ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51377

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N7 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.000, 0.014, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C8 A 0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.019
C6 A 0, 0.000, 0.020, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.020 std_dev=0.020
C4 A 0, 0.000, 0.023, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.023
N1 A 0, 0.000, 0.025, 0.051, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.025 std_dev=0.025
N3 A 0, 0.000, 0.027, 0.054, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.027 std_dev=0.027
N9 A 0, 0.000, 0.032, 0.064, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.032 std_dev=0.032
C2 A 0, 0.000, 0.032, 0.065, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.032 std_dev=0.032
C1' A 0, 0.000, 0.042, 0.084, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.042 std_dev=0.042
O6 A 0, 0.000, 0.056, 0.113, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.056 std_dev=0.056
O4' A 0, 0.000, 0.079, 0.159, 0.159 max_d=0.159 avg_d=0.079 std_dev=0.079
O3' A 0, 0.000, 0.090, 0.179, 0.179 max_d=0.179 avg_d=0.090 std_dev=0.090
N2 A 0, 0.000, 0.126, 0.251, 0.251 max_d=0.251 avg_d=0.126 std_dev=0.126
C4' A 0, 0.000, 0.132, 0.264, 0.264 max_d=0.264 avg_d=0.132 std_dev=0.132
C3' A 0, 0.000, 0.147, 0.295, 0.295 max_d=0.295 avg_d=0.147 std_dev=0.147
C2' A 0, 0.000, 0.163, 0.327, 0.327 max_d=0.327 avg_d=0.163 std_dev=0.163
OP2 B 0, 0.000, 0.209, 0.417, 0.417 max_d=0.417 avg_d=0.209 std_dev=0.209
C5' A 0, 0.000, 0.225, 0.450, 0.450 max_d=0.450 avg_d=0.225 std_dev=0.225
OP1 B 0, 0.000, 0.257, 0.513, 0.513 max_d=0.513 avg_d=0.257 std_dev=0.257
O2' A 0, 0.000, 0.266, 0.533, 0.533 max_d=0.533 avg_d=0.266 std_dev=0.266
P B 0, 0.000, 0.285, 0.571, 0.571 max_d=0.571 avg_d=0.285 std_dev=0.285
C5' B 0, 0.000, 0.359, 0.718, 0.718 max_d=0.718 avg_d=0.359 std_dev=0.359
O3' B 0, 0.000, 0.388, 0.777, 0.777 max_d=0.777 avg_d=0.388 std_dev=0.388
OP1 A 0, 0.000, 0.406, 0.811, 0.811 max_d=0.811 avg_d=0.406 std_dev=0.406
C4' B 0, 0.000, 0.407, 0.813, 0.813 max_d=0.813 avg_d=0.407 std_dev=0.407
C3' B 0, 0.000, 0.430, 0.860, 0.860 max_d=0.860 avg_d=0.430 std_dev=0.430
P A 0, 0.000, 0.446, 0.892, 0.892 max_d=0.892 avg_d=0.446 std_dev=0.446
O4' B 0, 0.000, 0.451, 0.903, 0.903 max_d=0.903 avg_d=0.451 std_dev=0.451
C8 B 0, 0.000, 0.470, 0.939, 0.939 max_d=0.939 avg_d=0.470 std_dev=0.470
OP2 A 0, 0.000, 0.484, 0.967, 0.967 max_d=0.967 avg_d=0.484 std_dev=0.484
O5' B 0, 0.000, 0.484, 0.969, 0.969 max_d=0.969 avg_d=0.484 std_dev=0.484
N7 B 0, 0.000, 0.487, 0.975, 0.975 max_d=0.975 avg_d=0.487 std_dev=0.487
N9 B 0, 0.000, 0.496, 0.992, 0.992 max_d=0.992 avg_d=0.496 std_dev=0.496
C2' B 0, 0.000, 0.497, 0.994, 0.994 max_d=0.994 avg_d=0.497 std_dev=0.497
C1' B 0, 0.000, 0.499, 0.998, 0.998 max_d=0.998 avg_d=0.499 std_dev=0.499
C5 B 0, 0.000, 0.526, 1.051, 1.051 max_d=1.051 avg_d=0.526 std_dev=0.526
