ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51394

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 9, 6, 8, 5, 4, 2, 1, 0, 0, 2, 4, 4, 0, 1, 2, 0, 1,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.004, 0.012, 0.020, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.012 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.006, 0.017, 0.029, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.007, 0.019, 0.031, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.019 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.005, 0.017, 0.029, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.006, 0.020, 0.034, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.020 std_dev=0.014
O2 A 0, 0.010, 0.039, 0.068, 0.142 max_d=0.142 avg_d=0.039 std_dev=0.029
O4 A 0, 0.026, 0.067, 0.107, 0.154 max_d=0.154 avg_d=0.067 std_dev=0.040
C2' A 0, 0.131, 0.321, 0.511, 0.776 max_d=0.776 avg_d=0.321 std_dev=0.190
O4' A 0, 0.115, 0.321, 0.527, 0.880 max_d=0.880 avg_d=0.321 std_dev=0.206
C5' A 0, 0.765, 0.989, 1.213, 1.833 max_d=1.833 avg_d=0.989 std_dev=0.224
C4 B 0, 0.282, 0.516, 0.751, 1.257 max_d=1.257 avg_d=0.516 std_dev=0.234
N3 B 0, 0.253, 0.490, 0.728, 1.187 max_d=1.187 avg_d=0.490 std_dev=0.238
C8 B 0, 0.299, 0.541, 0.782, 1.171 max_d=1.171 avg_d=0.541 std_dev=0.241
N9 B 0, 0.269, 0.511, 0.753, 1.008 max_d=1.008 avg_d=0.511 std_dev=0.242
C4' A 0, 0.313, 0.630, 0.947, 1.394 max_d=1.394 avg_d=0.630 std_dev=0.317
N7 B 0, 0.394, 0.736, 1.077, 1.793 max_d=1.793 avg_d=0.736 std_dev=0.341
O2' A 0, 0.233, 0.609, 0.985, 1.370 max_d=1.370 avg_d=0.609 std_dev=0.376
C5 B 0, 0.387, 0.764, 1.141, 1.944 max_d=1.944 avg_d=0.764 std_dev=0.377
C2 B 0, 0.313, 0.706, 1.099, 1.842 max_d=1.842 avg_d=0.706 std_dev=0.393
O5' A 0, 0.727, 1.256, 1.785, 2.387 max_d=2.387 avg_d=1.256 std_dev=0.529
C3' A 0, -0.009, 0.574, 1.157, 1.801 max_d=1.801 avg_d=0.574 std_dev=0.583
C1' B 0, 0.038, 0.634, 1.230, 1.810 max_d=1.810 avg_d=0.634 std_dev=0.596
N1 B 0, 0.366, 1.009, 1.651, 2.674 max_d=2.674 avg_d=1.009 std_dev=0.642
C6 B 0, 0.410, 1.053, 1.695, 2.762 max_d=2.762 avg_d=1.053 std_dev=0.642
N6 B 0, 0.453, 1.391, 2.328, 3.660 max_d=3.660 avg_d=1.391 std_dev=0.938
P A 0, 0.207, 1.179, 2.151, 3.377 max_d=3.377 avg_d=1.179 std_dev=0.972
O4' B 0, -0.160, 0.893, 1.947, 3.008 max_d=3.008 avg_d=0.893 std_dev=1.053
O2' B 0, -0.103, 0.952, 2.007, 3.016 max_d=3.016 avg_d=0.952 std_dev=1.055
O3' A 0, -0.287, 0.865, 2.017, 3.203 max_d=3.203 avg_d=0.865 std_dev=1.152
OP1 A 0, -0.087, 1.120, 2.327, 4.580 max_d=4.580 avg_d=1.120 std_dev=1.207
C2' B 0, -0.154, 1.086, 2.325, 3.465 max_d=3.465 avg_d=1.086 std_dev=1.239
