ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51387

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.005
O4 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C2 A 0, -0.001, 0.007, 0.015, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.007 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C6 A 0, -0.001, 0.009, 0.019, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.009 std_dev=0.010
C4 A 0, -0.001, 0.009, 0.019, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.009 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.011 std_dev=0.011
O2 A 0, -0.007, 0.023, 0.054, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.023 std_dev=0.030
C3' A 0, -0.011, 0.083, 0.177, 0.214 max_d=0.214 avg_d=0.083 std_dev=0.094
O3' A 0, -0.007, 0.120, 0.248, 0.296 max_d=0.296 avg_d=0.120 std_dev=0.127
C2' A 0, -0.043, 0.133, 0.309, 0.382 max_d=0.382 avg_d=0.133 std_dev=0.176
O4' A 0, -0.036, 0.141, 0.318, 0.390 max_d=0.390 avg_d=0.141 std_dev=0.177
C4' A 0, -0.043, 0.135, 0.314, 0.387 max_d=0.387 avg_d=0.135 std_dev=0.178
P A 0, -0.040, 0.224, 0.489, 0.596 max_d=0.596 avg_d=0.224 std_dev=0.264
N2 B 0, -0.043, 0.254, 0.552, 0.672 max_d=0.672 avg_d=0.254 std_dev=0.297
C5' A 0, -0.068, 0.230, 0.528, 0.651 max_d=0.651 avg_d=0.230 std_dev=0.298
OP1 A 0, -0.064, 0.245, 0.554, 0.681 max_d=0.681 avg_d=0.245 std_dev=0.309
OP2 A 0, -0.044, 0.279, 0.603, 0.733 max_d=0.733 avg_d=0.279 std_dev=0.324
O2' A 0, -0.072, 0.260, 0.593, 0.729 max_d=0.729 avg_d=0.260 std_dev=0.332
C2 B 0, -0.052, 0.281, 0.614, 0.748 max_d=0.748 avg_d=0.281 std_dev=0.333
N1 B 0, -0.059, 0.290, 0.638, 0.780 max_d=0.780 avg_d=0.290 std_dev=0.349
N3 B 0, -0.051, 0.303, 0.658, 0.801 max_d=0.801 avg_d=0.303 std_dev=0.355
C6 B 0, -0.067, 0.322, 0.710, 0.868 max_d=0.868 avg_d=0.322 std_dev=0.389
O6 B 0, -0.062, 0.335, 0.732, 0.893 max_d=0.893 avg_d=0.335 std_dev=0.397
C4 B 0, -0.061, 0.337, 0.736, 0.897 max_d=0.897 avg_d=0.337 std_dev=0.399
C5 B 0, -0.067, 0.346, 0.758, 0.925 max_d=0.925 avg_d=0.346 std_dev=0.413
O2' B 0, -0.070, 0.358, 0.787, 0.961 max_d=0.961 avg_d=0.358 std_dev=0.429
N9 B 0, -0.068, 0.375, 0.818, 0.997 max_d=0.997 avg_d=0.375 std_dev=0.443
C1' B 0, -0.066, 0.389, 0.843, 1.026 max_d=1.026 avg_d=0.389 std_dev=0.455
N7 B 0, -0.079, 0.388, 0.854, 1.044 max_d=1.044 avg_d=0.388 std_dev=0.467
C2' B 0, -0.079, 0.396, 0.870, 1.062 max_d=1.062 avg_d=0.396 std_dev=0.474
C8 B 0, -0.078, 0.400, 0.879, 1.073 max_d=1.073 avg_d=0.400 std_dev=0.479
O4' B 0, -0.085, 0.455, 0.995, 1.214 max_d=1.214 avg_d=0.455 std_dev=0.540
O5' A 0, -0.140, 0.442, 1.023, 1.263 max_d=1.263 avg_d=0.442 std_dev=0.581
C4' B 0, -0.090, 0.503, 1.097, 1.337 max_d=1.337 avg_d=0.503 std_dev=0.594
C3' B 0, -0.103, 0.505, 1.112, 1.359 max_d=1.359 avg_d=0.505 std_dev=0.607
O3' B 0, -0.119, 0.547, 1.212, 1.484 max_d=1.484 avg_d=0.547 std_dev=0.666
O5' B 0, -0.084, 0.582, 1.248, 1.514 max_d=1.514 avg_d=0.582 std_dev=0.666
P B 0, -0.093, 0.586, 1.266, 1.539 max_d=1.539 avg_d=0.586 std_dev=0.680
C5' B 0, -0.105, 0.579, 1.264, 1.540 max_d=1.540 avg_d=0.579 std_dev=0.684
OP2 B 0, -0.102, 0.604, 1.310, 1.594 max_d=1.594 avg_d=0.604 std_dev=0.706
OP1 B 0, -0.099, 0.626, 1.351, 1.642 max_d=1.642 avg_d=0.626 std_dev=0.725

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.09 0.01 0.00 0.21 0.17 0.18 0.08
C2 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.10 0.00 0.03 0.19 0.07 0.08 0.08
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.06 0.05 0.07 0.01 0.03 0.09 0.00 0.03 0.01 0.01 0.53 0.02 0.36 0.30
