ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51369

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 1, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.008, 0.020, 0.032, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.020 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.004, 0.028, 0.051, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.028 std_dev=0.024
N1 A 0, 0.003, 0.030, 0.058, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.030 std_dev=0.027
C2 A 0, -0.004, 0.031, 0.067, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.031 std_dev=0.035
C4 A 0, 0.003, 0.039, 0.074, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.039 std_dev=0.036
N3 A 0, 0.003, 0.041, 0.078, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.041 std_dev=0.037
N7 A 0, 0.005, 0.045, 0.085, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.045 std_dev=0.040
N9 A 0, 0.009, 0.050, 0.091, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.050 std_dev=0.041
C1' A 0, 0.000, 0.042, 0.085, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.042 std_dev=0.042
C8 A 0, 0.010, 0.053, 0.095, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.053 std_dev=0.043
O6 A 0, 0.013, 0.065, 0.116, 0.184 max_d=0.184 avg_d=0.065 std_dev=0.051
N2 A 0, 0.005, 0.063, 0.120, 0.184 max_d=0.184 avg_d=0.063 std_dev=0.058
P B 0, 0.386, 0.680, 0.974, 1.014 max_d=1.014 avg_d=0.680 std_dev=0.294
OP1 B 0, 0.209, 0.541, 0.873, 0.911 max_d=0.911 avg_d=0.541 std_dev=0.332
OP2 B 0, 0.146, 0.548, 0.950, 1.335 max_d=1.335 avg_d=0.548 std_dev=0.402
C3' A 0, 0.786, 1.328, 1.870, 1.837 max_d=1.837 avg_d=1.328 std_dev=0.542
O4' A 0, 0.814, 1.404, 1.994, 1.794 max_d=1.794 avg_d=1.404 std_dev=0.590
C2' A 0, 0.770, 1.365, 1.960, 1.844 max_d=1.844 avg_d=1.365 std_dev=0.595
C4' A 0, 1.311, 2.175, 3.039, 2.670 max_d=2.670 avg_d=2.175 std_dev=0.864
O5' B 0, 1.266, 2.137, 3.008, 2.989 max_d=2.989 avg_d=2.137 std_dev=0.871
O3' A 0, -0.192, 0.686, 1.564, 2.836 max_d=2.836 avg_d=0.686 std_dev=0.878
O2' A 0, 1.412, 2.402, 3.392, 3.114 max_d=3.114 avg_d=2.402 std_dev=0.990
O5' A 0, 1.673, 2.821, 3.970, 3.630 max_d=3.630 avg_d=2.821 std_dev=1.148
C5' B 0, 1.701, 2.874, 4.047, 3.941 max_d=3.941 avg_d=2.874 std_dev=1.173
C5' A 0, 2.105, 3.664, 5.223, 4.688 max_d=4.688 avg_d=3.664 std_dev=1.559
OP2 A 0, 2.534, 4.261, 5.988, 5.584 max_d=5.584 avg_d=4.261 std_dev=1.727
P A 0, 2.480, 4.216, 5.952, 5.304 max_d=5.304 avg_d=4.216 std_dev=1.736
C4' B 0, 2.204, 3.943, 5.682, 5.565 max_d=5.565 avg_d=3.943 std_dev=1.739
