ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51376

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.000, 0.008, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N2 A 0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.000, 0.012, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.000, 0.013, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.017
N9 A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.018
O4' A 0, 0.000, 0.024, 0.048, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.024 std_dev=0.024
O6 A 0, 0.000, 0.025, 0.051, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.025 std_dev=0.025
N7 A 0, 0.000, 0.027, 0.055, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.027 std_dev=0.027
C8 A 0, 0.000, 0.031, 0.063, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.031 std_dev=0.031
C4' A 0, 0.000, 0.071, 0.142, 0.142 max_d=0.142 avg_d=0.071 std_dev=0.071
C2' A 0, 0.000, 0.085, 0.170, 0.170 max_d=0.170 avg_d=0.085 std_dev=0.085
O5' A 0, 0.000, 0.103, 0.207, 0.207 max_d=0.207 avg_d=0.103 std_dev=0.103
C5' A 0, 0.000, 0.115, 0.229, 0.229 max_d=0.229 avg_d=0.115 std_dev=0.115
C3' A 0, 0.000, 0.125, 0.250, 0.250 max_d=0.250 avg_d=0.125 std_dev=0.125
O2' A 0, 0.000, 0.133, 0.265, 0.265 max_d=0.265 avg_d=0.133 std_dev=0.133
P A 0, 0.000, 0.155, 0.310, 0.310 max_d=0.310 avg_d=0.155 std_dev=0.155
O3' A 0, 0.000, 0.171, 0.342, 0.342 max_d=0.342 avg_d=0.171 std_dev=0.171
P B 0, 0.000, 0.171, 0.342, 0.342 max_d=0.342 avg_d=0.171 std_dev=0.171
OP2 A 0, 0.000, 0.181, 0.363, 0.363 max_d=0.363 avg_d=0.181 std_dev=0.181
OP1 B 0, 0.000, 0.192, 0.384, 0.384 max_d=0.384 avg_d=0.192 std_dev=0.192
OP2 B 0, 0.000, 0.200, 0.400, 0.400 max_d=0.400 avg_d=0.200 std_dev=0.200
OP1 A 0, 0.000, 0.229, 0.459, 0.459 max_d=0.459 avg_d=0.229 std_dev=0.229
O5' B 0, 0.000, 0.253, 0.507, 0.507 max_d=0.507 avg_d=0.253 std_dev=0.253
C5' B 0, 0.000, 0.266, 0.531, 0.531 max_d=0.531 avg_d=0.266 std_dev=0.266
C8 B 0, 0.000, 0.285, 0.570, 0.570 max_d=0.570 avg_d=0.285 std_dev=0.285
O4' B 0, 0.000, 0.300, 0.599, 0.599 max_d=0.599 avg_d=0.300 std_dev=0.300
N7 B 0, 0.000, 0.301, 0.602, 0.602 max_d=0.602 avg_d=0.301 std_dev=0.301
O3' B 0, 0.000, 0.304, 0.607, 0.607 max_d=0.607 avg_d=0.304 std_dev=0.304
C4' B 0, 0.000, 0.304, 0.608, 0.608 max_d=0.608 avg_d=0.304 std_dev=0.304
C3' B 0, 0.000, 0.307, 0.615, 0.615 max_d=0.615 avg_d=0.307 std_dev=0.307
N9 B 0, 0.000, 0.319, 0.637, 0.637 max_d=0.637 avg_d=0.319 std_dev=0.319
O2' B 0, 0.000, 0.319, 0.637, 0.637 max_d=0.637 avg_d=0.319 std_dev=0.319
C2' B 0, 0.000, 0.328, 0.656, 0.656 max_d=0.656 avg_d=0.328 std_dev=0.328
C1' B 0, 0.000, 0.329, 0.659, 0.659 max_d=0.659 avg_d=0.329 std_dev=0.329
C5 B 0, 0.000, 0.343, 0.685, 0.685 max_d=0.685 avg_d=0.343 std_dev=0.343
C4 B 0, 0.000, 0.351, 0.702, 0.702 max_d=0.702 avg_d=0.351 std_dev=0.351
C6 B 0, 0.000, 0.387, 0.773, 0.773 max_d=0.773 avg_d=0.387 std_dev=0.387
N3 B 0, 0.000, 0.396, 0.792, 0.792 max_d=0.792 avg_d=0.396 std_dev=0.396
O6 B 0, 0.000, 0.408, 0.816, 0.816 max_d=0.816 avg_d=0.408 std_dev=0.408
N1 B 0, 0.000, 0.426, 0.851, 0.851 max_d=0.851 avg_d=0.426 std_dev=0.426
C2 B 0, 0.000, 0.428, 0.856, 0.856 max_d=0.856 avg_d=0.428 std_dev=0.428
N2 B 0, 0.000, 0.479, 0.958, 0.958 max_d=0.958 avg_d=0.479 std_dev=0.479

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.03 0.03
C2 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.00
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.00
C4 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03
C5' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.05 0.02 0.00 0.00 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.03 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.04
C8 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02
N2 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.08 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00
N3 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00
N7 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.04
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00
O2' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.00 0.04 0.03 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01
O3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.08 0.06 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.05 0.04
O5' 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00
O6 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.06 0.05
OP1 0.04 0.02 0.03 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.00 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.02 0.06 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.02 0.03 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.03 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.05 0.07 0.05 0.05 0.07 0.06 0.10 0.06 0.11 0.08 0.10 0.07 0.06 0.10 0.06 0.06 0.03 0.03 0.03 0.14 0.00 0.12 0.07
