ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51388

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.001, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C5 A 0, 0.001, 0.003, 0.006, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.002
N1 A 0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.007, 0.025, 0.042, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.025 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.007, 0.025, 0.042, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.025 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.007, 0.026, 0.044, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.026 std_dev=0.018
C6 A 0, 0.008, 0.026, 0.044, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.026 std_dev=0.018
O2 A 0, 0.014, 0.049, 0.084, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.049 std_dev=0.035
O4' A 0, 0.023, 0.080, 0.137, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.080 std_dev=0.057
C2' A 0, 0.026, 0.088, 0.151, 0.134 max_d=0.134 avg_d=0.088 std_dev=0.062
O4 A 0, 0.031, 0.106, 0.181, 0.160 max_d=0.160 avg_d=0.106 std_dev=0.075
C3' A 0, 0.041, 0.140, 0.240, 0.212 max_d=0.212 avg_d=0.140 std_dev=0.099
C4' A 0, 0.042, 0.144, 0.245, 0.216 max_d=0.216 avg_d=0.144 std_dev=0.102
O2' A 0, 0.069, 0.236, 0.403, 0.357 max_d=0.357 avg_d=0.236 std_dev=0.167
O5' A 0, 0.074, 0.254, 0.433, 0.385 max_d=0.385 avg_d=0.254 std_dev=0.179
C5' A 0, 0.075, 0.256, 0.437, 0.387 max_d=0.387 avg_d=0.256 std_dev=0.181
OP2 A 0, 0.102, 0.348, 0.593, 0.523 max_d=0.523 avg_d=0.348 std_dev=0.246
N2 B 0, 0.175, 0.596, 1.018, 0.898 max_d=0.898 avg_d=0.596 std_dev=0.422
C2 B 0, 0.201, 0.687, 1.173, 1.031 max_d=1.031 avg_d=0.687 std_dev=0.486
P A 0, 0.204, 0.697, 1.189, 1.046 max_d=1.046 avg_d=0.697 std_dev=0.493
N1 B 0, 0.212, 0.725, 1.238, 1.090 max_d=1.090 avg_d=0.725 std_dev=0.513
N3 B 0, 0.217, 0.741, 1.265, 1.113 max_d=1.113 avg_d=0.741 std_dev=0.524
O3' A 0, 0.221, 0.756, 1.290, 1.134 max_d=1.134 avg_d=0.756 std_dev=0.534
C6 B 0, 0.236, 0.807, 1.377, 1.216 max_d=1.216 avg_d=0.807 std_dev=0.570
C4 B 0, 0.242, 0.826, 1.410, 1.240 max_d=1.240 avg_d=0.826 std_dev=0.584
O6 B 0, 0.245, 0.837, 1.428, 1.265 max_d=1.265 avg_d=0.837 std_dev=0.592
C5 B 0, 0.252, 0.859, 1.466, 1.292 max_d=1.292 avg_d=0.859 std_dev=0.607
N9 B 0, 0.264, 0.903, 1.541, 1.355 max_d=1.355 avg_d=0.903 std_dev=0.638
N7 B 0, 0.276, 0.944, 1.611, 1.419 max_d=1.419 avg_d=0.944 std_dev=0.667
C1' B 0, 0.277, 0.945, 1.614, 1.419 max_d=1.419 avg_d=0.945 std_dev=0.669
C8 B 0, 0.283, 0.966, 1.649, 1.451 max_d=1.451 avg_d=0.966 std_dev=0.683
C2' B 0, 0.309, 1.055, 1.802, 1.583 max_d=1.583 avg_d=1.055 std_dev=0.746
O2' B 0, 0.312, 1.067, 1.821, 1.604 max_d=1.604 avg_d=1.067 std_dev=0.754
O4' B 0, 0.328, 1.119, 1.909, 1.678 max_d=1.678 avg_d=1.119 std_dev=0.791
C3' B 0, 0.369, 1.260, 2.151, 1.893 max_d=1.893 avg_d=1.260 std_dev=0.891
C4' B 0, 0.371, 1.268, 2.165, 1.904 max_d=1.904 avg_d=1.268 std_dev=0.897
O3' B 0, 0.410, 1.400, 2.390, 2.104 max_d=2.104 avg_d=1.400 std_dev=0.990
OP1 A 0, 0.417, 1.423, 2.429, 2.138 max_d=2.138 avg_d=1.423 std_dev=1.006
C5' B 0, 0.420, 1.435, 2.449, 2.155 max_d=2.155 avg_d=1.435 std_dev=1.014
O5' B 0, 0.468, 1.597, 2.726, 2.401 max_d=2.401 avg_d=1.597 std_dev=1.129
OP2 B 0, 0.522, 1.784, 3.045, 2.685 max_d=2.685 avg_d=1.784 std_dev=1.261
P B 0, 0.539, 1.841, 3.143, 2.768 max_d=2.768 avg_d=1.841 std_dev=1.302
