ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51374

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.001, 0.002, 0.002 max_d=0.002 avg_d=0.001 std_dev=0.001
O6 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C5 A 0, 0.000, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N7 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C8 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.000, 0.004, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C4 A 0, 0.000, 0.004, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N9 A 0, 0.000, 0.004, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.000, 0.006, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N2 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
O3' A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C2' A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C3' A 0, 0.000, 0.022, 0.044, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.022
O4' A 0, 0.000, 0.026, 0.051, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.026 std_dev=0.026
O2' A 0, 0.000, 0.036, 0.073, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.036 std_dev=0.036
C4' A 0, 0.000, 0.043, 0.085, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.043 std_dev=0.043
C5' A 0, 0.000, 0.083, 0.165, 0.165 max_d=0.165 avg_d=0.083 std_dev=0.083
OP1 B 0, 0.000, 0.088, 0.177, 0.177 max_d=0.177 avg_d=0.088 std_dev=0.088
P A 0, 0.000, 0.101, 0.202, 0.202 max_d=0.202 avg_d=0.101 std_dev=0.101
OP2 A 0, 0.000, 0.102, 0.204, 0.204 max_d=0.204 avg_d=0.102 std_dev=0.102
OP1 A 0, 0.000, 0.105, 0.210, 0.210 max_d=0.210 avg_d=0.105 std_dev=0.105
P B 0, 0.000, 0.105, 0.210, 0.210 max_d=0.210 avg_d=0.105 std_dev=0.105
O5' B 0, 0.000, 0.122, 0.244, 0.244 max_d=0.244 avg_d=0.122 std_dev=0.122
C8 B 0, 0.000, 0.124, 0.248, 0.248 max_d=0.248 avg_d=0.124 std_dev=0.124
N9 B 0, 0.000, 0.126, 0.253, 0.253 max_d=0.253 avg_d=0.126 std_dev=0.126
C5' B 0, 0.000, 0.129, 0.259, 0.259 max_d=0.259 avg_d=0.129 std_dev=0.129
C1' B 0, 0.000, 0.130, 0.259, 0.259 max_d=0.259 avg_d=0.130 std_dev=0.130
O4' B 0, 0.000, 0.133, 0.267, 0.267 max_d=0.267 avg_d=0.133 std_dev=0.133
C3' B 0, 0.000, 0.133, 0.267, 0.267 max_d=0.267 avg_d=0.133 std_dev=0.133
O5' A 0, 0.000, 0.134, 0.268, 0.268 max_d=0.268 avg_d=0.134 std_dev=0.134
C4' B 0, 0.000, 0.134, 0.268, 0.268 max_d=0.268 avg_d=0.134 std_dev=0.134
C2' B 0, 0.000, 0.139, 0.277, 0.277 max_d=0.277 avg_d=0.139 std_dev=0.139
OP2 B 0, 0.000, 0.139, 0.278, 0.278 max_d=0.278 avg_d=0.139 std_dev=0.139
N7 B 0, 0.000, 0.142, 0.283, 0.283 max_d=0.283 avg_d=0.142 std_dev=0.142
O3' B 0, 0.000, 0.143, 0.286, 0.286 max_d=0.286 avg_d=0.143 std_dev=0.143
C4 B 0, 0.000, 0.145, 0.290, 0.290 max_d=0.290 avg_d=0.145 std_dev=0.145
C5 B 0, 0.000, 0.152, 0.304, 0.304 max_d=0.304 avg_d=0.152 std_dev=0.152
N3 B 0, 0.000, 0.162, 0.323, 0.323 max_d=0.323 avg_d=0.162 std_dev=0.162
O2' B 0, 0.000, 0.167, 0.334, 0.334 max_d=0.334 avg_d=0.167 std_dev=0.167
C6 B 0, 0.000, 0.178, 0.356, 0.356 max_d=0.356 avg_d=0.178 std_dev=0.178
C2 B 0, 0.000, 0.183, 0.366, 0.366 max_d=0.366 avg_d=0.183 std_dev=0.183
N1 B 0, 0.000, 0.188, 0.375, 0.375 max_d=0.375 avg_d=0.188 std_dev=0.188
O6 B 0, 0.000, 0.197, 0.394, 0.394 max_d=0.394 avg_d=0.197 std_dev=0.197
N2 B 0, 0.000, 0.211, 0.423, 0.423 max_d=0.423 avg_d=0.211 std_dev=0.211

