ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51362

back

Distances from reference structure (by RMSD)

5, 27, 17, 12, 3, 3, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.010, 0.016, 0.022, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.016 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.007, 0.017, 0.028, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.017 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.008, 0.019, 0.030, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.019 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.002, 0.013, 0.024, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.013 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.012, 0.024, 0.036, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.024 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.006, 0.018, 0.031, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.018 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.011, 0.023, 0.036, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.023 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.020, 0.033, 0.047, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.033 std_dev=0.014
O6 A 0, 0.025, 0.047, 0.068, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.047 std_dev=0.021
N2 A 0, 0.006, 0.029, 0.053, 0.133 max_d=0.133 avg_d=0.029 std_dev=0.023
N7 A 0, 0.026, 0.050, 0.074, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.050 std_dev=0.024
C8 A 0, 0.028, 0.056, 0.084, 0.142 max_d=0.142 avg_d=0.056 std_dev=0.028
P B 0, 0.086, 0.233, 0.379, 0.721 max_d=0.721 avg_d=0.233 std_dev=0.147
OP1 B 0, 0.109, 0.256, 0.403, 0.772 max_d=0.772 avg_d=0.256 std_dev=0.147
O4' A 0, -0.006, 0.185, 0.376, 0.858 max_d=0.858 avg_d=0.185 std_dev=0.191
C2' A 0, -0.043, 0.167, 0.377, 0.887 max_d=0.887 avg_d=0.167 std_dev=0.210
OP2 B 0, 0.082, 0.306, 0.529, 1.150 max_d=1.150 avg_d=0.306 std_dev=0.224
C4' A 0, -0.016, 0.240, 0.495, 1.114 max_d=1.114 avg_d=0.240 std_dev=0.255
O5' B 0, 0.118, 0.409, 0.699, 1.187 max_d=1.187 avg_d=0.409 std_dev=0.290
C5' B 0, 0.006, 0.399, 0.792, 1.646 max_d=1.646 avg_d=0.399 std_dev=0.393
O5' A 0, -0.004, 0.438, 0.880, 1.642 max_d=1.642 avg_d=0.438 std_dev=0.442
O2' A 0, -0.158, 0.339, 0.835, 1.885 max_d=1.885 avg_d=0.339 std_dev=0.496
C3' A 0, -0.163, 0.347, 0.857, 1.881 max_d=1.881 avg_d=0.347 std_dev=0.510
O4' B 0, -0.039, 0.476, 0.991, 2.017 max_d=2.017 avg_d=0.476 std_dev=0.515
C5' A 0, -0.218, 0.478, 1.174, 2.680 max_d=2.680 avg_d=0.478 std_dev=0.696