C4' B 0, -0.345, 1.340, 3.025, 4.690 max_d=4.690 avg_d=1.340 std_dev=1.685
C3' B 0, -0.334, 1.472, 3.277, 4.888 max_d=4.888 avg_d=1.472 std_dev=1.806
OP2 A 0, 0.359, 2.187, 4.014, 6.045 max_d=6.045 avg_d=2.187 std_dev=1.827
C5' B 0, -0.421, 1.494, 3.409, 5.572 max_d=5.572 avg_d=1.494 std_dev=1.915
O5' B 0, -0.499, 1.585, 3.669, 6.431 max_d=6.431 avg_d=1.585 std_dev=2.084
OP2 B 0, -0.414, 1.710, 3.835, 7.146 max_d=7.146 avg_d=1.710 std_dev=2.124
O3' B 0, -0.450, 1.879, 4.208, 6.272 max_d=6.272 avg_d=1.879 std_dev=2.329
P B 0, -0.589, 1.773, 4.135, 7.298 max_d=7.298 avg_d=1.773 std_dev=2.362
OP1 B 0, -0.764, 2.285, 5.334, 9.103 max_d=9.103 avg_d=2.285 std_dev=3.049

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.30 0.02 0.00 0.08 0.37 0.46 0.21
C2 0.02 0.00 0.16 0.24 0.01 0.06 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.21 0.17 0.01 0.07 0.21 0.58 0.91 0.48
C2' 0.00 0.16 0.00 0.01 0.06 0.02 0.06 0.15 0.10 0.03 0.14 0.26 0.00 0.03 0.07 0.02 0.34 0.39 0.56 0.40
C3' 0.01 0.24 0.01 0.00 0.40 0.01 0.40 0.02 0.34 0.23 0.33 0.15 0.02 0.01 0.43 0.02 0.11 0.16 0.51 0.17
C4 0.02 0.01 0.06 0.40 0.00 0.17 0.01 0.21 0.01 0.01 0.01 0.01 0.30 0.16 0.00 0.04 0.41 0.82 1.53 0.81
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.17 0.00 0.21 0.01 0.20 0.10 0.10 0.04 0.29 0.03 0.17 0.00 0.01 0.18 0.33 0.07
C5 0.02 0.01 0.06 0.40 0.01 0.21 0.00 0.26 0.01 0.01 0.01 0.01 0.31 0.23 0.01 0.08 0.44 0.80 1.58 0.84
C5' 0.04 0.08 0.15 0.02 0.21 0.01 0.26 0.00 0.21 0.10 0.14 0.05 0.14 0.20 0.23 0.01 0.01 0.24 0.25 0.01
C6 0.02 0.01 0.10 0.34 0.01 0.20 0.01 0.21 0.00 0.01 0.01 0.01 0.26 0.16 0.02 0.10 0.33 0.63 1.23 0.64
N1 0.01 0.01 0.03 0.23 0.01 0.10 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.19 0.09 0.02 0.02 0.19 0.52 0.85 0.44
N3 0.02 0.00 0.14 0.33 0.01 0.10 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.26 0.09 0.01 0.05 0.31 0.71 1.23 0.65
O2 0.04 0.00 0.26 0.15 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.19 0.33 0.02 0.11 0.14 0.52 0.71 0.37
O2' 0.01 0.21 0.00 0.02 0.30 0.29 0.31 0.14 0.26 0.19 0.26 0.19 0.00 0.05 0.32 0.19 0.23 0.32 0.64 0.34
O3' 0.30 0.17 0.03 0.01 0.16 0.03 0.23 0.20 0.16 0.09 0.09 0.33 0.05 0.00 0.20 0.20 0.24 0.38 0.46 0.13
O4 0.02 0.01 0.07 0.43 0.00 0.17 0.01 0.23 0.02 0.02 0.01 0.02 0.32 0.20 0.00 0.04 0.46 0.90 1.69 0.91
O4' 0.00 0.07 0.02 0.02 0.04 0.00 0.08 0.01 0.10 0.02 0.05 0.11 0.19 0.20 0.04 0.00 0.12 0.33 0.50 0.30
