ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51393

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 7, 20, 17, 10, 5, 5, 23, 13, 11, 7, 5, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.005, 0.013, 0.020, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.006, 0.015, 0.023, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.015 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.006, 0.015, 0.025, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.006, 0.016, 0.027, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.016 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.003, 0.014, 0.024, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.014 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.012 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.015, 0.039, 0.063, 0.141 max_d=0.141 avg_d=0.039 std_dev=0.024
O4 A 0, 0.009, 0.054, 0.099, 0.267 max_d=0.267 avg_d=0.054 std_dev=0.045
O4' A 0, -0.005, 0.105, 0.214, 0.812 max_d=0.812 avg_d=0.105 std_dev=0.109
C2' A 0, 0.003, 0.146, 0.288, 0.949 max_d=0.949 avg_d=0.146 std_dev=0.142
N3 B 0, 0.163, 0.380, 0.597, 1.245 max_d=1.245 avg_d=0.380 std_dev=0.217
C4' A 0, 0.004, 0.233, 0.463, 1.380 max_d=1.380 avg_d=0.233 std_dev=0.230
C2 B 0, 0.199, 0.461, 0.723, 1.356 max_d=1.356 avg_d=0.461 std_dev=0.262
O2' A 0, 0.031, 0.301, 0.570, 1.553 max_d=1.553 avg_d=0.301 std_dev=0.270
C4 B 0, 0.257, 0.532, 0.807, 1.157 max_d=1.157 avg_d=0.532 std_dev=0.275
C5' A 0, 0.057, 0.334, 0.611, 1.592 max_d=1.592 avg_d=0.334 std_dev=0.277
C1' B 0, 0.269, 0.575, 0.882, 1.315 max_d=1.315 avg_d=0.575 std_dev=0.306
N9 B 0, 0.292, 0.601, 0.911, 1.268 max_d=1.268 avg_d=0.601 std_dev=0.309
C3' A 0, -0.008, 0.303, 0.615, 1.737 max_d=1.737 avg_d=0.303 std_dev=0.312
O5' A 0, 0.288, 0.631, 0.973, 2.003 max_d=2.003 avg_d=0.631 std_dev=0.343
N1 B 0, 0.276, 0.644, 1.012, 1.581 max_d=1.581 avg_d=0.644 std_dev=0.368
OP1 A 0, 0.118, 0.510, 0.902, 2.305 max_d=2.305 avg_d=0.510 std_dev=0.392
C5 B 0, 0.318, 0.716, 1.114, 1.478 max_d=1.478 avg_d=0.716 std_dev=0.398
C8 B 0, 0.358, 0.782, 1.206, 1.727 max_d=1.727 avg_d=0.782 std_dev=0.424
C6 B 0, 0.335, 0.773, 1.212, 1.771 max_d=1.771 avg_d=0.773 std_dev=0.439
O4' B 0, 0.255, 0.706, 1.157, 2.414 max_d=2.414 avg_d=0.706 std_dev=0.451
P A 0, 0.313, 0.780, 1.246, 2.299 max_d=2.299 avg_d=0.780 std_dev=0.467
N7 B 0, 0.370, 0.857, 1.345, 1.831 max_d=1.831 avg_d=0.857 std_dev=0.487
C2' B 0, 0.293, 0.813, 1.333, 2.233 max_d=2.233 avg_d=0.813 std_dev=0.520
O3' A 0, -0.068, 0.492, 1.051, 3.043 max_d=3.043 avg_d=0.492 std_dev=0.559
N6 B 0, 0.426, 0.994, 1.562, 2.325 max_d=2.325 avg_d=0.994 std_dev=0.568
C3' B 0, 0.260, 0.920, 1.581, 3.396 max_d=3.396 avg_d=0.920 std_dev=0.661