C3' 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.32 0.22 0.30 0.15
C4 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.09 0.00 0.03 0.17 0.03 0.03 0.06
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.36 0.22 0.03
C5 0.00 0.01 0.06 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.12 0.07 0.01 0.06 0.20 0.04 0.01 0.08
C5' 0.03 0.04 0.05 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.06 0.04 0.06 0.01 0.00 0.00 0.40 0.34 0.01
C6 0.00 0.01 0.07 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.12 0.07 0.01 0.07 0.24 0.04 0.08 0.10
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.08 0.00 0.02 0.22 0.10 0.12 0.09
N3 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.00 0.01 0.17 0.02 0.02 0.06
O2 0.00 0.00 0.09 0.01 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.15 0.12 0.01 0.08 0.18 0.10 0.11 0.08
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.06 0.01 0.12 0.04 0.12 0.03 0.01 0.15 0.00 0.03 0.06 0.01 0.56 0.10 0.37 0.36
O3' 0.09 0.10 0.03 0.01 0.09 0.02 0.07 0.06 0.07 0.08 0.10 0.12 0.03 0.00 0.09 0.05 0.19 0.23 0.25 0.08
O4 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.09 0.00 0.03 0.16 0.07 0.07 0.06
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.07 0.02 0.01 0.08 0.01 0.05 0.03 0.00 0.10 0.36 0.09 0.11
O5' 0.21 0.19 0.53 0.32 0.17 0.00 0.20 0.00 0.24 0.22 0.17 0.18 0.56 0.19 0.16 0.10 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.17 0.07 0.02 0.22 0.03 0.36 0.04 0.40 0.04 0.10 0.02 0.10 0.10 0.23 0.07 0.36 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.18 0.08 0.36 0.30 0.03 0.22 0.01 0.34 0.08 0.12 0.02 0.11 0.37 0.25 0.07 0.09 0.02 0.00 0.00 0.01
P 0.08 0.08 0.30 0.15 0.06 0.03 0.08 0.01 0.10 0.09 0.06 0.08 0.36 0.08 0.06 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.07 0.09 0.07 0.17 0.09 0.08 0.11 0.11 0.13 0.11 0.12 0.07 0.07 0.12 0.08 0.03 0.27 0.05 0.05 0.16 0.06 0.15 0.03
C2 0.03 0.07 0.12 0.22 0.07 0.12 0.11 0.13 0.14 0.09 0.13 0.05 0.04 0.11 0.06 0.03 0.31 0.02 0.07 0.18 0.03 0.13 0.01
C2' 0.12 0.15 0.01 0.12 0.16 0.05 0.20 0.08 0.22 0.19 0.20 0.11 0.12 0.21 0.15 0.07 0.22 0.09 0.02 0.26 0.14 0.25 0.11
C3' 0.12 0.10 0.01 0.10 0.12 0.03 0.14 0.07 0.14 0.15 0.12 0.07 0.09 0.16 0.13 0.11 0.18 0.10 0.02 0.17 0.13 0.21 0.09
C4 0.09 0.19 0.07 0.13 0.15 0.03 0.18 0.03 0.21 0.15 0.22 0.19 0.14 0.18 0.13 0.00 0.23 0.10 0.03 0.24 0.09 0.21 0.08
C4' 0.14 0.08 0.03 0.07 0.11 0.02 0.11 0.02 0.10 0.14 0.09 0.06 0.09 0.13 0.12 0.14 0.14 0.13 0.04 0.12 0.15 0.21 0.10
C5 0.16 0.21 0.01 0.05 0.19 0.04 0.21 0.03 0.23 0.20 0.23 0.20 0.18 0.21 0.18 0.09 0.14 0.16 0.09 0.25 0.15 0.26 0.14
C5' 0.18 0.09 0.08 0.02 0.13 0.09 0.13 0.06 0.11 0.17 0.09 0.06 0.11 0.15 0.16 0.19 0.04 0.18 0.11 0.12 0.23 0.28 0.17
C6 0.14 0.17 0.01 0.08 0.17 0.01 0.19 0.00 0.20 0.18 0.20 0.16 0.15 0.19 0.16 0.09 0.17 0.14 0.06 0.23 0.14 0.24 0.12
N1 0.08 0.11 0.06 0.16 0.11 0.06 0.13 0.08 0.16 0.12 0.15 0.09 0.08 0.14 0.10 0.03 0.25 0.07 0.02 0.19 0.08 0.17 0.05
N3 0.03 0.11 0.13 0.22 0.08 0.11 0.12 0.11 0.16 0.09 0.16 0.09 0.05 0.12 0.06 0.05 0.31 0.02 0.05 0.20 0.03 0.14 0.01
O2 0.01 0.02 0.15 0.26 0.03 0.16 0.07 0.18 0.10 0.05 0.08 0.01 0.01 0.08 0.02 0.05 0.35 0.03 0.12 0.15 0.01 0.09 0.04
O2' 0.03 0.13 0.11 0.25 0.11 0.18 0.18 0.22 0.23 0.14 0.21 0.10 0.07 0.19 0.09 0.06 0.38 0.02 0.10 0.30 0.03 0.17 0.02
O3' 0.04 0.05 0.16 0.29 0.04 0.21 0.02 0.26 0.01 0.02 0.02 0.06 0.06 0.01 0.04 0.05 0.38 0.07 0.19 0.02 0.07 0.02 0.11
O4 0.10 0.24 0.07 0.11 0.18 0.01 0.21 0.01 0.24 0.17 0.25 0.24 0.18 0.20 0.15 0.02 0.21 0.11 0.06 0.26 0.10 0.23 0.10
