ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51373

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.006, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.000, 0.017, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C5 A 0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.019
C4 A 0, 0.000, 0.026, 0.052, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.026 std_dev=0.026
N9 A 0, 0.000, 0.028, 0.056, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.028 std_dev=0.028
N2 A 0, 0.000, 0.029, 0.058, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.029 std_dev=0.029
N7 A 0, 0.000, 0.034, 0.069, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.034 std_dev=0.034
O6 A 0, 0.000, 0.040, 0.081, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.040 std_dev=0.040
C8 A 0, 0.000, 0.041, 0.082, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.041 std_dev=0.041
O4' A 0, 0.000, 0.168, 0.337, 0.337 max_d=0.337 avg_d=0.168 std_dev=0.168
C2' A 0, 0.000, 0.189, 0.377, 0.377 max_d=0.377 avg_d=0.189 std_dev=0.189
C4' A 0, 0.000, 0.219, 0.437, 0.437 max_d=0.437 avg_d=0.219 std_dev=0.219
C3' A 0, 0.000, 0.235, 0.470, 0.470 max_d=0.470 avg_d=0.235 std_dev=0.235
O3' A 0, 0.000, 0.281, 0.562, 0.562 max_d=0.562 avg_d=0.281 std_dev=0.281
O2' A 0, 0.000, 0.314, 0.628, 0.628 max_d=0.628 avg_d=0.314 std_dev=0.314
C5' A 0, 0.000, 0.421, 0.841, 0.841 max_d=0.841 avg_d=0.421 std_dev=0.421
O5' A 0, 0.000, 0.508, 1.016, 1.016 max_d=1.016 avg_d=0.508 std_dev=0.508
P B 0, 0.000, 0.606, 1.211, 1.211 max_d=1.211 avg_d=0.606 std_dev=0.606
OP2 B 0, 0.000, 0.639, 1.278, 1.278 max_d=1.278 avg_d=0.639 std_dev=0.639
OP1 B 0, 0.000, 0.640, 1.279, 1.279 max_d=1.279 avg_d=0.640 std_dev=0.640
O5' B 0, 0.000, 0.685, 1.370, 1.370 max_d=1.370 avg_d=0.685 std_dev=0.685
C5' B 0, 0.000, 0.879, 1.758, 1.758 max_d=1.758 avg_d=0.879 std_dev=0.879
C4' B 0, 0.000, 1.032, 2.064, 2.064 max_d=2.064 avg_d=1.032 std_dev=1.032
O4' B 0, 0.000, 1.058, 2.117, 2.117 max_d=2.117 avg_d=1.058 std_dev=1.058
P A 0, 0.000, 1.060, 2.119, 2.119 max_d=2.119 avg_d=1.060 std_dev=1.060
N7 B 0, 0.000, 1.061, 2.121, 2.121 max_d=2.121 avg_d=1.061 std_dev=1.061
O6 B 0, 0.000, 1.138, 2.276, 2.276 max_d=2.276 avg_d=1.138 std_dev=1.138
C5 B 0, 0.000, 1.142, 2.284, 2.284 max_d=2.284 avg_d=1.142 std_dev=1.142
C8 B 0, 0.000, 1.162, 2.324, 2.324 max_d=2.324 avg_d=1.162 std_dev=1.162
C6 B 0, 0.000, 1.210, 2.421, 2.421 max_d=2.421 avg_d=1.210 std_dev=1.210
OP2 A 0, 0.000, 1.219, 2.439, 2.439 max_d=2.439 avg_d=1.219 std_dev=1.219
N9 B 0, 0.000, 1.232, 2.465, 2.465 max_d=2.465 avg_d=1.232 std_dev=1.232
C4 B 0, 0.000, 1.259, 2.518, 2.518 max_d=2.518 avg_d=1.259 std_dev=1.259
C1' B 0, 0.000, 1.320, 2.640, 2.640 max_d=2.640 avg_d=1.320 std_dev=1.320
OP1 A 0, 0.000, 1.323, 2.647, 2.647 max_d=2.647 avg_d=1.323 std_dev=1.323