C4 B 0, 0.000, 0.534, 1.068, 1.068 max_d=1.068 avg_d=0.534 std_dev=0.534
O2' B 0, 0.000, 0.546, 1.092, 1.092 max_d=1.092 avg_d=0.546 std_dev=0.546
O6 B 0, 0.000, 0.549, 1.099, 1.099 max_d=1.099 avg_d=0.549 std_dev=0.549
C6 B 0, 0.000, 0.558, 1.117, 1.117 max_d=1.117 avg_d=0.558 std_dev=0.558
N3 B 0, 0.000, 0.568, 1.136, 1.136 max_d=1.136 avg_d=0.568 std_dev=0.568
N1 B 0, 0.000, 0.593, 1.187, 1.187 max_d=1.187 avg_d=0.593 std_dev=0.593
C2 B 0, 0.000, 0.601, 1.203, 1.203 max_d=1.203 avg_d=0.601 std_dev=0.601
N2 B 0, 0.000, 0.656, 1.312, 1.312 max_d=1.312 avg_d=0.656 std_dev=0.656
O5' A 0, 0.000, 0.718, 1.436, 1.436 max_d=1.436 avg_d=0.718 std_dev=0.718

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.05 0.08 0.04 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.15 0.05 0.19 0.22 0.02
C2 0.05 0.00 0.09 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.15 0.04 0.01 0.30 0.02 0.22 0.12 0.12
C2' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.08 0.13 0.08 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.09 0.08 0.22 0.19 0.03
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.02 0.06 0.10 0.05 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.06 0.20 0.23 0.03
C4 0.02 0.01 0.05 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.00 0.01 0.29 0.03 0.20 0.16 0.09
C4' 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.05 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.20 0.24 0.02
C5 0.02 0.01 0.05 0.04 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.08 0.00 0.00 0.33 0.03 0.19 0.12 0.11
C5' 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.06 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.22 0.23 0.00
C6 0.04 0.01 0.07 0.05 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.11 0.02 0.00 0.36 0.01 0.20 0.09 0.14
C8 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.06 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.26 0.04 0.15 0.19 0.05
N1 0.05 0.01 0.08 0.06 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.14 0.03 0.01 0.35 0.01 0.21 0.09 0.14
N2 0.08 0.00 0.13 0.10 0.01 0.05 0.02 0.03 0.04 0.02 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.20 0.10 0.02 0.25 0.06 0.19 0.13 0.09
N3 0.04 0.01 0.08 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.13 0.02 0.01 0.26 0.01 0.20 0.16 0.08
N7 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.32 0.04 0.16 0.13 0.09
N9 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.24 0.04 0.18 0.20 0.05
O2' 0.02 0.15 0.00 0.01 0.09 0.01 0.08 0.00 0.11 0.01 0.14 0.20 0.13 0.03 0.03 0.00 0.02 0.02 0.07 0.12 0.22 0.19 0.02
O3' 0.02 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.10 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.13 0.03 0.17 0.25 0.07
O4' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.17 0.02 0.19 0.24 0.02
O5' 0.15 0.30 0.09 0.05 0.29 0.01 0.33 0.00 0.36 0.26 0.35 0.25 0.26 0.32 0.24 0.07 0.13 0.17 0.00 0.36 0.01 0.02 0.01
