ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51396

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 1,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.010, 0.018, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.010 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.005, 0.013, 0.022, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.004, 0.017, 0.030, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.017 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.004, 0.019, 0.034, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.011, 0.027, 0.043, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.027 std_dev=0.016
C5 A 0, 0.008, 0.024, 0.041, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.024 std_dev=0.017
O2 A 0, 0.010, 0.035, 0.060, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.035 std_dev=0.025
O4 A 0, 0.013, 0.052, 0.091, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.052 std_dev=0.039
O4' A 0, 0.396, 0.800, 1.203, 1.072 max_d=1.072 avg_d=0.800 std_dev=0.404
C2' A 0, 0.412, 0.828, 1.245, 1.071 max_d=1.071 avg_d=0.828 std_dev=0.417
O5' A 0, 0.367, 0.795, 1.223, 1.190 max_d=1.190 avg_d=0.795 std_dev=0.428
O2' A 0, 0.450, 0.904, 1.358, 1.185 max_d=1.185 avg_d=0.904 std_dev=0.454
N3 B 0, 0.452, 1.002, 1.553, 1.459 max_d=1.459 avg_d=1.002 std_dev=0.550
C2 B 0, 0.524, 1.087, 1.650, 1.488 max_d=1.488 avg_d=1.087 std_dev=0.563
C4' A 0, 0.645, 1.305, 1.964, 1.731 max_d=1.731 avg_d=1.305 std_dev=0.660
P A 0, 0.611, 1.294, 1.976, 1.862 max_d=1.862 avg_d=1.294 std_dev=0.683
C4 B 0, 0.615, 1.324, 2.032, 1.926 max_d=1.926 avg_d=1.324 std_dev=0.708
C5' A 0, 0.714, 1.445, 2.175, 1.914 max_d=1.914 avg_d=1.445 std_dev=0.731
C1' B 0, 0.657, 1.388, 2.118, 2.088 max_d=2.088 avg_d=1.388 std_dev=0.731
N1 B 0, 0.713, 1.445, 2.177, 1.933 max_d=1.933 avg_d=1.445 std_dev=0.732
C3' A 0, 0.760, 1.531, 2.302, 2.017 max_d=2.017 avg_d=1.531 std_dev=0.771
N9 B 0, 0.686, 1.469, 2.251, 2.180 max_d=2.180 avg_d=1.469 std_dev=0.783
OP1 A 0, 0.789, 1.603, 2.417, 2.189 max_d=2.189 avg_d=1.603 std_dev=0.814
O2' B 0, 0.549, 1.364, 2.179, 2.398 max_d=2.398 avg_d=1.364 std_dev=0.815
C5 B 0, 0.807, 1.684, 2.561, 2.320 max_d=2.320 avg_d=1.684 std_dev=0.877
C6 B 0, 0.857, 1.744, 2.630, 2.319 max_d=2.319 avg_d=1.744 std_dev=0.887
O4' B 0, 0.885, 1.783, 2.682, 2.387 max_d=2.387 avg_d=1.783 std_dev=0.898
C2' B 0, 0.906, 1.822, 2.739, 2.385 max_d=2.385 avg_d=1.822 std_dev=0.917
C8 B 0, 0.874, 1.852, 2.830, 2.651 max_d=2.651 avg_d=1.852 std_dev=0.978
N7 B 0, 0.947, 1.984, 3.022, 2.758 max_d=2.758 avg_d=1.984 std_dev=1.037
N6 B 0, 1.064, 2.142, 3.220, 2.806 max_d=2.806 avg_d=2.142 std_dev=1.078
O3' A 0, 1.287, 2.581, 3.875, 3.315 max_d=3.315 avg_d=2.581 std_dev=1.294
