ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51385

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 3, 9, 5, 5, 10, 5, 5, 3, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.006, 0.009, 0.012, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.009 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.002, 0.006, 0.009, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.006 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.004, 0.008, 0.011, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.008 std_dev=0.004
C4 A 0, 0.006, 0.011, 0.017, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.007, 0.012, 0.018, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.006, 0.012, 0.017, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.012 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.006, 0.012, 0.018, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.006
O2 A 0, 0.017, 0.029, 0.040, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.029 std_dev=0.012
O4 A 0, 0.033, 0.077, 0.121, 0.189 max_d=0.189 avg_d=0.077 std_dev=0.044
C2' A 0, 0.054, 0.114, 0.175, 0.305 max_d=0.305 avg_d=0.114 std_dev=0.061
O4' A 0, 0.049, 0.116, 0.183, 0.356 max_d=0.356 avg_d=0.116 std_dev=0.067
O2' A 0, 0.074, 0.148, 0.222, 0.314 max_d=0.314 avg_d=0.148 std_dev=0.074
C4' A 0, 0.061, 0.147, 0.233, 0.502 max_d=0.502 avg_d=0.147 std_dev=0.086
C3' A 0, 0.080, 0.176, 0.272, 0.510 max_d=0.510 avg_d=0.176 std_dev=0.096
O5' A 0, 0.130, 0.252, 0.374, 0.602 max_d=0.602 avg_d=0.252 std_dev=0.122
O3' A 0, 0.124, 0.253, 0.381, 0.655 max_d=0.655 avg_d=0.253 std_dev=0.129
O2' B 0, 0.176, 0.321, 0.466, 0.593 max_d=0.593 avg_d=0.321 std_dev=0.145
C5' A 0, 0.136, 0.285, 0.433, 0.821 max_d=0.821 avg_d=0.285 std_dev=0.148
P A 0, 0.155, 0.307, 0.458, 0.757 max_d=0.757 avg_d=0.307 std_dev=0.151
OP1 A 0, 0.157, 0.327, 0.498, 0.879 max_d=0.879 avg_d=0.327 std_dev=0.170
N2 B 0, 0.263, 0.437, 0.611, 0.854 max_d=0.854 avg_d=0.437 std_dev=0.174
C2' B 0, 0.249, 0.424, 0.600, 0.852 max_d=0.852 avg_d=0.424 std_dev=0.176
O3' B 0, 0.187, 0.367, 0.546, 0.918 max_d=0.918 avg_d=0.367 std_dev=0.180
OP2 A 0, 0.200, 0.383, 0.566, 0.882 max_d=0.882 avg_d=0.383 std_dev=0.183
C3' B 0, 0.269, 0.466, 0.663, 1.050 max_d=1.050 avg_d=0.466 std_dev=0.197
N3 B 0, 0.290, 0.487, 0.685, 0.930 max_d=0.930 avg_d=0.487 std_dev=0.198
C2 B 0, 0.298, 0.507, 0.716, 0.988 max_d=0.988 avg_d=0.507 std_dev=0.209
C1' B 0, 0.336, 0.556, 0.775, 1.046 max_d=1.046 avg_d=0.556 std_dev=0.219
C4' B 0, 0.313, 0.534, 0.756, 1.150 max_d=1.150 avg_d=0.534 std_dev=0.222
C4 B 0, 0.342, 0.584, 0.825, 1.113 max_d=1.113 avg_d=0.584 std_dev=0.242
O4' B 0, 0.366, 0.612, 0.858, 1.205 max_d=1.205 avg_d=0.612 std_dev=0.246
N9 B 0, 0.362, 0.614, 0.866, 1.162 max_d=1.162 avg_d=0.614 std_dev=0.252
C5' B 0, 0.321, 0.578, 0.834, 1.377 max_d=1.377 avg_d=0.578 std_dev=0.256
N1 B 0, 0.354, 0.617, 0.880, 1.204 max_d=1.204 avg_d=0.617 std_dev=0.263
O5' B 0, 0.343, 0.621, 0.898, 1.414 max_d=1.414 avg_d=0.621 std_dev=0.278
C5 B 0, 0.390, 0.685, 0.980, 1.325 max_d=1.325 avg_d=0.685 std_dev=0.295
C8 B 0, 0.413, 0.720, 1.026, 1.357 max_d=1.357 avg_d=0.720 std_dev=0.306
C6 B 0, 0.400, 0.713, 1.026, 1.394 max_d=1.394 avg_d=0.713 std_dev=0.313
OP1 B 0, 0.341, 0.661, 0.980, 1.644 max_d=1.644 avg_d=0.661 std_dev=0.319
P B 0, 0.382, 0.708, 1.035, 1.655 max_d=1.655 avg_d=0.708 std_dev=0.327
