ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51395

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 1, 3, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.005, 0.013, 0.021, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.007, 0.015, 0.023, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.015 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.008, 0.017, 0.026, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.017 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.007, 0.017, 0.026, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.017 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.013, 0.024, 0.034, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.024 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.006, 0.019, 0.033, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.019 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.002, 0.022, 0.042, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.022 std_dev=0.020
O2 A 0, 0.016, 0.040, 0.064, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.040 std_dev=0.024
O4 A 0, 0.010, 0.050, 0.089, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.050 std_dev=0.039
O4' A 0, 0.212, 0.387, 0.562, 0.706 max_d=0.706 avg_d=0.387 std_dev=0.175
C2' A 0, 0.230, 0.451, 0.672, 0.857 max_d=0.857 avg_d=0.451 std_dev=0.221
N3 B 0, 0.234, 0.507, 0.779, 0.982 max_d=0.982 avg_d=0.507 std_dev=0.273
N9 B 0, 0.352, 0.634, 0.916, 1.044 max_d=1.044 avg_d=0.634 std_dev=0.282
C2 B 0, 0.239, 0.527, 0.815, 1.025 max_d=1.025 avg_d=0.527 std_dev=0.288
C4 B 0, 0.315, 0.608, 0.901, 1.026 max_d=1.026 avg_d=0.608 std_dev=0.293
C1' B 0, 0.313, 0.621, 0.929, 1.242 max_d=1.242 avg_d=0.621 std_dev=0.308
N1 B 0, 0.327, 0.679, 1.032, 1.224 max_d=1.224 avg_d=0.679 std_dev=0.352
C8 B 0, 0.399, 0.770, 1.141, 1.479 max_d=1.479 avg_d=0.770 std_dev=0.371
C5 B 0, 0.367, 0.759, 1.152, 1.486 max_d=1.486 avg_d=0.759 std_dev=0.392
C6 B 0, 0.379, 0.810, 1.242, 1.626 max_d=1.626 avg_d=0.810 std_dev=0.432
C5' A 0, 0.532, 0.986, 1.441, 1.527 max_d=1.527 avg_d=0.986 std_dev=0.454
N7 B 0, 0.403, 0.867, 1.331, 1.822 max_d=1.822 avg_d=0.867 std_dev=0.464
C4' A 0, 0.340, 0.823, 1.306, 1.323 max_d=1.323 avg_d=0.823 std_dev=0.483
O4' B 0, 0.554, 1.043, 1.532, 1.658 max_d=1.658 avg_d=1.043 std_dev=0.489
N6 B 0, 0.430, 0.999, 1.567, 2.172 max_d=2.172 avg_d=0.999 std_dev=0.568
O2' A 0, 0.484, 1.076, 1.668, 1.761 max_d=1.761 avg_d=1.076 std_dev=0.592
C3' A 0, 0.439, 1.093, 1.747, 1.754 max_d=1.754 avg_d=1.093 std_dev=0.654
C2' B 0, 0.567, 1.230, 1.893, 2.599 max_d=2.599 avg_d=1.230 std_dev=0.663
O2' B 0, 0.407, 1.070, 1.733, 2.672 max_d=2.672 avg_d=1.070 std_dev=0.663
O5' A 0, 0.675, 1.416, 2.157, 2.451 max_d=2.451 avg_d=1.416 std_dev=0.741
