ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51375

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.000, 0.005, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.000, 0.007, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N2 A 0, 0.000, 0.012, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.000, 0.013, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C4' A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.000, 0.016, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C5 A 0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.019
N9 A 0, 0.000, 0.024, 0.047, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.024 std_dev=0.024
O6 A 0, 0.000, 0.028, 0.056, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.028 std_dev=0.028
N7 A 0, 0.000, 0.050, 0.099, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.050 std_dev=0.050
C8 A 0, 0.000, 0.052, 0.104, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.052 std_dev=0.052
O4' A 0, 0.000, 0.057, 0.114, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.057 std_dev=0.057
C2' A 0, 0.000, 0.061, 0.122, 0.122 max_d=0.122 avg_d=0.061 std_dev=0.061
C3' A 0, 0.000, 0.063, 0.125, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.063 std_dev=0.063
C5' A 0, 0.000, 0.083, 0.167, 0.167 max_d=0.167 avg_d=0.083 std_dev=0.083
O3' A 0, 0.000, 0.108, 0.215, 0.215 max_d=0.215 avg_d=0.108 std_dev=0.108
O2' A 0, 0.000, 0.115, 0.229, 0.229 max_d=0.229 avg_d=0.115 std_dev=0.115
OP2 A 0, 0.000, 0.116, 0.232, 0.232 max_d=0.232 avg_d=0.116 std_dev=0.116
OP2 B 0, 0.000, 0.126, 0.251, 0.251 max_d=0.251 avg_d=0.126 std_dev=0.126
P A 0, 0.000, 0.142, 0.285, 0.285 max_d=0.285 avg_d=0.142 std_dev=0.142
OP1 A 0, 0.000, 0.144, 0.287, 0.287 max_d=0.287 avg_d=0.144 std_dev=0.144
P B 0, 0.000, 0.185, 0.371, 0.371 max_d=0.371 avg_d=0.185 std_dev=0.185
O5' A 0, 0.000, 0.189, 0.379, 0.379 max_d=0.379 avg_d=0.189 std_dev=0.189
OP1 B 0, 0.000, 0.210, 0.420, 0.420 max_d=0.420 avg_d=0.210 std_dev=0.210
O5' B 0, 0.000, 0.260, 0.520, 0.520 max_d=0.520 avg_d=0.260 std_dev=0.260
C8 B 0, 0.000, 0.280, 0.561, 0.561 max_d=0.561 avg_d=0.280 std_dev=0.280
N7 B 0, 0.000, 0.285, 0.570, 0.570 max_d=0.570 avg_d=0.285 std_dev=0.285
C5 B 0, 0.000, 0.326, 0.653, 0.653 max_d=0.653 avg_d=0.326 std_dev=0.326
N9 B 0, 0.000, 0.335, 0.671, 0.671 max_d=0.671 avg_d=0.335 std_dev=0.335
O6 B 0, 0.000, 0.337, 0.674, 0.674 max_d=0.674 avg_d=0.337 std_dev=0.337
C6 B 0, 0.000, 0.346, 0.692, 0.692 max_d=0.692 avg_d=0.346 std_dev=0.346
C3' B 0, 0.000, 0.352, 0.705, 0.705 max_d=0.705 avg_d=0.352 std_dev=0.352
O3' B 0, 0.000, 0.357, 0.714, 0.714 max_d=0.714 avg_d=0.357 std_dev=0.357
C4 B 0, 0.000, 0.359, 0.718, 0.718 max_d=0.718 avg_d=0.359 std_dev=0.359
C2' B 0, 0.000, 0.368, 0.736, 0.736 max_d=0.736 avg_d=0.368 std_dev=0.368
C1' B 0, 0.000, 0.386, 0.772, 0.772 max_d=0.772 avg_d=0.386 std_dev=0.386
N1 B 0, 0.000, 0.387, 0.775, 0.775 max_d=0.775 avg_d=0.387 std_dev=0.387
C5' B 0, 0.000, 0.388, 0.776, 0.776 max_d=0.776 avg_d=0.388 std_dev=0.388
C4' B 0, 0.000, 0.394, 0.789, 0.789 max_d=0.789 avg_d=0.394 std_dev=0.394
O4' B 0, 0.000, 0.395, 0.789, 0.789 max_d=0.789 avg_d=0.395 std_dev=0.395
N3 B 0, 0.000, 0.415, 0.830, 0.830 max_d=0.830 avg_d=0.415 std_dev=0.415
C2 B 0, 0.000, 0.425, 0.849, 0.849 max_d=0.849 avg_d=0.425 std_dev=0.425
O2' B 0, 0.000, 0.441, 0.883, 0.883 max_d=0.883 avg_d=0.441 std_dev=0.441
N2 B 0, 0.000, 0.477, 0.954, 0.954 max_d=0.954 avg_d=0.477 std_dev=0.477

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.00 0.08 0.05 0.04
C2 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.02 0.08 0.01 0.09 0.08 0.07
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.10 0.08 0.06
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.06 0.04
C4 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.08 0.00 0.09 0.07 0.07
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.09 0.00 0.09 0.08 0.08
C5' 0.02 0.04 0.02 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.04 0.04 0.04 0.03 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.05 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.09 0.00 0.09 0.08 0.08
C8 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.00 0.09 0.07 0.08
N1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.09 0.00 0.09 0.08 0.08
N2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.04 0.03 0.08 0.01 0.09 0.08 0.08
N3 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.02 0.08 0.01 0.09 0.07 0.07
N7 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.10 0.00 0.09 0.08 0.09
N9 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.08 0.00 0.09 0.06 0.07
O2' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.05 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.11 0.10 0.07
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.04 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.10 0.06 0.04