O4' B 0, 2.791, 4.689, 6.587, 6.568 max_d=6.568 avg_d=4.689 std_dev=1.898
OP1 A 0, 3.159, 5.492, 7.825, 7.534 max_d=7.534 avg_d=5.492 std_dev=2.333
C3' B 0, 3.521, 6.098, 8.675, 8.144 max_d=8.144 avg_d=6.098 std_dev=2.577
C1' B 0, 4.068, 6.800, 9.532, 9.192 max_d=9.192 avg_d=6.800 std_dev=2.732
O3' B 0, 3.691, 6.759, 9.827, 9.074 max_d=9.074 avg_d=6.759 std_dev=3.068
C2' B 0, 4.623, 7.761, 10.899, 10.162 max_d=10.162 avg_d=7.761 std_dev=3.138
C8 B 0, 5.239, 8.488, 11.736, 10.674 max_d=10.674 avg_d=8.488 std_dev=3.248
N9 B 0, 5.161, 8.448, 11.736, 10.980 max_d=10.980 avg_d=8.448 std_dev=3.288
O2' B 0, 5.329, 8.864, 12.399, 11.362 max_d=11.362 avg_d=8.864 std_dev=3.535
N7 B 0, 6.518, 10.529, 14.540, 12.990 max_d=12.990 avg_d=10.529 std_dev=4.011
C4 B 0, 6.472, 10.575, 14.678, 13.554 max_d=13.554 avg_d=10.575 std_dev=4.103
N3 B 0, 6.937, 11.428, 15.919, 14.772 max_d=14.772 avg_d=11.428 std_dev=4.491
C5 B 0, 7.278, 11.794, 16.311, 14.732 max_d=14.732 avg_d=11.794 std_dev=4.517
C2 B 0, 8.289, 13.564, 18.840, 17.278 max_d=17.278 avg_d=13.564 std_dev=5.276
C6 B 0, 8.744, 14.151, 19.558, 17.496 max_d=17.496 avg_d=14.151 std_dev=5.407
N1 B 0, 9.142, 14.849, 20.557, 18.562 max_d=18.562 avg_d=14.849 std_dev=5.707
N2 B 0, 8.957, 14.710, 20.463, 18.794 max_d=18.794 avg_d=14.710 std_dev=5.753
O6 B 0, 9.687, 15.636, 21.584, 19.049 max_d=19.049 avg_d=15.636 std_dev=5.948

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.09 0.01 0.03 0.04 0.01 0.02 0.11 0.04 0.04 0.08 0.11 0.09 0.03 0.01 0.04 0.23 0.01 0.09 0.02 0.29 0.34 0.12
C2 0.09 0.00 0.31 0.25 0.01 0.14 0.01 0.30 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.54 0.34 0.10 0.08 0.02 0.70 0.51 0.29
C2' 0.01 0.31 0.00 0.01 0.16 0.01 0.10 0.19 0.16 0.10 0.25 0.37 0.30 0.04 0.03 0.01 0.02 0.01 0.16 0.12 0.36 0.23 0.15
C3' 0.03 0.25 0.01 0.00 0.13 0.01 0.17 0.03 0.16 0.32 0.19 0.33 0.23 0.29 0.15 0.03 0.01 0.02 0.33 0.17 0.33 0.20 0.29
C4 0.04 0.01 0.16 0.13 0.00 0.05 0.01 0.23 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.31 0.16 0.04 0.12 0.01 0.57 0.47 0.24
C4' 0.01 0.14 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.01 0.05 0.14 0.09 0.19 0.14 0.13 0.03 0.24 0.04 0.01 0.02 0.08 0.10 0.16 0.03
C5 0.02 0.01 0.10 0.17 0.01 0.06 0.00 0.26 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.27 0.08 0.04 0.20 0.01 0.61 0.50 0.28
C5' 0.11 0.30 0.19 0.03 0.23 0.01 0.26 0.00 0.29 0.24 0.29 0.32 0.27 0.28 0.17 0.07 0.18 0.01 0.02 0.31 0.15 0.24 0.02
C6 0.04 0.01 0.16 0.16 0.02 0.05 0.01 0.29 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.35 0.12 0.04 0.20 0.01 0.69 0.53 0.33