OP1 B 0, 0.626, 2.138, 3.650, 3.212 max_d=3.212 avg_d=2.138 std_dev=1.512

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.18 0.00 0.00 0.06 0.14 0.09 0.09
C2 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.21 0.00 0.01 0.07 0.28 0.10 0.16
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.07 0.03 0.01 0.06 0.01 0.06 0.04
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.13 0.01 0.07
C4 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.15 0.00 0.01 0.09 0.44 0.10 0.24
C4' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.08 0.00
C5 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.11 0.00 0.01 0.08 0.46 0.10 0.25
C5' 0.02 0.02 0.05 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.04 0.07 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.01
C6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.10 0.00 0.00 0.08 0.36 0.10 0.20
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.16 0.00 0.01 0.07 0.26 0.09 0.16
N3 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.19 0.00 0.01 0.08 0.37 0.10 0.20
O2 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.25 0.00 0.00 0.07 0.22 0.09 0.13
O2' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.04 0.03 0.02 0.04 0.01 0.00 0.08 0.07 0.01 0.07 0.01 0.06 0.04
O3' 0.18 0.21 0.07 0.00 0.15 0.04 0.11 0.07 0.10 0.16 0.19 0.25 0.08 0.00 0.16 0.14 0.11 0.29 0.10 0.23
O4 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.16 0.00 0.02 0.09 0.49 0.10 0.26
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.14 0.02 0.00 0.04 0.15 0.11 0.09
O5' 0.06 0.07 0.06 0.02 0.09 0.01 0.08 0.01 0.08 0.07 0.08 0.07 0.07 0.11 0.09 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.14 0.28 0.01 0.13 0.44 0.00 0.46 0.01 0.36 0.26 0.37 0.22 0.01 0.29 0.49 0.15 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.09 0.10 0.06 0.01 0.10 0.08 0.10 0.07 0.10 0.09 0.10 0.09 0.06 0.10 0.10 0.11 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.09 0.16 0.04 0.07 0.24 0.00 0.25 0.01 0.20 0.16 0.20 0.13 0.04 0.23 0.26 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.14 0.05 0.21 0.24 0.09 0.22 0.07 0.21 0.04 0.10 0.03 0.04 0.09 0.08 0.11 0.27 0.30 0.15 0.19 0.03 0.23 0.16 0.18
C2 0.13 0.01 0.19 0.21 0.05 0.20 0.03 0.19 0.01 0.07 0.03 0.03 0.05 0.04 0.09 0.27 0.26 0.15 0.16 0.03 0.19 0.13 0.15
C2' 0.17 0.10 0.24 0.27 0.12 0.25 0.10 0.24 0.08 0.13 0.07 0.09 0.13 0.11 0.14 0.30 0.33 0.18 0.22 0.06 0.27 0.20 0.21
C3' 0.16 0.08 0.24 0.27 0.11 0.24 0.09 0.24 0.07 0.12 0.06 0.07 0.11 0.10 0.13 0.29 0.34 0.17 0.22 0.05 0.27 0.19 0.21
C4 0.12 0.07 0.17 0.21 0.01 0.23 0.03 0.23 0.08 0.03 0.09 0.09 0.01 0.01 0.05 0.27 0.27 0.17 0.19 0.09 0.24 0.16 0.19
C4' 0.14 0.06 0.21 0.24 0.09 0.22 0.07 0.23 0.05 0.10 0.04 0.05 0.09 0.08 0.11 0.26 0.31 0.15 0.20 0.03 0.26 0.18 0.20
C5 0.13 0.03 0.18 0.23 0.03 0.25 0.01 0.26 0.03 0.06 0.05 0.05 0.02 0.02 0.07 0.26 0.30 0.17 0.23 0.05 0.29 0.20 0.23
C5' 0.12 0.03 0.18 0.23 0.06 0.22 0.04 0.22 0.01 0.07 0.01 0.02 0.06 0.05 0.08 0.24 0.30 0.14 0.20 0.01 0.27 0.18 0.20
C6 0.14 0.01 0.20 0.24 0.06 0.24 0.04 0.25 0.01 0.08 0.01 0.01 0.06 0.05 0.09 0.27 0.31 0.17 0.22 0.02 0.28 0.20 0.22
N1 0.14 0.02 0.20 0.23 0.07 0.22 0.04 0.22 0.01 0.08 0.01 0.01 0.07 0.06 0.10 0.27 0.29 0.16 0.19 0.01 0.23 0.16 0.18
N3 0.13 0.06 0.18 0.20 0.01 0.21 0.02 0.20 0.06 0.04 0.08 0.09 0.01 0.01 0.06 0.28 0.25 0.15 0.16 0.08 0.19 0.12 0.15
O2 0.13 0.02 0.19 0.20 0.06 0.18 0.04 0.17 0.01 0.08 0.01 0.01 0.07 0.05 0.09 0.26 0.24 0.13 0.13 0.01 0.15 0.10 0.11