C2 0.04 0.03 0.04 0.05 0.04 0.07 0.06 0.08 0.06 0.07 0.05 0.02 0.03 0.07 0.05 0.06 0.04 0.04 0.05 0.08 0.04 0.13 0.09
C2' 0.04 0.06 0.04 0.05 0.06 0.06 0.08 0.06 0.09 0.06 0.08 0.05 0.05 0.08 0.05 0.05 0.03 0.03 0.04 0.11 0.00 0.11 0.07
C3' 0.03 0.05 0.03 0.04 0.05 0.05 0.07 0.05 0.09 0.06 0.07 0.05 0.04 0.08 0.04 0.04 0.02 0.02 0.03 0.12 0.01 0.11 0.06
C4 0.02 0.04 0.03 0.04 0.04 0.05 0.06 0.05 0.07 0.06 0.05 0.03 0.03 0.07 0.04 0.04 0.02 0.02 0.02 0.09 0.00 0.11 0.06
C4' 0.04 0.07 0.04 0.05 0.07 0.06 0.09 0.06 0.11 0.08 0.09 0.06 0.06 0.10 0.06 0.05 0.03 0.03 0.02 0.13 0.00 0.12 0.06
C5 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.03 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.03 0.08 0.03
C5' 0.05 0.07 0.06 0.06 0.07 0.07 0.09 0.07 0.11 0.08 0.09 0.06 0.06 0.10 0.07 0.07 0.04 0.04 0.03 0.13 0.02 0.13 0.07
C6 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.07 0.02
C8 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.05 0.02 0.06 0.04 0.05 0.02 0.02 0.06 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.09 0.03 0.09 0.03
N1 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.05 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.10 0.06
N2 0.07 0.05 0.07 0.09 0.07 0.11 0.08 0.12 0.07 0.09 0.06 0.04 0.05 0.09 0.07 0.08 0.07 0.07 0.08 0.08 0.08 0.15 0.11
N3 0.05 0.05 0.05 0.06 0.06 0.07 0.08 0.08 0.08 0.08 0.07 0.04 0.05 0.09 0.06 0.06 0.04 0.04 0.04 0.10 0.03 0.13 0.08
N7 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.06 0.05 0.07 0.02
N9 0.03 0.05 0.03 0.04 0.05 0.05 0.07 0.05 0.09 0.06 0.07 0.04 0.04 0.08 0.04 0.05 0.02 0.02 0.02 0.11 0.01 0.11 0.05
O2' 0.03 0.04 0.02 0.03 0.04 0.05 0.06 0.06 0.07 0.05 0.06 0.04 0.03 0.07 0.04 0.03 0.02 0.02 0.05 0.10 0.01 0.11 0.07
O3' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.02 0.06 0.03 0.08 0.04 0.06 0.03 0.02 0.06 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.11 0.03 0.08 0.03
O4' 0.06 0.09 0.06 0.06 0.08 0.07 0.11 0.06 0.13 0.09 0.11 0.08 0.07 0.11 0.08 0.07 0.04 0.04 0.03 0.15 0.00 0.13 0.07
O5' 0.03 0.05 0.03 0.04 0.05 0.04 0.07 0.05 0.09 0.06 0.07 0.04 0.04 0.08 0.04 0.04 0.02 0.02 0.02 0.11 0.01 0.11 0.06
O6 0.06 0.05 0.06 0.05 0.04 0.04 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03 0.06 0.06 0.01 0.04 0.03 0.07 0.06 0.06 0.01 0.09 0.03 0.01
OP1 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.05 0.04 0.06 0.04 0.05 0.02 0.02 0.05 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.08 0.02 0.09 0.05
OP2 0.02 0.04 0.03 0.03 0.04 0.04 0.05 0.04 0.07 0.04 0.05 0.03 0.03 0.06 0.03 0.05 0.02 0.01 0.02 0.09 0.01 0.10 0.05
P 0.03 0.05 0.03 0.04 0.05 0.05 0.07 0.05 0.08 0.06 0.07 0.04 0.04 0.07 0.04 0.05 0.03 0.02 0.02 0.11 0.00 0.11 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.08 0.04
C2 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.06 0.02
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.06 0.03
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.05 0.03 0.04 0.04 0.03
C4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.06 0.02
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.04 0.02
C5 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.06 0.00 0.03 0.04 0.00
C5' 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.05 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.05 0.02 0.01
C6 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.06 0.00 0.04 0.03 0.01
C8 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.04 0.05 0.00
N1 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.04 0.00
N2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.03
N3 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.07 0.03
N7 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.04 0.03 0.02
N9 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.02 0.07 0.02
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.05 0.07 0.05 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.03 0.06 0.04 0.01
O3' 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.04 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02 0.03 0.00 0.01 0.08 0.03 0.04 0.04 0.03
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.05
O5' 0.01 0.02 0.02 0.05 0.04 0.00 0.06 0.00 0.06 0.08 0.04 0.01 0.01 0.09 0.04 0.01 0.08 0.01 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00
O6 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.08 0.00 0.05 0.01 0.03
OP1 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.05 0.03 0.05 0.04 0.04 0.03 0.01 0.02 0.04 0.02 0.06 0.04 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00
OP2 0.08 0.06 0.06 0.04 0.06 0.04 0.04 0.02 0.03 0.05 0.04 0.06 0.07 0.03 0.07 0.04 0.04 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00