ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51364

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 2, 0, 3, 3, 0, 7, 1, 2, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.011, 0.017, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.006, 0.016, 0.025, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.016 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.009, 0.018, 0.028, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.018 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.011, 0.021, 0.031, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.021 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.009, 0.021, 0.033, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.011, 0.024, 0.036, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.024 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.011, 0.025, 0.038, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.025 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.013, 0.027, 0.041, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.027 std_dev=0.014
O6 A 0, 0.015, 0.030, 0.045, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.030 std_dev=0.015
N2 A 0, 0.013, 0.029, 0.045, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.029 std_dev=0.016
N7 A 0, 0.012, 0.035, 0.059, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.035 std_dev=0.023
C8 A 0, 0.017, 0.045, 0.073, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.045 std_dev=0.028
P B 0, 0.234, 0.486, 0.739, 1.077 max_d=1.077 avg_d=0.486 std_dev=0.253
OP2 B 0, 0.186, 0.448, 0.710, 0.956 max_d=0.956 avg_d=0.448 std_dev=0.262
OP1 B 0, 0.267, 0.661, 1.055, 1.590 max_d=1.590 avg_d=0.661 std_dev=0.394
O4' A 0, 0.062, 0.647, 1.232, 1.358 max_d=1.358 avg_d=0.647 std_dev=0.585
C2' A 0, 0.054, 0.682, 1.309, 1.450 max_d=1.450 avg_d=0.682 std_dev=0.628
O5' B 0, 0.301, 0.960, 1.618, 2.154 max_d=2.154 avg_d=0.960 std_dev=0.658
C3' A 0, 0.101, 0.999, 1.896, 2.048 max_d=2.048 avg_d=0.999 std_dev=0.898
C3' B 0, 0.306, 1.233, 2.159, 2.768 max_d=2.768 avg_d=1.233 std_dev=0.926
C4' A 0, 0.097, 1.037, 1.978, 2.123 max_d=2.123 avg_d=1.037 std_dev=0.940
O3' B 0, 0.327, 1.280, 2.234, 3.174 max_d=3.174 avg_d=1.280 std_dev=0.953
O5' A 0, 0.364, 1.369, 2.374, 2.587 max_d=2.587 avg_d=1.369 std_dev=1.005
O2' A 0, 0.064, 1.091, 2.119, 2.348 max_d=2.348 avg_d=1.091 std_dev=1.028
C5' B 0, 0.290, 1.478, 2.666, 3.520 max_d=3.520 avg_d=1.478 std_dev=1.188
OP2 A 0, 0.406, 1.610, 2.814, 3.057 max_d=3.057 avg_d=1.610 std_dev=1.204
