ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51386

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.007, 0.016, 0.025, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.016 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.002, 0.011, 0.021, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.011 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.007, 0.020, 0.032, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.020 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.008, 0.021, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.021 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.010, 0.024, 0.037, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.024 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.006, 0.023, 0.041, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.023 std_dev=0.017
C2 A 0, 0.005, 0.028, 0.051, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.028 std_dev=0.023
O2 A 0, 0.019, 0.064, 0.110, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.064 std_dev=0.046
O4 A 0, -0.010, 0.058, 0.125, 0.173 max_d=0.173 avg_d=0.058 std_dev=0.068
N2 B 0, 0.305, 0.746, 1.186, 1.139 max_d=1.139 avg_d=0.746 std_dev=0.440
C2 B 0, 0.252, 0.733, 1.214, 1.279 max_d=1.279 avg_d=0.733 std_dev=0.481
N3 B 0, 0.312, 0.810, 1.308, 1.335 max_d=1.335 avg_d=0.810 std_dev=0.498
N1 B 0, 0.296, 0.849, 1.401, 1.448 max_d=1.448 avg_d=0.849 std_dev=0.553
C4 B 0, 0.243, 0.858, 1.473, 1.580 max_d=1.580 avg_d=0.858 std_dev=0.615
C6 B 0, 0.420, 1.062, 1.704, 1.683 max_d=1.683 avg_d=1.062 std_dev=0.642
C5 B 0, 0.346, 1.018, 1.690, 1.764 max_d=1.764 avg_d=1.018 std_dev=0.672
N9 B 0, 0.324, 1.000, 1.676, 1.770 max_d=1.770 avg_d=1.000 std_dev=0.676
C1' B 0, 0.470, 1.146, 1.823, 1.758 max_d=1.758 avg_d=1.146 std_dev=0.677
O3' A 0, -0.066, 0.645, 1.355, 1.844 max_d=1.844 avg_d=0.645 std_dev=0.711
C2' B 0, 0.506, 1.259, 2.012, 1.985 max_d=1.985 avg_d=1.259 std_dev=0.753
O6 B 0, 0.549, 1.311, 2.074, 1.851 max_d=1.851 avg_d=1.311 std_dev=0.762
O4' B 0, 0.544, 1.320, 2.097, 1.983 max_d=1.983 avg_d=1.320 std_dev=0.777
N7 B 0, 0.460, 1.238, 2.016, 2.068 max_d=2.068 avg_d=1.238 std_dev=0.778
C8 B 0, 0.369, 1.161, 1.952, 2.065 max_d=2.065 avg_d=1.161 std_dev=0.792
O2' B 0, 0.414, 1.291, 2.168, 2.475 max_d=2.475 avg_d=1.291 std_dev=0.877
O4' A 0, -0.091, 0.921, 1.933, 2.633 max_d=2.633 avg_d=0.921 std_dev=1.012
C3' A 0, -0.216, 0.885, 1.985, 2.771 max_d=2.771 avg_d=0.885 std_dev=1.100
C2' A 0, -0.261, 0.863, 1.986, 2.795 max_d=2.795 avg_d=0.863 std_dev=1.123
C4' B 0, 0.454, 1.591, 2.728, 2.858 max_d=2.858 avg_d=1.591 std_dev=1.137
C4' A 0, -0.197, 1.095, 2.388, 3.300 max_d=3.300 avg_d=1.095 std_dev=1.292
C5' B 0, 0.480, 1.782, 3.084, 3.306 max_d=3.306 avg_d=1.782 std_dev=1.302
