ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51372

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.018, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C2 A 0, 0.000, 0.020, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.020 std_dev=0.020
N7 A 0, 0.000, 0.021, 0.043, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.021 std_dev=0.021
C6 A 0, 0.000, 0.022, 0.044, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.022
N1 A 0, 0.000, 0.023, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.023
C1' A 0, 0.000, 0.026, 0.051, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.026 std_dev=0.026
C8 A 0, 0.000, 0.027, 0.054, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.027 std_dev=0.027
N9 A 0, 0.000, 0.031, 0.063, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.031 std_dev=0.031
C4 A 0, 0.000, 0.032, 0.064, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.032 std_dev=0.032
N3 A 0, 0.000, 0.036, 0.071, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.036 std_dev=0.036
N2 A 0, 0.000, 0.042, 0.083, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.042 std_dev=0.042
O6 A 0, 0.000, 0.056, 0.112, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.056 std_dev=0.056
O4' A 0, 0.000, 0.062, 0.125, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.062 std_dev=0.062
O2' A 0, 0.000, 0.067, 0.135, 0.135 max_d=0.135 avg_d=0.067 std_dev=0.067
C2' A 0, 0.000, 0.072, 0.143, 0.143 max_d=0.143 avg_d=0.072 std_dev=0.072
C4' A 0, 0.000, 0.081, 0.163, 0.163 max_d=0.163 avg_d=0.081 std_dev=0.081
C5' A 0, 0.000, 0.101, 0.202, 0.202 max_d=0.202 avg_d=0.101 std_dev=0.101
P A 0, 0.000, 0.106, 0.213, 0.213 max_d=0.213 avg_d=0.106 std_dev=0.106
C3' A 0, 0.000, 0.115, 0.229, 0.229 max_d=0.229 avg_d=0.115 std_dev=0.115
O3' A 0, 0.000, 0.139, 0.278, 0.278 max_d=0.278 avg_d=0.139 std_dev=0.139
OP1 B 0, 0.000, 0.163, 0.326, 0.326 max_d=0.326 avg_d=0.163 std_dev=0.163
O5' A 0, 0.000, 0.165, 0.330, 0.330 max_d=0.330 avg_d=0.165 std_dev=0.165
O4' B 0, 0.000, 0.191, 0.381, 0.381 max_d=0.381 avg_d=0.191 std_dev=0.191
O2' B 0, 0.000, 0.193, 0.386, 0.386 max_d=0.386 avg_d=0.193 std_dev=0.193
C1' B 0, 0.000, 0.196, 0.392, 0.392 max_d=0.392 avg_d=0.196 std_dev=0.196
N9 B 0, 0.000, 0.199, 0.398, 0.398 max_d=0.398 avg_d=0.199 std_dev=0.199
C2' B 0, 0.000, 0.204, 0.408, 0.408 max_d=0.408 avg_d=0.204 std_dev=0.204
C4 B 0, 0.000, 0.205, 0.410, 0.410 max_d=0.410 avg_d=0.205 std_dev=0.205
OP1 A 0, 0.000, 0.208, 0.417, 0.417 max_d=0.417 avg_d=0.208 std_dev=0.208
N3 B 0, 0.000, 0.212, 0.424, 0.424 max_d=0.424 avg_d=0.212 std_dev=0.212
C5' B 0, 0.000, 0.214, 0.429, 0.429 max_d=0.429 avg_d=0.214 std_dev=0.214
C4' B 0, 0.000, 0.220, 0.441, 0.441 max_d=0.441 avg_d=0.220 std_dev=0.220
C8 B 0, 0.000, 0.225, 0.450, 0.450 max_d=0.450 avg_d=0.225 std_dev=0.225
C2 B 0, 0.000, 0.230, 0.460, 0.460 max_d=0.460 avg_d=0.230 std_dev=0.230
C5 B 0, 0.000, 0.233, 0.465, 0.465 max_d=0.465 avg_d=0.233 std_dev=0.233
N7 B 0, 0.000, 0.244, 0.488, 0.488 max_d=0.488 avg_d=0.244 std_dev=0.244
N1 B 0, 0.000, 0.251, 0.502, 0.502 max_d=0.502 avg_d=0.251 std_dev=0.251
C6 B 0, 0.000, 0.259, 0.518, 0.518 max_d=0.518 avg_d=0.259 std_dev=0.259
C3' B 0, 0.000, 0.260, 0.520, 0.520 max_d=0.520 avg_d=0.260 std_dev=0.260
N2 B 0, 0.000, 0.261, 0.521, 0.521 max_d=0.521 avg_d=0.261 std_dev=0.261
P B 0, 0.000, 0.277, 0.553, 0.553 max_d=0.553 avg_d=0.277 std_dev=0.277
OP2 A 0, 0.000, 0.294, 0.589, 0.589 max_d=0.589 avg_d=0.294 std_dev=0.294
O6 B 0, 0.000, 0.301, 0.601, 0.601 max_d=0.601 avg_d=0.301 std_dev=0.301
O3' B 0, 0.000, 0.313, 0.625, 0.625 max_d=0.625 avg_d=0.313 std_dev=0.313
OP2 B 0, 0.000, 0.391, 0.782, 0.782 max_d=0.782 avg_d=0.391 std_dev=0.391
O5' B 0, 0.000, 0.426, 0.852, 0.852 max_d=0.852 avg_d=0.426 std_dev=0.426