N7 B 0, 0.432, 0.766, 1.100, 1.468 max_d=1.468 avg_d=0.766 std_dev=0.334
OP2 B 0, 0.426, 0.789, 1.152, 1.812 max_d=1.812 avg_d=0.789 std_dev=0.363
O6 B 0, 0.456, 0.826, 1.196, 1.616 max_d=1.616 avg_d=0.826 std_dev=0.370

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.05 0.07 0.04
C2 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.02 0.08 0.07 0.10 0.07
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.05 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.05 0.07 0.04
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.04 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.05 0.06 0.03
C4 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.00 0.02 0.10 0.08 0.13 0.09
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.04 0.03 0.01
C5 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.11 0.09 0.13 0.09
C5' 0.02 0.04 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.05 0.04 0.04 0.04 0.02 0.02 0.05 0.01 0.00 0.05 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.10 0.08 0.11 0.08
N1 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.08 0.07 0.09 0.06
N3 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.04 0.01 0.01 0.09 0.08 0.12 0.08
O2 0.02 0.00 0.05 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.05 0.01 0.04 0.08 0.07 0.09 0.06
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.04 0.07 0.00 0.04 0.04 0.02 0.02 0.04 0.06 0.02
O3' 0.02 0.03 0.02 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.04 0.05 0.04 0.00 0.05 0.01 0.06 0.06 0.07 0.05
O4 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.02 0.10 0.09 0.14 0.09
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00 0.05 0.06 0.06 0.04
O5' 0.05 0.08 0.03 0.03 0.10 0.01 0.11 0.00 0.10 0.08 0.09 0.08 0.02 0.06 0.10 0.05 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.05 0.07 0.05 0.05 0.08 0.04 0.09 0.05 0.08 0.07 0.08 0.07 0.04 0.06 0.09 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.07 0.10 0.07 0.06 0.13 0.03 0.13 0.01 0.11 0.09 0.12 0.09 0.06 0.07 0.14 0.06 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.07 0.04 0.03 0.09 0.01 0.09 0.01 0.08 0.06 0.08 0.06 0.02 0.05 0.09 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.06 0.06 0.05 0.06 0.06 0.06 0.06 0.05 0.07 0.06 0.07 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.05 0.07 0.07 0.06 0.05
C2 0.06 0.05 0.06 0.06 0.05 0.06 0.05 0.06 0.05 0.05 0.05 0.06 0.05 0.05 0.06 0.06 0.07 0.06 0.06 0.05 0.07 0.07 0.06
C2' 0.06 0.07 0.05 0.05 0.07 0.06 0.07 0.05 0.08 0.07 0.08 0.07 0.06 0.07 0.06 0.07 0.06 0.06 0.05 0.09 0.07 0.07 0.05
C3' 0.06 0.07 0.05 0.05 0.06 0.05 0.07 0.05 0.08 0.06 0.08 0.07 0.06 0.07 0.06 0.06 0.05 0.06 0.05 0.09 0.07 0.06 0.05
C4 0.08 0.06 0.08 0.07 0.06 0.08 0.06 0.08 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.07 0.07 0.09 0.08 0.06 0.08 0.09 0.08
C4' 0.06 0.07 0.05 0.05 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.08 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.05 0.08 0.07 0.06 0.05
C5 0.08 0.05 0.08 0.08 0.06 0.08 0.06 0.08 0.05 0.07 0.05 0.06 0.06 0.06 0.07 0.07 0.08 0.09 0.08 0.05 0.09 0.09 0.08
C5' 0.06 0.07 0.04 0.04 0.06 0.05 0.06 0.05 0.07 0.06 0.08 0.07 0.06 0.06 0.05 0.06 0.05 0.06 0.05 0.08 0.06 0.06 0.05
C6 0.07 0.05 0.07 0.07 0.05 0.07 0.05 0.07 0.05 0.06 0.05 0.06 0.05 0.05 0.06 0.07 0.07 0.08 0.07 0.05 0.08 0.08 0.07