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01
O5' 0.05 0.08 0.03 0.00 0.08 0.01 0.09 0.00 0.09 0.09 0.09 0.08 0.08 0.10 0.08 0.03 0.00 0.03 0.00 0.09 0.01 0.00 0.00
O6 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.09 0.00 0.09 0.08 0.08
OP1 0.08 0.09 0.10 0.09 0.09 0.06 0.09 0.05 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.11 0.10 0.05 0.01 0.09 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.08 0.08 0.06 0.07 0.02 0.08 0.01 0.08 0.07 0.08 0.08 0.07 0.08 0.06 0.10 0.06 0.00 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.07 0.06 0.04 0.07 0.01 0.08 0.01 0.08 0.08 0.08 0.08 0.07 0.09 0.07 0.07 0.04 0.01 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.05 0.05 0.07 0.05 0.05 0.03 0.01 0.02 0.07 0.03 0.02 0.01 0.02 0.04 0.06 0.08 0.05 0.02
C2 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.05 0.01 0.09 0.03 0.03
C2' 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.04 0.06 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.04 0.07 0.04 0.01
C3' 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.06 0.04 0.07 0.04 0.05 0.03 0.01 0.01 0.06 0.02 0.03 0.02 0.02 0.05 0.05 0.08 0.04 0.02
C4 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.02 0.07 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.05 0.02 0.08 0.03 0.03
C4' 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.06 0.06 0.08 0.06 0.06 0.04 0.02 0.02 0.07 0.03 0.03 0.02 0.03 0.05 0.07 0.09 0.05 0.02
C5 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.06 0.00 0.08 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.04 0.00 0.05 0.05 0.00 0.08 0.02 0.04
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.05 0.04 0.07 0.06 0.07 0.07 0.05 0.03 0.03 0.09 0.04 0.01 0.00 0.01 0.03 0.08 0.06 0.07 0.01
C6 0.04 0.03 0.02 0.02 0.03 0.06 0.02 0.08 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.03 0.04 0.00 0.06 0.05 0.02 0.07 0.01 0.04
C8 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.06 0.01 0.08 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.05 0.02 0.08 0.02 0.03
N1 0.04 0.03 0.02 0.01 0.02 0.06 0.02 0.07 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.06 0.05 0.02 0.09 0.01 0.04
N2 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.06 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.05 0.02 0.08 0.02 0.03
N3 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.02 0.07 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.08 0.04 0.02
N7 0.04 0.02 0.02 0.03 0.02 0.07 0.00 0.08 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.04 0.00 0.06 0.05 0.00 0.07 0.01 0.04
N9 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.06 0.03 0.07 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.00 0.04 0.05 0.03 0.08 0.04 0.02
O2' 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.05 0.02 0.06 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.05 0.02 0.08 0.02 0.02
O3' 0.02 0.00 0.04 0.06 0.01 0.08 0.03 0.10 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.05 0.00 0.06 0.05 0.04 0.08 0.05 0.11 0.02 0.04
O4' 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.06 0.06 0.08 0.07 0.06 0.05 0.03 0.03 0.08 0.03 0.03 0.01 0.03 0.05 0.08 0.09 0.06 0.02
O5' 0.06 0.08 0.07 0.06 0.09 0.02 0.10 0.01 0.10 0.11 0.08 0.07 0.08 0.12 0.09 0.05 0.07 0.04 0.03 0.10 0.01 0.11 0.06
O6 0.05 0.04 0.03 0.02 0.04 0.07 0.03 0.08 0.03 0.02 0.04 0.05 0.04 0.02 0.04 0.05 0.00 0.07 0.05 0.03 0.05 0.00 0.04
OP1 0.07 0.10 0.07 0.05 0.11 0.02 0.13 0.01 0.13 0.13 0.11 0.09 0.09 0.14 0.10 0.05 0.06 0.05 0.04 0.14 0.01 0.13 0.07
OP2 0.06 0.08 0.06 0.05 0.09 0.02 0.10 0.01 0.10 0.11 0.09 0.07 0.08 0.12 0.08 0.04 0.06 0.04 0.04 0.11 0.02 0.11 0.06
P 0.05 0.07 0.05 0.04 0.08 0.01 0.10 0.00 0.10 0.10 0.08 0.06 0.07 0.11 0.08 0.03 0.05 0.03 0.03 0.10 0.00 0.11 0.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01
C2 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02
C4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02
C5' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.02 0.03
C8 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01
N1 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.02 0.03
N2 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02
N3 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02
N7 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01
O2' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00
O3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.05 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.05 0.04
O4' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02
O5' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00
O6 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.03 0.03
OP1 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.05 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00