C8 0.04 0.01 0.10 0.32 0.00 0.14 0.01 0.24 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.18 0.11 0.27 0.03 0.39 0.46 0.21
N1 0.08 0.01 0.25 0.19 0.03 0.09 0.01 0.29 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.47 0.24 0.07 0.13 0.02 0.73 0.53 0.32
N2 0.11 0.01 0.37 0.33 0.01 0.19 0.01 0.32 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.62 0.45 0.14 0.08 0.04 0.73 0.52 0.30
N3 0.09 0.01 0.30 0.23 0.00 0.14 0.01 0.27 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.50 0.34 0.11 0.08 0.02 0.62 0.48 0.26
N7 0.03 0.01 0.04 0.29 0.01 0.13 0.01 0.28 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.15 0.17 0.09 0.29 0.03 0.52 0.50 0.29
N9 0.01 0.02 0.03 0.15 0.01 0.03 0.01 0.17 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.13 0.09 0.02 0.14 0.02 0.43 0.42 0.18
O2' 0.04 0.54 0.01 0.03 0.31 0.24 0.27 0.07 0.35 0.12 0.47 0.62 0.50 0.15 0.13 0.00 0.08 0.17 0.26 0.33 0.40 0.22 0.19
O3' 0.23 0.34 0.02 0.01 0.16 0.04 0.08 0.18 0.12 0.18 0.24 0.45 0.34 0.17 0.09 0.08 0.00 0.22 0.35 0.09 0.55 0.32 0.41
O4' 0.01 0.10 0.01 0.02 0.04 0.01 0.04 0.01 0.04 0.11 0.07 0.14 0.11 0.09 0.02 0.17 0.22 0.00 0.06 0.06 0.16 0.38 0.12
O5' 0.09 0.08 0.16 0.33 0.12 0.02 0.20 0.02 0.20 0.27 0.13 0.08 0.08 0.29 0.14 0.26 0.35 0.06 0.00 0.26 0.03 0.02 0.01
O6 0.02 0.02 0.12 0.17 0.01 0.08 0.01 0.31 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.03 0.02 0.33 0.09 0.06 0.26 0.00 0.71 0.55 0.37
OP1 0.29 0.70 0.36 0.33 0.57 0.10 0.61 0.15 0.69 0.39 0.73 0.73 0.62 0.52 0.43 0.40 0.55 0.16 0.03 0.71 0.00 0.02 0.01
OP2 0.34 0.51 0.23 0.20 0.47 0.16 0.50 0.24 0.53 0.46 0.53 0.52 0.48 0.50 0.42 0.22 0.32 0.38 0.02 0.55 0.02 0.00 0.01
P 0.12 0.29 0.15 0.29 0.24 0.03 0.28 0.02 0.33 0.21 0.32 0.30 0.26 0.29 0.18 0.19 0.41 0.12 0.01 0.37 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.31 0.49 0.32 0.25 0.53 0.22 0.71 0.14 0.76 0.68 0.64 0.41 0.42 0.80 0.50 0.25 0.80 0.22 0.18 0.88 0.11 0.14 0.10
C2 0.19 0.33 0.21 0.42 0.28 0.32 0.34 0.22 0.38 0.30 0.37 0.34 0.28 0.35 0.24 0.38 1.00 0.20 0.18 0.41 0.23 0.21 0.18
C2' 0.24 0.38 0.25 0.43 0.38 0.40 0.52 0.27 0.58 0.46 0.49 0.33 0.32 0.59 0.34 0.43 1.03 0.28 0.35 0.70 0.14 0.27 0.17
C3' 0.31 0.43 0.34 0.31 0.46 0.24 0.59 0.20 0.65 0.56 0.55 0.38 0.38 0.66 0.43 0.31 0.79 0.24 0.28 0.76 0.13 0.16 0.15
C4 0.31 0.50 0.33 0.20 0.50 0.17 0.61 0.14 0.65 0.55 0.59 0.47 0.45 0.65 0.45 0.17 0.65 0.22 0.16 0.72 0.11 0.14 0.11
