ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51384

back

Distances from reference structure (by RMSD)

6, 12, 17, 6, 4, 4, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.002, 0.005, 0.008, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.005 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.004, 0.007, 0.011, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.007 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.003, 0.006, 0.010, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.004, 0.008, 0.012, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.008 std_dev=0.004
C4 A 0, 0.004, 0.008, 0.013, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.008 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.005, 0.009, 0.014, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.009 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.008 std_dev=0.005
O2 A 0, 0.009, 0.020, 0.030, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.020 std_dev=0.010
O4' A 0, 0.019, 0.064, 0.108, 0.198 max_d=0.198 avg_d=0.064 std_dev=0.045
O4 A 0, 0.007, 0.054, 0.100, 0.203 max_d=0.203 avg_d=0.054 std_dev=0.047
C2' A 0, 0.023, 0.071, 0.120, 0.240 max_d=0.240 avg_d=0.071 std_dev=0.049
C4' A 0, 0.033, 0.103, 0.173, 0.310 max_d=0.310 avg_d=0.103 std_dev=0.070
O2' A 0, 0.028, 0.105, 0.183, 0.299 max_d=0.299 avg_d=0.105 std_dev=0.077
C3' A 0, 0.044, 0.122, 0.200, 0.370 max_d=0.370 avg_d=0.122 std_dev=0.078
O3' A 0, 0.064, 0.174, 0.284, 0.563 max_d=0.563 avg_d=0.174 std_dev=0.110
C5' A 0, 0.042, 0.162, 0.282, 0.554 max_d=0.554 avg_d=0.162 std_dev=0.120
O2' B 0, 0.129, 0.255, 0.381, 0.564 max_d=0.564 avg_d=0.255 std_dev=0.126
O5' A 0, 0.047, 0.182, 0.318, 0.681 max_d=0.681 avg_d=0.182 std_dev=0.135
C1' B 0, 0.104, 0.259, 0.413, 0.937 max_d=0.937 avg_d=0.259 std_dev=0.155
N2 B 0, 0.081, 0.237, 0.394, 0.733 max_d=0.733 avg_d=0.237 std_dev=0.157
C2' B 0, 0.111, 0.269, 0.427, 0.844 max_d=0.844 avg_d=0.269 std_dev=0.158
N3 B 0, 0.083, 0.245, 0.408, 0.899 max_d=0.899 avg_d=0.245 std_dev=0.162
O4' B 0, 0.134, 0.302, 0.470, 1.004 max_d=1.004 avg_d=0.302 std_dev=0.168
P A 0, 0.056, 0.228, 0.401, 0.848 max_d=0.848 avg_d=0.228 std_dev=0.173
C4' B 0, 0.143, 0.316, 0.489, 0.934 max_d=0.934 avg_d=0.316 std_dev=0.173
C2 B 0, 0.079, 0.255, 0.432, 0.916 max_d=0.916 avg_d=0.255 std_dev=0.176
OP2 A 0, 0.073, 0.264, 0.455, 1.018 max_d=1.018 avg_d=0.264 std_dev=0.191
C3' B 0, 0.129, 0.322, 0.514, 0.976 max_d=0.976 avg_d=0.322 std_dev=0.192
C4 B 0, 0.083, 0.282, 0.480, 1.150 max_d=1.150 avg_d=0.282 std_dev=0.198
N9 B 0, 0.091, 0.289, 0.488, 1.181 max_d=1.181 avg_d=0.289 std_dev=0.199
OP1 A 0, 0.072, 0.275, 0.479, 1.011 max_d=1.011 avg_d=0.275 std_dev=0.203
C5' B 0, 0.159, 0.370, 0.582, 1.103 max_d=1.103 avg_d=0.370 std_dev=0.212
O3' B 0, 0.146, 0.358, 0.569, 0.932 max_d=0.932 avg_d=0.358 std_dev=0.212
N1 B 0, 0.086, 0.304, 0.522, 1.173 max_d=1.173 avg_d=0.304 std_dev=0.218
C5 B 0, 0.087, 0.328, 0.569, 1.412 max_d=1.412 avg_d=0.328 std_dev=0.241
O5' B 0, 0.147, 0.392, 0.637, 1.308 max_d=1.308 avg_d=0.392 std_dev=0.245
C8 B 0, 0.097, 0.344, 0.590, 1.477 max_d=1.477 avg_d=0.344 std_dev=0.247
C6 B 0, 0.087, 0.341, 0.594, 1.444 max_d=1.444 avg_d=0.341 std_dev=0.254
OP1 B 0, 0.182, 0.445, 0.708, 1.509 max_d=1.509 avg_d=0.445 std_dev=0.263
N7 B 0, 0.095, 0.366, 0.637, 1.615 max_d=1.615 avg_d=0.366 std_dev=0.271
P B 0, 0.152, 0.434, 0.716, 1.650 max_d=1.650 avg_d=0.434 std_dev=0.282
O6 B 0, 0.092, 0.388, 0.683, 1.677 max_d=1.677 avg_d=0.388 std_dev=0.295