O6 0.05 0.02 0.08 0.06 0.03 0.03 0.03 0.04 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.04 0.04 0.12 0.03 0.02 0.36 0.00 0.17 0.07 0.14
OP1 0.19 0.22 0.22 0.20 0.20 0.20 0.19 0.22 0.20 0.15 0.21 0.19 0.20 0.16 0.18 0.22 0.17 0.19 0.01 0.17 0.00 0.01 0.01
OP2 0.22 0.12 0.19 0.23 0.16 0.24 0.12 0.23 0.09 0.19 0.09 0.13 0.16 0.13 0.20 0.19 0.25 0.24 0.02 0.07 0.01 0.00 0.01
P 0.02 0.12 0.03 0.03 0.09 0.02 0.11 0.00 0.14 0.05 0.14 0.09 0.08 0.09 0.05 0.02 0.07 0.02 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.10 0.06 0.10 0.10 0.10 0.09 0.11 0.09 0.11 0.12 0.09 0.06 0.07 0.13 0.10 0.12 0.14 0.10 0.08 0.11 0.05 0.04 0.08
C2 0.06 0.04 0.08 0.08 0.07 0.06 0.09 0.05 0.09 0.09 0.07 0.03 0.04 0.11 0.07 0.10 0.12 0.06 0.04 0.10 0.03 0.03 0.04
C2' 0.13 0.10 0.13 0.14 0.13 0.13 0.14 0.12 0.14 0.14 0.12 0.09 0.10 0.15 0.13 0.16 0.18 0.12 0.10 0.14 0.08 0.07 0.10
C3' 0.11 0.08 0.11 0.12 0.11 0.11 0.13 0.10 0.13 0.13 0.11 0.07 0.08 0.14 0.11 0.14 0.15 0.11 0.08 0.13 0.06 0.05 0.09
C4 0.08 0.06 0.08 0.09 0.08 0.07 0.11 0.06 0.10 0.10 0.08 0.05 0.06 0.12 0.08 0.10 0.12 0.07 0.06 0.11 0.03 0.03 0.06
C4' 0.09 0.06 0.09 0.09 0.09 0.08 0.12 0.08 0.12 0.11 0.09 0.06 0.07 0.13 0.09 0.11 0.12 0.09 0.08 0.12 0.04 0.04 0.07
C5 0.07 0.06 0.08 0.09 0.08 0.06 0.10 0.05 0.11 0.09 0.09 0.05 0.06 0.12 0.08 0.10 0.12 0.06 0.05 0.11 0.02 0.02 0.05
C5' 0.09 0.08 0.09 0.10 0.10 0.08 0.13 0.08 0.13 0.12 0.11 0.07 0.08 0.15 0.10 0.11 0.13 0.09 0.09 0.14 0.05 0.04 0.07
C6 0.07 0.06 0.08 0.09 0.09 0.06 0.11 0.05 0.11 0.10 0.09 0.06 0.06 0.13 0.08 0.10 0.13 0.06 0.06 0.12 0.03 0.03 0.05
C8 0.07 0.05 0.07 0.08 0.07 0.06 0.09 0.06 0.09 0.09 0.08 0.04 0.05 0.11 0.07 0.09 0.12 0.07 0.05 0.10 0.02 0.00 0.05
N1 0.07 0.06 0.09 0.10 0.09 0.07 0.11 0.06 0.11 0.10 0.09 0.06 0.06 0.13 0.08 0.11 0.14 0.06 0.06 0.12 0.04 0.04 0.05
N2 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.01 0.02 0.02 0.06 0.01 0.05 0.08 0.00 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02
N3 0.07 0.04 0.07 0.08 0.07 0.06 0.09 0.06 0.09 0.09 0.07 0.03 0.04 0.12 0.07 0.10 0.11 0.06 0.05 0.10 0.03 0.03 0.05
N7 0.07 0.06 0.07 0.08 0.08 0.06 0.10 0.05 0.10 0.09 0.08 0.05 0.06 0.11 0.07 0.09 0.12 0.06 0.05 0.11 0.01 0.00 0.04
N9 0.08 0.05 0.08 0.09 0.08 0.08 0.10 0.07 0.10 0.10 0.08 0.05 0.06 0.12 0.08 0.10 0.12 0.08 0.06 0.11 0.03 0.02 0.06
O2' 0.16 0.12 0.17 0.18 0.15 0.17 0.16 0.16 0.16 0.17 0.14 0.12 0.13 0.18 0.16 0.20 0.23 0.16 0.12 0.16 0.12 0.10 0.13
O3' 0.07 0.03 0.08 0.08 0.07 0.07 0.09 0.07 0.08 0.09 0.06 0.03 0.04 0.11 0.07 0.11 0.12 0.08 0.05 0.09 0.03 0.02 0.05
O4' 0.07 0.05 0.07 0.08 0.08 0.07 0.10 0.06 0.10 0.10 0.08 0.04 0.05 0.12 0.08 0.10 0.11 0.07 0.07 0.11 0.03 0.02 0.06
O5' 0.27 0.30 0.25 0.24 0.27 0.26 0.25 0.27 0.25 0.26 0.27 0.30 0.29 0.24 0.27 0.22 0.19 0.28 0.27 0.24 0.30 0.34 0.29
O6 0.05 0.06 0.06 0.08 0.08 0.04 0.10 0.02 0.11 0.08 0.09 0.05 0.06 0.11 0.06 0.07 0.12 0.03 0.04 0.12 0.00 0.01 0.03
OP1 0.09 0.11 0.10 0.10 0.08 0.11 0.05 0.12 0.05 0.06 0.07 0.12 0.11 0.04 0.09 0.08 0.08 0.10 0.09 0.04 0.15 0.16 0.12