O3' A 0, 0.165, 1.391, 2.616, 2.877 max_d=2.877 avg_d=1.391 std_dev=1.226
C5' A 0, 0.207, 1.447, 2.687, 2.939 max_d=2.939 avg_d=1.447 std_dev=1.240
P A 0, 0.392, 1.666, 2.939, 3.211 max_d=3.211 avg_d=1.666 std_dev=1.273
C4' B 0, 0.167, 1.722, 3.276, 4.200 max_d=4.200 avg_d=1.722 std_dev=1.555
OP1 A 0, 0.525, 2.098, 3.670, 3.945 max_d=3.945 avg_d=2.098 std_dev=1.573
C2' B 0, 0.406, 2.365, 4.324, 5.166 max_d=5.166 avg_d=2.365 std_dev=1.959
O2' B 0, 0.563, 2.885, 5.207, 6.283 max_d=6.283 avg_d=2.885 std_dev=2.322
O4' B 0, 0.157, 2.670, 5.184, 6.053 max_d=6.053 avg_d=2.670 std_dev=2.514
C1' B 0, 0.280, 3.121, 5.963, 6.652 max_d=6.652 avg_d=3.121 std_dev=2.841
C8 B 0, 0.233, 3.677, 7.122, 7.629 max_d=7.629 avg_d=3.677 std_dev=3.444
N9 B 0, 0.220, 3.736, 7.252, 7.856 max_d=7.856 avg_d=3.736 std_dev=3.516
N7 B 0, 0.227, 4.500, 8.772, 9.351 max_d=9.351 avg_d=4.500 std_dev=4.272
C4 B 0, 0.245, 4.676, 9.107, 9.801 max_d=9.801 avg_d=4.676 std_dev=4.431
N3 B 0, 0.336, 5.172, 10.008, 10.855 max_d=10.855 avg_d=5.172 std_dev=4.836
C5 B 0, 0.225, 5.093, 9.961, 10.646 max_d=10.646 avg_d=5.093 std_dev=4.868
C2 B 0, 0.381, 6.086, 11.790, 12.703 max_d=12.703 avg_d=6.086 std_dev=5.704
C6 B 0, 0.276, 6.108, 11.941, 12.760 max_d=12.760 avg_d=6.108 std_dev=5.832
N1 B 0, 0.347, 6.522, 12.697, 13.611 max_d=13.611 avg_d=6.522 std_dev=6.175
N2 B 0, 0.488, 6.713, 12.937, 14.024 max_d=14.024 avg_d=6.713 std_dev=6.225
O6 B 0, 0.293, 6.683, 13.072, 13.955 max_d=13.955 avg_d=6.683 std_dev=6.390

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.08 0.03 0.01 0.04 0.05 0.04 0.01 0.01 0.01 0.38 0.00 0.21 0.02 0.22 0.24 0.15
C2 0.04 0.00 0.40 0.40 0.00 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.12 0.16 0.22 0.19 0.01 0.24 0.36 0.25
C2' 0.00 0.40 0.00 0.00 0.20 0.01 0.07 0.25 0.15 0.23 0.29 0.49 0.40 0.14 0.01 0.00 0.04 0.02 0.50 0.09 0.63 0.67 0.55
C3' 0.01 0.40 0.00 0.00 0.36 0.00 0.42 0.02 0.46 0.28 0.45 0.38 0.34 0.38 0.25 0.02 0.01 0.01 0.06 0.49 0.20 0.10 0.07
C4 0.02 0.00 0.20 0.36 0.00 0.09 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.22 0.10 0.11 0.15 0.01 0.17 0.25 0.19
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.09 0.00 0.16 0.00 0.15 0.20 0.10 0.05 0.04 0.22 0.10 0.33 0.03 0.00 0.01 0.19 0.10 0.04 0.03
C5 0.02 0.01 0.07 0.42 0.00 0.16 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.39 0.11 0.03 0.23 0.01 0.29 0.37 0.30
C5' 0.08 0.10 0.25 0.02 0.10 0.00 0.18 0.00 0.19 0.17 0.14 0.09 0.08 0.22 0.08 0.07 0.22 0.01 0.01 0.24 0.08 0.02 0.02