OP2 B 0, 0.984, 1.846, 2.708, 3.150 max_d=3.150 avg_d=1.846 std_dev=0.862
P A 0, 0.615, 1.549, 2.483, 3.165 max_d=3.165 avg_d=1.549 std_dev=0.934
P B 0, 1.020, 2.010, 3.000, 3.496 max_d=3.496 avg_d=2.010 std_dev=0.990
OP1 A 0, 0.442, 1.435, 2.427, 3.883 max_d=3.883 avg_d=1.435 std_dev=0.992
C4' B 0, 0.744, 1.742, 2.740, 3.320 max_d=3.320 avg_d=1.742 std_dev=0.998
O5' B 0, 0.868, 1.967, 3.066, 3.690 max_d=3.690 avg_d=1.967 std_dev=1.099
C3' B 0, 0.809, 2.021, 3.233, 3.918 max_d=3.918 avg_d=2.021 std_dev=1.212
C5' B 0, 0.816, 2.057, 3.298, 3.912 max_d=3.912 avg_d=2.057 std_dev=1.241
O3' A 0, 0.583, 1.865, 3.147, 3.053 max_d=3.053 avg_d=1.865 std_dev=1.282
OP1 B 0, 1.346, 2.987, 4.628, 5.319 max_d=5.319 avg_d=2.987 std_dev=1.641
OP2 A 0, 1.219, 3.002, 4.785, 4.691 max_d=4.691 avg_d=3.002 std_dev=1.783
O3' B 0, 0.946, 2.779, 4.612, 5.639 max_d=5.639 avg_d=2.779 std_dev=1.833

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.04 0.05 0.04 0.02 0.03 0.04 0.02 0.29 0.02 0.01 0.28 0.76 0.75 0.37
C2 0.02 0.00 0.11 0.22 0.01 0.09 0.02 0.18 0.02 0.01 0.01 0.00 0.36 0.17 0.03 0.05 0.54 0.84 1.28 0.64
C2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.04 0.02 0.08 0.17 0.09 0.03 0.08 0.19 0.00 0.03 0.04 0.03 0.35 0.73 0.41 0.40
C3' 0.02 0.22 0.01 0.00 0.39 0.01 0.43 0.02 0.37 0.24 0.30 0.15 0.03 0.01 0.41 0.03 0.20 0.31 0.29 0.12
C4 0.03 0.01 0.04 0.39 0.00 0.21 0.01 0.37 0.01 0.01 0.01 0.02 0.39 0.13 0.01 0.06 0.81 0.96 1.85 0.98
C4' 0.02 0.09 0.02 0.01 0.21 0.00 0.26 0.01 0.23 0.12 0.14 0.05 0.31 0.02 0.21 0.01 0.02 0.38 0.35 0.10
C5 0.04 0.02 0.08 0.43 0.01 0.26 0.00 0.43 0.01 0.02 0.02 0.02 0.30 0.22 0.01 0.09 0.85 0.94 1.88 1.01
C5' 0.05 0.18 0.17 0.02 0.37 0.01 0.43 0.00 0.36 0.20 0.27 0.10 0.15 0.19 0.39 0.02 0.01 0.33 0.25 0.03
C6 0.04 0.02 0.09 0.37 0.01 0.23 0.01 0.36 0.00 0.01 0.02 0.02 0.23 0.16 0.01 0.08 0.73 0.88 1.55 0.82
N1 0.02 0.01 0.03 0.24 0.01 0.12 0.02 0.20 0.01 0.00 0.01 0.02 0.23 0.08 0.01 0.04 0.52 0.83 1.21 0.61
N3 0.03 0.01 0.08 0.30 0.01 0.14 0.02 0.27 0.02 0.01 0.00 0.02 0.41 0.08 0.03 0.05 0.67 0.90 1.59 0.82
O2 0.04 0.00 0.19 0.15 0.02 0.05 0.02 0.10 0.02 0.02 0.02 0.00 0.36 0.34 0.05 0.06 0.43 0.79 1.07 0.53
O2' 0.02 0.36 0.00 0.03 0.39 0.31 0.30 0.15 0.23 0.23 0.41 0.36 0.00 0.06 0.43 0.21 0.32 0.65 0.41 0.35
O3' 0.29 0.17 0.03 0.01 0.13 0.02 0.22 0.19 0.16 0.08 0.08 0.34 0.06 0.00 0.15 0.17 0.25 0.33 0.33 0.19
O4 0.02 0.03 0.04 0.41 0.01 0.21 0.01 0.39 0.01 0.01 0.03 0.05 0.43 0.15 0.00 0.06 0.86 1.01 1.99 1.07
O4' 0.01 0.05 0.03 0.03 0.06 0.01 0.09 0.02 0.08 0.04 0.05 0.06 0.21 0.17 0.06 0.00 0.21 0.74 0.73 0.38
O5' 0.28 0.54 0.35 0.20 0.81 0.02 0.85 0.01 0.73 0.52 0.67 0.43 0.32 0.25 0.86 0.21 0.00 0.02 0.04 0.01