O4' 0.10 0.06 0.02 0.11 0.08 0.01 0.08 0.04 0.07 0.10 0.06 0.04 0.06 0.09 0.09 0.10 0.18 0.10 0.01 0.09 0.10 0.16 0.06
O5' 0.07 0.02 0.24 0.34 0.03 0.22 0.02 0.25 0.03 0.05 0.04 0.05 0.02 0.03 0.05 0.14 0.45 0.06 0.20 0.05 0.15 0.05 0.16
OP1 0.09 0.16 0.03 0.09 0.13 0.03 0.16 0.06 0.18 0.14 0.18 0.16 0.12 0.16 0.11 0.03 0.17 0.08 0.02 0.21 0.09 0.20 0.07
OP2 0.31 0.25 0.17 0.13 0.27 0.25 0.25 0.24 0.24 0.28 0.23 0.24 0.27 0.26 0.29 0.28 0.06 0.35 0.25 0.24 0.30 0.36 0.27
P 0.12 0.14 0.02 0.08 0.13 0.02 0.13 0.01 0.15 0.13 0.15 0.15 0.13 0.14 0.12 0.07 0.17 0.14 0.04 0.16 0.10 0.18 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.03 0.02 0.10 0.01
C2 0.02 0.00 0.10 0.15 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.18 0.04 0.02 0.00 0.01 0.08 0.01
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.06 0.02 0.05 0.01 0.07 0.03 0.09 0.10 0.09 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.07 0.07 0.14 0.20 0.11
C3' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.11 0.00 0.12 0.01 0.15 0.03 0.15 0.15 0.13 0.07 0.06 0.01 0.01 0.01 0.06 0.16 0.18 0.17 0.12
C4 0.01 0.00 0.06 0.11 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.13 0.02 0.02 0.02 0.02 0.10 0.01
C4' 0.02 0.04 0.02 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.07 0.04 0.06 0.03 0.03 0.06 0.03 0.05 0.03 0.00 0.02 0.09 0.01 0.04 0.01
C5 0.01 0.00 0.05 0.12 0.01 0.06 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.02 0.04 0.02 0.01 0.07 0.03
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.06 0.02 0.04 0.02 0.01 0.04 0.01 0.05 0.04 0.00 0.01 0.08 0.07 0.03 0.03
C6 0.01 0.01 0.07 0.15 0.02 0.07 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.17 0.02 0.06 0.00 0.02 0.05 0.05
C8 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.06 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01
N1 0.01 0.01 0.09 0.15 0.00 0.06 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.19 0.02 0.05 0.01 0.01 0.06 0.03
N2 0.03 0.00 0.10 0.15 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.19 0.06 0.02 0.00 0.02 0.09 0.01
N3 0.02 0.00 0.09 0.13 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.16 0.05 0.01 0.02 0.02 0.10 0.01
N7 0.01 0.01 0.01 0.07 0.00 0.06 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.08 0.05 0.04 0.03 0.01 0.08 0.03
N9 0.00 0.01 0.01 0.06 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.07 0.01 0.01 0.03 0.02 0.11 0.01
O2' 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.01 0.05 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.04 0.01 0.03 0.00 0.07 0.15 0.04
O3' 0.03 0.18 0.02 0.01 0.13 0.03 0.13 0.04 0.17 0.03 0.19 0.19 0.16 0.08 0.07 0.04 0.00 0.02 0.05 0.18 0.22 0.17 0.14
O4' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.06 0.02 0.06 0.05 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.04 0.08 0.01 0.08
O5' 0.03 0.02 0.07 0.06 0.02 0.02 0.04 0.01 0.06 0.01 0.05 0.02 0.01 0.04 0.01 0.03 0.05 0.02 0.00 0.10 0.01 0.00 0.00
O6 0.03 0.00 0.07 0.16 0.02 0.09 0.02 0.08 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.00 0.18 0.04 0.10 0.00 0.05 0.01 0.08
OP1 0.02 0.01 0.14 0.18 0.02 0.01 0.01 0.07 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.07 0.22 0.08 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00
OP2 0.10 0.08 0.20 0.17 0.10 0.04 0.07 0.03 0.05 0.10 0.06 0.09 0.10 0.08 0.11 0.15 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.01 0.01 0.11 0.12 0.01 0.01 0.03 0.03 0.05 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.14 0.08 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00