ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51370

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.013, 0.020, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.013 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.009, 0.020, 0.030, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.020 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.008, 0.020, 0.032, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.020 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.008, 0.021, 0.034, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.021 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.009, 0.027, 0.045, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.027 std_dev=0.018
C2 A 0, 0.011, 0.031, 0.051, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.031 std_dev=0.020
N3 A 0, 0.011, 0.033, 0.056, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.033 std_dev=0.022
C1' A 0, 0.008, 0.031, 0.054, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.031 std_dev=0.023
C8 A 0, 0.013, 0.037, 0.061, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.037 std_dev=0.024
N7 A 0, 0.011, 0.038, 0.064, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.038 std_dev=0.027
O4' A 0, 0.027, 0.069, 0.112, 0.146 max_d=0.146 avg_d=0.069 std_dev=0.043
O6 A 0, -0.001, 0.063, 0.126, 0.198 max_d=0.198 avg_d=0.063 std_dev=0.063
N2 A 0, 0.027, 0.093, 0.159, 0.214 max_d=0.214 avg_d=0.093 std_dev=0.066
C2' A 0, 0.025, 0.096, 0.167, 0.228 max_d=0.228 avg_d=0.096 std_dev=0.071
C4' A 0, 0.037, 0.182, 0.327, 0.446 max_d=0.446 avg_d=0.182 std_dev=0.145
C5' A 0, 0.043, 0.308, 0.573, 0.877 max_d=0.877 avg_d=0.308 std_dev=0.265
OP1 B 0, 0.077, 0.355, 0.634, 0.842 max_d=0.842 avg_d=0.355 std_dev=0.279
OP2 B 0, 0.060, 0.434, 0.808, 1.037 max_d=1.037 avg_d=0.434 std_dev=0.374
P B 0, 0.050, 0.466, 0.881, 1.105 max_d=1.105 avg_d=0.466 std_dev=0.415
O2' A 0, -0.092, 0.425, 0.942, 1.350 max_d=1.350 avg_d=0.425 std_dev=0.517
C3' A 0, -0.167, 0.457, 1.081, 1.595 max_d=1.595 avg_d=0.457 std_dev=0.624
O5' A 0, -0.120, 0.567, 1.253, 1.881 max_d=1.881 avg_d=0.567 std_dev=0.686
OP2 A 0, -0.189, 0.702, 1.594, 2.460 max_d=2.460 avg_d=0.702 std_dev=0.892
O5' B 0, -0.233, 0.955, 2.143, 3.005 max_d=3.005 avg_d=0.955 std_dev=1.188
P A 0, -0.318, 0.895, 2.108, 3.251 max_d=3.251 avg_d=0.895 std_dev=1.213
O3' A 0, -0.408, 0.938, 2.283, 3.347 max_d=3.347 avg_d=0.938 std_dev=1.346
C5' B 0, -0.413, 1.045, 2.503, 3.753 max_d=3.753 avg_d=1.045 std_dev=1.458