C4' B 0, 0.199, 0.866, 1.533, 3.548 max_d=3.548 avg_d=0.866 std_dev=0.667
O2' B 0, 0.208, 0.894, 1.580, 4.030 max_d=4.030 avg_d=0.894 std_dev=0.686
O3' B 0, 0.162, 0.896, 1.629, 4.033 max_d=4.033 avg_d=0.896 std_dev=0.733
C5' B 0, 0.246, 1.190, 2.133, 4.624 max_d=4.624 avg_d=1.190 std_dev=0.944
OP2 A 0, 0.532, 1.530, 2.528, 4.129 max_d=4.129 avg_d=1.530 std_dev=0.998
O5' B 0, 0.438, 2.006, 3.574, 4.321 max_d=4.321 avg_d=2.006 std_dev=1.568
OP2 B 0, 0.558, 2.402, 4.247, 4.777 max_d=4.777 avg_d=2.402 std_dev=1.845
P B 0, 0.520, 2.516, 4.513, 5.018 max_d=5.018 avg_d=2.516 std_dev=1.997
OP1 B 0, 0.539, 2.881, 5.223, 6.601 max_d=6.601 avg_d=2.881 std_dev=2.342

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.14 0.02 0.01 0.08 0.23 0.16 0.08
C2 0.02 0.00 0.08 0.13 0.01 0.05 0.02 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.09 0.01 0.03 0.16 0.24 0.41 0.13
C2' 0.00 0.08 0.00 0.01 0.05 0.02 0.06 0.08 0.07 0.03 0.07 0.14 0.00 0.03 0.05 0.01 0.15 0.23 0.23 0.20
C3' 0.01 0.13 0.01 0.00 0.22 0.01 0.24 0.02 0.21 0.13 0.17 0.10 0.03 0.01 0.24 0.01 0.09 0.11 0.28 0.10
C4 0.02 0.01 0.05 0.22 0.00 0.11 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.16 0.01 0.03 0.29 0.27 0.72 0.24
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.11 0.00 0.14 0.01 0.12 0.06 0.08 0.04 0.16 0.01 0.12 0.00 0.02 0.11 0.17 0.04
C5 0.02 0.02 0.06 0.24 0.01 0.14 0.00 0.19 0.01 0.02 0.01 0.02 0.13 0.21 0.01 0.04 0.32 0.27 0.74 0.26
C5' 0.03 0.08 0.08 0.02 0.17 0.01 0.19 0.00 0.16 0.09 0.12 0.05 0.09 0.10 0.18 0.01 0.01 0.11 0.21 0.02
C6 0.02 0.01 0.07 0.21 0.01 0.12 0.01 0.16 0.00 0.01 0.01 0.02 0.11 0.17 0.01 0.04 0.27 0.25 0.54 0.18
N1 0.01 0.01 0.03 0.13 0.01 0.06 0.02 0.09 0.01 0.00 0.01 0.02 0.09 0.08 0.01 0.02 0.17 0.23 0.36 0.11
N3 0.02 0.01 0.07 0.17 0.01 0.08 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.16 0.10 0.01 0.03 0.23 0.25 0.57 0.19
O2 0.03 0.01 0.14 0.10 0.01 0.04 0.02 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.18 0.16 0.02 0.04 0.12 0.23 0.33 0.11
O2' 0.02 0.14 0.00 0.03 0.15 0.16 0.13 0.09 0.11 0.09 0.16 0.18 0.00 0.05 0.16 0.11 0.09 0.16 0.23 0.14
O3' 0.14 0.09 0.03 0.01 0.16 0.01 0.21 0.10 0.17 0.08 0.10 0.16 0.05 0.00 0.19 0.10 0.19 0.27 0.43 0.18
O4 0.02 0.01 0.05 0.24 0.01 0.12 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.02 0.16 0.19 0.00 0.03 0.31 0.29 0.81 0.28
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.04 0.11 0.10 0.03 0.00 0.11 0.24 0.16 0.10