OP1 0.76 0.84 0.73 0.31 0.96 0.38 0.94 0.33 0.88 0.83 0.90 0.79 0.65 0.33 1.01 0.74 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.75 1.28 0.41 0.29 1.85 0.35 1.88 0.25 1.55 1.21 1.59 1.07 0.41 0.33 1.99 0.73 0.04 0.01 0.00 0.01
P 0.37 0.64 0.40 0.12 0.98 0.10 1.01 0.03 0.82 0.61 0.82 0.53 0.35 0.19 1.07 0.38 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.20 0.08 0.36 0.29 0.08 0.58 0.05 0.71 0.08 0.11 0.11 0.08 0.11 0.06 0.13 0.63 0.81 0.66 0.61 0.72 0.39 0.53
C2 0.19 0.10 0.36 0.15 0.09 0.47 0.07 0.60 0.10 0.11 0.13 0.08 0.11 0.08 0.13 0.53 0.63 0.63 0.54 0.59 0.36 0.45
C2' 0.27 0.18 0.32 0.23 0.22 0.54 0.20 0.67 0.17 0.23 0.16 0.21 0.16 0.21 0.24 0.51 0.73 0.69 0.60 0.68 0.42 0.54
C3' 0.46 0.14 0.26 0.56 0.27 0.79 0.20 0.87 0.11 0.31 0.09 0.27 0.11 0.23 0.35 0.42 1.12 0.86 0.77 0.87 0.54 0.68
C4 0.22 0.20 0.32 0.25 0.19 0.43 0.20 0.50 0.21 0.21 0.21 0.18 0.21 0.21 0.20 0.56 0.76 0.60 0.48 0.58 0.44 0.44
C4' 0.26 0.08 0.26 0.49 0.11 0.68 0.07 0.76 0.10 0.13 0.13 0.11 0.15 0.07 0.17 0.51 1.09 0.71 0.68 0.80 0.45 0.58
C5 0.21 0.18 0.35 0.39 0.17 0.49 0.18 0.54 0.18 0.20 0.19 0.16 0.18 0.19 0.18 0.66 0.93 0.59 0.52 0.66 0.47 0.49
C5' 0.46 0.18 0.30 0.73 0.27 0.87 0.22 0.93 0.16 0.32 0.16 0.25 0.16 0.25 0.35 0.45 1.32 0.88 0.86 1.01 0.65 0.77
C6 0.19 0.15 0.36 0.37 0.12 0.54 0.12 0.61 0.13 0.15 0.15 0.12 0.14 0.12 0.15 0.67 0.91 0.62 0.55 0.69 0.44 0.51
N1 0.19 0.11 0.36 0.26 0.09 0.53 0.07 0.64 0.10 0.11 0.13 0.08 0.11 0.08 0.13 0.62 0.79 0.64 0.57 0.66 0.40 0.49
N3 0.21 0.17 0.35 0.14 0.14 0.42 0.14 0.54 0.16 0.16 0.18 0.13 0.17 0.15 0.16 0.50 0.61 0.62 0.50 0.55 0.38 0.42
O2 0.19 0.05 0.39 0.14 0.08 0.44 0.04 0.61 0.06 0.10 0.09 0.09 0.10 0.05 0.13 0.49 0.52 0.60 0.53 0.54 0.32 0.41
O2' 0.31 0.40 0.78 0.39 0.37 0.25 0.39 0.41 0.41 0.36 0.42 0.37 0.43 0.38 0.34 0.88 0.46 0.40 0.31 0.32 0.32 0.22
O3' 0.18 0.35 0.33 0.22 0.25 0.43 0.35 0.51 0.46 0.24 0.48 0.23 0.56 0.33 0.19 0.40 0.84 0.52 0.40 0.44 0.19 0.24
O4 0.26 0.23 0.27 0.26 0.24 0.37 0.26 0.42 0.26 0.28 0.24 0.21 0.27 0.28 0.25 0.48 0.75 0.56 0.43 0.55 0.47 0.41
O4' 0.18 0.18 0.36 0.40 0.13 0.62 0.15 0.72 0.20 0.12 0.22 0.13 0.24 0.13 0.13 0.67 0.98 0.64 0.63 0.76 0.43 0.55
O5' 0.92 0.43 0.68 1.19 0.65 1.32 0.56 1.36 0.41 0.74 0.34 0.60 0.34 0.63 0.78 0.67 1.76 1.32 1.26 1.44 1.06 1.18
OP1 0.92 0.76 0.94 1.25 0.81 1.15 0.77 1.14 0.74 0.83 0.73 0.80 0.72 0.79 0.85 1.00 1.78 1.06 1.09 1.22 1.01 0.99
OP2 2.13 1.39 1.95 2.54 1.76 2.55 1.66 2.57 1.44 1.94 1.29 1.65 1.35 1.79 1.96 1.84 3.10 2.46 2.51 2.69 2.39 2.45
P 1.17 0.62 1.01 1.56 0.87 1.60 0.79 1.62 0.63 1.01 0.55 0.80 0.57 0.88 1.02 0.96 2.13 1.52 1.53 1.73 1.39 1.47

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.12 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.04 0.29 0.01 0.23 0.28 0.30 0.21