OP1 A 0, -0.571, 1.265, 3.100, 4.708 max_d=4.708 avg_d=1.265 std_dev=1.835
C4' B 0, -0.733, 1.654, 4.042, 5.984 max_d=5.984 avg_d=1.654 std_dev=2.388
C8 B 0, -0.729, 1.848, 4.425, 6.295 max_d=6.295 avg_d=1.848 std_dev=2.577
N7 B 0, -0.710, 1.876, 4.462, 6.319 max_d=6.319 avg_d=1.876 std_dev=2.586
C3' B 0, -0.900, 1.958, 4.817, 7.078 max_d=7.078 avg_d=1.958 std_dev=2.859
O4' B 0, -0.880, 1.986, 4.852, 7.055 max_d=7.055 avg_d=1.986 std_dev=2.866
O3' B 0, -0.976, 2.034, 5.044, 7.456 max_d=7.456 avg_d=2.034 std_dev=3.010
N9 B 0, -1.005, 2.275, 5.555, 7.968 max_d=7.968 avg_d=2.275 std_dev=3.280
C5 B 0, -1.009, 2.352, 5.713, 8.161 max_d=8.161 avg_d=2.352 std_dev=3.361
O6 B 0, -0.939, 2.462, 5.863, 8.368 max_d=8.368 avg_d=2.462 std_dev=3.401
C1' B 0, -1.092, 2.419, 5.931, 8.566 max_d=8.566 avg_d=2.419 std_dev=3.511
C2' B 0, -1.112, 2.477, 6.065, 8.755 max_d=8.755 avg_d=2.477 std_dev=3.589
C6 B 0, -1.112, 2.606, 6.324, 9.010 max_d=9.010 avg_d=2.606 std_dev=3.718
C4 B 0, -1.193, 2.613, 6.418, 9.234 max_d=9.234 avg_d=2.613 std_dev=3.806
N1 B 0, -1.415, 3.098, 7.610, 10.916 max_d=10.916 avg_d=3.098 std_dev=4.513
N3 B 0, -1.456, 3.107, 7.671, 11.076 max_d=11.076 avg_d=3.107 std_dev=4.564
O2' B 0, -1.484, 3.128, 7.739, 11.175 max_d=11.175 avg_d=3.128 std_dev=4.612
C2 B 0, -1.573, 3.325, 8.223, 11.852 max_d=11.852 avg_d=3.325 std_dev=4.898
N2 B 0, -1.837, 3.820, 9.477, 13.669 max_d=13.669 avg_d=3.820 std_dev=5.657

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.11 0.02 0.03 0.03 0.07 0.04 0.03 0.01 0.02 0.36 0.00 0.21 0.04 0.50 0.14 0.22
C2 0.04 0.00 0.09 0.11 0.01 0.05 0.02 0.12 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.46 0.30 0.03 0.27 0.04 1.08 0.07 0.37
C2' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.25 0.05 0.04 0.07 0.13 0.08 0.03 0.01 0.01 0.04 0.02 0.52 0.07 0.75 0.39 0.57
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.17 0.00 0.28 0.01 0.28 0.33 0.19 0.09 0.07 0.34 0.20 0.02 0.00 0.01 0.04 0.36 0.06 0.04 0.05
C4 0.02 0.01 0.04 0.17 0.00 0.04 0.01 0.11 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.36 0.17 0.01 0.20 0.03 0.91 0.09 0.27
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.08 0.08 0.05 0.09 0.05 0.08 0.05 0.31 0.03 0.00 0.02 0.12 0.17 0.21 0.03
C5 0.02 0.02 0.03 0.28 0.01 0.07 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.37 0.02 0.02 0.14 0.04 0.97 0.23 0.21
C5' 0.11 0.12 0.25 0.01 0.11 0.01 0.11 0.00 0.10 0.10 0.12 0.12 0.12 0.11 0.10 0.07 0.23 0.01 0.01 0.10 0.33 0.38 0.02