O2' 0.16 0.10 0.23 0.24 0.12 0.22 0.10 0.21 0.07 0.12 0.07 0.10 0.13 0.10 0.13 0.28 0.30 0.16 0.18 0.05 0.22 0.15 0.17
O3' 0.05 0.10 0.05 0.09 0.08 0.04 0.08 0.04 0.09 0.07 0.10 0.12 0.09 0.07 0.07 0.09 0.18 0.05 0.02 0.09 0.08 0.01 0.01
O4 0.09 0.12 0.11 0.17 0.06 0.22 0.09 0.23 0.13 0.02 0.15 0.13 0.07 0.06 0.01 0.25 0.23 0.16 0.17 0.15 0.22 0.13 0.17
O4' 0.13 0.04 0.19 0.22 0.07 0.21 0.06 0.21 0.03 0.09 0.02 0.03 0.07 0.07 0.10 0.25 0.29 0.14 0.19 0.02 0.24 0.16 0.18
O5' 0.08 0.01 0.15 0.20 0.02 0.19 0.00 0.20 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.04 0.20 0.27 0.11 0.19 0.04 0.26 0.17 0.19
OP1 0.20 0.15 0.17 0.11 0.18 0.13 0.16 0.10 0.13 0.19 0.12 0.14 0.18 0.16 0.19 0.16 0.06 0.18 0.06 0.11 0.02 0.03 0.04
OP2 0.06 0.02 0.12 0.19 0.01 0.17 0.01 0.21 0.01 0.03 0.02 0.04 0.00 0.02 0.03 0.15 0.26 0.09 0.21 0.02 0.31 0.21 0.23
P 0.05 0.08 0.00 0.05 0.07 0.04 0.08 0.07 0.08 0.07 0.08 0.08 0.07 0.08 0.07 0.03 0.12 0.02 0.07 0.08 0.16 0.08 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03
C2 0.01 0.00 0.06 0.06 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.08 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.04
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.05 0.07 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.05 0.07 0.05 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.05 0.03
C4 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.01 0.05 0.01 0.05 0.04 0.06
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00
C5 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01 0.07 0.00 0.07 0.07 0.08
C5' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.03 0.06 0.01 0.01 0.00 0.06 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.00
C6 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.04 0.01 0.06 0.00 0.06 0.07 0.08
C8 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.10 0.00 0.10 0.07 0.09
N1 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.07 0.01 0.05 0.00 0.04 0.05 0.06
N2 0.01 0.00 0.07 0.07 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.11 0.10 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03
N3 0.01 0.00 0.06 0.05 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.07 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.04
N7 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.10 0.00 0.10 0.09 0.10
N9 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.00 0.06 0.03 0.06
O2' 0.00 0.09 0.00 0.01 0.05 0.02 0.04 0.01 0.06 0.01 0.08 0.11 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01
O3' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.04 0.03 0.07 0.10 0.07 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.04 0.05 0.06 0.06
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03
O5' 0.03 0.03 0.01 0.03 0.05 0.00 0.07 0.00 0.06 0.10 0.05 0.02 0.03 0.10 0.06 0.01 0.06 0.03 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.04 0.01 0.07 0.00 0.08 0.09 0.09
OP1 0.03 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.07 0.03 0.06 0.10 0.04 0.01 0.02 0.10 0.06 0.01 0.05 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00
OP2 0.01 0.03 0.03 0.05 0.04 0.02 0.07 0.01 0.07 0.07 0.05 0.02 0.03 0.09 0.03 0.02 0.06 0.01 0.01 0.09 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.04 0.01 0.03 0.06 0.00 0.08 0.00 0.08 0.09 0.06 0.03 0.04 0.10 0.06 0.01 0.06 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00