O5' 0.08 0.16 0.15 0.09 0.29 0.02 0.32 0.01 0.27 0.17 0.23 0.12 0.09 0.19 0.31 0.11 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.23 0.24 0.23 0.11 0.27 0.11 0.27 0.11 0.25 0.23 0.25 0.23 0.16 0.27 0.29 0.24 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.16 0.41 0.23 0.28 0.72 0.17 0.74 0.21 0.54 0.36 0.57 0.33 0.23 0.43 0.81 0.16 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.13 0.20 0.10 0.24 0.04 0.26 0.02 0.18 0.11 0.19 0.11 0.14 0.18 0.28 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.12 0.23 0.29 0.18 0.15 0.38 0.18 0.48 0.24 0.12 0.27 0.16 0.27 0.16 0.12 0.53 0.42 0.44 0.39 0.49 0.28 0.38
C2 0.11 0.18 0.30 0.14 0.13 0.32 0.14 0.40 0.18 0.11 0.20 0.14 0.19 0.13 0.10 0.50 0.33 0.40 0.42 0.49 0.35 0.42
C2' 0.16 0.28 0.28 0.18 0.21 0.37 0.24 0.46 0.30 0.18 0.32 0.21 0.33 0.22 0.17 0.48 0.39 0.46 0.42 0.49 0.36 0.43
C3' 0.25 0.22 0.31 0.36 0.18 0.48 0.18 0.53 0.22 0.18 0.25 0.19 0.25 0.17 0.19 0.51 0.62 0.50 0.41 0.55 0.27 0.40
C4 0.18 0.13 0.28 0.21 0.14 0.34 0.13 0.38 0.13 0.15 0.13 0.13 0.13 0.14 0.16 0.51 0.41 0.40 0.31 0.45 0.23 0.31
C4' 0.15 0.21 0.31 0.29 0.12 0.42 0.16 0.50 0.23 0.09 0.26 0.14 0.27 0.12 0.10 0.56 0.55 0.42 0.38 0.54 0.23 0.37
C5 0.19 0.13 0.28 0.28 0.13 0.40 0.12 0.44 0.12 0.15 0.13 0.13 0.13 0.14 0.15 0.54 0.50 0.42 0.41 0.58 0.33 0.43
C5' 0.23 0.19 0.37 0.40 0.12 0.49 0.13 0.56 0.19 0.14 0.23 0.13 0.23 0.12 0.15 0.61 0.65 0.44 0.51 0.74 0.40 0.54
C6 0.15 0.15 0.29 0.25 0.11 0.39 0.11 0.46 0.14 0.11 0.16 0.12 0.15 0.11 0.12 0.55 0.49 0.43 0.38 0.53 0.27 0.38
N1 0.12 0.18 0.30 0.18 0.12 0.36 0.14 0.44 0.18 0.10 0.20 0.13 0.20 0.12 0.10 0.54 0.41 0.42 0.35 0.45 0.24 0.34
N3 0.12 0.13 0.30 0.13 0.11 0.29 0.11 0.35 0.12 0.10 0.13 0.12 0.13 0.11 0.11 0.48 0.32 0.39 0.38 0.44 0.30 0.37
O2 0.12 0.23 0.32 0.14 0.17 0.30 0.20 0.41 0.24 0.15 0.26 0.17 0.26 0.18 0.14 0.47 0.28 0.39 0.57 0.63 0.52 0.60
O2' 0.19 0.39 0.43 0.18 0.31 0.28 0.38 0.43 0.45 0.30 0.47 0.30 0.50 0.36 0.26 0.57 0.17 0.41 0.52 0.56 0.55 0.56
O3' 0.14 0.22 0.35 0.28 0.12 0.33 0.18 0.37 0.27 0.10 0.30 0.12 0.33 0.15 0.09 0.55 0.52 0.34 0.25 0.39 0.18 0.23
O4 0.25 0.15 0.27 0.25 0.19 0.35 0.19 0.36 0.17 0.22 0.15 0.16 0.17 0.21 0.22 0.46 0.41 0.40 0.32 0.48 0.26 0.33
O4' 0.11 0.21 0.31 0.22 0.12 0.39 0.16 0.49 0.23 0.09 0.25 0.14 0.26 0.13 0.09 0.58 0.48 0.41 0.36 0.50 0.23 0.35
O5' 0.39 0.20 0.47 0.59 0.24 0.65 0.21 0.71 0.19 0.30 0.21 0.22 0.20 0.24 0.31 0.64 0.81 0.57 0.73 0.98 0.62 0.78
OP1 0.21 0.28 0.51 0.35 0.21 0.30 0.23 0.38 0.27 0.21 0.30 0.22 0.29 0.22 0.20 0.77 0.51 0.23 0.55 0.87 0.52 0.64
OP2 0.94 0.43 1.03 1.29 0.65 1.30 0.60 1.37 0.48 0.81 0.40 0.57 0.44 0.70 0.81 1.05 1.51 1.07 1.55 1.93 1.46 1.65
P 0.39 0.21 0.46 0.63 0.24 0.69 0.22 0.76 0.21 0.31 0.23 0.21 0.21 0.26 0.31 0.61 0.86 0.57 0.89 1.22 0.81 0.98

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.08 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.16 0.01 0.57 0.57 0.43 0.54