C4' 0.41 0.59 0.46 0.25 0.62 0.15 0.79 0.14 0.84 0.75 0.73 0.52 0.52 0.87 0.59 0.26 0.61 0.25 0.19 0.96 0.07 0.17 0.09
C5 0.47 0.70 0.55 0.33 0.65 0.18 0.73 0.20 0.77 0.64 0.75 0.69 0.65 0.74 0.59 0.25 0.28 0.33 0.21 0.82 0.06 0.06 0.12
C5' 0.38 0.62 0.51 0.28 0.60 0.14 0.74 0.15 0.82 0.66 0.74 0.58 0.54 0.78 0.55 0.33 0.50 0.21 0.28 0.93 0.35 0.46 0.31
C6 0.48 0.71 0.58 0.39 0.62 0.23 0.64 0.24 0.68 0.55 0.71 0.74 0.67 0.61 0.55 0.28 0.21 0.35 0.24 0.69 0.08 0.09 0.15
C8 0.51 0.78 0.59 0.36 0.76 0.18 0.89 0.19 0.96 0.79 0.89 0.74 0.71 0.93 0.69 0.30 0.29 0.35 0.19 1.06 0.06 0.08 0.11
N1 0.25 0.49 0.28 0.17 0.38 0.13 0.38 0.12 0.43 0.30 0.48 0.54 0.44 0.34 0.31 0.15 0.56 0.18 0.16 0.43 0.11 0.09 0.10
N2 0.34 0.33 0.44 0.76 0.30 0.53 0.33 0.39 0.35 0.35 0.35 0.35 0.30 0.35 0.31 0.66 1.37 0.35 0.29 0.37 0.36 0.34 0.31
N3 0.21 0.33 0.23 0.41 0.34 0.32 0.45 0.20 0.48 0.42 0.41 0.30 0.28 0.50 0.31 0.37 1.01 0.20 0.18 0.55 0.21 0.23 0.17
N7 0.60 0.87 0.72 0.51 0.83 0.26 0.93 0.25 0.99 0.81 0.95 0.86 0.81 0.94 0.75 0.42 0.21 0.42 0.23 1.06 0.07 0.06 0.14
N9 0.36 0.58 0.39 0.21 0.58 0.16 0.73 0.13 0.78 0.66 0.69 0.52 0.51 0.79 0.54 0.18 0.59 0.25 0.16 0.88 0.09 0.14 0.10
O2' 0.44 0.41 0.51 0.84 0.37 0.76 0.41 0.55 0.46 0.36 0.42 0.45 0.41 0.46 0.35 0.82 1.53 0.56 0.60 0.55 0.34 0.55 0.42
O3' 0.24 0.34 0.25 0.49 0.32 0.46 0.44 0.28 0.49 0.40 0.41 0.34 0.30 0.51 0.28 0.58 1.14 0.35 0.34 0.60 0.09 0.21 0.13
O4' 0.48 0.67 0.52 0.26 0.73 0.12 0.91 0.15 0.96 0.89 0.83 0.58 0.60 1.01 0.70 0.26 0.55 0.30 0.17 1.09 0.11 0.13 0.12
O5' 0.67 0.90 0.84 0.61 0.87 0.28 1.00 0.28 1.09 0.90 1.02 0.86 0.82 1.03 0.81 0.59 0.41 0.39 0.24 1.20 0.16 0.20 0.17
O6 0.68 0.90 0.84 0.72 0.79 0.47 0.77 0.41 0.80 0.69 0.86 0.97 0.87 0.72 0.72 0.53 0.45 0.52 0.36 0.79 0.21 0.22 0.27
OP1 0.72 0.97 0.86 0.70 0.91 0.58 1.02 0.64 1.12 0.89 1.08 0.95 0.89 1.01 0.84 0.76 0.60 0.62 0.75 1.23 0.88 0.94 0.84
OP2 0.49 0.78 0.73 0.59 0.66 0.38 0.76 0.39 0.90 0.56 0.88 0.80 0.69 0.71 0.55 0.66 0.53 0.36 0.47 1.03 0.63 0.64 0.54
P 0.58 0.86 0.82 0.60 0.78 0.23 0.89 0.24 1.01 0.74 0.97 0.85 0.77 0.87 0.69 0.66 0.43 0.28 0.30 1.13 0.42 0.45 0.35

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.08 0.02 0.03 0.04 0.06 0.06 0.03 0.01 0.02 0.14 0.00 0.14 0.02 0.12 0.23 0.13
C2 0.05 0.00 0.37 0.24 0.01 0.29 0.02 0.41 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.28 0.15 0.46 0.48 0.02 0.50 0.55 0.47
C2' 0.00 0.37 0.00 0.01 0.22 0.05 0.15 0.14 0.22 0.10 0.31 0.42 0.35 0.02 0.05 0.00 0.05 0.02 0.12 0.20 0.13 0.27 0.09