C3' B 0, 0.352, 1.800, 3.249, 3.427 max_d=3.427 avg_d=1.800 std_dev=1.448
P B 0, 0.991, 2.518, 4.046, 4.104 max_d=4.104 avg_d=2.518 std_dev=1.528
O5' B 0, 0.514, 2.123, 3.731, 4.335 max_d=4.335 avg_d=2.123 std_dev=1.609
OP1 B 0, 1.138, 2.758, 4.379, 4.151 max_d=4.151 avg_d=2.758 std_dev=1.620
OP2 B 0, 1.080, 2.707, 4.334, 4.322 max_d=4.322 avg_d=2.707 std_dev=1.627
O3' B 0, 0.641, 2.376, 4.111, 4.207 max_d=4.207 avg_d=2.376 std_dev=1.735
O2' A 0, -0.504, 1.331, 3.166, 4.496 max_d=4.496 avg_d=1.331 std_dev=1.835
C5' A 0, -0.450, 2.004, 4.458, 6.206 max_d=6.206 avg_d=2.004 std_dev=2.454
O5' A 0, -0.682, 2.154, 4.990, 7.034 max_d=7.034 avg_d=2.154 std_dev=2.836
P A 0, -0.301, 3.443, 7.187, 9.771 max_d=9.771 avg_d=3.443 std_dev=3.744
OP2 A 0, 1.087, 4.928, 8.769, 10.782 max_d=10.782 avg_d=4.928 std_dev=3.841
OP1 A 0, 0.309, 4.271, 8.233, 10.759 max_d=10.759 avg_d=4.271 std_dev=3.962

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.07 0.04 0.01 0.13 0.19 0.39 0.17
C2 0.02 0.00 0.22 0.29 0.04 0.36 0.03 0.58 0.01 0.00 0.01 0.00 0.09 0.05 0.06 0.27 0.60 1.04 0.34 0.58
C2' 0.00 0.22 0.00 0.00 0.06 0.01 0.10 0.06 0.16 0.01 0.17 0.35 0.00 0.00 0.09 0.01 0.10 0.22 0.41 0.07
C3' 0.01 0.29 0.00 0.00 0.07 0.00 0.15 0.01 0.22 0.01 0.25 0.51 0.00 0.00 0.12 0.01 0.11 0.14 0.05 0.24
C4 0.02 0.04 0.06 0.07 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.03 0.01 0.05 0.12 0.60 0.74 0.38
C4' 0.01 0.36 0.01 0.00 0.06 0.00 0.22 0.01 0.31 0.01 0.29 0.64 0.02 0.02 0.11 0.01 0.01 0.21 0.20 0.08
C5 0.01 0.03 0.10 0.15 0.00 0.22 0.00 0.45 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.06 0.02 0.15 0.78 0.82 1.48 1.10
C5' 0.03 0.58 0.06 0.01 0.07 0.01 0.45 0.00 0.58 0.04 0.49 1.11 0.05 0.04 0.13 0.01 0.01 0.42 0.33 0.01
C6 0.01 0.01 0.16 0.22 0.01 0.31 0.00 0.58 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.08 0.01 0.23 0.92 0.88 1.47 1.15
N1 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.03 0.02 0.19 0.36 0.61 0.32
N3 0.01 0.01 0.17 0.25 0.02 0.29 0.01 0.49 0.01 0.01 0.00 0.04 0.07 0.05 0.06 0.20 0.47 1.04 0.26 0.44
O2 0.03 0.00 0.35 0.51 0.05 0.64 0.03 1.11 0.01 0.02 0.04 0.00 0.20 0.08 0.10 0.43 1.33 1.79 1.09 1.39
O2' 0.02 0.09 0.00 0.00 0.01 0.02 0.06 0.05 0.07 0.01 0.07 0.20 0.00 0.03 0.02 0.02 0.09 0.30 0.50 0.08
O3' 0.07 0.05 0.00 0.00 0.03 0.02 0.06 0.04 0.08 0.05 0.05 0.08 0.03 0.00 0.03 0.05 0.13 0.18 0.15 0.33
O4 0.04 0.06 0.09 0.12 0.01 0.11 0.02 0.13 0.01 0.03 0.06 0.10 0.02 0.03 0.00 0.08 0.04 0.70 0.68 0.32
O4' 0.01 0.27 0.01 0.01 0.05 0.01 0.15 0.01 0.23 0.02 0.20 0.43 0.02 0.05 0.08 0.00 0.10 0.13 0.28 0.13
O5' 0.13 0.60 0.10 0.11 0.12 0.01 0.78 0.01 0.92 0.19 0.47 1.33 0.09 0.13 0.04 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01