C2 0.03 0.00 0.36 0.30 0.01 0.18 0.01 0.40 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.27 0.33 0.33 0.40 0.31 0.27 0.26
C2' 0.01 0.36 0.00 0.01 0.20 0.03 0.13 0.21 0.19 0.19 0.29 0.35 0.16 0.13 0.05 0.01 0.06 0.02 0.37 0.57 0.61 0.45
C3' 0.02 0.30 0.01 0.00 0.28 0.01 0.34 0.02 0.37 0.29 0.35 0.25 0.39 0.35 0.22 0.03 0.01 0.01 0.24 0.35 0.20 0.20
C4 0.02 0.01 0.20 0.28 0.00 0.12 0.00 0.34 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.15 0.25 0.20 0.38 0.27 0.27 0.22
C4' 0.01 0.18 0.03 0.01 0.12 0.00 0.14 0.01 0.15 0.17 0.17 0.16 0.15 0.16 0.10 0.30 0.05 0.01 0.01 0.20 0.12 0.09
C5 0.02 0.01 0.13 0.34 0.00 0.14 0.00 0.38 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.20 0.27 0.14 0.43 0.25 0.30 0.23
C5' 0.12 0.40 0.21 0.02 0.34 0.01 0.38 0.00 0.42 0.32 0.43 0.35 0.43 0.37 0.26 0.10 0.24 0.02 0.01 0.15 0.11 0.03
C6 0.02 0.01 0.19 0.37 0.01 0.15 0.01 0.42 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.19 0.31 0.20 0.44 0.27 0.32 0.26
C8 0.01 0.02 0.19 0.29 0.01 0.17 0.01 0.32 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.32 0.21 0.12 0.41 0.24 0.29 0.20
N1 0.03 0.00 0.29 0.35 0.02 0.17 0.02 0.43 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.19 0.32 0.28 0.42 0.29 0.29 0.26
N3 0.03 0.01 0.35 0.25 0.00 0.16 0.01 0.35 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.27 0.33 0.31 0.37 0.30 0.26 0.25
N6 0.03 0.01 0.16 0.39 0.02 0.15 0.02 0.43 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.04 0.02 0.24 0.34 0.17 0.46 0.27 0.36 0.27
N7 0.01 0.01 0.13 0.35 0.01 0.16 0.01 0.37 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.32 0.28 0.06 0.44 0.24 0.32 0.24
N9 0.01 0.02 0.05 0.22 0.00 0.10 0.01 0.26 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.15 0.17 0.05 0.34 0.25 0.27 0.19
O2' 0.04 0.27 0.01 0.03 0.15 0.30 0.20 0.10 0.19 0.32 0.19 0.27 0.24 0.32 0.15 0.00 0.07 0.21 0.24 0.44 0.67 0.36
O3' 0.29 0.33 0.06 0.01 0.25 0.05 0.27 0.24 0.31 0.21 0.32 0.33 0.34 0.28 0.17 0.07 0.00 0.21 0.39 0.44 0.31 0.36
O4' 0.01 0.33 0.02 0.01 0.20 0.01 0.14 0.02 0.20 0.12 0.28 0.31 0.17 0.06 0.05 0.21 0.21 0.00 0.20 0.22 0.37 0.31
O5' 0.23 0.40 0.37 0.24 0.38 0.01 0.43 0.01 0.44 0.41 0.42 0.37 0.46 0.44 0.34 0.24 0.39 0.20 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.28 0.31 0.57 0.35 0.27 0.20 0.25 0.15 0.27 0.24 0.29 0.30 0.27 0.24 0.25 0.44 0.44 0.22 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.30 0.27 0.61 0.20 0.27 0.12 0.30 0.11 0.32 0.29 0.29 0.26 0.36 0.32 0.27 0.67 0.31 0.37 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.21 0.26 0.45 0.20 0.22 0.09 0.23 0.03 0.26 0.20 0.26 0.25 0.27 0.24 0.19 0.36 0.36 0.31 0.01 0.01 0.01 0.00