OP2 0.15 0.14 0.17 0.19 0.16 0.16 0.18 0.16 0.18 0.17 0.16 0.13 0.14 0.19 0.16 0.20 0.23 0.15 0.18 0.18 0.14 0.09 0.15
P 0.05 0.07 0.04 0.03 0.04 0.05 0.02 0.06 0.02 0.03 0.04 0.07 0.07 0.01 0.05 0.01 0.00 0.05 0.04 0.01 0.08 0.12 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.05 0.05 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.06 0.02
C2 0.05 0.00 0.07 0.04 0.03 0.04 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.09 0.05 0.04 0.05 0.02 0.00 0.05 0.00
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.05 0.07 0.06 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.08 0.03
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.06 0.02 0.05 0.04 0.07 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.06 0.10 0.04
C4 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.07 0.03
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.04 0.04 0.05 0.01 0.04 0.02 0.00 0.00 0.02 0.04 0.06 0.02
C5 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.05 0.08 0.04
C5' 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.03 0.06 0.01 0.04 0.04 0.01 0.00 0.02 0.04 0.04 0.01
C6 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.03 0.00 0.00 0.01 0.05 0.08 0.04
C8 0.02 0.03 0.03 0.06 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.07 0.03 0.03 0.02 0.06 0.07 0.05
N1 0.04 0.00 0.05 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.07 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.07 0.02
N2 0.05 0.01 0.07 0.05 0.03 0.04 0.03 0.04 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.03 0.03 0.10 0.06 0.04 0.05 0.00 0.00 0.05 0.01
N3 0.05 0.00 0.06 0.04 0.01 0.04 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.09 0.05 0.04 0.04 0.04 0.01 0.06 0.00
N7 0.03 0.02 0.03 0.07 0.02 0.05 0.00 0.06 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.03 0.09 0.04 0.04 0.03 0.08 0.09 0.07
N9 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.04 0.06 0.02
O2' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.04 0.03 0.03 0.07 0.10 0.09 0.03 0.00 0.00 0.03 0.03 0.02 0.02 0.07 0.09 0.05
O3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.04 0.03 0.07 0.02 0.06 0.05 0.09 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.04 0.09 0.15 0.07
O4' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.04 0.04 0.04 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.05 0.02
O5' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.05 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
O6 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.04 0.01 0.00 0.00 0.05 0.08 0.04
OP1 0.04 0.00 0.05 0.06 0.04 0.04 0.05 0.04 0.05 0.06 0.03 0.00 0.01 0.08 0.04 0.07 0.09 0.04 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01
OP2 0.06 0.05 0.08 0.10 0.07 0.06 0.08 0.04 0.08 0.07 0.07 0.05 0.06 0.09 0.06 0.09 0.15 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.00 0.03 0.04 0.03 0.02 0.04 0.01 0.04 0.05 0.02 0.01 0.00 0.07 0.02 0.05 0.07 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00