ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51363

back

Distances from reference structure (by RMSD)

5, 14, 13, 13, 4, 1, 0, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.009, 0.017, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.009 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.006, 0.017, 0.028, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.017 std_dev=0.011
N9 A 0, 0.007, 0.020, 0.033, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.020 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.003, 0.016, 0.030, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.016 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.002, 0.016, 0.030, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.016 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.000, 0.016, 0.032, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.017 std_dev=0.017
N3 A 0, 0.003, 0.020, 0.036, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.020 std_dev=0.017
C8 A 0, 0.013, 0.037, 0.061, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.037 std_dev=0.024
N7 A 0, 0.013, 0.039, 0.065, 0.132 max_d=0.132 avg_d=0.039 std_dev=0.026
N2 A 0, 0.009, 0.036, 0.063, 0.141 max_d=0.141 avg_d=0.036 std_dev=0.027
O6 A 0, 0.010, 0.038, 0.066, 0.147 max_d=0.147 avg_d=0.038 std_dev=0.028
O4' A 0, -0.007, 0.114, 0.235, 0.587 max_d=0.587 avg_d=0.114 std_dev=0.121
C2' A 0, -0.002, 0.132, 0.266, 0.572 max_d=0.572 avg_d=0.132 std_dev=0.134
O2' A 0, 0.028, 0.175, 0.322, 0.677 max_d=0.677 avg_d=0.175 std_dev=0.147
O5' B 0, 0.100, 0.253, 0.407, 0.729 max_d=0.729 avg_d=0.253 std_dev=0.154
P A 0, 0.047, 0.205, 0.363, 0.633 max_d=0.633 avg_d=0.205 std_dev=0.158
C3' B 0, 0.085, 0.252, 0.418, 0.835 max_d=0.835 avg_d=0.252 std_dev=0.167
C1' B 0, 0.140, 0.314, 0.488, 0.805 max_d=0.805 avg_d=0.314 std_dev=0.174
OP2 B 0, 0.095, 0.270, 0.445, 0.730 max_d=0.730 avg_d=0.270 std_dev=0.175
P B 0, 0.098, 0.274, 0.450, 0.803 max_d=0.803 avg_d=0.274 std_dev=0.176
C5' B 0, 0.123, 0.299, 0.475, 0.891 max_d=0.891 avg_d=0.299 std_dev=0.176
C4' B 0, 0.115, 0.292, 0.470, 0.922 max_d=0.922 avg_d=0.292 std_dev=0.178
OP2 A 0, 0.052, 0.231, 0.410, 0.775 max_d=0.775 avg_d=0.231 std_dev=0.179
O4' B 0, 0.137, 0.326, 0.515, 0.884 max_d=0.884 avg_d=0.326 std_dev=0.189
OP1 A 0, 0.070, 0.262, 0.454, 0.849 max_d=0.849 avg_d=0.262 std_dev=0.192
N9 B 0, 0.148, 0.341, 0.534, 1.123 max_d=1.123 avg_d=0.341 std_dev=0.193
O5' A 0, 0.039, 0.236, 0.433, 0.992 max_d=0.992 avg_d=0.236 std_dev=0.197
OP1 B 0, 0.108, 0.306, 0.503, 0.915 max_d=0.915 avg_d=0.306 std_dev=0.197
C4' A 0, -0.014, 0.184, 0.381, 0.987 max_d=0.987 avg_d=0.184 std_dev=0.198
C3' A 0, -0.014, 0.203, 0.420, 1.012 max_d=1.012 avg_d=0.203 std_dev=0.217
C5 B 0, 0.181, 0.422, 0.664, 1.493 max_d=1.493 avg_d=0.422 std_dev=0.241
C2' B 0, 0.022, 0.265, 0.507, 1.755 max_d=1.755 avg_d=0.265 std_dev=0.243
O3' B 0, 0.060, 0.312, 0.564, 1.482 max_d=1.482 avg_d=0.312 std_dev=0.252
O3' A 0, 0.001, 0.295, 0.589, 1.430 max_d=1.430 avg_d=0.295 std_dev=0.294
C4 B 0, 0.064, 0.367, 0.669, 2.136 max_d=2.136 avg_d=0.367 std_dev=0.303
