ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51360

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.009, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.000, 0.014, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.000, 0.014, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.000, 0.020, 0.040, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.020
C5 A 0, 0.000, 0.021, 0.041, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.021 std_dev=0.021
O6 A 0, 0.000, 0.022, 0.043, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.022 std_dev=0.022
C1' A 0, 0.000, 0.022, 0.044, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.022
N2 A 0, 0.000, 0.025, 0.050, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.025 std_dev=0.025
N9 A 0, 0.000, 0.029, 0.058, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.029 std_dev=0.029
N7 A 0, 0.000, 0.034, 0.068, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.034 std_dev=0.034
C8 A 0, 0.000, 0.044, 0.088, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.044 std_dev=0.044
O4' A 0, 0.000, 0.073, 0.146, 0.146 max_d=0.146 avg_d=0.073 std_dev=0.073
O5' A 0, 0.000, 0.079, 0.158, 0.158 max_d=0.158 avg_d=0.079 std_dev=0.079
C2' A 0, 0.000, 0.124, 0.248, 0.248 max_d=0.248 avg_d=0.124 std_dev=0.124
C2' B 0, 0.000, 0.135, 0.270, 0.270 max_d=0.270 avg_d=0.135 std_dev=0.135
C4' A 0, 0.000, 0.179, 0.358, 0.358 max_d=0.358 avg_d=0.179 std_dev=0.179
O2' A 0, 0.000, 0.182, 0.365, 0.365 max_d=0.365 avg_d=0.182 std_dev=0.182
O2' B 0, 0.000, 0.209, 0.418, 0.418 max_d=0.418 avg_d=0.209 std_dev=0.209
C5' A 0, 0.000, 0.210, 0.419, 0.419 max_d=0.419 avg_d=0.210 std_dev=0.210
OP1 A 0, 0.000, 0.229, 0.459, 0.459 max_d=0.459 avg_d=0.229 std_dev=0.229
C3' A 0, 0.000, 0.232, 0.464, 0.464 max_d=0.464 avg_d=0.232 std_dev=0.232
C6 B 0, 0.000, 0.244, 0.487, 0.487 max_d=0.487 avg_d=0.244 std_dev=0.244
P A 0, 0.000, 0.250, 0.501, 0.501 max_d=0.501 avg_d=0.250 std_dev=0.250
C5 B 0, 0.000, 0.290, 0.579, 0.579 max_d=0.579 avg_d=0.290 std_dev=0.290
C3' B 0, 0.000, 0.323, 0.645, 0.645 max_d=0.645 avg_d=0.323 std_dev=0.323
OP2 B 0, 0.000, 0.343, 0.685, 0.685 max_d=0.685 avg_d=0.343 std_dev=0.343
N1 B 0, 0.000, 0.362, 0.723, 0.723 max_d=0.723 avg_d=0.362 std_dev=0.362
C1' B 0, 0.000, 0.365, 0.730, 0.730 max_d=0.730 avg_d=0.365 std_dev=0.365
O5' B 0, 0.000, 0.377, 0.754, 0.754 max_d=0.754 avg_d=0.377 std_dev=0.377
O3' A 0, 0.000, 0.403, 0.805, 0.805 max_d=0.805 avg_d=0.403 std_dev=0.403
P B 0, 0.000, 0.450, 0.899, 0.899 max_d=0.899 avg_d=0.450 std_dev=0.450
O4' B 0, 0.000, 0.506, 1.013, 1.013 max_d=1.013 avg_d=0.506 std_dev=0.506
OP2 A 0, 0.000, 0.522, 1.044, 1.044 max_d=1.044 avg_d=0.522 std_dev=0.522
OP1 B 0, 0.000, 0.522, 1.044, 1.044 max_d=1.044 avg_d=0.522 std_dev=0.522
C4' B 0, 0.000, 0.533, 1.066, 1.066 max_d=1.066 avg_d=0.533 std_dev=0.533
O3' B 0, 0.000, 0.534, 1.068, 1.068 max_d=1.068 avg_d=0.534 std_dev=0.534
C4 B 0, 0.000, 0.542, 1.084, 1.084 max_d=1.084 avg_d=0.542 std_dev=0.542
C2 B 0, 0.000, 0.586, 1.172, 1.172 max_d=1.172 avg_d=0.586 std_dev=0.586
N4 B 0, 0.000, 0.663, 1.325, 1.325 max_d=1.325 avg_d=0.663 std_dev=0.663
N3 B 0, 0.000, 0.693, 1.386, 1.386 max_d=1.386 avg_d=0.693 std_dev=0.693
O2 B 0, 0.000, 0.731, 1.461, 1.461 max_d=1.461 avg_d=0.731 std_dev=0.731
C5' B 0, 0.000, 0.764, 1.527, 1.527 max_d=1.527 avg_d=0.764 std_dev=0.764

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.06 0.07 0.02
C2 0.02 0.00 0.08 0.11 0.01 0.06 0.02 0.07 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.08 0.14 0.00 0.03 0.01 0.03 0.14 0.03
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.06 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.09 0.08 0.07 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.08 0.05 0.12 0.00