C3' 0.01 0.24 0.01 0.00 0.26 0.01 0.35 0.03 0.36 0.31 0.31 0.20 0.20 0.37 0.22 0.03 0.01 0.03 0.29 0.41 0.20 0.40 0.22
C4 0.02 0.01 0.22 0.26 0.00 0.10 0.01 0.19 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.09 0.15 0.23 0.24 0.01 0.19 0.37 0.22
C4' 0.01 0.29 0.05 0.01 0.10 0.00 0.08 0.02 0.08 0.30 0.19 0.40 0.28 0.24 0.09 0.29 0.04 0.01 0.03 0.08 0.12 0.06 0.05
C5 0.01 0.02 0.15 0.35 0.01 0.08 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.13 0.24 0.10 0.32 0.01 0.15 0.64 0.40
C5' 0.08 0.41 0.14 0.03 0.19 0.02 0.10 0.00 0.15 0.27 0.30 0.53 0.39 0.22 0.06 0.15 0.17 0.03 0.02 0.12 0.10 0.04 0.03
C6 0.02 0.02 0.22 0.36 0.01 0.08 0.01 0.15 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.12 0.27 0.19 0.29 0.01 0.18 0.57 0.33
C8 0.03 0.02 0.10 0.31 0.01 0.30 0.01 0.27 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.32 0.22 0.26 0.66 0.02 0.42 1.02 0.79
N1 0.04 0.01 0.31 0.31 0.02 0.19 0.01 0.30 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.19 0.20 0.35 0.36 0.02 0.36 0.47 0.33
N2 0.06 0.01 0.42 0.20 0.02 0.40 0.03 0.53 0.03 0.03 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.39 0.16 0.56 0.66 0.04 0.68 0.81 0.70
N3 0.06 0.01 0.35 0.20 0.01 0.28 0.01 0.39 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.27 0.14 0.46 0.43 0.01 0.43 0.45 0.40
N7 0.03 0.02 0.02 0.37 0.02 0.24 0.01 0.22 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.00 0.02 0.27 0.29 0.15 0.60 0.02 0.39 1.08 0.78
N9 0.01 0.02 0.05 0.22 0.01 0.09 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.12 0.10 0.02 0.28 0.02 0.13 0.49 0.33
O2' 0.02 0.28 0.00 0.03 0.09 0.29 0.13 0.15 0.12 0.32 0.19 0.39 0.27 0.27 0.12 0.00 0.09 0.19 0.27 0.13 0.23 0.34 0.24
O3' 0.14 0.15 0.05 0.01 0.15 0.04 0.24 0.17 0.27 0.22 0.20 0.16 0.14 0.29 0.10 0.09 0.00 0.10 0.37 0.33 0.45 0.47 0.31
O4' 0.00 0.46 0.02 0.03 0.23 0.01 0.10 0.03 0.19 0.26 0.35 0.56 0.46 0.15 0.02 0.19 0.10 0.00 0.17 0.13 0.13 0.16 0.11
O5' 0.14 0.48 0.12 0.29 0.24 0.03 0.32 0.02 0.29 0.66 0.36 0.66 0.43 0.60 0.28 0.27 0.37 0.17 0.00 0.34 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.02 0.20 0.41 0.01 0.08 0.01 0.12 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.02 0.02 0.13 0.33 0.13 0.34 0.00 0.18 0.73 0.45
OP1 0.12 0.50 0.13 0.20 0.19 0.12 0.15 0.10 0.18 0.42 0.36 0.68 0.43 0.39 0.13 0.23 0.45 0.13 0.02 0.18 0.00 0.02 0.01
OP2 0.23 0.55 0.27 0.40 0.37 0.06 0.64 0.04 0.57 1.02 0.47 0.81 0.45 1.08 0.49 0.34 0.47 0.16 0.02 0.73 0.02 0.00 0.01
P 0.13 0.47 0.09 0.22 0.22 0.05 0.40 0.03 0.33 0.79 0.33 0.70 0.40 0.78 0.33 0.24 0.31 0.11 0.01 0.45 0.01 0.01 0.00