N7 B 0, 0.155, 0.483, 0.810, 1.854 max_d=1.854 avg_d=0.483 std_dev=0.327
O6 B 0, 0.198, 0.552, 0.906, 2.289 max_d=2.289 avg_d=0.552 std_dev=0.354
C8 B 0, 0.098, 0.452, 0.806, 2.261 max_d=2.261 avg_d=0.452 std_dev=0.354
C5' A 0, -0.059, 0.315, 0.690, 1.742 max_d=1.742 avg_d=0.315 std_dev=0.375
C6 B 0, 0.101, 0.488, 0.876, 2.800 max_d=2.800 avg_d=0.488 std_dev=0.388
O2' B 0, -0.080, 0.326, 0.733, 3.027 max_d=3.027 avg_d=0.326 std_dev=0.406
N3 B 0, -0.244, 0.372, 0.988, 4.721 max_d=4.721 avg_d=0.372 std_dev=0.616
N1 B 0, -0.209, 0.493, 1.195, 5.435 max_d=5.435 avg_d=0.493 std_dev=0.702
C2 B 0, -0.378, 0.441, 1.260, 6.301 max_d=6.301 avg_d=0.441 std_dev=0.819
N2 B 0, -0.682, 0.489, 1.660, 8.937 max_d=8.937 avg_d=0.489 std_dev=1.171

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.05 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.02 0.06 0.16 0.06
C2 0.04 0.00 0.12 0.18 0.01 0.09 0.01 0.13 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.13 0.21 0.03 0.14 0.02 0.10 0.16 0.10
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.06 0.02 0.03 0.02 0.05 0.05 0.09 0.15 0.12 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.04 0.17 0.08 0.10
C3' 0.01 0.18 0.00 0.00 0.11 0.00 0.09 0.02 0.11 0.08 0.15 0.20 0.17 0.07 0.05 0.01 0.01 0.01 0.22 0.10 0.24 0.10 0.17
C4 0.02 0.01 0.06 0.11 0.00 0.06 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.12 0.02 0.14 0.01 0.09 0.16 0.09
C4' 0.01 0.09 0.02 0.00 0.06 0.00 0.06 0.01 0.07 0.05 0.08 0.10 0.08 0.05 0.03 0.07 0.02 0.00 0.02 0.07 0.08 0.15 0.02
C5 0.01 0.01 0.03 0.09 0.00 0.06 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.10 0.02 0.18 0.01 0.11 0.16 0.11
C5' 0.02 0.13 0.02 0.02 0.10 0.01 0.12 0.00 0.14 0.08 0.14 0.14 0.11 0.10 0.07 0.07 0.04 0.01 0.01 0.15 0.07 0.20 0.02
C6 0.02 0.01 0.05 0.11 0.01 0.07 0.01 0.14 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.08 0.13 0.02 0.18 0.01 0.12 0.16 0.12
C8 0.01 0.02 0.05 0.08 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.04 0.08 0.03 0.18 0.02 0.11 0.16 0.10
N1 0.03 0.01 0.09 0.15 0.01 0.08 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.11 0.18 0.03 0.17 0.02 0.11 0.16 0.11
N2 0.05 0.01 0.15 0.20 0.02 0.10 0.01 0.14 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.16 0.26 0.05 0.13 0.03 0.11 0.17 0.11
N3 0.04 0.01 0.12 0.17 0.01 0.08 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.11 0.19 0.03 0.12 0.02 0.10 0.16 0.10
N7 0.01 0.01 0.04 0.07 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.08 0.03 0.20 0.03 0.12 0.16 0.12
N9 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.03 0.01 0.07 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.13 0.02 0.08 0.16 0.08
O2' 0.01 0.13 0.01 0.01 0.06 0.07 0.05 0.07 0.08 0.04 0.11 0.16 0.11 0.04 0.02 0.00 0.03 0.06 0.07 0.07 0.13 0.11 0.07
O3' 0.01 0.21 0.01 0.01 0.12 0.02 0.10 0.04 0.13 0.08 0.18 0.26 0.19 0.08 0.05 0.03 0.00 0.01 0.22 0.12 0.31 0.16 0.23
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.05 0.03 0.03 0.01 0.06 0.01 0.00 0.09 0.04 0.07 0.23 0.11