O5' 0.08 0.21 0.34 0.11 0.41 0.01 0.44 0.01 0.33 0.19 0.31 0.14 0.23 0.24 0.46 0.12 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.37 0.58 0.39 0.16 0.82 0.18 0.80 0.24 0.63 0.52 0.71 0.52 0.32 0.38 0.90 0.33 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.46 0.91 0.56 0.51 1.53 0.33 1.58 0.25 1.23 0.85 1.23 0.71 0.64 0.46 1.69 0.50 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.21 0.48 0.40 0.17 0.81 0.07 0.84 0.01 0.64 0.44 0.65 0.37 0.34 0.13 0.91 0.30 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.12 0.34 0.21 0.09 0.44 0.09 0.50 0.11 0.10 0.13 0.10 0.12 0.09 0.11 0.56 0.73 0.42 0.32 0.49 0.17 0.33
C2 0.13 0.17 0.39 0.12 0.09 0.33 0.10 0.37 0.14 0.09 0.18 0.11 0.15 0.09 0.09 0.54 0.57 0.35 0.20 0.27 0.21 0.18
C2' 0.14 0.39 0.39 0.14 0.25 0.34 0.31 0.39 0.40 0.20 0.45 0.27 0.45 0.27 0.18 0.59 0.56 0.39 0.24 0.37 0.17 0.25
C3' 0.35 0.33 0.12 0.51 0.33 0.66 0.32 0.69 0.32 0.33 0.33 0.34 0.32 0.32 0.34 0.25 1.06 0.63 0.54 0.73 0.33 0.54
C4 0.12 0.28 0.16 0.34 0.18 0.32 0.16 0.32 0.19 0.12 0.24 0.25 0.18 0.12 0.13 0.37 0.90 0.27 0.23 0.36 0.16 0.22
C4' 0.21 0.11 0.15 0.47 0.12 0.60 0.10 0.63 0.10 0.13 0.11 0.14 0.12 0.10 0.15 0.35 1.09 0.50 0.50 0.75 0.27 0.52
C5 0.15 0.26 0.15 0.48 0.18 0.42 0.16 0.42 0.18 0.13 0.22 0.24 0.16 0.13 0.15 0.39 1.09 0.32 0.39 0.58 0.28 0.40
C5' 0.30 0.15 0.15 0.67 0.19 0.71 0.14 0.73 0.11 0.20 0.12 0.20 0.12 0.16 0.23 0.29 1.32 0.57 0.68 0.97 0.46 0.70
C6 0.13 0.22 0.19 0.40 0.14 0.45 0.13 0.47 0.15 0.11 0.19 0.19 0.14 0.11 0.13 0.45 0.99 0.37 0.40 0.60 0.26 0.42
N1 0.12 0.17 0.30 0.23 0.11 0.41 0.11 0.45 0.13 0.09 0.17 0.13 0.14 0.09 0.10 0.52 0.77 0.38 0.29 0.45 0.16 0.30
N3 0.12 0.24 0.32 0.13 0.12 0.28 0.12 0.30 0.17 0.09 0.22 0.18 0.17 0.09 0.09 0.46 0.61 0.30 0.18 0.23 0.21 0.16
O2 0.17 0.13 0.50 0.18 0.10 0.29 0.10 0.34 0.14 0.10 0.16 0.10 0.16 0.10 0.12 0.59 0.38 0.34 0.21 0.21 0.34 0.19
O2' 0.44 0.23 0.96 0.53 0.24 0.29 0.21 0.22 0.26 0.27 0.30 0.23 0.32 0.22 0.31 1.16 0.21 0.19 0.33 0.26 0.49 0.28
O3' 0.12 0.21 0.35 0.20 0.14 0.35 0.19 0.36 0.25 0.13 0.26 0.15 0.29 0.17 0.12 0.41 0.75 0.30 0.18 0.38 0.19 0.16
O4 0.15 0.30 0.18 0.43 0.22 0.26 0.19 0.23 0.22 0.14 0.26 0.30 0.20 0.15 0.17 0.28 1.00 0.21 0.19 0.30 0.16 0.17
O4' 0.14 0.12 0.23 0.39 0.11 0.54 0.15 0.59 0.18 0.14 0.17 0.10 0.21 0.16 0.12 0.46 1.00 0.44 0.44 0.68 0.23 0.46
O5' 0.50 0.37 0.32 0.90 0.42 0.89 0.37 0.90 0.33 0.43 0.33 0.42 0.30 0.39 0.45 0.25 1.52 0.74 0.92 1.22 0.75 0.96
OP1 0.98 0.82 1.05 1.50 0.88 1.26 0.83 1.24 0.78 0.89 0.77 0.88 0.74 0.84 0.92 1.02 2.12 1.04 1.31 1.60 1.21 1.33
OP2 1.75 1.18 1.60 2.27 1.46 2.21 1.39 2.23 1.22 1.61 1.11 1.37 1.16 1.49 1.62 1.38 2.90 2.00 2.30 2.65 2.15 2.36
P 0.98 0.72 0.87 1.47 0.83 1.38 0.78 1.40 0.70 0.89 0.67 0.81 0.66 0.82 0.90 0.70 2.10 1.18 1.47 1.81 1.34 1.53