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.01 0.12 0.05 0.01
C2 0.03 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.02 0.13 0.01 0.12 0.02 0.01
C2' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.03 0.05 0.02 0.04 0.03 0.05 0.02 0.00 0.00 0.01 0.04 0.04 0.14 0.06 0.01
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.05 0.01 0.05 0.04 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.12 0.07 0.03
C4 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.13 0.00 0.11 0.03 0.01
C4' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.04 0.03 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.09 0.07 0.00
C5 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.11 0.01 0.14 0.03 0.02
C5' 0.02 0.04 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.05 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.05 0.08 0.02
C6 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.10 0.00 0.15 0.06 0.04
C8 0.03 0.00 0.05 0.05 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.03 0.05 0.11 0.02 0.12 0.01 0.01
N1 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.10 0.01 0.16 0.03 0.03
N2 0.04 0.00 0.04 0.05 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.08 0.04 0.13 0.02 0.12 0.04 0.02
N3 0.04 0.01 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.03 0.14 0.00 0.11 0.05 0.03
N7 0.02 0.00 0.05 0.05 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.02 0.04 0.09 0.02 0.14 0.06 0.03
N9 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.13 0.02 0.11 0.04 0.02
O2' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.02 0.05 0.02 0.03 0.02 0.05 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.14 0.06 0.02
O3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.08 0.06 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.11 0.07 0.02
O4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.04 0.03 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.07 0.04 0.11 0.04 0.01
O5' 0.09 0.13 0.04 0.03 0.13 0.01 0.11 0.00 0.10 0.11 0.10 0.13 0.14 0.09 0.13 0.03 0.02 0.07 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01
O6 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.04 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.04 0.00 0.04 0.07 0.00 0.17 0.10 0.07
OP1 0.12 0.12 0.14 0.12 0.11 0.09 0.14 0.05 0.15 0.12 0.16 0.12 0.11 0.14 0.11 0.14 0.11 0.11 0.01 0.17 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.02 0.06 0.07 0.03 0.07 0.03 0.08 0.06 0.01 0.03 0.04 0.05 0.06 0.04 0.06 0.07 0.04 0.01 0.10 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.07 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.03 0.00 0.03 0.05 0.01 0.06 0.02 0.08 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01 0.06 0.06 0.13 0.01 0.08 0.11 0.03
C2 0.08 0.09 0.05 0.03 0.10 0.02 0.11 0.02 0.11 0.10 0.11 0.09 0.09 0.11 0.10 0.06 0.04 0.06 0.23 0.12 0.06 0.13 0.05
C2' 0.03 0.02 0.03 0.05 0.03 0.06 0.03 0.07 0.03 0.04 0.02 0.03 0.02 0.05 0.03 0.02 0.06 0.05 0.14 0.04 0.07 0.10 0.03
C3' 0.03 0.05 0.03 0.05 0.05 0.06 0.06 0.07 0.08 0.06 0.07 0.06 0.04 0.07 0.04 0.02 0.06 0.05 0.12 0.10 0.08 0.11 0.03
C4 0.02 0.08 0.00 0.01 0.07 0.04 0.09 0.07 0.11 0.04 0.11 0.07 0.06 0.07 0.05 0.02 0.02 0.02 0.17 0.11 0.07 0.10 0.04
C4' 0.06 0.06 0.05 0.07 0.07 0.08 0.09 0.09 0.11 0.09 0.08 0.04 0.05 0.11 0.07 0.04 0.08 0.07 0.08 0.13 0.07 0.13 0.01
C5 0.04 0.10 0.03 0.03 0.09 0.00 0.12 0.03 0.14 0.08 0.12 0.08 0.08 0.11 0.07 0.04 0.02 0.01 0.20 0.14 0.10 0.03 0.08
C5' 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.07 0.10 0.08 0.12 0.09 0.10 0.05 0.05 0.11 0.07 0.05 0.08 0.07 0.08 0.16 0.07 0.10 0.02
C6 0.08 0.11 0.07 0.07 0.11 0.05 0.14 0.03 0.14 0.12 0.13 0.09 0.10 0.14 0.11 0.07 0.07 0.06 0.25 0.15 0.11 0.03 0.13
C8 0.01 0.06 0.01 0.02 0.04 0.05 0.06 0.07 0.10 0.01 0.09 0.06 0.04 0.02 0.00 0.00 0.03 0.04 0.14 0.10 0.09 0.05 0.05
