ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51390

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.000, 0.006, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.000, 0.008, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
O4 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
O2 A 0, 0.000, 0.023, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.023
O2' A 0, 0.000, 0.136, 0.272, 0.272 max_d=0.272 avg_d=0.136 std_dev=0.136
C2' A 0, 0.000, 0.174, 0.347, 0.347 max_d=0.347 avg_d=0.174 std_dev=0.174
O4' A 0, 0.000, 0.226, 0.451, 0.451 max_d=0.451 avg_d=0.226 std_dev=0.226
C3' A 0, 0.000, 0.309, 0.617, 0.617 max_d=0.617 avg_d=0.309 std_dev=0.309
C4' A 0, 0.000, 0.331, 0.662, 0.662 max_d=0.662 avg_d=0.331 std_dev=0.331
OP1 A 0, 0.000, 0.342, 0.684, 0.684 max_d=0.684 avg_d=0.342 std_dev=0.342
P A 0, 0.000, 0.364, 0.727, 0.727 max_d=0.727 avg_d=0.364 std_dev=0.364
O3' A 0, 0.000, 0.381, 0.761, 0.761 max_d=0.761 avg_d=0.381 std_dev=0.381
OP2 A 0, 0.000, 0.411, 0.823, 0.823 max_d=0.823 avg_d=0.411 std_dev=0.411
N2 B 0, 0.000, 0.525, 1.050, 1.050 max_d=1.050 avg_d=0.525 std_dev=0.525
O5' A 0, 0.000, 0.531, 1.061, 1.061 max_d=1.061 avg_d=0.531 std_dev=0.531
N3 B 0, 0.000, 0.582, 1.163, 1.163 max_d=1.163 avg_d=0.582 std_dev=0.582
C2 B 0, 0.000, 0.582, 1.163, 1.163 max_d=1.163 avg_d=0.582 std_dev=0.582
O3' B 0, 0.000, 0.586, 1.172, 1.172 max_d=1.172 avg_d=0.586 std_dev=0.586
C1' B 0, 0.000, 0.639, 1.277, 1.277 max_d=1.277 avg_d=0.639 std_dev=0.639
C5' A 0, 0.000, 0.645, 1.290, 1.290 max_d=1.290 avg_d=0.645 std_dev=0.645
N1 B 0, 0.000, 0.646, 1.292, 1.292 max_d=1.292 avg_d=0.646 std_dev=0.646
C4 B 0, 0.000, 0.646, 1.292, 1.292 max_d=1.292 avg_d=0.646 std_dev=0.646
O4' B 0, 0.000, 0.647, 1.295, 1.295 max_d=1.295 avg_d=0.647 std_dev=0.647
N9 B 0, 0.000, 0.671, 1.341, 1.341 max_d=1.341 avg_d=0.671 std_dev=0.671
C3' B 0, 0.000, 0.675, 1.349, 1.349 max_d=1.349 avg_d=0.675 std_dev=0.675
O2' B 0, 0.000, 0.687, 1.374, 1.374 max_d=1.374 avg_d=0.687 std_dev=0.687
C4' B 0, 0.000, 0.689, 1.378, 1.378 max_d=1.378 avg_d=0.689 std_dev=0.689
C2' B 0, 0.000, 0.691, 1.382, 1.382 max_d=1.382 avg_d=0.691 std_dev=0.691
C5 B 0, 0.000, 0.706, 1.412, 1.412 max_d=1.412 avg_d=0.706 std_dev=0.706
C6 B 0, 0.000, 0.711, 1.422, 1.422 max_d=1.422 avg_d=0.711 std_dev=0.711
C8 B 0, 0.000, 0.736, 1.473, 1.473 max_d=1.473 avg_d=0.736 std_dev=0.736
N7 B 0, 0.000, 0.758, 1.516, 1.516 max_d=1.516 avg_d=0.758 std_dev=0.758
O6 B 0, 0.000, 0.767, 1.535, 1.535 max_d=1.535 avg_d=0.767 std_dev=0.767
C5' B 0, 0.000, 0.801, 1.601, 1.601 max_d=1.601 avg_d=0.801 std_dev=0.801
O5' B 0, 0.000, 0.815, 1.629, 1.629 max_d=1.629 avg_d=0.815 std_dev=0.815
P B 0, 0.000, 0.993, 1.985, 1.985 max_d=1.985 avg_d=0.993 std_dev=0.993
OP2 B 0, 0.000, 1.010, 2.021, 2.021 max_d=2.021 avg_d=1.010 std_dev=1.010
OP1 B 0, 0.000, 1.198, 2.396, 2.396 max_d=2.396 avg_d=1.198 std_dev=1.198

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.14 0.15 0.13 0.06
C2 0.01 0.00 0.03 0.08 0.00 0.04 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.00 0.00 0.27 0.19 0.03 0.15
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.02 0.04 0.00 0.02 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00 0.22 0.22 0.06 0.14
C3' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.02 0.03 0.08 0.10 0.00 0.00 0.05 0.00 0.27 0.28 0.07 0.17