C4' B 0, 1.400, 2.817, 4.235, 3.710 max_d=3.710 avg_d=2.817 std_dev=1.418
C3' B 0, 1.495, 3.002, 4.508, 3.892 max_d=3.892 avg_d=3.002 std_dev=1.506
O3' B 0, 1.695, 3.421, 5.146, 4.641 max_d=4.641 avg_d=3.421 std_dev=1.725
OP2 A 0, 1.806, 3.644, 5.482, 4.822 max_d=4.822 avg_d=3.644 std_dev=1.838
C5' B 0, 1.836, 3.772, 5.708, 5.205 max_d=5.205 avg_d=3.772 std_dev=1.936
O5' B 0, 2.196, 4.494, 6.792, 6.334 max_d=6.334 avg_d=4.494 std_dev=2.298
P B 0, 2.875, 5.791, 8.707, 7.732 max_d=7.732 avg_d=5.791 std_dev=2.916
OP2 B 0, 3.070, 6.162, 9.254, 8.014 max_d=8.014 avg_d=6.162 std_dev=3.092
OP1 B 0, 3.403, 6.847, 10.291, 9.129 max_d=9.129 avg_d=6.847 std_dev=3.444

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.06 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.11 0.03 0.01 0.05 0.05 0.08 0.05
C2 0.01 0.00 0.08 0.10 0.01 0.03 0.02 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.05 0.02 0.07 0.10 0.12 0.29 0.15
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.09 0.04 0.02 0.07 0.12 0.01 0.02 0.04 0.01 0.16 0.14 0.19 0.19
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.15 0.00 0.15 0.02 0.13 0.09 0.13 0.08 0.02 0.01 0.15 0.00 0.05 0.07 0.19 0.10
C4 0.02 0.01 0.04 0.15 0.00 0.04 0.01 0.13 0.02 0.02 0.00 0.01 0.08 0.10 0.01 0.04 0.14 0.19 0.53 0.24
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.04 0.05 0.13 0.02 0.04 0.00 0.02 0.05 0.17 0.04
C5 0.01 0.02 0.02 0.15 0.01 0.05 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.02 0.09 0.13 0.02 0.04 0.16 0.19 0.53 0.25
C5' 0.06 0.11 0.09 0.02 0.13 0.01 0.12 0.00 0.10 0.09 0.13 0.11 0.07 0.09 0.13 0.01 0.01 0.04 0.13 0.02
C6 0.01 0.01 0.04 0.13 0.02 0.05 0.01 0.10 0.00 0.01 0.02 0.02 0.09 0.09 0.03 0.05 0.14 0.14 0.38 0.19
N1 0.00 0.01 0.02 0.09 0.02 0.02 0.01 0.09 0.01 0.00 0.02 0.02 0.05 0.03 0.03 0.02 0.10 0.10 0.25 0.13
N3 0.02 0.01 0.07 0.13 0.00 0.04 0.01 0.13 0.02 0.02 0.00 0.01 0.05 0.06 0.02 0.06 0.12 0.15 0.42 0.19
O2 0.04 0.00 0.12 0.08 0.01 0.05 0.02 0.11 0.02 0.02 0.01 0.00 0.06 0.10 0.03 0.10 0.10 0.11 0.22 0.12
O2' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.08 0.13 0.09 0.07 0.09 0.05 0.05 0.06 0.00 0.02 0.09 0.09 0.13 0.10 0.22 0.17
O3' 0.11 0.05 0.02 0.01 0.10 0.02 0.13 0.09 0.09 0.03 0.06 0.10 0.02 0.00 0.12 0.12 0.05 0.22 0.19 0.08
O4 0.03 0.02 0.04 0.15 0.01 0.04 0.02 0.13 0.03 0.03 0.02 0.03 0.09 0.12 0.00 0.05 0.14 0.21 0.60 0.26
O4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.06 0.10 0.09 0.12 0.05 0.00 0.09 0.05 0.06 0.10