N1 0.09 0.09 0.07 0.07 0.10 0.06 0.12 0.03 0.12 0.12 0.11 0.08 0.09 0.12 0.11 0.07 0.07 0.07 0.28 0.12 0.09 0.03 0.11
N2 0.10 0.10 0.06 0.05 0.11 0.05 0.11 0.00 0.12 0.11 0.12 0.09 0.10 0.11 0.11 0.08 0.06 0.09 0.23 0.12 0.03 0.17 0.02
N3 0.03 0.08 0.01 0.01 0.08 0.04 0.09 0.07 0.10 0.06 0.10 0.07 0.07 0.07 0.07 0.03 0.01 0.00 0.17 0.10 0.06 0.14 0.02
N7 0.03 0.09 0.02 0.02 0.08 0.01 0.11 0.03 0.14 0.04 0.12 0.08 0.08 0.08 0.05 0.03 0.01 0.00 0.17 0.15 0.11 0.01 0.09
N9 0.02 0.05 0.03 0.04 0.03 0.07 0.04 0.09 0.07 0.01 0.08 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.05 0.06 0.13 0.07 0.07 0.10 0.03
O2' 0.02 0.03 0.03 0.05 0.02 0.06 0.02 0.07 0.02 0.02 0.02 0.04 0.03 0.03 0.02 0.01 0.06 0.05 0.17 0.02 0.07 0.10 0.04
O3' 0.01 0.05 0.01 0.03 0.03 0.03 0.04 0.04 0.06 0.03 0.06 0.06 0.04 0.05 0.01 0.02 0.04 0.03 0.14 0.08 0.11 0.10 0.05
O4' 0.04 0.01 0.04 0.05 0.03 0.06 0.06 0.08 0.06 0.08 0.01 0.02 0.00 0.09 0.05 0.02 0.05 0.06 0.08 0.08 0.07 0.13 0.01
O5' 0.05 0.05 0.06 0.05 0.06 0.04 0.05 0.03 0.05 0.05 0.05 0.03 0.06 0.04 0.06 0.06 0.03 0.04 0.22 0.02 0.20 0.04 0.15
O6 0.10 0.11 0.10 0.11 0.12 0.09 0.14 0.07 0.15 0.14 0.13 0.10 0.11 0.15 0.12 0.09 0.11 0.09 0.27 0.16 0.14 0.13 0.18
OP1 0.11 0.02 0.10 0.12 0.06 0.15 0.07 0.18 0.01 0.14 0.04 0.04 0.02 0.13 0.11 0.08 0.12 0.15 0.01 0.01 0.02 0.16 0.06
OP2 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.04 0.07 0.07 0.07 0.09 0.01 0.06 0.02 0.11 0.04 0.03 0.03 0.04 0.08 0.15 0.04 0.08 0.01
P 0.03 0.03 0.02 0.03 0.01 0.05 0.03 0.07 0.01 0.06 0.03 0.04 0.02 0.06 0.03 0.02 0.04 0.05 0.11 0.05 0.07 0.06 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.10 0.03
C2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.06 0.03 0.19 0.04 0.07
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.11 0.00 0.12 0.12 0.01
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.12 0.01 0.13 0.12 0.01
C4 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.07 0.01 0.18 0.04 0.08
C4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.11 0.14 0.00
C5 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.10 0.00 0.20 0.01 0.11
C5' 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.16 0.01
C6 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01 0.11 0.01 0.21 0.03 0.12
C8 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.10 0.00 0.19 0.00 0.11
N1 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.10 0.03 0.21 0.01 0.11
N2 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.04 0.02 0.05 0.05 0.19 0.06 0.07
N3 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.03 0.04 0.02 0.17 0.07 0.06
N7 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.04 0.00 0.00 0.12 0.01 0.20 0.04 0.13
N9 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.01 0.17 0.05 0.07
O2' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.04 0.01 0.13 0.03 0.10 0.12 0.03
O3' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.04 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.10 0.02 0.13 0.12 0.00
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.01 0.13 0.12 0.04
O5' 0.01 0.06 0.11 0.12 0.07 0.02 0.10 0.01 0.11 0.10 0.10 0.05 0.04 0.12 0.06 0.13 0.10 0.07 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00
O6 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.05 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.13 0.00 0.22 0.08 0.15
OP1 0.14 0.19 0.12 0.13 0.18 0.11 0.20 0.07 0.21 0.19 0.21 0.19 0.17 0.20 0.17 0.10 0.13 0.13 0.00 0.22 0.00 0.01 0.00
OP2 0.10 0.04 0.12 0.12 0.04 0.14 0.01 0.16 0.03 0.00 0.01 0.06 0.07 0.04 0.05 0.12 0.12 0.12 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01
P 0.03 0.07 0.01 0.01 0.08 0.00 0.11 0.01 0.12 0.11 0.11 0.07 0.06 0.13 0.07 0.03 0.00 0.04 0.00 0.15 0.00 0.01 0.00