C4 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.04 0.34 0.20 0.06 0.20
C4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.07 0.00 0.07 0.00 0.05 0.04 0.06 0.02 0.01 0.01 0.08 0.00 0.00 0.12 0.25 0.01
C5 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.07 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.06 0.35 0.20 0.06 0.21
C5' 0.03 0.11 0.02 0.03 0.17 0.00 0.16 0.00 0.12 0.09 0.15 0.08 0.00 0.03 0.19 0.01 0.00 0.17 0.35 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.05 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.06 0.32 0.20 0.01 0.18
N1 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.26 0.19 0.05 0.14
N3 0.01 0.00 0.02 0.08 0.00 0.06 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.08 0.00 0.02 0.31 0.19 0.02 0.18
O2 0.02 0.00 0.07 0.10 0.00 0.02 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.09 0.00 0.03 0.23 0.18 0.05 0.14
O2' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.06 0.13 0.14 0.03
O3' 0.00 0.07 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.03 0.02 0.02 0.08 0.09 0.02 0.00 0.06 0.00 0.20 0.26 0.09 0.14
O4 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.08 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.04 0.35 0.20 0.10 0.21
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.02 0.02 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.07 0.24 0.03
O5' 0.14 0.27 0.22 0.27 0.34 0.00 0.35 0.00 0.32 0.26 0.31 0.23 0.06 0.20 0.35 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.15 0.19 0.22 0.28 0.20 0.12 0.20 0.17 0.20 0.19 0.19 0.18 0.13 0.26 0.20 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.13 0.03 0.06 0.07 0.06 0.25 0.06 0.35 0.01 0.05 0.02 0.05 0.14 0.09 0.10 0.24 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.06 0.15 0.14 0.17 0.20 0.01 0.21 0.01 0.18 0.14 0.18 0.14 0.03 0.14 0.21 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.08 0.02 0.14 0.10 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.05 0.03 0.04 0.02 0.03 0.06 0.22 0.12 0.00 0.03 0.03 0.02 0.04 0.05
C2 0.13 0.09 0.20 0.19 0.02 0.10 0.01 0.07 0.07 0.06 0.11 0.15 0.01 0.02 0.08 0.28 0.21 0.06 0.10 0.09 0.09 0.12 0.03
C2' 0.10 0.01 0.18 0.14 0.04 0.04 0.02 0.01 0.02 0.06 0.03 0.04 0.03 0.04 0.07 0.26 0.15 0.01 0.06 0.03 0.04 0.06 0.02
C3' 0.01 0.12 0.09 0.07 0.07 0.01 0.09 0.03 0.13 0.04 0.14 0.14 0.08 0.07 0.03 0.16 0.08 0.05 0.02 0.14 0.05 0.01 0.08
C4 0.01 0.25 0.13 0.15 0.15 0.05 0.16 0.04 0.21 0.06 0.24 0.28 0.20 0.11 0.07 0.21 0.18 0.04 0.08 0.21 0.02 0.08 0.03
C4' 0.02 0.10 0.03 0.01 0.07 0.05 0.08 0.07 0.11 0.05 0.11 0.11 0.08 0.07 0.05 0.08 0.02 0.07 0.02 0.12 0.08 0.03 0.13
C5 0.06 0.22 0.05 0.05 0.15 0.04 0.16 0.04 0.19 0.10 0.21 0.24 0.19 0.12 0.10 0.12 0.07 0.11 0.02 0.20 0.10 0.01 0.11
C5' 0.16 0.24 0.12 0.11 0.22 0.15 0.23 0.15 0.26 0.20 0.26 0.24 0.22 0.22 0.20 0.09 0.10 0.18 0.11 0.27 0.22 0.13 0.24
C6 0.02 0.16 0.07 0.05 0.10 0.04 0.11 0.05 0.14 0.06 0.16 0.18 0.12 0.08 0.06 0.14 0.07 0.09 0.01 0.15 0.08 0.01 0.11
N1 0.06 0.09 0.14 0.11 0.02 0.02 0.04 0.00 0.08 0.02 0.10 0.13 0.04 0.01 0.02 0.21 0.13 0.01 0.04 0.09 0.01 0.05 0.04
N3 0.12 0.19 0.21 0.21 0.04 0.12 0.08 0.09 0.14 0.03 0.19 0.26 0.10 0.03 0.04 0.28 0.24 0.06 0.12 0.16 0.08 0.14 0.04