C6 0.03 0.01 0.15 0.46 0.01 0.15 0.01 0.19 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.38 0.15 0.08 0.28 0.01 0.38 0.48 0.38
C8 0.01 0.01 0.23 0.28 0.00 0.20 0.01 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.46 0.07 0.15 0.15 0.02 0.15 0.17 0.16
N1 0.04 0.00 0.29 0.45 0.01 0.10 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.24 0.13 0.16 0.25 0.01 0.34 0.46 0.33
N2 0.05 0.00 0.49 0.38 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.16 0.21 0.27 0.17 0.01 0.23 0.36 0.23
N3 0.04 0.00 0.40 0.34 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.20 0.22 0.14 0.01 0.16 0.26 0.17
N7 0.01 0.01 0.14 0.38 0.00 0.22 0.00 0.22 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.51 0.15 0.09 0.24 0.02 0.29 0.33 0.31
N9 0.01 0.01 0.01 0.25 0.00 0.10 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.26 0.11 0.01 0.11 0.01 0.11 0.16 0.10
O2' 0.01 0.12 0.00 0.02 0.22 0.33 0.39 0.07 0.38 0.46 0.24 0.16 0.10 0.51 0.26 0.00 0.05 0.24 0.38 0.45 0.54 0.79 0.49
O3' 0.38 0.16 0.04 0.01 0.10 0.03 0.11 0.22 0.15 0.07 0.13 0.21 0.20 0.15 0.11 0.05 0.00 0.28 0.29 0.21 0.32 0.29 0.30
O4' 0.00 0.22 0.02 0.01 0.11 0.00 0.03 0.01 0.08 0.15 0.16 0.27 0.22 0.09 0.01 0.24 0.28 0.00 0.09 0.04 0.08 0.09 0.08
O5' 0.21 0.19 0.50 0.06 0.15 0.01 0.23 0.01 0.28 0.15 0.25 0.17 0.14 0.24 0.11 0.38 0.29 0.09 0.00 0.34 0.01 0.02 0.00
O6 0.02 0.01 0.09 0.49 0.01 0.19 0.01 0.24 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.45 0.21 0.04 0.34 0.00 0.48 0.58 0.46
OP1 0.22 0.24 0.63 0.20 0.17 0.10 0.29 0.08 0.38 0.15 0.34 0.23 0.16 0.29 0.11 0.54 0.32 0.08 0.01 0.48 0.00 0.01 0.00
OP2 0.24 0.36 0.67 0.10 0.25 0.04 0.37 0.02 0.48 0.17 0.46 0.36 0.26 0.33 0.16 0.79 0.29 0.09 0.02 0.58 0.01 0.00 0.00
P 0.15 0.25 0.55 0.07 0.19 0.03 0.30 0.02 0.38 0.16 0.33 0.23 0.17 0.31 0.10 0.49 0.30 0.08 0.00 0.46 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.58 1.67 0.82 0.60 1.59 0.59 2.31 0.82 2.76 1.77 2.32 1.43 1.29 2.45 1.26 0.76 0.43 0.37 0.25 3.43 0.31 0.32 0.28
C2 0.38 0.97 0.59 0.58 1.09 0.50 1.62 0.75 1.73 1.45 1.37 0.77 0.80 1.92 0.93 0.54 0.47 0.35 0.24 2.06 0.25 0.31 0.26
C2' 1.47 2.84 1.59 1.20 2.66 0.38 3.40 0.37 3.94 2.68 3.53 2.61 2.40 3.43 2.23 1.57 0.87 0.62 0.58 4.66 0.18 0.17 0.20
C3' 1.33 2.59 1.42 1.01 2.50 0.29 3.28 0.33 3.80 2.66 3.34 2.32 2.17 3.40 2.12 1.37 0.61 0.53 0.63 4.56 0.26 0.25 0.33
C4 0.39 1.03 0.61 0.57 1.11 0.50 1.70 0.71 1.91 1.44 1.50 0.81 0.81 1.97 0.94 0.55 0.45 0.36 0.23 2.38 0.31 0.29 0.24
