ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51397

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 18, 12, 16, 6, 1, 4, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.009, 0.016, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C2 A 0, -0.001, 0.011, 0.023, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.011 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.004, 0.016, 0.029, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.016 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.003, 0.016, 0.029, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.016 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.003, 0.017, 0.030, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.017 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.002, 0.017, 0.031, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.017 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.005, 0.020, 0.034, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.020 std_dev=0.015
N2 A 0, 0.010, 0.028, 0.045, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.028 std_dev=0.017
N9 A 0, 0.004, 0.022, 0.041, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.022 std_dev=0.018
O6 A 0, 0.007, 0.031, 0.054, 0.132 max_d=0.132 avg_d=0.031 std_dev=0.023
N7 A 0, 0.003, 0.033, 0.062, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.033 std_dev=0.029
C8 A 0, 0.004, 0.037, 0.069, 0.139 max_d=0.139 avg_d=0.037 std_dev=0.032
P B 0, 0.142, 0.285, 0.428, 0.777 max_d=0.777 avg_d=0.285 std_dev=0.143
OP1 B 0, 0.103, 0.332, 0.561, 1.462 max_d=1.462 avg_d=0.332 std_dev=0.229
OP2 B 0, 0.069, 0.400, 0.731, 1.388 max_d=1.388 avg_d=0.400 std_dev=0.331
O4' A 0, -0.189, 0.212, 0.613, 1.303 max_d=1.303 avg_d=0.212 std_dev=0.401
O5' B 0, 0.010, 0.415, 0.820, 2.012 max_d=2.012 avg_d=0.415 std_dev=0.405
C2' A 0, -0.209, 0.246, 0.700, 1.555 max_d=1.555 avg_d=0.246 std_dev=0.454
C3' A 0, -0.243, 0.338, 0.919, 1.934 max_d=1.934 avg_d=0.338 std_dev=0.581
C4' A 0, -0.248, 0.338, 0.923, 1.910 max_d=1.910 avg_d=0.338 std_dev=0.586
O2' A 0, -0.329, 0.420, 1.170, 2.541 max_d=2.541 avg_d=0.420 std_dev=0.750
O5' A 0, -0.263, 0.513, 1.289, 2.714 max_d=2.714 avg_d=0.513 std_dev=0.776
O3' A 0, -0.298, 0.482, 1.262, 2.553 max_d=2.553 avg_d=0.482 std_dev=0.780
C5' A 0, -0.308, 0.477, 1.263, 2.592 max_d=2.592 avg_d=0.477 std_dev=0.785
OP2 A 0, -0.194, 0.762, 1.718, 3.700 max_d=3.700 avg_d=0.762 std_dev=0.956
C2' B 0, -0.103, 0.863, 1.830, 3.736 max_d=3.736 avg_d=0.863 std_dev=0.967
P A 0, -0.291, 0.692, 1.676, 3.463 max_d=3.463 avg_d=0.692 std_dev=0.984
C3' B 0, -0.260, 0.797, 1.853, 3.873 max_d=3.873 avg_d=0.797 std_dev=1.057
C5' B 0, -0.326, 0.749, 1.824, 4.124 max_d=4.124 avg_d=0.749 std_dev=1.075
N1 B 0, -0.206, 0.910, 2.026, 4.214 max_d=4.214 avg_d=0.910 std_dev=1.116