C6 0.02 0.02 0.05 0.28 0.02 0.08 0.01 0.10 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02 0.02 0.02 0.42 0.02 0.02 0.15 0.01 1.08 0.27 0.24
C8 0.03 0.02 0.04 0.33 0.01 0.08 0.01 0.10 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.20 0.10 0.04 0.10 0.07 0.65 0.22 0.06
N1 0.03 0.01 0.07 0.19 0.02 0.05 0.01 0.12 0.01 0.02 0.00 0.04 0.02 0.01 0.02 0.47 0.16 0.03 0.23 0.04 1.14 0.16 0.33
N2 0.07 0.01 0.13 0.09 0.02 0.09 0.03 0.12 0.04 0.02 0.04 0.00 0.02 0.02 0.03 0.43 0.37 0.06 0.30 0.07 1.10 0.05 0.42
N3 0.04 0.01 0.08 0.07 0.01 0.05 0.02 0.12 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.41 0.34 0.03 0.27 0.02 0.96 0.04 0.35
N7 0.03 0.02 0.03 0.34 0.02 0.08 0.00 0.11 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.30 0.12 0.04 0.12 0.08 0.84 0.33 0.11
N9 0.01 0.02 0.01 0.20 0.01 0.05 0.01 0.10 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.00 0.22 0.12 0.01 0.15 0.04 0.72 0.06 0.20
O2' 0.02 0.46 0.01 0.02 0.36 0.31 0.37 0.07 0.42 0.20 0.47 0.43 0.41 0.30 0.22 0.00 0.03 0.21 0.40 0.40 0.70 0.34 0.50
O3' 0.36 0.30 0.04 0.00 0.17 0.03 0.02 0.23 0.02 0.10 0.16 0.37 0.34 0.12 0.12 0.03 0.00 0.28 0.23 0.09 0.53 0.26 0.28
O4' 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.06 0.03 0.04 0.01 0.21 0.28 0.00 0.06 0.04 0.08 0.12 0.10
O5' 0.21 0.27 0.52 0.04 0.20 0.02 0.14 0.01 0.15 0.10 0.23 0.30 0.27 0.12 0.15 0.40 0.23 0.06 0.00 0.13 0.02 0.01 0.01
O6 0.04 0.04 0.07 0.36 0.03 0.12 0.04 0.10 0.01 0.07 0.04 0.07 0.02 0.08 0.04 0.40 0.09 0.04 0.13 0.00 1.06 0.42 0.18
OP1 0.50 1.08 0.75 0.06 0.91 0.17 0.97 0.33 1.08 0.65 1.14 1.10 0.96 0.84 0.72 0.70 0.53 0.08 0.02 1.06 0.00 0.03 0.02
OP2 0.14 0.07 0.39 0.04 0.09 0.21 0.23 0.38 0.27 0.22 0.16 0.05 0.04 0.33 0.06 0.34 0.26 0.12 0.01 0.42 0.03 0.00 0.01
P 0.22 0.37 0.57 0.05 0.27 0.03 0.21 0.02 0.24 0.06 0.33 0.42 0.35 0.11 0.20 0.50 0.28 0.10 0.01 0.18 0.02 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 1.49 1.51 2.21 1.78 1.38 1.01 1.20 0.59 1.19 1.11 1.36 1.64 1.54 1.02 1.33 2.48 1.51 0.85 0.40 1.06 0.25 0.17 0.08
C2 0.72 0.64 1.41 0.99 0.62 0.41 0.53 0.23 0.50 0.55 0.56 0.68 0.67 0.48 0.64 1.47 0.63 0.23 0.13 0.44 0.25 0.13 0.21
C2' 1.19 1.21 1.88 1.55 1.09 0.80 0.94 0.43 0.94 0.86 1.08 1.33 1.23 0.78 1.05 2.03 1.26 0.60 0.25 0.83 0.30 0.11 0.16
C3' 1.05 1.14 1.70 1.33 1.00 0.59 0.86 0.20 0.87 0.74 1.02 1.27 1.14 0.69 0.94 1.89 1.01 0.45 0.06 0.78 0.51 0.09 0.33
C4 1.40 1.35 2.10 1.65 1.26 0.97 1.08 0.59 1.06 1.04 1.20 1.44 1.39 0.93 1.25 2.30 1.31 0.82 0.41 0.93 0.25 0.16 0.06