P A 0, -0.198, 0.536, 1.270, 2.740 max_d=2.740 avg_d=0.536 std_dev=0.734
OP2 A 0, -0.120, 0.732, 1.584, 3.182 max_d=3.182 avg_d=0.732 std_dev=0.852
C4' B 0, -0.298, 0.580, 1.458, 3.273 max_d=3.273 avg_d=0.580 std_dev=0.878
OP1 A 0, -0.252, 0.635, 1.523, 3.411 max_d=3.411 avg_d=0.635 std_dev=0.888
O3' A 0, -0.393, 0.536, 1.465, 3.252 max_d=3.252 avg_d=0.536 std_dev=0.929
C1' B 0, -0.282, 0.651, 1.585, 3.640 max_d=3.640 avg_d=0.651 std_dev=0.934
C2 B 0, -0.131, 0.809, 1.750, 3.582 max_d=3.582 avg_d=0.809 std_dev=0.940
N3 B 0, -0.187, 0.772, 1.730, 3.676 max_d=3.676 avg_d=0.772 std_dev=0.959
C4 B 0, -0.237, 0.734, 1.705, 3.928 max_d=3.928 avg_d=0.734 std_dev=0.971
N1 B 0, -0.164, 0.836, 1.835, 4.136 max_d=4.136 avg_d=0.836 std_dev=0.999
N9 B 0, -0.316, 0.706, 1.727, 4.066 max_d=4.066 avg_d=0.706 std_dev=1.021
N2 B 0, -0.240, 0.979, 2.197, 4.677 max_d=4.677 avg_d=0.979 std_dev=1.219
C5 B 0, -0.475, 0.892, 2.259, 5.355 max_d=5.355 avg_d=0.892 std_dev=1.367
C6 B 0, -0.453, 0.960, 2.374, 5.639 max_d=5.639 avg_d=0.960 std_dev=1.413
C2' B 0, -0.635, 0.841, 2.317, 5.343 max_d=5.343 avg_d=0.841 std_dev=1.476
C8 B 0, -0.635, 0.876, 2.387, 5.636 max_d=5.636 avg_d=0.876 std_dev=1.511
C3' B 0, -0.750, 0.842, 2.434, 5.568 max_d=5.568 avg_d=0.842 std_dev=1.592
O2' B 0, -0.703, 0.919, 2.541, 5.873 max_d=5.873 avg_d=0.919 std_dev=1.622
N7 B 0, -0.795, 1.022, 2.839, 6.718 max_d=6.718 avg_d=1.022 std_dev=1.817
O6 B 0, -0.725, 1.163, 3.052, 7.326 max_d=7.326 avg_d=1.163 std_dev=1.889
O3' B 0, -1.151, 1.052, 3.255, 7.542 max_d=7.542 avg_d=1.052 std_dev=2.203

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.21 0.00 0.10 0.02 0.10 0.52 0.18
C2 0.03 0.00 0.15 0.09 0.01 0.07 0.01 0.27 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.45 0.22 0.03 0.23 0.01 0.30 0.60 0.28
C2' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.07 0.01 0.04 0.19 0.06 0.07 0.11 0.19 0.15 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01 0.10 0.05 0.10 0.49 0.16
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.10 0.00 0.20 0.01 0.18 0.31 0.09 0.16 0.09 0.31 0.16 0.02 0.01 0.01 0.27 0.23 0.28 0.22 0.21
C4 0.01 0.01 0.07 0.10 0.00 0.04 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.28 0.10 0.02 0.22 0.01 0.22 0.56 0.23
C4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.10 0.05 0.10 0.07 0.09 0.04 0.21 0.02 0.00 0.02 0.07 0.11 0.31 0.07
C5 0.01 0.01 0.04 0.20 0.00 0.05 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.24 0.07 0.02 0.27 0.01 0.24 0.50 0.22
C5' 0.11 0.27 0.19 0.01 0.21 0.01 0.20 0.00 0.22 0.16 0.26 0.30 0.25 0.17 0.15 0.04 0.16 0.02 0.01 0.22 0.12 0.26 0.01