O5' 0.06 0.14 0.13 0.22 0.14 0.02 0.18 0.01 0.18 0.18 0.17 0.13 0.12 0.20 0.13 0.07 0.22 0.09 0.00 0.20 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.02 0.04 0.10 0.01 0.07 0.01 0.15 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.07 0.12 0.04 0.20 0.00 0.13 0.16 0.13
OP1 0.06 0.10 0.17 0.24 0.09 0.08 0.11 0.07 0.12 0.11 0.11 0.11 0.10 0.12 0.08 0.13 0.31 0.07 0.02 0.13 0.00 0.01 0.01
OP2 0.16 0.16 0.08 0.10 0.16 0.15 0.16 0.20 0.16 0.16 0.16 0.17 0.16 0.16 0.16 0.11 0.16 0.23 0.02 0.16 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.10 0.10 0.17 0.09 0.02 0.11 0.02 0.12 0.10 0.11 0.11 0.10 0.12 0.08 0.07 0.23 0.11 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.13 0.69 0.21 0.09 0.26 0.08 0.16 0.08 0.33 0.27 0.60 0.95 0.53 0.22 0.11 0.44 0.11 0.10 0.08 0.28 0.13 0.10 0.10
C2 0.11 0.74 0.23 0.10 0.29 0.09 0.17 0.08 0.33 0.29 0.60 1.01 0.60 0.23 0.10 0.39 0.09 0.11 0.08 0.27 0.12 0.10 0.09
C2' 0.08 0.67 0.18 0.12 0.24 0.12 0.16 0.13 0.32 0.27 0.59 0.92 0.50 0.24 0.08 0.39 0.11 0.13 0.12 0.29 0.15 0.12 0.12
C3' 0.17 0.71 0.23 0.18 0.31 0.21 0.27 0.21 0.41 0.34 0.65 0.96 0.54 0.33 0.19 0.40 0.17 0.23 0.20 0.39 0.19 0.18 0.19
C4 0.11 0.77 0.22 0.09 0.29 0.08 0.18 0.09 0.36 0.28 0.65 1.07 0.60 0.23 0.10 0.41 0.09 0.10 0.08 0.30 0.12 0.08 0.09
C4' 0.08 0.68 0.18 0.08 0.25 0.10 0.20 0.12 0.36 0.27 0.61 0.94 0.51 0.26 0.09 0.41 0.09 0.13 0.11 0.34 0.15 0.13 0.13
C5 0.11 0.81 0.22 0.10 0.30 0.10 0.19 0.11 0.37 0.30 0.68 1.13 0.63 0.24 0.10 0.38 0.09 0.12 0.10 0.32 0.13 0.10 0.10
C5' 0.13 0.73 0.20 0.12 0.31 0.15 0.28 0.18 0.44 0.32 0.67 0.99 0.55 0.32 0.17 0.41 0.11 0.19 0.18 0.44 0.21 0.22 0.21
C6 0.11 0.81 0.22 0.11 0.30 0.11 0.19 0.12 0.36 0.32 0.67 1.13 0.63 0.26 0.11 0.35 0.10 0.14 0.11 0.30 0.13 0.12 0.11
C8 0.11 0.79 0.22 0.09 0.29 0.09 0.18 0.10 0.37 0.29 0.68 1.10 0.61 0.24 0.10 0.41 0.09 0.11 0.09 0.32 0.14 0.09 0.10
N1 0.11 0.78 0.22 0.11 0.30 0.10 0.18 0.10 0.34 0.31 0.63 1.08 0.62 0.25 0.11 0.35 0.10 0.13 0.10 0.28 0.12 0.09 0.09
N2 0.12 0.67 0.24 0.11 0.27 0.09 0.15 0.09 0.29 0.28 0.53 0.89 0.57 0.22 0.09 0.40 0.11 0.11 0.10 0.23 0.13 0.15 0.12
N3 0.12 0.73 0.22 0.10 0.29 0.08 0.17 0.08 0.34 0.27 0.61 0.99 0.58 0.22 0.10 0.42 0.10 0.11 0.08 0.28 0.12 0.10 0.09
N7 0.11 0.82 0.22 0.10 0.31 0.10 0.19 0.11 0.39 0.30 0.70 1.15 0.63 0.25 0.10 0.39 0.09 0.12 0.11 0.33 0.15 0.11 0.11
N9 0.11 0.76 0.22 0.09 0.28 0.08 0.18 0.09 0.36 0.28 0.65 1.04 0.58 0.23 0.10 0.42 0.09 0.10 0.08 0.30 0.13 0.08 0.09
O2' 0.14 0.61 0.17 0.12 0.25 0.13 0.19 0.15 0.32 0.26 0.54 0.81 0.46 0.24 0.14 0.39 0.12 0.16 0.15 0.30 0.18 0.20 0.18
O3' 0.24 0.69 0.27 0.25 0.35 0.27 0.34 0.27 0.45 0.39 0.65 0.91 0.53 0.40 0.27 0.40 0.23 0.30 0.26 0.45 0.22 0.21 0.23
O4' 0.13 0.69 0.22 0.12 0.25 0.09 0.16 0.09 0.33 0.26 0.60 0.95 0.52 0.22 0.10 0.45 0.14 0.10 0.09 0.29 0.13 0.09 0.10
O5' 0.15 0.73 0.24 0.13 0.26 0.12 0.15 0.13 0.32 0.31 0.63 1.03 0.55 0.26 0.13 0.44 0.13 0.14 0.13 0.27 0.18 0.15 0.15
O6 0.13 0.80 0.22 0.13 0.30 0.14 0.20 0.15 0.37 0.34 0.67 1.13 0.62 0.28 0.14 0.33 0.13 0.16 0.14 0.31 0.16 0.16 0.14
OP1 0.11 0.73 0.21 0.09 0.26 0.09 0.16 0.12 0.35 0.30 0.64 1.03 0.54 0.26 0.11 0.42 0.10 0.12 0.11 0.31 0.16 0.12 0.13