C4' 1.61 1.73 2.29 1.87 1.53 1.08 1.33 0.59 1.35 1.19 1.56 1.89 1.73 1.11 1.45 2.60 1.63 0.94 0.40 1.21 0.32 0.14 0.11
C5 1.72 1.63 2.37 1.90 1.53 1.25 1.31 0.81 1.27 1.25 1.45 1.74 1.68 1.11 1.52 2.60 1.54 1.14 0.60 1.11 0.23 0.19 0.06
C5' 2.02 2.14 2.65 2.27 1.90 1.49 1.64 0.94 1.65 1.47 1.92 2.35 2.16 1.36 1.80 2.99 2.07 1.38 0.70 1.46 0.13 0.27 0.13
C6 1.55 1.40 2.17 1.67 1.34 1.13 1.14 0.77 1.09 1.14 1.24 1.49 1.46 0.99 1.36 2.29 1.25 1.04 0.59 0.94 0.20 0.18 0.08
C8 2.02 2.03 2.66 2.20 1.85 1.46 1.59 0.91 1.58 1.46 1.81 2.19 2.07 1.33 1.79 3.02 1.94 1.37 0.68 1.38 0.23 0.21 0.08
N1 0.94 0.83 1.57 1.11 0.80 0.61 0.68 0.38 0.64 0.70 0.73 0.88 0.87 0.60 0.83 1.63 0.72 0.46 0.25 0.55 0.24 0.12 0.12
N2 0.29 0.23 0.97 0.59 0.25 0.17 0.23 0.17 0.21 0.26 0.21 0.24 0.25 0.23 0.28 0.95 0.28 0.29 0.24 0.21 0.23 0.19 0.32
N3 0.96 0.90 1.68 1.25 0.85 0.60 0.74 0.34 0.71 0.73 0.80 0.96 0.93 0.64 0.86 1.79 0.91 0.41 0.20 0.63 0.25 0.14 0.17
N7 2.12 2.07 2.74 2.27 1.90 1.56 1.63 0.99 1.60 1.51 1.84 2.23 2.12 1.36 1.86 3.09 1.97 1.50 0.75 1.39 0.23 0.21 0.13
N9 1.63 1.63 2.33 1.88 1.49 1.15 1.29 0.70 1.27 1.20 1.46 1.75 1.66 1.09 1.45 2.60 1.59 1.01 0.49 1.12 0.24 0.18 0.04
O2' 1.40 1.37 2.11 1.81 1.30 1.10 1.17 0.82 1.15 1.14 1.26 1.45 1.39 1.06 1.29 2.18 1.49 0.85 0.65 1.06 0.27 0.56 0.32
O3' 1.07 1.24 1.72 1.30 1.12 0.56 1.07 0.25 1.11 0.95 1.19 1.32 1.21 0.96 1.05 1.86 0.91 0.46 0.22 1.07 0.26 0.29 0.07
O4' 1.78 1.88 2.50 2.03 1.69 1.23 1.47 0.72 1.48 1.34 1.69 2.03 1.89 1.24 1.61 2.86 1.80 1.10 0.52 1.33 0.24 0.21 0.03
O5' 2.10 2.14 2.66 2.34 1.91 1.64 1.62 1.09 1.61 1.47 1.89 2.35 2.18 1.33 1.84 2.96 2.13 1.53 0.81 1.40 0.05 0.27 0.22
O6 1.86 1.65 2.41 1.87 1.60 1.43 1.36 1.05 1.29 1.37 1.46 1.73 1.73 1.18 1.64 2.49 1.39 1.40 0.87 1.11 0.15 0.26 0.28
OP1 3.39 3.40 3.83 3.62 3.13 3.01 2.76 2.40 2.75 2.60 3.08 3.66 3.46 2.42 3.05 4.05 3.46 2.90 2.05 2.47 1.13 1.27 1.36
OP2 2.06 2.17 2.50 2.18 1.84 1.53 1.47 0.86 1.48 1.26 1.84 2.46 2.21 1.10 1.72 2.91 2.07 1.49 0.54 1.21 0.42 0.21 0.15
P 2.47 2.50 2.96 2.68 2.22 2.04 1.86 1.42 1.84 1.69 2.18 2.75 2.55 1.52 2.14 3.28 2.54 1.94 1.08 1.58 0.20 0.36 0.41

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.10 0.03 0.02 0.05 0.08 0.05 0.01 0.00 0.02 0.35 0.00 0.23 0.03 0.25 0.48 0.30
C2 0.06 0.00 0.24 0.15 0.01 0.08 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.13 0.36 0.20 0.22 0.03 0.26 0.42 0.31
C2' 0.01 0.24 0.00 0.01 0.11 0.01 0.03 0.26 0.07 0.17 0.17 0.29 0.24 0.12 0.01 0.01 0.03 0.02 0.46 0.05 0.56 0.82 0.61