C4' 0.61 1.66 0.82 0.56 1.62 0.56 2.38 0.72 2.85 1.87 2.38 1.40 1.28 2.55 1.32 0.75 0.40 0.32 0.30 3.60 0.23 0.26 0.20
C5 0.24 0.57 0.42 0.52 0.69 0.43 1.13 0.59 1.24 1.07 0.90 0.44 0.44 1.43 0.61 0.37 0.46 0.37 0.21 1.60 0.36 0.25 0.22
C5' 0.55 1.35 0.75 0.56 1.39 0.51 2.09 0.64 2.47 1.73 2.00 1.08 1.04 2.32 1.18 0.66 0.40 0.34 0.35 3.15 0.24 0.25 0.21
C6 0.15 0.34 0.28 0.48 0.39 0.37 0.70 0.51 0.75 0.76 0.51 0.35 0.26 0.99 0.37 0.25 0.48 0.37 0.20 0.99 0.38 0.24 0.21
C8 0.34 0.85 0.54 0.55 0.94 0.47 1.47 0.64 1.69 1.28 1.29 0.67 0.66 1.74 0.80 0.48 0.44 0.37 0.22 2.17 0.35 0.25 0.22
N1 0.18 0.43 0.35 0.51 0.55 0.40 0.92 0.59 0.96 0.94 0.69 0.32 0.34 1.22 0.51 0.32 0.49 0.36 0.21 1.20 0.31 0.28 0.23
N2 0.48 1.20 0.71 0.61 1.31 0.54 1.82 0.86 1.91 1.61 1.58 0.99 1.01 2.08 1.12 0.65 0.48 0.34 0.26 2.16 0.18 0.30 0.27
N3 0.49 1.32 0.73 0.60 1.38 0.54 2.03 0.79 2.27 1.66 1.83 1.08 1.06 2.27 1.14 0.66 0.45 0.35 0.25 2.73 0.26 0.30 0.26
N7 0.23 0.54 0.40 0.52 0.63 0.42 1.06 0.56 1.18 1.01 0.85 0.45 0.42 1.35 0.57 0.35 0.45 0.37 0.21 1.56 0.38 0.23 0.20
N9 0.45 1.20 0.67 0.58 1.24 0.52 1.87 0.73 2.17 1.53 1.74 0.98 0.94 2.10 1.02 0.61 0.43 0.36 0.24 2.72 0.32 0.29 0.24
O2' 1.37 3.26 1.47 0.95 2.79 0.34 3.52 0.69 4.26 2.51 4.00 3.14 2.66 3.33 2.18 1.50 0.67 0.44 0.30 5.03 0.42 0.45 0.42
O3' 1.06 2.63 1.09 0.57 2.40 0.39 3.23 0.64 3.87 2.45 3.45 2.39 2.10 3.26 1.93 1.07 0.31 0.25 0.41 4.70 0.23 0.31 0.28
O4' 0.31 1.08 0.52 0.44 1.06 0.90 1.77 1.04 2.19 1.34 1.73 0.86 0.76 1.97 0.80 0.45 0.52 0.74 0.38 2.89 0.48 0.48 0.43
O5' 0.70 1.33 0.84 0.69 1.45 0.32 2.08 0.43 2.37 1.83 1.91 1.06 1.09 2.35 1.29 0.76 0.43 0.26 0.49 2.98 0.19 0.21 0.25
O6 0.20 0.48 0.19 0.42 0.27 0.30 0.34 0.38 0.42 0.37 0.46 0.59 0.40 0.48 0.17 0.18 0.50 0.38 0.18 0.53 0.44 0.19 0.19
OP1 0.80 1.29 0.90 0.77 1.45 0.29 2.04 0.34 2.29 1.87 1.83 1.00 1.08 2.33 1.34 0.83 0.49 0.36 0.63 2.85 0.24 0.26 0.38
OP2 0.83 1.05 0.90 0.90 1.29 0.38 1.78 0.36 1.90 1.76 1.48 0.78 0.93 2.11 1.26 0.85 0.69 0.47 0.74 2.35 0.35 0.38 0.51
P 0.67 1.06 0.81 0.74 1.25 0.28 1.82 0.34 2.02 1.70 1.56 0.79 0.89 2.13 1.17 0.72 0.50 0.29 0.57 2.55 0.21 0.23 0.34

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.37 0.00 0.33 0.02 0.71 0.46 0.42
C2 0.01 0.00 0.46 0.36 0.01 0.07 0.01 0.19 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.22 0.29 0.29 0.40 0.01 1.09 0.67 0.63
C2' 0.00 0.46 0.00 0.00 0.24 0.01 0.13 0.19 0.22 0.24 0.36 0.54 0.44 0.13 0.04 0.00 0.06 0.02 0.44 0.17 0.66 0.33 0.43
C3' 0.01 0.36 0.00 0.00 0.31 0.00 0.35 0.03 0.40 0.23 0.40 0.36 0.31 0.31 0.21 0.02 0.01 0.02 0.16 0.41 0.34 0.36 0.19