C3' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.10 0.00 0.12 0.00 0.14 0.06 0.13 0.11 0.09 0.10 0.07 0.02 0.00 0.00 0.01 0.15 0.03 0.14 0.02
C4 0.02 0.01 0.06 0.10 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.11 0.00 0.04 0.01 0.03 0.12 0.02
C4' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.07 0.04 0.07 0.05 0.05 0.05 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.08 0.08 0.06 0.03
C5 0.01 0.02 0.06 0.12 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.05 0.15 0.01 0.04 0.01 0.00 0.15 0.05
C5' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.07 0.01 0.09 0.00 0.09 0.06 0.08 0.06 0.05 0.08 0.05 0.03 0.00 0.01 0.00 0.10 0.03 0.06 0.00
C6 0.02 0.01 0.08 0.14 0.00 0.07 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.18 0.00 0.04 0.00 0.01 0.17 0.06
C8 0.01 0.02 0.01 0.06 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.02 0.04 0.00 0.01 0.12 0.03
N1 0.02 0.00 0.09 0.13 0.00 0.07 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.08 0.17 0.00 0.04 0.00 0.01 0.16 0.05
N2 0.02 0.00 0.08 0.11 0.01 0.05 0.02 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.08 0.13 0.01 0.03 0.01 0.04 0.13 0.02
N3 0.02 0.00 0.07 0.09 0.01 0.05 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.06 0.10 0.00 0.03 0.00 0.04 0.12 0.01
N7 0.00 0.02 0.04 0.10 0.01 0.05 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.02 0.13 0.01 0.04 0.00 0.01 0.16 0.07
N9 0.00 0.01 0.03 0.07 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.00 0.04 0.01 0.05 0.09 0.00
O2' 0.01 0.08 0.00 0.02 0.04 0.02 0.05 0.03 0.07 0.00 0.08 0.08 0.06 0.02 0.01 0.00 0.05 0.01 0.03 0.07 0.07 0.10 0.02
O3' 0.01 0.14 0.01 0.00 0.11 0.01 0.15 0.00 0.18 0.07 0.17 0.13 0.10 0.13 0.06 0.05 0.00 0.01 0.00 0.20 0.04 0.13 0.02
O4' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.08 0.03 0.05
O5' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.00 0.04 0.04 0.04 0.03 0.03 0.04 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00
O6 0.02 0.01 0.08 0.15 0.01 0.08 0.01 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.20 0.00 0.05 0.00 0.03 0.19 0.09
OP1 0.06 0.03 0.05 0.03 0.03 0.08 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.05 0.07 0.04 0.08 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.07 0.14 0.12 0.14 0.12 0.06 0.15 0.06 0.17 0.12 0.16 0.13 0.12 0.16 0.09 0.10 0.13 0.03 0.01 0.19 0.02 0.00 0.01
P 0.02 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.05 0.00 0.06 0.03 0.05 0.02 0.01 0.07 0.00 0.02 0.02 0.05 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.15 0.37 0.06 0.04 0.36 0.02 0.18 0.03 0.14 0.22 0.46 0.44 0.43 0.04 0.09 0.03 0.04 0.16 0.03 0.02
C2 0.10 0.31 0.07 0.01 0.33 0.03 0.17 0.04 0.11 0.17 0.38 0.38 0.34 0.05 0.01 0.03 0.03 0.11 0.00 0.02
C2' 0.13 0.32 0.02 0.06 0.30 0.03 0.12 0.02 0.10 0.18 0.39 0.37 0.38 0.02 0.11 0.03 0.02 0.17 0.00 0.03
C3' 0.10 0.28 0.00 0.08 0.26 0.05 0.09 0.04 0.06 0.15 0.35 0.33 0.34 0.00 0.12 0.00 0.02 0.20 0.04 0.07
C4 0.13 0.36 0.08 0.01 0.39 0.01 0.21 0.03 0.14 0.21 0.44 0.47 0.40 0.06 0.01 0.01 0.04 0.12 0.03 0.01
C4' 0.13 0.33 0.04 0.05 0.30 0.03 0.13 0.03 0.10 0.19 0.39 0.36 0.39 0.03 0.10 0.02 0.01 0.17 0.01 0.05
C5 0.11 0.33 0.09 0.03 0.37 0.02 0.21 0.03 0.13 0.19 0.41 0.46 0.36 0.06 0.04 0.02 0.03 0.10 0.01 0.02
C5' 0.11 0.32 0.03 0.05 0.30 0.04 0.13 0.05 0.09 0.17 0.39 0.37 0.38 0.02 0.09 0.00 0.01 0.18 0.03 0.07
C6 0.07 0.27 0.07 0.03 0.32 0.03 0.18 0.05 0.10 0.15 0.35 0.40 0.30 0.05 0.07 0.06 0.00 0.08 0.02 0.04
C8 0.14 0.37 0.09 0.01 0.40 0.01 0.23 0.02 0.16 0.23 0.46 0.49 0.41 0.07 0.01 0.02 0.04 0.12 0.04 0.01
N1 0.06 0.26 0.07 0.03 0.30 0.04 0.16 0.05 0.08 0.14 0.33 0.36 0.29 0.05 0.07 0.07 0.00 0.09 0.03 0.04
