 0.22 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.10 0.05 0.20 0.07 0.12 0.01
N1 0.01 0.01 0.01 0.07 0.01 0.07 0.01 0.15 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.07 0.02 0.17 0.08 0.13 0.03
N3 0.00 0.01 0.03 0.07 0.01 0.08 0.01 0.21 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.06 0.02 0.20 0.08 0.09 0.01
N4 0.01 0.02 0.02 0.07 0.01 0.11 0.01 0.26 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.08 0.04 0.23 0.07 0.04 0.02
O2 0.04 0.01 0.07 0.08 0.02 0.05 0.03 0.13 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.11 0.07 0.03 0.15 0.08 0.15 0.06
O2' 0.01 0.07 0.00 0.02 0.04 0.04 0.02 0.04 0.03 0.01 0.07 0.05 0.11 0.00 0.02 0.05 0.07 0.16 0.12 0.07
O3' 0.03 0.06 0.02 0.01 0.08 0.01 0.10 0.01 0.10 0.07 0.06 0.08 0.07 0.02 0.00 0.02 0.16 0.39 0.03 0.17
O4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.02 0.04 0.03 0.05 0.02 0.00 0.04 0.01 0.17 0.08
O5' 0.11 0.17 0.16 0.21 0.22 0.02 0.22 0.01 0.20 0.17 0.20 0.23 0.15 0.07 0.16 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.07 0.08 0.22 0.33 0.07 0.10 0.06 0.17 0.07 0.08 0.08 0.07 0.08 0.16 0.39 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.14 0.13 0.09 0.06 0.07 0.19 0.07 0.27 0.12 0.13 0.09 0.04 0.15 0.12 0.03 0.17 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.03 0.03 0.07 0.14 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.06 0.07 0.17 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00