ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51368

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.011, 0.018, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.011 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.006, 0.020, 0.033, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.020 std_dev=0.014
O6 A 0, 0.009, 0.024, 0.039, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.024 std_dev=0.015
C5 A 0, 0.002, 0.017, 0.032, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.017 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.002, 0.022, 0.042, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.022 std_dev=0.020
N7 A 0, 0.008, 0.029, 0.051, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.029 std_dev=0.022
C4 A 0, -0.001, 0.024, 0.048, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.024 std_dev=0.025
N3 A 0, 0.001, 0.028, 0.054, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.028 std_dev=0.027
C1' A 0, 0.001, 0.033, 0.066, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.033 std_dev=0.033
C8 A 0, 0.007, 0.040, 0.073, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.040 std_dev=0.033
N9 A 0, 0.001, 0.035, 0.068, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.035 std_dev=0.033
N2 A 0, -0.003, 0.039, 0.080, 0.124 max_d=0.124 avg_d=0.039 std_dev=0.041
P B 0, 0.172, 0.503, 0.835, 1.049 max_d=1.049 avg_d=0.503 std_dev=0.331
OP2 B 0, 0.577, 1.200, 1.824, 1.952 max_d=1.952 avg_d=1.200 std_dev=0.623
OP1 B 0, 0.446, 1.153, 1.859, 1.889 max_d=1.889 avg_d=1.153 std_dev=0.707
O4' A 0, 0.677, 1.448, 2.219, 2.077 max_d=2.077 avg_d=1.448 std_dev=0.771
C2' A 0, 0.706, 1.550, 2.394, 2.262 max_d=2.262 avg_d=1.550 std_dev=0.844
C4' A 0, 0.964, 2.001, 3.037, 2.769 max_d=2.769 avg_d=2.001 std_dev=1.036
O2' A 0, 0.977, 2.077, 3.176, 2.910 max_d=2.910 avg_d=2.077 std_dev=1.099
C3' A 0, 1.041, 2.292, 3.542, 3.378 max_d=3.378 avg_d=2.292 std_dev=1.251
O5' B 0, 0.905, 2.383, 3.862, 4.106 max_d=4.106 avg_d=2.383 std_dev=1.479
O3' A 0, 1.366, 3.086, 4.806, 4.682 max_d=4.682 avg_d=3.086 std_dev=1.720
C5' A 0, 1.535, 3.438, 5.341, 5.051 max_d=5.051 avg_d=3.438 std_dev=1.903
C5' B 0, 1.502, 3.769, 6.037, 5.869 max_d=5.869 avg_d=3.769 std_dev=2.267
O5' A 0, 1.560, 3.907, 6.255, 6.108 max_d=6.108 avg_d=3.907 std_dev=2.348
C8 B 0, 2.805, 5.824, 8.843, 7.901 max_d=7.901 avg_d=5.824 std_dev=3.019
N7 B 0, 2.890, 6.115, 9.340, 8.794 max_d=8.794 avg_d=6.115 std_dev=3.225
C4' B 0, 1.711, 4.990, 8.270, 8.331 max_d=8.331 avg_d=4.990 std_dev=3.280