C6 0.02 0.01 0.06 0.18 0.01 0.05 0.01 0.22 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.32 0.07 0.02 0.29 0.00 0.28 0.48 0.24
C8 0.01 0.02 0.07 0.31 0.01 0.10 0.01 0.16 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.05 0.15 0.04 0.27 0.02 0.15 0.47 0.17
N1 0.03 0.00 0.11 0.09 0.01 0.05 0.01 0.26 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.41 0.12 0.02 0.26 0.01 0.31 0.55 0.27
N2 0.04 0.01 0.19 0.16 0.01 0.10 0.01 0.30 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.51 0.32 0.04 0.22 0.02 0.33 0.63 0.31
N3 0.03 0.01 0.15 0.09 0.00 0.07 0.01 0.25 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.42 0.24 0.03 0.20 0.01 0.26 0.60 0.27
N7 0.01 0.02 0.05 0.31 0.01 0.09 0.01 0.17 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.13 0.17 0.04 0.30 0.02 0.20 0.43 0.19
N9 0.00 0.02 0.01 0.16 0.01 0.04 0.01 0.15 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.12 0.05 0.02 0.20 0.02 0.16 0.54 0.20
O2' 0.02 0.45 0.00 0.02 0.28 0.21 0.24 0.04 0.32 0.05 0.41 0.51 0.42 0.13 0.12 0.00 0.05 0.16 0.17 0.30 0.15 0.47 0.10
O3' 0.21 0.22 0.02 0.01 0.10 0.02 0.07 0.16 0.07 0.15 0.12 0.32 0.24 0.17 0.05 0.05 0.00 0.20 0.31 0.11 0.55 0.30 0.35
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.04 0.02 0.04 0.03 0.04 0.02 0.16 0.20 0.00 0.09 0.03 0.11 0.49 0.20
O5' 0.10 0.23 0.10 0.27 0.22 0.02 0.27 0.01 0.29 0.27 0.26 0.22 0.20 0.30 0.20 0.17 0.31 0.09 0.00 0.32 0.02 0.02 0.00
O6 0.02 0.01 0.05 0.23 0.01 0.07 0.01 0.22 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.30 0.11 0.03 0.32 0.00 0.28 0.41 0.23
OP1 0.10 0.30 0.10 0.28 0.22 0.11 0.24 0.12 0.28 0.15 0.31 0.33 0.26 0.20 0.16 0.15 0.55 0.11 0.02 0.28 0.00 0.01 0.01
OP2 0.52 0.60 0.49 0.22 0.56 0.31 0.50 0.26 0.48 0.47 0.55 0.63 0.60 0.43 0.54 0.47 0.30 0.49 0.02 0.41 0.01 0.00 0.01
P 0.18 0.28 0.16 0.21 0.23 0.07 0.22 0.01 0.24 0.17 0.27 0.31 0.27 0.19 0.20 0.10 0.35 0.20 0.00 0.23 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.23 0.43 0.27 0.11 0.42 0.14 0.54 0.14 0.60 0.47 0.54 0.40 0.37 0.58 0.37 0.14 0.68 0.12 0.18 0.69 0.08 0.12 0.09
C2 0.13 0.40 0.12 0.32 0.27 0.21 0.29 0.16 0.38 0.14 0.42 0.45 0.33 0.21 0.17 0.28 0.87 0.14 0.19 0.41 0.11 0.13 0.10
C2' 0.12 0.27 0.13 0.24 0.22 0.23 0.28 0.14 0.34 0.20 0.32 0.28 0.22 0.28 0.16 0.25 0.84 0.14 0.17 0.41 0.08 0.24 0.09
C3' 0.24 0.36 0.28 0.10 0.34 0.11 0.40 0.20 0.44 0.36 0.41 0.35 0.32 0.41 0.31 0.13 0.59 0.16 0.21 0.49 0.14 0.14 0.14