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.25 0.01 0.30 0.30 0.25 0.28
C2 0.03 0.00 0.31 0.24 0.01 0.11 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.11 0.25 0.49 0.50 0.75 0.55
C2' 0.01 0.31 0.00 0.00 0.16 0.01 0.07 0.19 0.13 0.17 0.24 0.30 0.09 0.10 0.01 0.00 0.02 0.01 0.19 0.27 0.28 0.22
C3' 0.01 0.24 0.00 0.00 0.25 0.00 0.32 0.02 0.34 0.30 0.30 0.20 0.37 0.34 0.22 0.03 0.01 0.02 0.18 0.24 0.13 0.16
C4 0.01 0.01 0.16 0.25 0.00 0.03 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.09 0.05 0.14 0.59 0.61 0.75 0.64
C4' 0.01 0.11 0.01 0.00 0.03 0.00 0.09 0.01 0.06 0.22 0.06 0.12 0.10 0.19 0.08 0.30 0.02 0.01 0.02 0.15 0.14 0.03
C5 0.01 0.01 0.07 0.32 0.00 0.09 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.24 0.11 0.07 0.80 0.87 1.04 0.90
C5' 0.09 0.17 0.19 0.02 0.13 0.01 0.19 0.00 0.18 0.30 0.15 0.16 0.22 0.30 0.14 0.11 0.20 0.02 0.01 0.27 0.27 0.02
C6 0.02 0.01 0.13 0.34 0.01 0.06 0.01 0.18 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.19 0.11 0.12 0.79 0.88 1.11 0.92
C8 0.01 0.01 0.17 0.30 0.00 0.22 0.01 0.30 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.39 0.17 0.15 0.91 0.92 0.95 0.96
N1 0.03 0.00 0.24 0.30 0.01 0.06 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.04 0.20 0.64 0.70 0.96 0.75
N3 0.03 0.01 0.30 0.20 0.00 0.12 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.15 0.16 0.25 0.42 0.42 0.60 0.45
N6 0.02 0.01 0.09 0.37 0.01 0.10 0.01 0.22 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.27 0.18 0.09 0.90 1.05 1.30 1.08
N7 0.01 0.01 0.10 0.34 0.01 0.19 0.00 0.30 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.39 0.22 0.08 0.97 1.07 1.20 1.10
N9 0.00 0.01 0.01 0.22 0.00 0.08 0.01 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.19 0.05 0.01 0.61 0.60 0.63 0.62
O2' 0.02 0.12 0.00 0.03 0.09 0.30 0.24 0.11 0.19 0.39 0.08 0.15 0.27 0.39 0.19 0.00 0.04 0.21 0.17 0.27 0.31 0.19
O3' 0.25 0.11 0.02 0.01 0.05 0.02 0.11 0.20 0.11 0.17 0.04 0.16 0.18 0.22 0.05 0.04 0.00 0.20 0.25 0.39 0.24 0.28
O4' 0.01 0.25 0.01 0.02 0.14 0.01 0.07 0.02 0.12 0.15 0.20 0.25 0.09 0.08 0.01 0.21 0.20 0.00 0.28 0.30 0.19 0.25
O5' 0.30 0.49 0.19 0.18 0.59 0.02 0.80 0.01 0.79 0.91 0.64 0.42 0.90 0.97 0.61 0.17 0.25 0.28 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.30 0.50 0.27 0.24 0.61 0.15 0.87 0.27 0.88 0.92 0.70 0.42 1.05 1.07 0.60 0.27 0.39 0.30 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.25 0.75 0.28 0.13 0.75 0.14 1.04 0.27 1.11 0.95 0.96 0.60 1.30 1.20 0.63 0.31 0.24 0.19 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.28 0.55 0.22 0.16 0.64 0.03 0.90 0.02 0.92 0.96 0.75 0.45 1.08 1.10 0.62 0.19 0.28 0.25 0.00 0.01 0.01 0.00