P A 0, 1.805, 5.145, 8.486, 8.438 max_d=8.438 avg_d=5.145 std_dev=3.340
O4' B 0, 2.535, 5.876, 9.217, 9.156 max_d=9.156 avg_d=5.876 std_dev=3.341
OP2 A 0, 1.622, 5.183, 8.744, 8.854 max_d=8.854 avg_d=5.183 std_dev=3.561
N9 B 0, 3.142, 6.749, 10.356, 9.742 max_d=9.742 avg_d=6.749 std_dev=3.607
C5 B 0, 3.406, 7.203, 10.999, 9.813 max_d=9.813 avg_d=7.203 std_dev=3.797
C1' B 0, 2.928, 6.838, 10.748, 10.610 max_d=10.610 avg_d=6.838 std_dev=3.910
OP1 A 0, 2.245, 6.166, 10.087, 9.920 max_d=9.920 avg_d=6.166 std_dev=3.921
C3' B 0, 1.231, 5.204, 9.177, 9.140 max_d=9.140 avg_d=5.204 std_dev=3.973
C4 B 0, 3.607, 7.677, 11.747, 10.721 max_d=10.721 avg_d=7.677 std_dev=4.070
C6 B 0, 3.693, 7.955, 12.216, 11.598 max_d=11.598 avg_d=7.955 std_dev=4.262
C2' B 0, 2.465, 6.775, 11.084, 11.080 max_d=11.080 avg_d=6.775 std_dev=4.309
O6 B 0, 3.443, 7.792, 12.141, 12.641 max_d=12.641 avg_d=7.792 std_dev=4.349
O3' B 0, 1.178, 5.753, 10.328, 10.298 max_d=10.298 avg_d=5.753 std_dev=4.575
N3 B 0, 4.107, 8.903, 13.698, 12.708 max_d=12.708 avg_d=8.903 std_dev=4.796
N1 B 0, 4.294, 9.120, 13.947, 12.236 max_d=12.236 avg_d=9.120 std_dev=4.826
O2' B 0, 2.836, 7.901, 12.967, 13.113 max_d=13.113 avg_d=7.901 std_dev=5.066
C2 B 0, 4.488, 9.577, 14.666, 13.185 max_d=13.185 avg_d=9.577 std_dev=5.089
N2 B 0, 5.051, 10.854, 16.658, 15.131 max_d=15.131 avg_d=10.854 std_dev=5.804

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.00 0.02 0.04 0.01 0.03 0.11 0.04 0.02 0.06 0.08 0.08 0.01 0.01 0.03 0.28 0.01 0.25 0.04 0.29 0.28 0.22
C2 0.07 0.00 0.47 0.83 0.01 0.54 0.01 0.79 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.17 0.48 0.26 1.08 0.02 1.34 1.53 1.29
C2' 0.00 0.47 0.00 0.01 0.22 0.02 0.07 0.24 0.16 0.29 0.34 0.59 0.47 0.19 0.03 0.00 0.03 0.02 0.45 0.10 0.64 0.63 0.54
C3' 0.02 0.83 0.01 0.00 0.42 0.00 0.27 0.02 0.41 0.34 0.65 1.03 0.79 0.25 0.13 0.02 0.01 0.01 0.06 0.35 0.27 0.06 0.09
C4 0.04 0.01 0.22 0.42 0.00 0.23 0.01 0.26 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.13 0.11 0.14 0.32 0.02 0.37 0.48 0.39
C4' 0.01 0.54 0.02 0.00 0.23 0.00 0.08 0.01 0.19 0.32 0.39 0.69 0.51 0.21 0.04 0.24 0.02 0.00 0.02 0.12 0.12 0.04 0.02
C5 0.03 0.01 0.07 0.27 0.01 0.08 0.00 0.09 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.24 0.06 0.06 0.15 0.01 0.16 0.24 0.17
C5' 0.11 0.79 0.24 0.02 0.26 0.01 0.09 0.00 0.20 0.64 0.56 1.07 0.71 0.49 0.17 0.03 0.20 0.01 0.01 0.10 0.08 0.02 0.02
C6 0.04 0.01 0.16 0.41 0.02 0.19 0.00 0.20 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.23 0.12 0.12 0.26 0.01 0.39 0.53 0.38