C3' B 0, 0.000, 1.384, 2.768, 2.768 max_d=2.768 avg_d=1.384 std_dev=1.384
N3 B 0, 0.000, 1.441, 2.882, 2.882 max_d=2.882 avg_d=1.441 std_dev=1.441
N1 B 0, 0.000, 1.451, 2.901, 2.901 max_d=2.901 avg_d=1.451 std_dev=1.451
C2' B 0, 0.000, 1.462, 2.923, 2.923 max_d=2.923 avg_d=1.462 std_dev=1.462
C2 B 0, 0.000, 1.548, 3.095, 3.095 max_d=3.095 avg_d=1.548 std_dev=1.548
O3' B 0, 0.000, 1.728, 3.456, 3.456 max_d=3.456 avg_d=1.728 std_dev=1.728
O2' B 0, 0.000, 1.736, 3.471, 3.471 max_d=3.471 avg_d=1.736 std_dev=1.736
N2 B 0, 0.000, 1.808, 3.616, 3.616 max_d=3.616 avg_d=1.808 std_dev=1.808

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.11 0.11
C2 0.00 0.00 0.05 0.08 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.08 0.02 0.04 0.00 0.03 0.08 0.09
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.02 0.06 0.06 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.06 0.03 0.04
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.07 0.09 0.08 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.12 0.06 0.03
C4 0.00 0.01 0.01 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.03 0.00 0.03 0.10 0.09
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.06 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.02 0.03
C5 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.05 0.00 0.03 0.09 0.06
C5' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.05 0.04 0.01 0.01 0.06 0.02 0.06 0.01 0.00 0.00 0.05 0.03 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.04 0.01 0.05 0.00 0.03 0.08 0.06
C8 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.05 0.04 0.00 0.03 0.11 0.06
N1 0.00 0.00 0.02 0.07 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.07 0.01 0.05 0.00 0.02 0.08 0.07
N2 0.01 0.00 0.06 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.09 0.04 0.03 0.01 0.03 0.08 0.10
N3 0.01 0.00 0.06 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.03 0.02 0.01 0.03 0.09 0.10
N7 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.06 0.00 0.03 0.09 0.04
N9 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.04 0.11 0.09
O2' 0.02 0.03 0.00 0.01 0.03 0.06 0.04 0.06 0.06 0.03 0.05 0.03 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.06 0.03 0.07 0.12 0.01 0.01
O3' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.07 0.09 0.07 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.22 0.14 0.10
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.04 0.03 0.04 0.01 0.06 0.00 0.00 0.02 0.02 0.07 0.13 0.13
O5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.04 0.05 0.03 0.02 0.06 0.02 0.03 0.02 0.02 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00
O6 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.03 0.02 0.06 0.00 0.02 0.07 0.04