C4 0.01 0.01 0.24 0.31 0.00 0.04 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.10 0.20 0.16 0.39 0.01 1.12 0.56 0.59
C4' 0.00 0.07 0.01 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.07 0.17 0.05 0.11 0.06 0.15 0.07 0.30 0.04 0.00 0.01 0.10 0.30 0.34 0.05
C5 0.01 0.01 0.13 0.35 0.00 0.08 0.00 0.21 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.25 0.17 0.11 0.40 0.01 1.35 0.55 0.65
C5' 0.09 0.19 0.19 0.03 0.17 0.01 0.21 0.00 0.23 0.24 0.21 0.20 0.16 0.25 0.15 0.12 0.22 0.02 0.01 0.26 0.43 0.40 0.02
C6 0.01 0.01 0.22 0.40 0.01 0.07 0.01 0.23 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.20 0.21 0.17 0.41 0.00 1.41 0.61 0.69
C8 0.02 0.01 0.24 0.23 0.00 0.17 0.00 0.24 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.45 0.09 0.14 0.38 0.02 1.30 0.37 0.56
N1 0.01 0.00 0.36 0.40 0.01 0.05 0.01 0.21 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.25 0.25 0.41 0.01 1.27 0.66 0.67
N2 0.02 0.00 0.54 0.36 0.01 0.11 0.01 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.36 0.35 0.34 0.40 0.01 1.01 0.71 0.62
N3 0.01 0.00 0.44 0.31 0.00 0.06 0.00 0.16 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.22 0.30 0.27 0.38 0.01 0.98 0.62 0.57
N7 0.02 0.01 0.13 0.31 0.00 0.15 0.00 0.25 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.43 0.14 0.06 0.39 0.02 1.48 0.44 0.63
N9 0.01 0.01 0.04 0.21 0.00 0.07 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.22 0.16 0.02 0.37 0.01 1.03 0.47 0.53
O2' 0.02 0.22 0.00 0.02 0.10 0.30 0.25 0.12 0.20 0.45 0.12 0.36 0.22 0.43 0.22 0.00 0.08 0.20 0.28 0.27 0.50 0.27 0.27
O3' 0.37 0.29 0.06 0.01 0.20 0.04 0.17 0.22 0.21 0.09 0.25 0.35 0.30 0.14 0.16 0.08 0.00 0.28 0.41 0.23 0.91 0.61 0.59
O4' 0.00 0.29 0.02 0.02 0.16 0.00 0.11 0.02 0.17 0.14 0.25 0.34 0.27 0.06 0.02 0.20 0.28 0.00 0.25 0.15 0.47 0.55 0.33
O5' 0.33 0.40 0.44 0.16 0.39 0.01 0.40 0.01 0.41 0.38 0.41 0.40 0.38 0.39 0.37 0.28 0.41 0.25 0.00 0.41 0.04 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.17 0.41 0.01 0.10 0.01 0.26 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.27 0.23 0.15 0.41 0.00 1.52 0.59 0.71
OP1 0.71 1.09 0.66 0.34 1.12 0.30 1.35 0.43 1.41 1.30 1.27 1.01 0.98 1.48 1.03 0.50 0.91 0.47 0.04 1.52 0.00 0.01 0.00
OP2 0.46 0.67 0.33 0.36 0.56 0.34 0.55 0.40 0.61 0.37 0.66 0.71 0.62 0.44 0.47 0.27 0.61 0.55 0.02 0.59 0.01 0.00 0.01
P 0.42 0.63 0.43 0.19 0.59 0.05 0.65 0.02 0.69 0.56 0.67 0.62 0.57 0.63 0.53 0.27 0.59 0.33 0.01 0.71 0.00 0.01 0.00