O2 0.20 0.00 0.25 0.22 0.10 0.15 0.06 0.11 0.01 0.12 0.04 0.06 0.09 0.08 0.14 0.31 0.24 0.12 0.12 0.04 0.15 0.17 0.08
O2' 0.16 0.11 0.21 0.16 0.13 0.07 0.12 0.03 0.10 0.14 0.10 0.10 0.13 0.13 0.15 0.30 0.16 0.06 0.08 0.09 0.09 0.08 0.01
O3' 0.02 0.09 0.10 0.08 0.04 0.01 0.07 0.02 0.10 0.02 0.11 0.11 0.05 0.05 0.01 0.17 0.08 0.04 0.03 0.12 0.04 0.02 0.07
O4 0.03 0.30 0.13 0.18 0.22 0.07 0.22 0.08 0.27 0.11 0.30 0.31 0.28 0.16 0.13 0.21 0.22 0.05 0.12 0.27 0.02 0.10 0.01
O4' 0.01 0.06 0.06 0.03 0.03 0.03 0.04 0.05 0.06 0.01 0.07 0.08 0.04 0.03 0.01 0.11 0.04 0.05 0.01 0.07 0.04 0.01 0.10
O5' 0.27 0.19 0.34 0.28 0.24 0.18 0.24 0.16 0.21 0.27 0.19 0.16 0.22 0.26 0.26 0.43 0.28 0.17 0.26 0.21 0.15 0.17 0.12
OP1 0.07 0.05 0.13 0.09 0.06 0.02 0.06 0.02 0.05 0.07 0.05 0.04 0.06 0.07 0.07 0.18 0.08 0.02 0.11 0.05 0.06 0.00 0.07
OP2 0.02 0.16 0.08 0.07 0.09 0.01 0.10 0.00 0.13 0.04 0.16 0.20 0.13 0.06 0.05 0.13 0.07 0.07 0.10 0.14 0.07 0.02 0.06
P 0.09 0.02 0.16 0.13 0.06 0.05 0.06 0.05 0.04 0.09 0.02 0.00 0.04 0.08 0.08 0.22 0.13 0.03 0.14 0.03 0.01 0.05 0.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.06 0.01 0.10
C2 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.02 0.05 0.06 0.00 0.00 0.01 0.08
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.18 0.07 0.16
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.00 0.14 0.06 0.15
C4 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.07
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.05 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06
C5 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.04
C5' 0.01 0.05 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.04 0.07 0.04 0.04 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.11 0.07 0.02
C6 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.04 0.00 0.04 0.02 0.04
C8 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.00 0.00 0.03 0.03
N1 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.02 0.04 0.05 0.00 0.02 0.00 0.06
N2 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.02 0.06 0.06 0.01 0.00 0.02 0.09
N3 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.02 0.05 0.05 0.00 0.02 0.01 0.09
N7 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01
N9 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.07
O2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.06 0.09 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.02 0.25 0.10 0.18
O3' 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.02 0.14 0.05 0.14
O4' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.06 0.05 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.04 0.05
O5' 0.01 0.06 0.05 0.07 0.03 0.01 0.03 0.00 0.04 0.02 0.05 0.06 0.05 0.00 0.01 0.06 0.07 0.02 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00
O6 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.04 0.00 0.05 0.03 0.02
OP1 0.06 0.00 0.18 0.14 0.01 0.01 0.02 0.11 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.25 0.14 0.04 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00
OP2 0.01 0.01 0.07 0.06 0.00 0.02 0.02 0.07 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.10 0.05 0.04 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00
P 0.10 0.08 0.16 0.15 0.07 0.06 0.04 0.02 0.04 0.03 0.06 0.09 0.09 0.01 0.07 0.18 0.14 0.05 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00