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.05 0.02
C2 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.05 0.02
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.05 0.02
C4 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00
C5' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01
C8 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01
N1 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00
N2 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01
N3 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01
N7 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00
N9 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01
O2' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.05 0.02
O3' 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.01
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.02
O5' 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00
O6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01
OP1 0.03 0.02 0.04 0.04 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.03 0.05 0.05 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.03 0.03 0.02 0.04 0.05 0.04 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.02 0.05 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.06 0.06 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.05 0.02 0.01 0.01
C2 0.03 0.04 0.02 0.02 0.02 0.04 0.04 0.05 0.06 0.01 0.06 0.04 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.05 0.04 0.07 0.04 0.04 0.04
C2' 0.02 0.05 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.04 0.06 0.07 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.00 0.00
C3' 0.02 0.06 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.04 0.07 0.08 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.04 0.02 0.06 0.02 0.01 0.01
C4 0.02 0.05 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.06 0.02 0.06 0.05 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.03 0.08 0.03 0.02 0.02
C4' 0.02 0.06 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.07 0.08 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.05 0.03 0.01 0.01
C5 0.01 0.05 0.01 0.01 0.03 0.02 0.05 0.02 0.07 0.00 0.07 0.06 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.09 0.03 0.02 0.01
C5' 0.02 0.06 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.04 0.07 0.08 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.03 0.05 0.04 0.02 0.02
C6 0.01 0.06 0.00 0.01 0.04 0.02 0.05 0.02 0.08 0.02 0.07 0.06 0.04 0.05 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.09 0.03 0.03 0.02
C8 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.06 0.01 0.07 0.06 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.08 0.02 0.01 0.01
N1 0.01 0.05 0.01 0.01 0.03 0.03 0.05 0.03 0.07 0.02 0.07 0.05 0.03 0.05 0.01 0.01 0.01 0.04 0.03 0.09 0.04 0.04 0.03
N2 0.03 0.04 0.02 0.03 0.02 0.06 0.03 0.06 0.05 0.01 0.05 0.04 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.06 0.06 0.06 0.04 0.06 0.05
N3 0.03 0.04 0.03 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.05 0.03 0.05 0.04 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.05 0.04 0.07 0.03 0.03 0.03
N7 0.01 0.06 0.01 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.07 0.00 0.07 0.06 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.09 0.02 0.01 0.01
N9 0.02 0.05 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.06 0.02 0.06 0.06 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.07 0.03 0.02 0.01
O2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.06 0.07 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02
O3' 0.02 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.04 0.07 0.09 0.04 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.05 0.02 0.00 0.00
O4' 0.02 0.05 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.06 0.06 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.05 0.02 0.01 0.01
O5' 0.03 0.05 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.04 0.04 0.04 0.06 0.07 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.05 0.03 0.06 0.03 0.03 0.02
O6 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.08 0.03 0.08 0.06 0.04 0.06 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.10 0.02 0.02 0.01
OP1 0.01 0.10 0.02 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.11 0.12 0.07 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01
OP2 0.02 0.11 0.02 0.02 0.06 0.00 0.07 0.00 0.11 0.02 0.12 0.12 0.08 0.04 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01
P 0.01 0.07 0.01 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.07 0.01 0.09 0.09 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.08 0.03 0.01 0.01

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02
C2 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.04 0.00 0.05 0.05 0.05
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01
C3' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01
C4 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.04 0.05 0.05
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00
C5 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.06 0.07 0.07
C5' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.03 0.03 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00
C6 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.06 0.00 0.07 0.08 0.08
C8 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.06 0.06
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.07 0.07
N2 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.05 0.05
N3 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.04 0.04
N7 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.07 0.08 0.08
N9 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.04 0.04
O2' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02
O3' 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.00
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00
O5' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.06 0.05 0.05 0.03 0.03 0.06 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.07 0.00 0.08 0.09 0.09
OP1 0.02 0.05 0.02 0.02 0.04 0.01 0.06 0.01 0.07 0.05 0.06 0.04 0.04 0.07 0.04 0.02 0.02 0.00 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00
OP2 0.02 0.05 0.01 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.08 0.06 0.07 0.05 0.04 0.08 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.09 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.05 0.01 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.08 0.06 0.07 0.05 0.04 0.08 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00