OP2 B 0, 0.155, 0.482, 0.808, 1.976 max_d=1.976 avg_d=0.482 std_dev=0.327

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.09 0.05
C2 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.02 0.06 0.05 0.10 0.05
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.05 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.05 0.08 0.04
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.02 0.06 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.05 0.01 0.03 0.06 0.06 0.04
C4 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.00 0.02 0.08 0.07 0.11 0.07
C4' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.00 0.01 0.05 0.04 0.02
C5 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.02 0.09 0.07 0.11 0.07
C5' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.05 0.00 0.06 0.00 0.05 0.03 0.04 0.03 0.03 0.04 0.06 0.01 0.01 0.06 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.02 0.08 0.06 0.10 0.06
N1 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.06 0.05 0.10 0.05
N3 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.01 0.02 0.07 0.06 0.11 0.06
O2 0.01 0.00 0.05 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.04 0.01 0.03 0.05 0.05 0.10 0.06
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.06 0.00 0.03 0.03 0.03 0.03 0.06 0.07 0.04
O3' 0.01 0.04 0.02 0.00 0.06 0.02 0.07 0.04 0.06 0.03 0.05 0.04 0.03 0.00 0.07 0.01 0.05 0.09 0.06 0.05
O4 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.07 0.00 0.02 0.09 0.08 0.11 0.08
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.05 0.09 0.06
O5' 0.03 0.06 0.03 0.03 0.08 0.01 0.09 0.01 0.08 0.06 0.07 0.05 0.03 0.05 0.09 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.04 0.05 0.05 0.06 0.07 0.05 0.07 0.06 0.06 0.05 0.06 0.05 0.06 0.09 0.08 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.09 0.10 0.08 0.06 0.11 0.04 0.11 0.02 0.10 0.10 0.11 0.10 0.07 0.06 0.11 0.09 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.05 0.04 0.04 0.07 0.02 0.07 0.01 0.06 0.05 0.06 0.06 0.04 0.05 0.08 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.07 0.08 0.06 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.09 0.09 0.07 0.07 0.06 0.08 0.07 0.08 0.07 0.09 0.08 0.07 0.07
C2 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.07 0.07 0.06 0.08 0.09 0.06 0.06 0.05 0.08 0.07 0.07 0.06 0.08 0.08 0.06 0.06
C2' 0.07 0.09 0.07 0.07 0.07 0.08 0.08 0.08 0.09 0.07 0.10 0.09 0.07 0.08 0.07 0.09 0.08 0.08 0.07 0.10 0.09 0.08 0.07
C3' 0.06 0.08 0.06 0.06 0.07 0.06 0.08 0.07 0.09 0.07 0.09 0.09 0.07 0.07 0.06 0.07 0.08 0.07 0.06 0.09 0.08 0.07 0.06
C4 0.07 0.09 0.07 0.06 0.08 0.06 0.08 0.07 0.09 0.08 0.09 0.10 0.08 0.08 0.08 0.08 0.07 0.08 0.07 0.09 0.09 0.07 0.06
C4' 0.06 0.08 0.06 0.06 0.07 0.06 0.08 0.07 0.09 0.07 0.09 0.09 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.10 0.08 0.07 0.06
C5 0.07 0.09 0.06 0.06 0.08 0.06 0.09 0.07 0.09 0.09 0.10 0.10 0.08 0.09 0.08 0.08 0.07 0.08 0.07 0.10 0.09 0.07 0.07
C5' 0.06 0.08 0.06 0.06 0.07 0.06 0.08 0.07 0.09 0.07 0.09 0.09 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.10 0.08 0.07 0.06
C6 0.06 0.09 0.06 0.06 0.07 0.06 0.08 0.07 0.09 0.08 0.09 0.09 0.08 0.08 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.10 0.08 0.07 0.06
N1 0.06 0.08 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.07 0.08 0.06 0.08 0.09 0.07 0.07 0.06 0.07 0.07 0.07 0.07 0.09 0.08 0.07 0.06
N3 0.06 0.08 0.06 0.05 0.07 0.06 0.07 0.07 0.08 0.06 0.08 0.09 0.07 0.07 0.06 0.07 0.06 0.07 0.06 0.08 0.08 0.06 0.06