C4 0.24 0.48 0.31 0.10 0.41 0.10 0.46 0.15 0.52 0.35 0.52 0.49 0.42 0.42 0.33 0.13 0.52 0.14 0.18 0.57 0.07 0.11 0.09
C4' 0.34 0.48 0.43 0.17 0.49 0.12 0.59 0.18 0.64 0.55 0.57 0.44 0.43 0.64 0.46 0.22 0.47 0.18 0.20 0.72 0.08 0.17 0.10
C5 0.36 0.56 0.51 0.32 0.48 0.17 0.48 0.20 0.53 0.36 0.57 0.59 0.52 0.41 0.40 0.28 0.17 0.20 0.20 0.54 0.08 0.10 0.11
C5' 0.39 0.48 0.54 0.29 0.48 0.18 0.54 0.19 0.57 0.51 0.53 0.46 0.45 0.56 0.46 0.39 0.31 0.21 0.21 0.62 0.28 0.39 0.23
C6 0.34 0.57 0.49 0.33 0.44 0.21 0.39 0.21 0.46 0.24 0.54 0.64 0.53 0.28 0.34 0.26 0.12 0.21 0.21 0.44 0.09 0.10 0.12
C8 0.41 0.57 0.59 0.39 0.54 0.18 0.59 0.21 0.63 0.52 0.62 0.57 0.53 0.58 0.49 0.37 0.14 0.21 0.21 0.67 0.08 0.10 0.11
N1 0.18 0.48 0.22 0.09 0.32 0.10 0.29 0.14 0.38 0.12 0.46 0.56 0.42 0.17 0.20 0.11 0.50 0.14 0.17 0.37 0.07 0.10 0.10
N2 0.21 0.33 0.30 0.61 0.19 0.35 0.21 0.23 0.30 0.17 0.35 0.38 0.25 0.15 0.16 0.51 1.18 0.21 0.23 0.33 0.16 0.17 0.13
N3 0.15 0.40 0.14 0.26 0.32 0.20 0.38 0.15 0.46 0.24 0.46 0.42 0.34 0.34 0.23 0.24 0.86 0.14 0.19 0.51 0.09 0.13 0.09
N7 0.47 0.62 0.69 0.52 0.56 0.26 0.56 0.25 0.61 0.48 0.63 0.64 0.58 0.52 0.50 0.47 0.14 0.25 0.23 0.62 0.09 0.10 0.13
N9 0.29 0.49 0.38 0.15 0.46 0.10 0.53 0.16 0.59 0.45 0.56 0.48 0.44 0.53 0.40 0.17 0.46 0.15 0.19 0.65 0.07 0.11 0.10
O2' 0.41 0.26 0.45 0.73 0.24 0.63 0.15 0.44 0.13 0.21 0.18 0.30 0.30 0.14 0.29 0.69 1.39 0.47 0.43 0.14 0.37 0.60 0.41
O3' 0.17 0.13 0.18 0.37 0.09 0.33 0.11 0.16 0.14 0.09 0.12 0.17 0.13 0.14 0.09 0.44 1.00 0.22 0.17 0.21 0.08 0.24 0.08
O4' 0.38 0.56 0.47 0.20 0.58 0.12 0.71 0.19 0.77 0.67 0.68 0.50 0.50 0.78 0.54 0.24 0.46 0.20 0.22 0.87 0.08 0.11 0.11
O5' 0.67 0.76 0.85 0.64 0.75 0.43 0.79 0.44 0.82 0.76 0.80 0.75 0.73 0.79 0.73 0.69 0.27 0.46 0.41 0.85 0.28 0.27 0.30
O6 0.44 0.64 0.67 0.59 0.49 0.38 0.39 0.30 0.45 0.23 0.57 0.74 0.62 0.25 0.39 0.45 0.33 0.29 0.25 0.40 0.14 0.13 0.16
OP1 0.49 0.53 0.76 0.54 0.51 0.25 0.52 0.20 0.53 0.49 0.53 0.54 0.52 0.50 0.50 0.65 0.21 0.24 0.18 0.54 0.38 0.44 0.28
OP2 0.42 0.43 0.69 0.53 0.40 0.28 0.36 0.24 0.37 0.34 0.40 0.45 0.43 0.32 0.39 0.61 0.32 0.25 0.28 0.35 0.56 0.58 0.42
P 0.52 0.57 0.79 0.58 0.56 0.25 0.56 0.19 0.58 0.54 0.58 0.57 0.56 0.55 0.54 0.67 0.23 0.25 0.15 0.59 0.32 0.35 0.20

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.18 0.00 0.09 0.02 0.08 0.14 0.08
C2 0.03 0.00 0.33 0.20 0.01 0.23 0.01 0.36 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.28 0.10 0.38 0.38 0.02 0.42 0.49 0.42
C2' 0.00 0.33 0.00 0.00 0.17 0.02 0.09 0.14 0.16 0.16 0.27 0.40 0.31 0.07 0.02 0.00 0.02 0.01 0.10 0.12 0.09 0.21 0.07