C3' 0.02 0.15 0.01 0.00 0.20 0.01 0.27 0.01 0.28 0.29 0.22 0.11 0.12 0.32 0.20 0.02 0.01 0.01 0.04 0.32 0.11 0.15 0.08
C4 0.02 0.01 0.11 0.20 0.00 0.03 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.22 0.21 0.08 0.17 0.01 0.24 0.43 0.29
C4' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.03 0.00 0.10 0.01 0.07 0.21 0.02 0.15 0.09 0.19 0.08 0.28 0.03 0.01 0.03 0.11 0.02 0.10 0.04
C5 0.02 0.01 0.03 0.27 0.01 0.10 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.38 0.07 0.02 0.09 0.02 0.19 0.36 0.23
C5' 0.10 0.14 0.26 0.01 0.07 0.01 0.04 0.00 0.04 0.11 0.08 0.20 0.15 0.12 0.04 0.03 0.20 0.02 0.01 0.07 0.01 0.04 0.01
C6 0.03 0.01 0.07 0.28 0.01 0.07 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.37 0.09 0.05 0.10 0.01 0.19 0.33 0.23
C8 0.02 0.01 0.17 0.29 0.00 0.21 0.02 0.11 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.45 0.09 0.17 0.07 0.04 0.17 0.42 0.22
N1 0.05 0.01 0.17 0.22 0.01 0.02 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.24 0.23 0.13 0.16 0.03 0.23 0.36 0.27
N2 0.08 0.01 0.29 0.11 0.02 0.15 0.01 0.20 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.15 0.47 0.26 0.27 0.03 0.29 0.44 0.34
N3 0.05 0.01 0.24 0.12 0.01 0.09 0.01 0.15 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.10 0.39 0.19 0.24 0.02 0.27 0.45 0.32
N7 0.01 0.01 0.12 0.32 0.01 0.19 0.00 0.12 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.49 0.10 0.12 0.08 0.04 0.15 0.33 0.18
N9 0.00 0.02 0.01 0.20 0.00 0.08 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.24 0.13 0.02 0.17 0.03 0.24 0.46 0.30
O2' 0.02 0.13 0.01 0.02 0.22 0.28 0.38 0.03 0.37 0.45 0.24 0.15 0.10 0.49 0.24 0.00 0.02 0.19 0.32 0.44 0.41 0.91 0.52
O3' 0.35 0.36 0.03 0.01 0.21 0.03 0.07 0.20 0.09 0.09 0.23 0.47 0.39 0.10 0.13 0.02 0.00 0.26 0.12 0.04 0.27 0.12 0.16
O4' 0.00 0.20 0.02 0.01 0.08 0.01 0.02 0.02 0.05 0.17 0.13 0.26 0.19 0.12 0.02 0.19 0.26 0.00 0.08 0.04 0.03 0.18 0.08
O5' 0.23 0.22 0.46 0.04 0.17 0.03 0.09 0.01 0.10 0.07 0.16 0.27 0.24 0.08 0.17 0.32 0.12 0.08 0.00 0.08 0.01 0.02 0.01
O6 0.03 0.03 0.05 0.32 0.01 0.11 0.02 0.07 0.01 0.04 0.03 0.03 0.02 0.04 0.03 0.44 0.04 0.04 0.08 0.00 0.18 0.28 0.20
OP1 0.25 0.26 0.56 0.11 0.24 0.02 0.19 0.01 0.19 0.17 0.23 0.29 0.27 0.15 0.24 0.41 0.27 0.03 0.01 0.18 0.00 0.01 0.01
OP2 0.48 0.42 0.82 0.15 0.43 0.10 0.36 0.04 0.33 0.42 0.36 0.44 0.45 0.33 0.46 0.91 0.12 0.18 0.02 0.28 0.01 0.00 0.01
P 0.30 0.31 0.61 0.08 0.29 0.04 0.23 0.01 0.23 0.22 0.27 0.34 0.32 0.18 0.30 0.52 0.16 0.08 0.01 0.20 0.01 0.01 0.00