O5' 0.05 0.10 0.16 0.05 0.14 0.02 0.16 0.01 0.14 0.10 0.12 0.10 0.13 0.05 0.14 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.05 0.12 0.14 0.07 0.19 0.05 0.19 0.04 0.14 0.10 0.15 0.11 0.10 0.22 0.21 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.08 0.29 0.19 0.19 0.53 0.17 0.53 0.13 0.38 0.25 0.42 0.22 0.22 0.19 0.60 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.15 0.19 0.10 0.24 0.04 0.25 0.02 0.19 0.13 0.19 0.12 0.17 0.08 0.26 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.11 0.18 0.26 0.13 0.10 0.32 0.13 0.47 0.20 0.09 0.23 0.10 0.23 0.11 0.09 0.46 0.37 0.23 0.30 0.57 0.09 0.27
C2 0.14 0.18 0.29 0.13 0.08 0.26 0.10 0.40 0.16 0.08 0.21 0.08 0.18 0.09 0.09 0.50 0.33 0.21 0.30 0.54 0.11 0.26
C2' 0.10 0.18 0.18 0.14 0.13 0.37 0.16 0.49 0.20 0.11 0.22 0.14 0.22 0.14 0.11 0.36 0.35 0.31 0.34 0.63 0.14 0.31
C3' 0.16 0.15 0.15 0.28 0.12 0.47 0.12 0.59 0.16 0.11 0.18 0.13 0.19 0.11 0.12 0.35 0.52 0.37 0.39 0.72 0.19 0.39
C4 0.12 0.25 0.17 0.20 0.17 0.45 0.18 0.57 0.22 0.13 0.24 0.22 0.21 0.15 0.13 0.47 0.41 0.40 0.40 0.75 0.29 0.44
C4' 0.09 0.18 0.23 0.17 0.10 0.36 0.14 0.53 0.21 0.09 0.23 0.10 0.24 0.12 0.07 0.45 0.43 0.22 0.30 0.62 0.11 0.30
C5 0.13 0.24 0.12 0.26 0.17 0.51 0.18 0.65 0.21 0.13 0.24 0.20 0.21 0.15 0.13 0.41 0.46 0.41 0.42 0.81 0.33 0.49
C5' 0.12 0.19 0.27 0.16 0.12 0.35 0.16 0.55 0.21 0.12 0.23 0.13 0.24 0.14 0.11 0.52 0.41 0.18 0.28 0.64 0.14 0.31
C6 0.08 0.21 0.16 0.21 0.12 0.45 0.14 0.60 0.19 0.07 0.23 0.15 0.20 0.10 0.07 0.42 0.43 0.35 0.38 0.74 0.24 0.42
N1 0.09 0.19 0.24 0.14 0.09 0.35 0.12 0.50 0.18 0.06 0.22 0.11 0.20 0.09 0.06 0.47 0.37 0.27 0.32 0.62 0.13 0.31
N3 0.11 0.22 0.26 0.13 0.08 0.30 0.11 0.42 0.17 0.04 0.22 0.13 0.18 0.07 0.05 0.51 0.34 0.27 0.33 0.60 0.16 0.32
O2 0.22 0.15 0.34 0.17 0.15 0.16 0.15 0.28 0.18 0.18 0.20 0.13 0.20 0.16 0.18 0.51 0.31 0.14 0.25 0.44 0.15 0.17
O2' 0.11 0.24 0.30 0.07 0.19 0.25 0.23 0.38 0.29 0.17 0.30 0.19 0.32 0.22 0.15 0.43 0.21 0.23 0.27 0.52 0.19 0.22
O3' 0.06 0.19 0.15 0.18 0.12 0.39 0.17 0.50 0.24 0.08 0.25 0.13 0.28 0.15 0.07 0.33 0.45 0.28 0.29 0.64 0.15 0.29
O4 0.20 0.27 0.15 0.26 0.24 0.52 0.24 0.60 0.25 0.21 0.26 0.26 0.25 0.22 0.21 0.49 0.44 0.49 0.44 0.81 0.38 0.52
O4' 0.14 0.23 0.28 0.15 0.15 0.31 0.19 0.50 0.25 0.15 0.28 0.15 0.29 0.18 0.13 0.50 0.41 0.17 0.28 0.56 0.08 0.26
O5' 0.21 0.12 0.22 0.38 0.08 0.55 0.07 0.73 0.10 0.13 0.14 0.08 0.12 0.08 0.14 0.44 0.63 0.38 0.50 0.86 0.36 0.54
OP1 0.16 0.13 0.29 0.29 0.05 0.40 0.06 0.60 0.11 0.11 0.15 0.06 0.14 0.07 0.10 0.55 0.53 0.21 0.37 0.74 0.29 0.43
OP2 0.64 0.26 0.63 0.93 0.43 1.01 0.38 1.13 0.27 0.54 0.22 0.37 0.23 0.45 0.54 0.66 1.21 0.79 1.00 1.36 0.88 1.05
P 0.34 0.13 0.32 0.56 0.18 0.68 0.15 0.85 0.11 0.26 0.13 0.15 0.10 0.19 0.26 0.47 0.81 0.49 0.67 1.03 0.56 0.73

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.04 0.01 0.06 0.06 0.03 0.02 0.01 0.01 0.10 0.01 0.29 0.56 0.20 0.30