C3' 0.01 0.20 0.00 0.00 0.20 0.01 0.26 0.02 0.28 0.24 0.25 0.18 0.16 0.28 0.17 0.02 0.01 0.02 0.28 0.30 0.23 0.32 0.17
C4 0.01 0.01 0.17 0.20 0.00 0.08 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.06 0.21 0.09 0.01 0.11 0.16 0.09
C4' 0.01 0.23 0.02 0.01 0.08 0.00 0.03 0.01 0.06 0.21 0.16 0.31 0.22 0.16 0.05 0.23 0.02 0.00 0.01 0.04 0.07 0.12 0.10
C5 0.01 0.01 0.09 0.26 0.00 0.03 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.11 0.14 0.11 0.15 0.01 0.15 0.42 0.28
C5' 0.07 0.36 0.14 0.02 0.18 0.01 0.10 0.00 0.17 0.19 0.29 0.45 0.33 0.13 0.04 0.09 0.16 0.01 0.01 0.14 0.10 0.02 0.02
C6 0.02 0.01 0.16 0.28 0.01 0.06 0.01 0.17 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.17 0.18 0.09 0.01 0.13 0.28 0.16
C8 0.01 0.01 0.16 0.24 0.01 0.21 0.01 0.19 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.36 0.14 0.19 0.55 0.03 0.50 0.90 0.71
N1 0.02 0.00 0.27 0.25 0.01 0.16 0.01 0.29 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.13 0.30 0.25 0.01 0.30 0.26 0.22
N2 0.03 0.01 0.40 0.18 0.01 0.31 0.01 0.45 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.41 0.14 0.44 0.54 0.02 0.61 0.79 0.65
N3 0.02 0.01 0.31 0.16 0.01 0.22 0.01 0.33 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.27 0.10 0.37 0.33 0.01 0.35 0.43 0.36
N7 0.01 0.01 0.07 0.28 0.01 0.16 0.00 0.13 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.30 0.20 0.09 0.46 0.03 0.45 0.92 0.68
N9 0.01 0.01 0.02 0.17 0.01 0.05 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.13 0.04 0.02 0.19 0.02 0.17 0.35 0.25
O2' 0.02 0.28 0.00 0.02 0.05 0.23 0.11 0.09 0.05 0.36 0.15 0.41 0.27 0.30 0.13 0.00 0.06 0.15 0.21 0.10 0.22 0.23 0.15
O3' 0.18 0.10 0.02 0.01 0.06 0.02 0.14 0.16 0.17 0.14 0.13 0.14 0.10 0.20 0.04 0.06 0.00 0.14 0.33 0.21 0.43 0.34 0.22
O4' 0.00 0.38 0.01 0.02 0.21 0.00 0.11 0.01 0.18 0.19 0.30 0.44 0.37 0.09 0.02 0.15 0.14 0.00 0.06 0.14 0.06 0.17 0.09
O5' 0.09 0.38 0.10 0.28 0.09 0.01 0.15 0.01 0.09 0.55 0.25 0.54 0.33 0.46 0.19 0.21 0.33 0.06 0.00 0.12 0.02 0.03 0.00
O6 0.02 0.02 0.12 0.30 0.01 0.04 0.01 0.14 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.10 0.21 0.14 0.12 0.00 0.15 0.45 0.29
OP1 0.08 0.42 0.09 0.23 0.11 0.07 0.15 0.10 0.13 0.50 0.30 0.61 0.35 0.45 0.17 0.22 0.43 0.06 0.02 0.15 0.00 0.01 0.01
OP2 0.14 0.49 0.21 0.32 0.16 0.12 0.42 0.02 0.28 0.90 0.26 0.79 0.43 0.92 0.35 0.23 0.34 0.17 0.03 0.45 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.42 0.07 0.17 0.09 0.10 0.28 0.02 0.16 0.71 0.22 0.65 0.36 0.68 0.25 0.15 0.22 0.09 0.00 0.29 0.01 0.01 0.00