OP1 A 0, -0.397, 0.770, 1.936, 3.913 max_d=3.913 avg_d=0.770 std_dev=1.167
C1' B 0, -0.251, 0.937, 2.125, 4.502 max_d=4.502 avg_d=0.937 std_dev=1.188
O2 B 0, -0.112, 1.178, 2.469, 5.176 max_d=5.176 avg_d=1.178 std_dev=1.290
C6 B 0, -0.350, 0.947, 2.244, 4.421 max_d=4.421 avg_d=0.947 std_dev=1.297
C4' B 0, -0.392, 0.911, 2.215, 4.686 max_d=4.686 avg_d=0.911 std_dev=1.304
O4' B 0, -0.395, 0.953, 2.302, 4.829 max_d=4.829 avg_d=0.953 std_dev=1.349
C2 B 0, -0.245, 1.115, 2.474, 5.060 max_d=5.060 avg_d=1.115 std_dev=1.359
O2' B 0, -0.441, 1.319, 3.079, 6.226 max_d=6.226 avg_d=1.319 std_dev=1.760
O3' B 0, -0.706, 1.177, 3.061, 6.155 max_d=6.155 avg_d=1.177 std_dev=1.884
N3 B 0, -0.552, 1.374, 3.299, 6.520 max_d=6.520 avg_d=1.374 std_dev=1.926
C5 B 0, -0.729, 1.263, 3.256, 6.227 max_d=6.227 avg_d=1.263 std_dev=1.993
C4 B 0, -0.850, 1.473, 3.796, 7.367 max_d=7.367 avg_d=1.473 std_dev=2.323
N4 B 0, -1.257, 1.845, 4.947, 9.562 max_d=9.562 avg_d=1.845 std_dev=3.102

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.00 0.02 0.24 0.00 0.19 0.01 0.18 0.32 0.22
C2 0.03 0.00 0.28 0.22 0.01 0.04 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.12 0.16 0.18 0.01 0.20 0.35 0.27
C2' 0.00 0.28 0.00 0.00 0.14 0.01 0.04 0.18 0.10 0.17 0.20 0.35 0.28 0.11 0.02 0.00 0.03 0.01 0.34 0.05 0.37 0.50 0.40
C3' 0.01 0.22 0.00 0.00 0.21 0.01 0.23 0.01 0.25 0.18 0.25 0.22 0.20 0.22 0.16 0.02 0.01 0.02 0.07 0.26 0.10 0.10 0.06
C4 0.01 0.01 0.14 0.21 0.00 0.02 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.08 0.09 0.17 0.01 0.21 0.35 0.26
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.04 0.09 0.03 0.06 0.04 0.08 0.04 0.26 0.02 0.00 0.01 0.05 0.08 0.05 0.02
C5 0.01 0.01 0.04 0.23 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.22 0.07 0.05 0.17 0.01 0.25 0.38 0.28
C5' 0.08 0.12 0.18 0.01 0.10 0.00 0.10 0.00 0.12 0.08 0.12 0.13 0.11 0.10 0.08 0.09 0.18 0.02 0.01 0.13 0.08 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.10 0.25 0.01 0.04 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.19 0.07 0.08 0.18 0.00 0.26 0.38 0.29
C8 0.01 0.01 0.17 0.18 0.01 0.09 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.32 0.08 0.09 0.17 0.02 0.25 0.39 0.27
N1 0.02 0.00 0.20 0.25 0.01 0.03 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.07 0.13 0.18 0.01 0.23 0.36 0.29
N2 0.03 0.01 0.35 0.22 0.01 0.06 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.23 0.15 0.19 0.18 0.02 0.19 0.33 0.27
N3 0.03 0.00 0.28 0.20 0.00 0.04 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.14 0.15 0.17 0.01 0.18 0.33 0.25
N7 0.01 0.01 0.11 0.22 0.01 0.08 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.33 0.10 0.05 0.17 0.02 0.27 0.40 0.28
N9 0.00 0.01 0.02 0.16 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.15 0.09 0.01 0.18 0.02 0.20 0.35 0.25