N2 0.10 0.29 0.07 0.01 0.29 0.03 0.14 0.03 0.10 0.17 0.34 0.29 0.32 0.05 0.01 0.02 0.04 0.10 0.01 0.00
N3 0.14 0.36 0.08 0.00 0.38 0.02 0.20 0.03 0.14 0.21 0.44 0.45 0.40 0.06 0.03 0.01 0.05 0.13 0.03 0.01
N7 0.12 0.34 0.09 0.03 0.38 0.01 0.22 0.03 0.14 0.20 0.43 0.48 0.38 0.07 0.03 0.01 0.03 0.10 0.03 0.02
N9 0.15 0.38 0.09 0.00 0.40 0.01 0.22 0.02 0.16 0.23 0.47 0.49 0.43 0.06 0.03 0.03 0.05 0.13 0.04 0.01
O2' 0.13 0.30 0.01 0.08 0.23 0.03 0.07 0.02 0.07 0.17 0.35 0.26 0.37 0.00 0.15 0.03 0.01 0.18 0.01 0.04
O3' 0.09 0.24 0.01 0.09 0.19 0.05 0.03 0.03 0.02 0.12 0.29 0.23 0.31 0.01 0.13 0.00 0.04 0.21 0.08 0.10
O4' 0.16 0.37 0.07 0.03 0.35 0.02 0.18 0.03 0.14 0.23 0.45 0.42 0.44 0.05 0.08 0.04 0.05 0.14 0.04 0.01
O5' 0.13 0.35 0.05 0.04 0.34 0.04 0.17 0.05 0.12 0.20 0.43 0.42 0.41 0.03 0.07 0.00 0.01 0.16 0.00 0.05
O6 0.04 0.24 0.07 0.05 0.28 0.04 0.16 0.06 0.07 0.12 0.31 0.37 0.26 0.05 0.11 0.09 0.02 0.04 0.04 0.06
OP1 0.11 0.30 0.02 0.05 0.29 0.04 0.15 0.03 0.11 0.17 0.36 0.36 0.35 0.00 0.09 0.00 0.03 0.12 0.05 0.01
OP2 0.28 0.50 0.20 0.12 0.54 0.13 0.40 0.13 0.32 0.37 0.58 0.63 0.53 0.17 0.08 0.17 0.20 0.03 0.24 0.16
P 0.16 0.37 0.08 0.00 0.38 0.00 0.23 0.01 0.17 0.23 0.44 0.46 0.41 0.05 0.04 0.05 0.08 0.08 0.10 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03
C2 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.03 0.00 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.01 0.01 0.14 0.11 0.15 0.16
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.05 0.00 0.03 0.02 0.01 0.03 0.05 0.07 0.01 0.01 0.02 0.00 0.07 0.03 0.04 0.07
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.11 0.03 0.06 0.10
C4 0.00 0.00 0.05 0.01 0.00 0.05 0.01 0.17 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.00 0.02 0.19 0.15 0.23 0.22
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.07 0.04 0.04 0.06 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.00 0.02
C5 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.07 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.02 0.17 0.12 0.19 0.20
C5' 0.04 0.11 0.02 0.01 0.17 0.00 0.19 0.00 0.17 0.11 0.14 0.18 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.10 0.03 0.01
C6 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.17 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.12 0.06 0.09 0.13
N1 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.04 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.10 0.05 0.08 0.11
N3 0.00 0.00 0.05 0.01 0.00 0.04 0.00 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.01 0.01 0.18 0.15 0.21 0.21
N4 0.00 0.01 0.07 0.00 0.00 0.06 0.01 0.18 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.08 0.01 0.02 0.20 0.18 0.29 0.26
O2 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.09 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.07 0.01 0.02 0.13 0.11 0.14 0.15
O2' 0.00 0.07 0.01 0.00 0.07 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.08 0.08 0.07 0.00 0.05 0.04 0.06 0.02 0.03 0.06
O3' 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.01 0.15 0.11 0.12 0.16
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.00 0.08 0.11 0.08 0.06
O5' 0.02 0.14 0.07 0.11 0.19 0.01 0.17 0.00 0.12 0.10 0.18 0.20 0.13 0.06 0.15 0.08 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.02 0.11 0.03 0.03 0.15 0.05 0.12 0.10 0.06 0.05 0.15 0.18 0.11 0.02 0.11 0.11 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.00 0.15 0.04 0.06 0.23 0.00 0.19 0.03 0.09 0.08 0.21 0.29 0.14 0.03 0.12 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.16 0.07 0.10 0.22 0.02 0.20 0.01 0.13 0.11 0.21 0.26 0.15 0.06 0.16 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00