C8 0.02 0.02 0.29 0.34 0.01 0.32 0.01 0.64 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.33 0.38 0.16 0.98 0.01 1.02 1.12 1.02
N1 0.06 0.00 0.34 0.65 0.01 0.39 0.01 0.56 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.16 0.32 0.21 0.76 0.01 1.01 1.20 0.97
N2 0.08 0.00 0.59 1.03 0.01 0.69 0.02 1.07 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.25 0.69 0.31 1.46 0.02 1.89 2.05 1.76
N3 0.08 0.01 0.47 0.79 0.01 0.51 0.01 0.71 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.16 0.42 0.26 0.94 0.02 1.08 1.21 1.07
N7 0.01 0.01 0.19 0.25 0.00 0.21 0.00 0.49 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.34 0.30 0.08 0.75 0.01 0.82 0.93 0.83
N9 0.01 0.01 0.03 0.13 0.01 0.04 0.01 0.17 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.16 0.17 0.01 0.32 0.02 0.33 0.34 0.30
O2' 0.03 0.17 0.00 0.02 0.13 0.24 0.24 0.03 0.23 0.33 0.16 0.25 0.16 0.34 0.16 0.00 0.07 0.15 0.36 0.28 0.61 0.77 0.53
O3' 0.28 0.48 0.03 0.01 0.11 0.02 0.06 0.20 0.12 0.38 0.32 0.69 0.42 0.30 0.17 0.07 0.00 0.22 0.24 0.10 0.28 0.17 0.22
O4' 0.01 0.26 0.02 0.01 0.14 0.00 0.06 0.01 0.12 0.16 0.21 0.31 0.26 0.08 0.01 0.15 0.22 0.00 0.05 0.09 0.06 0.15 0.11
O5' 0.25 1.08 0.45 0.06 0.32 0.02 0.15 0.01 0.26 0.98 0.76 1.46 0.94 0.75 0.32 0.36 0.24 0.05 0.00 0.13 0.03 0.01 0.01
O6 0.04 0.02 0.10 0.35 0.02 0.12 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.28 0.10 0.09 0.13 0.00 0.24 0.34 0.22
OP1 0.29 1.34 0.64 0.27 0.37 0.12 0.16 0.08 0.39 1.02 1.01 1.89 1.08 0.82 0.33 0.61 0.28 0.06 0.03 0.24 0.00 0.01 0.00
OP2 0.28 1.53 0.63 0.06 0.48 0.04 0.24 0.02 0.53 1.12 1.20 2.05 1.21 0.93 0.34 0.77 0.17 0.15 0.01 0.34 0.01 0.00 0.01
P 0.22 1.29 0.54 0.09 0.39 0.02 0.17 0.02 0.38 1.02 0.97 1.76 1.07 0.83 0.30 0.53 0.22 0.11 0.01 0.22 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.62 1.15 0.69 0.42 1.19 0.33 1.68 0.64 1.90 1.46 1.58 0.97 0.94 1.86 1.06 0.68 0.26 0.23 0.16 2.33 0.24 0.20 0.08
C2 0.39 0.63 0.42 0.34 0.65 0.48 0.94 0.73 0.97 0.99 0.78 0.62 0.55 1.20 0.64 0.42 0.35 0.34 0.15 1.16 0.17 0.19 0.05
C2' 1.29 1.92 1.26 0.89 1.95 0.39 2.47 0.38 2.73 2.17 2.38 1.71 1.69 2.63 1.78 1.26 0.66 0.76 0.64 3.19 0.49 0.50 0.44
C3' 1.22 1.68 1.18 0.85 1.81 0.40 2.36 0.47 2.57 2.21 2.16 1.43 1.48 2.64 1.72 1.16 0.57 0.73 0.87 3.05 0.97 1.00 0.86
C4 0.62 0.73 0.69 0.59 0.91 0.32 1.27 0.58 1.32 1.29 1.02 0.54 0.65 1.53 0.93 0.68 0.51 0.35 0.28 1.58 0.27 0.21 0.12
C4' 0.64 1.03 0.71 0.48 1.13 0.32 1.65 0.59 1.84 1.57 1.47 0.90 0.83 1.94 1.08 0.68 0.28 0.28 0.52 2.31 0.81 0.79 0.63