O2' 0.02 0.13 0.00 0.02 0.09 0.26 0.22 0.09 0.19 0.32 0.10 0.23 0.14 0.33 0.15 0.00 0.06 0.17 0.23 0.24 0.28 0.56 0.33
O3' 0.24 0.12 0.03 0.01 0.08 0.02 0.07 0.18 0.07 0.08 0.07 0.15 0.14 0.10 0.09 0.06 0.00 0.18 0.25 0.09 0.43 0.30 0.30
O4' 0.00 0.16 0.01 0.02 0.09 0.00 0.05 0.02 0.08 0.09 0.13 0.19 0.15 0.05 0.01 0.17 0.18 0.00 0.07 0.07 0.06 0.15 0.09
O5' 0.19 0.18 0.34 0.07 0.17 0.01 0.17 0.01 0.18 0.17 0.18 0.18 0.17 0.17 0.18 0.23 0.25 0.07 0.00 0.19 0.02 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.05 0.26 0.01 0.05 0.01 0.13 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.24 0.09 0.07 0.19 0.00 0.29 0.39 0.31
OP1 0.18 0.20 0.37 0.10 0.21 0.08 0.25 0.08 0.26 0.25 0.23 0.19 0.18 0.27 0.20 0.28 0.43 0.06 0.02 0.29 0.00 0.01 0.00
OP2 0.32 0.35 0.50 0.10 0.35 0.05 0.38 0.02 0.38 0.39 0.36 0.33 0.33 0.40 0.35 0.56 0.30 0.15 0.01 0.39 0.01 0.00 0.01
P 0.22 0.27 0.40 0.06 0.26 0.02 0.28 0.01 0.29 0.27 0.29 0.27 0.25 0.28 0.25 0.33 0.30 0.09 0.00 0.31 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.23 0.91 0.37 0.67 1.60 0.55 1.48 0.59 1.02 0.73 1.32 1.96 0.67 0.70 1.28 0.16 0.30 0.11 0.18 0.07
C2 0.20 0.69 0.26 0.51 1.19 0.45 1.17 0.52 0.83 0.58 0.97 1.42 0.50 0.49 0.95 0.15 0.30 0.10 0.15 0.07
C2' 0.74 1.44 0.16 0.31 2.07 0.17 1.92 0.24 1.48 1.24 1.84 2.42 1.22 0.25 0.97 0.66 0.19 0.35 0.39 0.30
C3' 0.58 1.27 0.13 0.42 1.91 0.24 1.77 0.29 1.34 1.08 1.67 2.27 1.04 0.41 1.09 0.52 0.17 0.32 0.39 0.25
C4 0.24 0.74 0.26 0.51 1.26 0.41 1.20 0.46 0.85 0.62 1.05 1.52 0.55 0.49 1.00 0.20 0.29 0.09 0.19 0.08
C4' 0.22 0.91 0.42 0.71 1.63 0.60 1.48 0.62 1.00 0.72 1.35 2.02 0.67 0.78 1.34 0.15 0.35 0.09 0.15 0.10
C5 0.27 0.63 0.17 0.36 1.02 0.26 0.98 0.30 0.72 0.55 0.86 1.22 0.49 0.32 0.75 0.25 0.25 0.12 0.23 0.11
C5' 0.18 0.82 0.43 0.71 1.47 0.60 1.33 0.63 0.89 0.63 1.23 1.85 0.60 0.75 1.29 0.13 0.41 0.13 0.11 0.18
C6 0.27 0.53 0.12 0.25 0.81 0.18 0.79 0.21 0.60 0.47 0.69 0.95 0.42 0.21 0.54 0.26 0.22 0.15 0.25 0.12
C8 0.28 0.74 0.22 0.45 1.22 0.33 1.14 0.37 0.82 0.62 1.03 1.47 0.57 0.42 0.92 0.25 0.27 0.11 0.23 0.10
N1 0.23 0.55 0.15 0.32 0.89 0.25 0.88 0.30 0.65 0.48 0.74 1.04 0.42 0.28 0.64 0.22 0.24 0.12 0.20 0.10
N2 0.16 0.71 0.33 0.60 1.28 0.59 1.27 0.69 0.89 0.59 1.03 1.51 0.49 0.60 1.07 0.11 0.34 0.16 0.10 0.06
N3 0.20 0.78 0.33 0.60 1.38 0.53 1.32 0.58 0.92 0.65 1.13 1.66 0.56 0.60 1.13 0.15 0.32 0.10 0.15 0.07
N7 0.29 0.64 0.16 0.35 1.02 0.23 0.96 0.27 0.71 0.55 0.87 1.21 0.51 0.30 0.73 0.28 0.25 0.13 0.25 0.12
N9 0.25 0.80 0.29 0.55 1.37 0.44 1.29 0.48 0.90 0.66 1.14 1.67 0.60 0.55 1.08 0.20 0.29 0.09 0.19 0.08
O2' 0.61 1.40 0.21 0.57 2.09 0.38 1.90 0.48 1.41 1.16 1.85 2.49 1.17 0.47 1.30 0.51 0.19 0.20 0.18 0.16
O3' 0.32 1.03 0.44 0.79 1.69 0.57 1.53 0.61 1.08 0.82 1.45 2.07 0.79 0.77 1.51 0.26 0.36 0.12 0.13 0.12