OP1 0.03 0.03 0.06 0.12 0.03 0.04 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.04 0.12 0.22 0.07 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.11 0.08 0.03 0.06 0.10 0.02 0.09 0.00 0.08 0.11 0.08 0.08 0.09 0.09 0.11 0.01 0.14 0.13 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00
P 0.11 0.09 0.04 0.03 0.09 0.03 0.06 0.00 0.06 0.06 0.07 0.10 0.10 0.04 0.09 0.01 0.10 0.13 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.65 0.35 0.78 0.75 0.51 0.49 0.51 0.42 0.40 0.70 0.33 0.29 0.43 0.62 0.63 0.85 0.80 0.45 0.17 0.37 0.01 0.14 0.03
C2 0.51 0.28 0.60 0.58 0.43 0.40 0.45 0.44 0.37 0.60 0.29 0.22 0.34 0.55 0.52 0.62 0.55 0.36 0.23 0.36 0.07 0.11 0.07
C2' 0.65 0.36 0.78 0.75 0.53 0.51 0.53 0.48 0.43 0.72 0.35 0.28 0.44 0.65 0.64 0.84 0.79 0.46 0.24 0.41 0.10 0.06 0.11
C3' 0.69 0.39 0.82 0.81 0.55 0.56 0.53 0.50 0.43 0.72 0.37 0.33 0.48 0.63 0.66 0.89 0.88 0.51 0.26 0.39 0.13 0.00 0.16
C4 0.64 0.39 0.75 0.73 0.53 0.50 0.52 0.47 0.43 0.68 0.38 0.33 0.46 0.61 0.62 0.80 0.76 0.46 0.22 0.41 0.00 0.09 0.07
C4' 0.65 0.33 0.79 0.76 0.49 0.49 0.46 0.40 0.35 0.65 0.30 0.28 0.43 0.56 0.60 0.87 0.86 0.45 0.15 0.30 0.01 0.12 0.04
C5 0.70 0.48 0.81 0.80 0.59 0.58 0.58 0.53 0.50 0.72 0.46 0.44 0.54 0.65 0.68 0.87 0.84 0.54 0.28 0.47 0.01 0.03 0.10
C5' 0.67 0.37 0.80 0.79 0.50 0.51 0.45 0.39 0.35 0.63 0.32 0.33 0.46 0.53 0.61 0.90 0.92 0.47 0.14 0.29 0.03 0.10 0.04
C6 0.68 0.49 0.78 0.78 0.60 0.59 0.58 0.58 0.52 0.70 0.48 0.45 0.55 0.64 0.67 0.81 0.79 0.55 0.34 0.49 0.01 0.01 0.14
C8 0.74 0.49 0.87 0.84 0.61 0.58 0.59 0.49 0.50 0.74 0.46 0.45 0.56 0.66 0.71 0.95 0.93 0.55 0.23 0.46 0.04 0.05 0.07
N1 0.57 0.38 0.65 0.64 0.50 0.48 0.51 0.52 0.44 0.63 0.39 0.33 0.44 0.58 0.58 0.67 0.61 0.44 0.31 0.43 0.07 0.04 0.13
N2 0.40 0.18 0.48 0.46 0.34 0.31 0.37 0.37 0.29 0.53 0.20 0.10 0.24 0.49 0.43 0.49 0.41 0.26 0.19 0.30 0.13 0.15 0.05
N3 0.54 0.29 0.65 0.63 0.44 0.42 0.45 0.42 0.36 0.63 0.29 0.22 0.36 0.56 0.54 0.68 0.63 0.38 0.19 0.35 0.03 0.13 0.04
N7 0.76 0.54 0.89 0.87 0.64 0.62 0.61 0.53 0.54 0.75 0.51 0.51 0.60 0.67 0.73 0.96 0.96 0.59 0.28 0.50 0.03 0.01 0.10
N9 0.68 0.41 0.80 0.78 0.55 0.52 0.54 0.46 0.44 0.71 0.39 0.35 0.48 0.63 0.65 0.87 0.83 0.49 0.21 0.41 0.02 0.09 0.05
O2' 0.60 0.26 0.74 0.70 0.47 0.44 0.49 0.41 0.37 0.71 0.27 0.17 0.35 0.64 0.60 0.80 0.72 0.39 0.16 0.36 0.04 0.17 0.02
O3' 0.67 0.36 0.81 0.80 0.53 0.55 0.51 0.50 0.40 0.70 0.33 0.29 0.45 0.62 0.64 0.88 0.87 0.49 0.27 0.37 0.16 0.00 0.17
O4' 0.64 0.33 0.78 0.74 0.48 0.46 0.46 0.37 0.35 0.65 0.30 0.28 0.42 0.56 0.60 0.86 0.84 0.43 0.10 0.31 0.08 0.18 0.02
O5' 0.69 0.42 0.81 0.81 0.53 0.54 0.48 0.42 0.38 0.63 0.37 0.40 0.50 0.53 0.62 0.91 0.95 0.50 0.18 0.32 0.01 0.04 0.08
O6 0.74 0.58 0.82 0.83 0.66 0.66 0.63 0.63 0.58 0.71 0.56 0.56 0.63 0.66 0.71 0.86 0.86 0.62 0.40 0.55 0.01 0.08 0.18
OP1 0.44 0.22 0.54 0.56 0.28 0.33 0.20 0.19 0.12 0.32 0.14 0.22 0.29 0.22 0.36 0.64 0.76 0.29 0.02 0.04 0.14 0.15 0.05