C5 0.88 0.68 1.05 1.07 0.91 0.63 1.08 0.64 1.01 1.23 0.80 0.52 0.72 1.31 1.02 1.06 1.11 0.65 0.49 1.12 0.34 0.22 0.19
C5' 0.66 0.77 0.74 0.66 0.94 0.47 1.40 0.72 1.50 1.51 1.14 0.72 0.62 1.77 1.01 0.72 0.54 0.45 0.81 1.91 1.18 1.14 0.98
C6 0.89 0.46 1.02 1.13 0.71 0.77 0.74 0.73 0.59 1.03 0.46 0.38 0.58 0.96 0.89 1.05 1.21 0.76 0.57 0.61 0.35 0.24 0.23
C8 0.97 1.01 1.20 1.14 1.18 0.60 1.44 0.62 1.47 1.42 1.23 0.85 0.98 1.61 1.19 1.21 1.17 0.61 0.47 1.67 0.35 0.22 0.18
N1 0.49 0.20 0.47 0.53 0.41 0.40 0.57 0.57 0.50 0.85 0.32 0.15 0.22 0.85 0.57 0.51 0.53 0.46 0.33 0.61 0.25 0.22 0.14
N2 0.67 0.99 0.88 0.89 0.86 0.96 0.98 1.08 1.04 0.89 1.00 1.06 0.94 1.10 0.73 0.84 1.00 0.65 0.34 1.14 0.08 0.18 0.09
N3 0.48 0.84 0.51 0.34 0.89 0.48 1.29 0.73 1.39 1.22 1.12 0.76 0.71 1.54 0.83 0.50 0.30 0.32 0.15 1.67 0.19 0.20 0.06
N7 1.11 0.96 1.38 1.40 1.14 0.84 1.25 0.74 1.19 1.34 1.03 0.85 1.01 1.39 1.21 1.40 1.50 0.81 0.59 1.25 0.38 0.23 0.22
N9 0.72 0.94 0.83 0.69 1.09 0.33 1.48 0.57 1.59 1.41 1.28 0.73 0.82 1.70 1.06 0.82 0.61 0.36 0.30 1.90 0.29 0.21 0.12
O2' 1.19 2.24 1.13 0.69 2.03 0.47 2.55 0.64 2.98 2.00 2.74 2.11 1.89 2.54 1.71 1.16 0.55 0.65 0.35 3.51 0.14 0.12 0.21
O3' 0.91 1.63 0.82 0.40 1.65 0.37 2.25 0.55 2.56 1.96 2.17 1.43 1.36 2.48 1.47 0.82 0.24 0.43 0.44 3.12 0.61 0.72 0.50
O4' 0.31 0.72 0.44 0.29 0.76 0.50 1.24 0.76 1.43 1.17 1.10 0.68 0.52 1.52 0.71 0.41 0.19 0.31 0.26 1.86 0.57 0.51 0.35
O5' 0.94 0.67 0.98 0.98 1.01 0.75 1.39 0.92 1.39 1.64 1.01 0.51 0.63 1.80 1.18 0.99 0.92 0.78 1.14 1.72 1.48 1.46 1.29
O6 1.17 0.66 1.41 1.62 0.82 1.19 0.65 1.03 0.47 0.97 0.51 0.67 0.81 0.74 1.02 1.45 1.80 1.06 0.79 0.38 0.43 0.27 0.31
OP1 1.22 0.70 1.24 1.29 1.13 1.11 1.47 1.28 1.40 1.84 1.02 0.52 0.72 1.92 1.38 1.27 1.25 1.13 1.62 1.69 2.10 2.01 1.87
OP2 1.50 0.66 1.54 1.69 1.20 1.49 1.39 1.61 1.19 1.88 0.83 0.38 0.85 1.82 1.53 1.60 1.73 1.48 1.88 1.35 2.29 2.19 2.06
P 1.15 0.55 1.21 1.31 1.00 1.09 1.30 1.25 1.20 1.69 0.83 0.38 0.61 1.74 1.27 1.24 1.30 1.08 1.51 1.46 1.94 1.85 1.71

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.09 0.00 0.03 0.04 0.02 0.04 0.15 0.05 0.01 0.08 0.11 0.09 0.02 0.01 0.03 0.06 0.01 0.28 0.04 0.47 0.25 0.31
C2 0.09 0.00 0.59 0.49 0.03 0.11 0.01 0.43 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.56 0.52 0.29 0.52 0.04 1.02 0.78 0.71
C2' 0.00 0.59 0.00 0.02 0.28 0.02 0.13 0.19 0.25 0.27 0.45 0.72 0.57 0.14 0.02 0.01 0.07 0.01 0.56 0.18 0.75 0.50 0.62