C2 0.03 0.00 0.23 0.15 0.01 0.17 0.01 0.30 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.25 0.09 0.26 0.86 0.93 0.82 0.93
C2' 0.01 0.23 0.00 0.00 0.12 0.01 0.06 0.14 0.10 0.14 0.17 0.23 0.07 0.09 0.02 0.00 0.03 0.01 0.58 0.60 0.53 0.56
C3' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.14 0.00 0.16 0.02 0.18 0.13 0.17 0.13 0.19 0.16 0.11 0.02 0.01 0.02 0.12 0.35 0.12 0.15
C4 0.02 0.01 0.12 0.14 0.00 0.09 0.01 0.23 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.11 0.07 0.14 0.93 0.96 0.85 0.98
C4' 0.01 0.17 0.01 0.00 0.09 0.00 0.10 0.01 0.13 0.13 0.16 0.15 0.15 0.12 0.05 0.16 0.03 0.01 0.03 0.27 0.22 0.06
C5 0.02 0.01 0.06 0.16 0.01 0.10 0.00 0.27 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.16 0.07 0.09 1.12 1.21 1.11 1.25
C5' 0.08 0.30 0.14 0.02 0.23 0.01 0.27 0.00 0.32 0.23 0.32 0.26 0.35 0.27 0.16 0.08 0.12 0.02 0.01 0.43 0.39 0.02
C6 0.03 0.01 0.10 0.18 0.01 0.13 0.01 0.32 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.17 0.07 0.15 1.14 1.27 1.17 1.30
C8 0.02 0.02 0.14 0.13 0.01 0.13 0.01 0.23 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.28 0.08 0.12 1.13 1.15 1.07 1.21
N1 0.03 0.01 0.17 0.17 0.01 0.16 0.01 0.32 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.20 0.07 0.22 1.02 1.13 1.02 1.15
N3 0.03 0.01 0.23 0.13 0.01 0.15 0.01 0.26 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.24 0.11 0.25 0.77 0.80 0.69 0.80
N6 0.03 0.01 0.07 0.19 0.02 0.15 0.01 0.35 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.20 0.09 0.13 1.24 1.44 1.33 1.47
N7 0.01 0.01 0.09 0.16 0.01 0.12 0.00 0.27 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.26 0.09 0.06 1.22 1.32 1.26 1.39
N9 0.01 0.02 0.02 0.11 0.01 0.05 0.01 0.16 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.11 0.07 0.02 0.90 0.89 0.78 0.91
O2' 0.02 0.25 0.00 0.02 0.11 0.16 0.16 0.08 0.17 0.28 0.20 0.24 0.20 0.26 0.11 0.00 0.06 0.11 0.50 0.52 0.65 0.55
O3' 0.16 0.09 0.03 0.01 0.07 0.03 0.07 0.12 0.07 0.08 0.07 0.11 0.09 0.09 0.07 0.06 0.00 0.15 0.28 0.43 0.21 0.28
O4' 0.01 0.26 0.01 0.02 0.14 0.01 0.09 0.02 0.15 0.12 0.22 0.25 0.13 0.06 0.02 0.11 0.15 0.00 0.36 0.47 0.19 0.33
O5' 0.57 0.86 0.58 0.12 0.93 0.03 1.12 0.01 1.14 1.13 1.02 0.77 1.24 1.22 0.90 0.50 0.28 0.36 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.57 0.93 0.60 0.35 0.96 0.27 1.21 0.43 1.27 1.15 1.13 0.80 1.44 1.32 0.89 0.52 0.43 0.47 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.43 0.82 0.53 0.12 0.85 0.22 1.11 0.39 1.17 1.07 1.02 0.69 1.33 1.26 0.78 0.65 0.21 0.19 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.54 0.93 0.56 0.15 0.98 0.06 1.25 0.02 1.30 1.21 1.15 0.80 1.47 1.39 0.91 0.55 0.28 0.33 0.01 0.01 0.01 0.00