OP1 0.19 1.04 0.22 0.14 0.60 0.21 0.82 0.42 0.88 0.36 1.04 1.79 0.30 0.18 0.70 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.39 0.34 0.41 0.05 0.74 0.20 1.48 0.33 1.47 0.61 0.26 1.09 0.50 0.15 0.68 0.28 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.17 0.58 0.07 0.24 0.38 0.08 1.10 0.01 1.15 0.32 0.44 1.39 0.08 0.33 0.32 0.13 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.56 0.22 0.13 0.35 0.36 0.75 0.27 0.75 0.18 0.41 0.14 0.14 0.36 0.32 0.45 0.19 0.81 0.91 0.59 0.13 0.53 0.87 0.68
C2 0.54 0.29 0.20 0.23 0.42 0.64 0.36 0.65 0.29 0.45 0.24 0.19 0.41 0.40 0.48 0.26 0.63 0.86 0.53 0.26 0.48 0.86 0.64
C2' 0.35 0.37 0.13 0.41 0.16 0.67 0.26 0.65 0.42 0.14 0.49 0.51 0.17 0.19 0.17 0.10 0.98 0.67 0.46 0.50 0.44 0.71 0.50
C3' 0.16 0.62 0.35 0.24 0.35 0.50 0.54 0.47 0.75 0.26 0.81 0.74 0.35 0.45 0.18 0.18 0.78 0.51 0.23 0.87 0.20 0.51 0.26
C4 0.69 0.34 0.10 0.50 0.54 0.93 0.53 0.97 0.45 0.65 0.35 0.22 0.45 0.61 0.65 0.52 0.83 1.13 0.87 0.45 0.77 1.16 0.96
C4' 0.06 0.67 0.58 0.28 0.42 0.41 0.61 0.39 0.82 0.34 0.87 0.77 0.40 0.53 0.23 0.46 0.59 0.48 0.15 0.95 0.12 0.43 0.14
C5 0.72 0.33 0.06 0.65 0.54 1.06 0.51 1.11 0.42 0.66 0.33 0.21 0.45 0.60 0.65 0.45 1.02 1.18 0.99 0.42 0.88 1.22 1.05
C5' 0.37 1.43 0.96 0.59 1.06 0.30 1.36 0.30 1.67 0.94 1.73 1.53 1.03 1.24 0.78 0.75 0.63 0.22 0.42 1.86 0.41 0.67 0.37
C6 0.70 0.31 0.04 0.59 0.50 0.99 0.46 1.02 0.36 0.60 0.29 0.20 0.45 0.53 0.61 0.32 1.00 1.12 0.89 0.34 0.80 1.13 0.96
N1 0.62 0.28 0.10 0.41 0.44 0.82 0.38 0.83 0.29 0.50 0.23 0.18 0.42 0.43 0.53 0.24 0.84 0.98 0.68 0.25 0.62 0.97 0.77
N3 0.59 0.33 0.19 0.26 0.49 0.69 0.46 0.71 0.39 0.54 0.33 0.22 0.45 0.50 0.55 0.38 0.62 0.93 0.61 0.38 0.55 0.96 0.72
O2 0.39 0.19 0.31 0.04 0.28 0.43 0.21 0.42 0.15 0.28 0.13 0.14 0.30 0.23 0.32 0.21 0.43 0.65 0.33 0.13 0.28 0.65 0.41
O2' 0.69 0.25 0.33 0.77 0.44 0.92 0.35 0.91 0.24 0.52 0.18 0.13 0.41 0.42 0.55 0.49 1.32 0.92 0.79 0.19 0.80 1.07 0.86
O3' 0.47 0.10 0.09 0.38 0.19 0.70 0.10 0.68 0.16 0.23 0.18 0.12 0.21 0.13 0.30 0.20 0.90 0.78 0.47 0.24 0.45 0.73 0.54
O4 0.67 0.31 0.16 0.51 0.53 0.97 0.55 1.03 0.47 0.69 0.36 0.23 0.39 0.64 0.65 0.75 0.76 1.17 0.94 0.48 0.83 1.23 1.03
O4' 0.25 0.26 0.48 0.19 0.07 0.51 0.19 0.50 0.33 0.01 0.38 0.35 0.08 0.13 0.07 0.47 0.56 0.67 0.26 0.41 0.21 0.53 0.34
O5' 0.48 1.88 0.94 0.56 1.37 0.37 1.72 0.37 2.12 1.17 2.23 2.06 1.37 1.55 0.99 0.69 0.72 0.25 0.47 2.33 0.40 0.77 0.43
OP1 1.49 3.24 1.76 1.12 2.65 0.72 3.15 0.79 3.70 2.45 3.79 3.33 2.58 2.96 2.18 1.48 0.44 0.98 1.33 4.01 1.26 1.77 1.40
OP2 0.27 2.20 0.59 0.37 1.55 0.51 2.12 0.42 2.76 1.32 2.83 2.30 1.48 1.91 1.02 0.28 0.97 0.24 0.30 3.16 0.16 0.79 0.30
P 0.61 2.40 0.96 0.49 1.77 0.28 2.25 0.27 2.81 1.53 2.92 2.56 1.74 2.04 1.28 0.69 0.70 0.14 0.51 3.13 0.40 0.95 0.53

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.28 0.00 0.17 0.03 0.07 0.57 0.17