OP2 0.16 0.79 0.25 0.16 0.30 0.17 0.24 0.19 0.41 0.36 0.71 1.11 0.59 0.32 0.17 0.43 0.15 0.18 0.18 0.38 0.21 0.18 0.19
P 0.10 0.74 0.21 0.08 0.25 0.09 0.15 0.11 0.34 0.31 0.65 1.05 0.55 0.27 0.09 0.42 0.08 0.11 0.10 0.30 0.15 0.11 0.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.10 0.00 0.09 0.02 0.09 0.15 0.10
C2 0.03 0.00 0.22 0.17 0.01 0.17 0.01 0.30 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.23 0.06 0.15 0.43 0.01 0.53 0.67 0.55
C2' 0.01 0.22 0.00 0.00 0.11 0.01 0.07 0.08 0.10 0.12 0.17 0.26 0.22 0.08 0.03 0.00 0.02 0.01 0.17 0.09 0.17 0.24 0.19
C3' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.08 0.00 0.05 0.02 0.08 0.08 0.14 0.22 0.16 0.06 0.02 0.02 0.01 0.01 0.05 0.07 0.07 0.07 0.04
C4 0.02 0.01 0.11 0.08 0.00 0.08 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.13 0.06 0.07 0.17 0.01 0.20 0.26 0.22
C4' 0.01 0.17 0.01 0.00 0.08 0.00 0.04 0.01 0.08 0.07 0.13 0.22 0.16 0.04 0.01 0.06 0.02 0.00 0.01 0.06 0.05 0.04 0.02
C5 0.01 0.01 0.07 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.11 0.07 0.04 0.10 0.01 0.13 0.17 0.14
C5' 0.04 0.30 0.08 0.02 0.12 0.01 0.07 0.00 0.12 0.17 0.22 0.40 0.27 0.12 0.06 0.04 0.08 0.01 0.01 0.09 0.06 0.02 0.02
C6 0.02 0.01 0.10 0.08 0.01 0.08 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.06 0.07 0.16 0.00 0.21 0.26 0.21
C8 0.01 0.02 0.12 0.08 0.01 0.07 0.01 0.17 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.12 0.10 0.06 0.27 0.02 0.31 0.38 0.32
N1 0.03 0.00 0.17 0.14 0.01 0.13 0.01 0.22 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.21 0.06 0.12 0.31 0.01 0.41 0.51 0.41
N2 0.04 0.00 0.26 0.22 0.02 0.22 0.01 0.40 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.27 0.08 0.19 0.57 0.02 0.75 0.93 0.76
N3 0.03 0.01 0.22 0.16 0.00 0.16 0.01 0.27 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.21 0.06 0.15 0.39 0.01 0.45 0.56 0.47
N7 0.01 0.01 0.08 0.06 0.00 0.04 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.09 0.03 0.21 0.02 0.25 0.32 0.26
N9 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.05 0.08 0.01 0.11 0.02 0.12 0.17 0.14
O2' 0.02 0.23 0.00 0.02 0.13 0.06 0.11 0.04 0.15 0.12 0.21 0.27 0.21 0.09 0.05 0.00 0.05 0.03 0.16 0.14 0.18 0.30 0.20
O3' 0.10 0.06 0.02 0.01 0.06 0.02 0.07 0.08 0.06 0.10 0.06 0.08 0.06 0.09 0.08 0.05 0.00 0.07 0.06 0.07 0.14 0.07 0.07
O4' 0.00 0.15 0.01 0.01 0.07 0.00 0.04 0.01 0.07 0.06 0.12 0.19 0.15 0.03 0.01 0.03 0.07 0.00 0.05 0.06 0.06 0.09 0.07
O5' 0.09 0.43 0.17 0.05 0.17 0.01 0.10 0.01 0.16 0.27 0.31 0.57 0.39 0.21 0.11 0.16 0.06 0.05 0.00 0.13 0.02 0.02 0.00
O6 0.02 0.01 0.09 0.07 0.01 0.06 0.01 0.09 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.14 0.07 0.06 0.13 0.00 0.16 0.20 0.17
OP1 0.09 0.53 0.17 0.07 0.20 0.05 0.13 0.06 0.21 0.31 0.41 0.75 0.45 0.25 0.12 0.18 0.14 0.06 0.02 0.16 0.00 0.01 0.01
OP2 0.15 0.67 0.24 0.07 0.26 0.04 0.17 0.02 0.26 0.38 0.51 0.93 0.56 0.32 0.17 0.30 0.07 0.09 0.02 0.20 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.55 0.19 0.04 0.22 0.02 0.14 0.02 0.21 0.32 0.41 0.76 0.47 0.26 0.14 0.20 0.07 0.07 0.00 0.17 0.01 0.01 0.00