C3' 0.03 0.49 0.02 0.00 0.29 0.01 0.23 0.05 0.31 0.10 0.43 0.57 0.45 0.11 0.12 0.05 0.02 0.01 0.38 0.28 0.35 0.43 0.42
C4 0.04 0.03 0.28 0.29 0.00 0.08 0.00 0.38 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.01 0.02 0.19 0.27 0.17 0.51 0.01 1.02 0.62 0.66
C4' 0.02 0.11 0.02 0.01 0.08 0.00 0.08 0.02 0.10 0.06 0.10 0.13 0.09 0.06 0.03 0.25 0.05 0.01 0.03 0.11 0.20 0.18 0.05
C5 0.04 0.01 0.13 0.23 0.00 0.08 0.00 0.41 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.24 0.07 0.56 0.02 1.29 0.70 0.79
C5' 0.15 0.43 0.19 0.05 0.38 0.02 0.41 0.00 0.46 0.25 0.46 0.42 0.38 0.34 0.27 0.07 0.13 0.03 0.01 0.48 0.36 0.29 0.03
C6 0.05 0.02 0.25 0.31 0.01 0.10 0.01 0.46 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.14 0.34 0.14 0.60 0.00 1.38 0.82 0.86
C8 0.01 0.03 0.27 0.10 0.01 0.06 0.01 0.25 0.02 0.00 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.35 0.10 0.20 0.46 0.04 1.16 0.43 0.63
N1 0.08 0.01 0.45 0.43 0.04 0.10 0.02 0.46 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.05 0.38 0.48 0.22 0.57 0.03 1.23 0.84 0.81
N2 0.11 0.01 0.72 0.57 0.04 0.13 0.02 0.42 0.03 0.04 0.02 0.00 0.02 0.02 0.06 0.75 0.63 0.35 0.50 0.05 0.94 0.82 0.69
N3 0.09 0.01 0.57 0.45 0.01 0.09 0.02 0.38 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.04 0.54 0.45 0.29 0.47 0.03 0.88 0.67 0.62
N7 0.02 0.02 0.14 0.11 0.01 0.06 0.01 0.34 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.26 0.11 0.11 0.53 0.04 1.41 0.60 0.78
N9 0.01 0.05 0.02 0.12 0.02 0.03 0.02 0.27 0.03 0.01 0.05 0.06 0.04 0.02 0.00 0.08 0.08 0.01 0.43 0.03 0.87 0.42 0.53
O2' 0.03 0.56 0.01 0.05 0.19 0.25 0.04 0.07 0.14 0.35 0.38 0.75 0.54 0.26 0.08 0.00 0.12 0.15 0.35 0.08 0.57 0.36 0.43
O3' 0.06 0.52 0.07 0.02 0.27 0.05 0.24 0.13 0.34 0.10 0.48 0.63 0.45 0.11 0.08 0.12 0.00 0.10 0.25 0.33 0.38 0.52 0.34
O4' 0.01 0.29 0.01 0.01 0.17 0.01 0.07 0.03 0.14 0.20 0.22 0.35 0.29 0.11 0.01 0.15 0.10 0.00 0.15 0.11 0.11 0.12 0.14
O5' 0.28 0.52 0.56 0.38 0.51 0.03 0.56 0.01 0.60 0.46 0.57 0.50 0.47 0.53 0.43 0.35 0.25 0.15 0.00 0.62 0.01 0.02 0.01
O6 0.04 0.04 0.18 0.28 0.01 0.11 0.02 0.48 0.00 0.04 0.03 0.05 0.03 0.04 0.03 0.08 0.33 0.11 0.62 0.00 1.53 0.87 0.93
OP1 0.47 1.02 0.75 0.35 1.02 0.20 1.29 0.36 1.38 1.16 1.23 0.94 0.88 1.41 0.87 0.57 0.38 0.11 0.01 1.53 0.00 0.01 0.01
OP2 0.25 0.78 0.50 0.43 0.62 0.18 0.70 0.29 0.82 0.43 0.84 0.82 0.67 0.60 0.42 0.36 0.52 0.12 0.02 0.87 0.01 0.00 0.00
P 0.31 0.71 0.62 0.42 0.66 0.05 0.79 0.03 0.86 0.63 0.81 0.69 0.62 0.78 0.53 0.43 0.34 0.14 0.01 0.93 0.01 0.00 0.00