OP2 0.42 0.23 0.52 0.54 0.28 0.32 0.19 0.17 0.13 0.29 0.16 0.25 0.30 0.20 0.34 0.62 0.75 0.28 0.02 0.05 0.19 0.14 0.07
P 0.47 0.23 0.58 0.59 0.30 0.34 0.22 0.19 0.14 0.35 0.15 0.23 0.31 0.24 0.38 0.69 0.79 0.30 0.03 0.06 0.20 0.19 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.04 0.03 0.00 0.00 0.01 0.09 0.00 0.02 0.01 0.02 0.09 0.05
C2 0.03 0.00 0.02 0.05 0.00 0.08 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.05 0.07 0.09 0.01 0.07 0.03 0.03
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.07 0.00 0.04 0.02 0.06 0.03 0.00 0.00 0.02 0.04 0.04 0.01 0.10 0.07
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.07 0.05 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.04
C4 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.04 0.05 0.00 0.07 0.05 0.00
C4' 0.01 0.08 0.02 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.06 0.11 0.08 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.08 0.07
C5 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.08 0.02 0.03 0.00 0.08 0.03 0.01
C5' 0.02 0.08 0.03 0.02 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.06 0.11 0.08 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.07 0.03 0.04 0.00 0.09 0.02 0.02
C8 0.00 0.00 0.07 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.13 0.08 0.02 0.00 0.01 0.08 0.05 0.01
N1 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.05 0.07 0.00 0.08 0.02 0.03
N2 0.04 0.00 0.04 0.07 0.01 0.11 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.08 0.03 0.09 0.12 0.00 0.07 0.01 0.04
N3 0.03 0.00 0.02 0.05 0.00 0.08 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.05 0.07 0.09 0.01 0.06 0.05 0.01
N7 0.00 0.00 0.06 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.12 0.08 0.00 0.00 0.01 0.09 0.03 0.01
N9 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.08 0.00 0.02 0.00 0.06 0.07 0.02
O2' 0.01 0.04 0.00 0.02 0.02 0.02 0.07 0.01 0.05 0.13 0.01 0.08 0.04 0.12 0.05 0.00 0.06 0.03 0.02 0.08 0.00 0.07 0.04
O3' 0.09 0.05 0.00 0.00 0.07 0.02 0.08 0.01 0.07 0.08 0.06 0.03 0.05 0.08 0.08 0.06 0.00 0.07 0.02 0.08 0.04 0.12 0.08
O4' 0.00 0.07 0.02 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.05 0.09 0.07 0.00 0.00 0.03 0.07 0.00 0.00 0.02 0.03 0.11 0.07
O5' 0.02 0.09 0.04 0.00 0.05 0.00 0.03 0.01 0.04 0.00 0.07 0.12 0.09 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00
O6 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.08 0.08 0.02 0.03 0.00 0.09 0.01 0.02
OP1 0.02 0.07 0.01 0.00 0.07 0.04 0.08 0.01 0.09 0.08 0.08 0.07 0.06 0.09 0.06 0.00 0.04 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00
OP2 0.09 0.03 0.10 0.06 0.05 0.08 0.03 0.02 0.02 0.05 0.02 0.01 0.05 0.03 0.07 0.07 0.12 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.03 0.07 0.04 0.00 0.07 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.01 0.02 0.04 0.08 0.07 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00