C2 0.06 0.00 0.14 0.09 0.02 0.22 0.02 0.22 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.20 0.08 0.24 0.54 0.65 0.42 0.46
C2' 0.01 0.14 0.00 0.01 0.08 0.02 0.06 0.11 0.08 0.10 0.12 0.14 0.07 0.08 0.03 0.00 0.04 0.01 0.27 0.69 0.34 0.40
C3' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.09 0.01 0.13 0.03 0.13 0.14 0.11 0.08 0.14 0.16 0.09 0.01 0.01 0.01 0.05 0.61 0.15 0.25
C4 0.03 0.02 0.08 0.09 0.00 0.07 0.01 0.05 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.11 0.04 0.11 0.48 0.59 0.39 0.42
C4' 0.02 0.22 0.02 0.01 0.07 0.00 0.04 0.01 0.05 0.20 0.15 0.21 0.04 0.16 0.05 0.11 0.02 0.01 0.02 0.41 0.11 0.06
C5 0.03 0.02 0.06 0.13 0.01 0.04 0.00 0.13 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.15 0.02 0.04 0.50 0.58 0.50 0.48
C5' 0.04 0.22 0.11 0.03 0.05 0.01 0.13 0.00 0.06 0.36 0.12 0.22 0.13 0.32 0.12 0.09 0.09 0.02 0.01 0.37 0.32 0.01
C6 0.04 0.01 0.08 0.13 0.02 0.05 0.01 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.15 0.02 0.10 0.54 0.60 0.54 0.50
C8 0.01 0.02 0.10 0.14 0.01 0.20 0.01 0.36 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.24 0.06 0.15 0.44 0.53 0.44 0.45
N1 0.06 0.01 0.12 0.11 0.03 0.15 0.02 0.12 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.16 0.05 0.18 0.56 0.63 0.49 0.49
N3 0.06 0.01 0.14 0.08 0.01 0.21 0.01 0.22 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.19 0.09 0.24 0.50 0.65 0.37 0.43
N6 0.03 0.01 0.07 0.14 0.02 0.04 0.01 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.17 0.04 0.06 0.54 0.61 0.60 0.54
N7 0.02 0.02 0.08 0.16 0.01 0.16 0.00 0.32 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.22 0.07 0.09 0.49 0.57 0.55 0.52
N9 0.01 0.04 0.03 0.09 0.01 0.05 0.02 0.12 0.03 0.01 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.10 0.02 0.01 0.42 0.55 0.33 0.38
O2' 0.01 0.20 0.00 0.01 0.11 0.11 0.15 0.09 0.15 0.24 0.16 0.19 0.17 0.22 0.10 0.00 0.08 0.09 0.22 0.71 0.43 0.42
O3' 0.10 0.08 0.04 0.01 0.04 0.02 0.02 0.09 0.02 0.06 0.05 0.09 0.04 0.07 0.02 0.08 0.00 0.08 0.22 0.47 0.08 0.10
O4' 0.01 0.24 0.01 0.01 0.11 0.01 0.04 0.02 0.10 0.15 0.18 0.24 0.06 0.09 0.01 0.09 0.08 0.00 0.28 0.46 0.12 0.21
O5' 0.29 0.54 0.27 0.05 0.48 0.02 0.50 0.01 0.54 0.44 0.56 0.50 0.54 0.49 0.42 0.22 0.22 0.28 0.00 0.01 0.03 0.01
OP1 0.56 0.65 0.69 0.61 0.59 0.41 0.58 0.37 0.60 0.53 0.63 0.65 0.61 0.57 0.55 0.71 0.47 0.46 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.20 0.42 0.34 0.15 0.39 0.11 0.50 0.32 0.54 0.44 0.49 0.37 0.60 0.55 0.33 0.43 0.08 0.12 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.30 0.46 0.40 0.25 0.42 0.06 0.48 0.01 0.50 0.45 0.49 0.43 0.54 0.52 0.38 0.42 0.10 0.21 0.01 0.00 0.01 0.00