N1 0.06 0.05 0.06 0.06 0.05 0.06 0.05 0.06 0.05 0.06 0.06 0.06 0.05 0.05 0.06 0.06 0.07 0.07 0.06 0.06 0.07 0.07 0.06
N3 0.07 0.06 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.07 0.07 0.06 0.07 0.08 0.07
O2 0.06 0.05 0.06 0.06 0.05 0.06 0.05 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.05 0.05 0.06 0.07 0.07 0.07 0.06 0.06 0.07 0.07 0.05
O2' 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.09 0.08 0.09 0.08 0.07 0.08 0.07 0.08 0.08 0.07 0.07 0.10 0.08 0.09 0.07
O3' 0.07 0.08 0.06 0.06 0.08 0.06 0.09 0.05 0.10 0.08 0.10 0.08 0.07 0.09 0.07 0.07 0.06 0.07 0.06 0.11 0.08 0.08 0.06
O4 0.09 0.06 0.09 0.08 0.07 0.09 0.07 0.09 0.06 0.08 0.06 0.07 0.07 0.07 0.08 0.09 0.08 0.10 0.09 0.06 0.09 0.10 0.09
O4' 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.08 0.07 0.06 0.06 0.06 0.07 0.07 0.07 0.06 0.08 0.07 0.07 0.05
O5' 0.07 0.09 0.06 0.06 0.08 0.07 0.09 0.06 0.09 0.08 0.10 0.09 0.08 0.08 0.08 0.08 0.07 0.07 0.06 0.10 0.08 0.08 0.06
OP1 0.06 0.09 0.04 0.04 0.07 0.05 0.08 0.05 0.09 0.07 0.09 0.09 0.07 0.07 0.07 0.05 0.05 0.07 0.05 0.10 0.07 0.07 0.05
OP2 0.08 0.10 0.09 0.10 0.09 0.09 0.10 0.09 0.11 0.09 0.11 0.11 0.09 0.09 0.09 0.09 0.10 0.08 0.09 0.11 0.09 0.10 0.09
P 0.05 0.08 0.04 0.04 0.06 0.05 0.07 0.04 0.08 0.06 0.09 0.08 0.06 0.06 0.06 0.05 0.05 0.05 0.05 0.09 0.07 0.07 0.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.06 0.03
C2 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.06 0.01 0.05 0.00 0.05 0.09 0.06
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.04 0.02
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.03 0.05 0.06 0.05 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.05 0.04 0.03
C4 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.08 0.05
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.05 0.01 0.06 0.09 0.06
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.03 0.04 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.05 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.05 0.00 0.07 0.10 0.07
C8 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.08 0.05
N1 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.05 0.00 0.06 0.09 0.06
N2 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.07 0.01 0.05 0.01 0.05 0.08 0.05
N3 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.01 0.04 0.01 0.04 0.08 0.05
N7 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.05 0.01 0.06 0.09 0.06
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.07 0.04
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.01 0.04 0.06 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.03 0.06 0.04 0.03
O3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.05 0.07 0.05 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.05 0.07 0.05 0.04
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.05 0.03
O5' 0.02 0.05 0.02 0.03 0.04 0.01 0.05 0.00 0.05 0.04 0.05 0.05 0.04 0.05 0.03 0.03 0.03 0.02 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.06 0.00 0.08 0.10 0.08
OP1 0.03 0.05 0.04 0.05 0.04 0.04 0.06 0.04 0.07 0.05 0.06 0.05 0.04 0.06 0.04 0.06 0.07 0.03 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.09 0.04 0.04 0.08 0.02 0.09 0.01 0.10 0.08 0.09 0.08 0.08 0.09 0.07 0.04 0.05 0.05 0.01 0.10 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.06 0.02 0.03 0.05 0.01 0.06 0.01 0.07 0.05 0.06 0.05 0.05 0.06 0.04 0.03 0.04 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00