O2 0.07 0.07 0.07 0.07 0.06 0.07 0.06 0.07 0.07 0.06 0.08 0.08 0.06 0.06 0.06 0.09 0.08 0.08 0.07 0.08 0.08 0.07 0.07
O2' 0.10 0.10 0.10 0.10 0.09 0.10 0.10 0.10 0.11 0.09 0.11 0.10 0.09 0.10 0.09 0.12 0.11 0.10 0.10 0.11 0.11 0.10 0.10
O3' 0.07 0.09 0.07 0.08 0.07 0.07 0.08 0.07 0.09 0.07 0.10 0.09 0.08 0.08 0.07 0.08 0.09 0.08 0.07 0.10 0.09 0.08 0.07
O4 0.08 0.10 0.08 0.07 0.09 0.07 0.10 0.08 0.10 0.09 0.10 0.10 0.10 0.10 0.09 0.09 0.08 0.09 0.08 0.10 0.10 0.08 0.08
O4' 0.07 0.08 0.06 0.06 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.09 0.09 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.08 0.08 0.09 0.09 0.08 0.07
O5' 0.08 0.10 0.08 0.08 0.09 0.07 0.09 0.08 0.10 0.09 0.10 0.10 0.09 0.09 0.09 0.08 0.08 0.09 0.08 0.11 0.09 0.08 0.07
OP1 0.07 0.09 0.07 0.07 0.08 0.07 0.09 0.08 0.10 0.09 0.10 0.10 0.08 0.09 0.08 0.07 0.07 0.09 0.08 0.11 0.10 0.07 0.07
OP2 0.12 0.13 0.10 0.10 0.13 0.11 0.14 0.12 0.14 0.14 0.13 0.13 0.12 0.15 0.13 0.10 0.10 0.13 0.13 0.15 0.14 0.12 0.13
P 0.08 0.09 0.07 0.07 0.09 0.07 0.10 0.08 0.10 0.10 0.10 0.10 0.09 0.10 0.09 0.07 0.07 0.09 0.09 0.11 0.10 0.08 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03
C2 0.02 0.00 0.04 0.04 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.05 0.02 0.05 0.01 0.05 0.07 0.05
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.04 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.05 0.05 0.03
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.03 0.04 0.04 0.04 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.06 0.05 0.03
C4 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.04 0.01 0.05 0.06 0.05
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.04 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.05 0.01 0.06 0.07 0.06
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.04 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.05 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.05 0.01 0.05 0.00 0.06 0.08 0.06
C8 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.05 0.02 0.05 0.06 0.05
N1 0.01 0.00 0.04 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.05 0.01 0.05 0.01 0.06 0.07 0.06
N2 0.02 0.00 0.04 0.04 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.06 0.02 0.05 0.01 0.06 0.06 0.05
N3 0.02 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.05 0.02 0.04 0.01 0.05 0.06 0.05
N7 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.05 0.02 0.06 0.08 0.06
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.04 0.01 0.05 0.05 0.04
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.04 0.02 0.03 0.03 0.05 0.02 0.05 0.06 0.05 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.05 0.06 0.04 0.03
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.05 0.04 0.05 0.06 0.05 0.05 0.02 0.03 0.00 0.01 0.04 0.07 0.08 0.08 0.05
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.04 0.04 0.04
O5' 0.03 0.05 0.02 0.03 0.04 0.01 0.05 0.01 0.05 0.05 0.05 0.05 0.04 0.05 0.04 0.03 0.04 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00
O6 0.02 0.01 0.04 0.05 0.01 0.04 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.07 0.02 0.06 0.00 0.07 0.09 0.07
OP1 0.04 0.05 0.05 0.06 0.05 0.04 0.06 0.04 0.06 0.05 0.06 0.06 0.05 0.06 0.05 0.06 0.08 0.04 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01
OP2 0.04 0.07 0.05 0.05 0.06 0.02 0.07 0.02 0.08 0.06 0.07 0.06 0.06 0.08 0.05 0.04 0.08 0.04 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01
P 0.03 0.05 0.03 0.03 0.05 0.01 0.06 0.01 0.06 0.05 0.06 0.05 0.05 0.06 0.04 0.03 0.05 0.04 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00