C2 0.02 0.00 0.37 0.39 0.01 0.04 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.07 0.17 0.35 0.02 0.13 0.37 0.08
C2' 0.00 0.37 0.00 0.00 0.19 0.02 0.08 0.17 0.15 0.19 0.28 0.45 0.36 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.41 0.10 0.45 0.96 0.58
C3' 0.01 0.39 0.00 0.00 0.36 0.00 0.42 0.01 0.46 0.30 0.45 0.37 0.32 0.39 0.26 0.03 0.01 0.03 0.17 0.49 0.09 0.49 0.24
C4 0.01 0.01 0.19 0.36 0.00 0.08 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.18 0.06 0.09 0.38 0.02 0.11 0.39 0.08
C4' 0.00 0.04 0.02 0.00 0.08 0.00 0.14 0.00 0.14 0.20 0.09 0.03 0.02 0.20 0.10 0.36 0.02 0.00 0.01 0.17 0.23 0.35 0.06
C5 0.01 0.02 0.08 0.42 0.00 0.14 0.00 0.14 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.34 0.20 0.03 0.51 0.01 0.16 0.29 0.14
C5' 0.06 0.03 0.17 0.01 0.06 0.00 0.14 0.00 0.14 0.18 0.08 0.02 0.02 0.21 0.07 0.18 0.20 0.01 0.01 0.19 0.35 0.18 0.02
C6 0.02 0.01 0.15 0.46 0.01 0.14 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.32 0.23 0.07 0.53 0.01 0.20 0.24 0.17
C8 0.01 0.02 0.19 0.30 0.01 0.20 0.00 0.18 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.40 0.16 0.14 0.51 0.01 0.12 0.37 0.12
N1 0.02 0.00 0.28 0.45 0.00 0.09 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.18 0.16 0.13 0.45 0.01 0.17 0.29 0.12
N2 0.02 0.01 0.45 0.37 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.08 0.21 0.30 0.02 0.12 0.38 0.07
N3 0.02 0.00 0.36 0.32 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.07 0.17 0.29 0.02 0.09 0.42 0.08
N7 0.01 0.02 0.11 0.39 0.00 0.20 0.00 0.21 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.45 0.25 0.08 0.58 0.02 0.18 0.24 0.19
N9 0.00 0.01 0.01 0.26 0.00 0.10 0.01 0.07 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.22 0.02 0.00 0.35 0.02 0.07 0.46 0.09
O2' 0.02 0.04 0.00 0.03 0.18 0.36 0.34 0.18 0.32 0.40 0.18 0.11 0.03 0.45 0.22 0.00 0.02 0.25 0.24 0.39 0.28 0.95 0.44
O3' 0.28 0.07 0.01 0.01 0.06 0.02 0.20 0.20 0.23 0.16 0.16 0.08 0.07 0.25 0.02 0.02 0.00 0.19 0.15 0.30 0.30 0.41 0.19
O4' 0.00 0.17 0.01 0.03 0.09 0.00 0.03 0.01 0.07 0.14 0.13 0.21 0.17 0.08 0.00 0.25 0.19 0.00 0.24 0.04 0.25 0.38 0.11
O5' 0.17 0.35 0.41 0.17 0.38 0.01 0.51 0.01 0.53 0.51 0.45 0.30 0.29 0.58 0.35 0.24 0.15 0.24 0.00 0.60 0.02 0.03 0.01
O6 0.03 0.02 0.10 0.49 0.02 0.17 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.39 0.30 0.04 0.60 0.00 0.24 0.19 0.23
OP1 0.07 0.13 0.45 0.09 0.11 0.23 0.16 0.35 0.20 0.12 0.17 0.12 0.09 0.18 0.07 0.28 0.30 0.25 0.02 0.24 0.00 0.02 0.01
OP2 0.57 0.37 0.96 0.49 0.39 0.35 0.29 0.18 0.24 0.37 0.29 0.38 0.42 0.24 0.46 0.95 0.41 0.38 0.03 0.19 0.02 0.00 0.02
P 0.17 0.08 0.58 0.24 0.08 0.06 0.14 0.02 0.17 0.12 0.12 0.07 0.08 0.19 0.09 0.44 0.19 0.11 0.01 0.23 0.01 0.02 0.00