O4' 0.16 0.66 0.61 0.87 1.38 0.79 1.25 0.80 0.78 0.48 1.09 1.77 0.41 0.96 1.45 0.21 0.50 0.17 0.11 0.22
O5' 0.24 0.78 0.35 0.62 1.32 0.48 1.19 0.53 0.82 0.62 1.12 1.63 0.60 0.60 1.16 0.19 0.41 0.17 0.13 0.21
O6 0.29 0.42 0.13 0.15 0.58 0.14 0.57 0.13 0.46 0.39 0.52 0.66 0.37 0.14 0.31 0.31 0.19 0.19 0.31 0.15
OP1 0.29 0.82 0.29 0.57 1.31 0.42 1.16 0.49 0.81 0.64 1.14 1.61 0.66 0.51 1.10 0.23 0.40 0.22 0.13 0.25
OP2 0.20 0.58 0.33 0.59 0.94 0.42 0.84 0.50 0.58 0.45 0.81 1.17 0.46 0.47 1.03 0.17 0.46 0.37 0.22 0.37
P 0.17 0.64 0.38 0.65 1.12 0.50 0.99 0.57 0.66 0.49 0.94 1.40 0.49 0.59 1.14 0.13 0.47 0.30 0.16 0.32

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.08 0.33 0.23 0.05
C2 0.02 0.00 0.04 0.06 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.07 0.02 0.18 0.50 0.37 0.12
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.01 0.04 0.04 0.08 0.00 0.02 0.01 0.12 0.19 0.12 0.07
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.06 0.03 0.06 0.05 0.08 0.02 0.01 0.01 0.16 0.17 0.13 0.12
C4 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.05 0.02 0.24 0.64 0.52 0.20
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.04 0.02 0.03 0.05 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.11 0.16 0.03
C5 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.06 0.03 0.24 0.65 0.55 0.20
C5' 0.02 0.05 0.02 0.02 0.09 0.01 0.09 0.00 0.08 0.05 0.07 0.10 0.04 0.03 0.03 0.01 0.01 0.11 0.25 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.06 0.03 0.21 0.56 0.45 0.14
N1 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.16 0.47 0.35 0.10
N3 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.07 0.02 0.22 0.58 0.45 0.17
N4 0.02 0.01 0.04 0.05 0.00 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.06 0.03 0.25 0.69 0.57 0.23
O2 0.03 0.01 0.08 0.08 0.02 0.03 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.07 0.10 0.04 0.15 0.43 0.32 0.10
O2' 0.01 0.04 0.00 0.02 0.04 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.05 0.05 0.07 0.00 0.04 0.03 0.04 0.13 0.13 0.04
O3' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.05 0.02 0.06 0.03 0.06 0.03 0.07 0.06 0.10 0.04 0.00 0.02 0.14 0.26 0.28 0.13
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.00 0.06 0.32 0.23 0.09
O5' 0.08 0.18 0.12 0.16 0.24 0.01 0.24 0.01 0.21 0.16 0.22 0.25 0.15 0.04 0.14 0.06 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.33 0.50 0.19 0.17 0.64 0.11 0.65 0.11 0.56 0.47 0.58 0.69 0.43 0.13 0.26 0.32 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.23 0.37 0.12 0.13 0.52 0.16 0.55 0.25 0.45 0.35 0.45 0.57 0.32 0.13 0.28 0.23 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.12 0.07 0.12 0.20 0.03 0.20 0.01 0.14 0.10 0.17 0.23 0.10 0.04 0.13 0.09 0.00 0.00 0.01 0.00