ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51398

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 7, 12, 19, 8, 5, 2, 1, 0, 2, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.007 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.004, 0.015, 0.025, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.015 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.002, 0.013, 0.025, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.013 std_dev=0.012
C2 A 0, -0.001, 0.011, 0.024, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.011 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.004, 0.018, 0.031, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.018 std_dev=0.014
O6 A 0, 0.009, 0.023, 0.038, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.023 std_dev=0.014
C1' A 0, -0.001, 0.014, 0.029, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.014 std_dev=0.015
N2 A 0, 0.007, 0.028, 0.050, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.028 std_dev=0.022
N7 A 0, 0.005, 0.029, 0.053, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.029 std_dev=0.024
C8 A 0, 0.005, 0.031, 0.057, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.031 std_dev=0.026
P B 0, 0.169, 0.363, 0.557, 0.943 max_d=0.943 avg_d=0.363 std_dev=0.194
OP2 B 0, 0.179, 0.408, 0.637, 1.194 max_d=1.194 avg_d=0.408 std_dev=0.229
O3' A 0, -0.104, 0.168, 0.440, 1.693 max_d=1.693 avg_d=0.168 std_dev=0.272
O4' A 0, -0.203, 0.128, 0.458, 2.622 max_d=2.622 avg_d=0.128 std_dev=0.330
C3' A 0, -0.190, 0.158, 0.506, 2.684 max_d=2.684 avg_d=0.158 std_dev=0.348
C2' A 0, -0.211, 0.140, 0.492, 2.719 max_d=2.719 avg_d=0.140 std_dev=0.352
OP1 B 0, 0.004, 0.401, 0.798, 1.859 max_d=1.859 avg_d=0.401 std_dev=0.397
C4' A 0, -0.225, 0.175, 0.576, 3.145 max_d=3.145 avg_d=0.175 std_dev=0.400
O2' A 0, -0.351, 0.239, 0.829, 4.539 max_d=4.539 avg_d=0.239 std_dev=0.590
C5' A 0, -0.452, 0.297, 1.046, 5.960 max_d=5.960 avg_d=0.297 std_dev=0.749
O5' A 0, -0.465, 0.322, 1.108, 6.231 max_d=6.231 avg_d=0.322 std_dev=0.787
O5' B 0, -0.258, 0.637, 1.531, 3.530 max_d=3.530 avg_d=0.637 std_dev=0.894
P A 0, -0.627, 0.493, 1.614, 8.784 max_d=8.784 avg_d=0.493 std_dev=1.121
OP2 A 0, -0.611, 0.725, 2.060, 8.861 max_d=8.861 avg_d=0.725 std_dev=1.335
OP1 A 0, -0.711, 0.658, 2.027, 10.493 max_d=10.493 avg_d=0.658 std_dev=1.369
C5' B 0, -0.575, 0.834, 2.243, 5.155 max_d=5.155 avg_d=0.834 std_dev=1.409
C4' B 0, -0.980, 1.184, 3.347, 7.820 max_d=7.820 avg_d=1.184 std_dev=2.163
C3' B 0, -1.116, 1.304, 3.724, 8.957 max_d=8.957 avg_d=1.304 std_dev=2.420
O4' B 0, -1.160, 1.444, 4.049, 9.161 max_d=9.161 avg_d=1.444 std_dev=2.605
O3' B 0, -1.366, 1.339, 4.043, 10.080 max_d=10.080 avg_d=1.339 std_dev=2.704
C2' B 0, -1.466, 1.644, 4.753, 11.543 max_d=11.543 avg_d=1.644 std_dev=3.110
C6 B 0, -1.532, 1.688, 4.908, 11.274 max_d=11.274 avg_d=1.688 std_dev=3.220
C1' B 0, -1.529, 1.732, 4.992, 11.513 max_d=11.513 avg_d=1.732 std_dev=3.261
N1 B 0, -1.699, 1.838, 5.375, 12.342 max_d=12.342 avg_d=1.838 std_dev=3.537
O2' B 0, -1.863, 1.863, 5.589, 13.573 max_d=13.573 avg_d=1.863 std_dev=3.726
C5 B 0, -1.893, 1.856, 5.605, 12.890 max_d=12.890 avg_d=1.856 std_dev=3.749
C2 B 0, -2.169, 2.159, 6.486, 14.967 max_d=14.967 avg_d=2.159 std_dev=4.327
C4 B 0, -2.369, 2.150, 6.668, 15.352 max_d=15.352 avg_d=2.150 std_dev=4.518
O2 B 0, -2.356, 2.361, 7.079, 16.393 max_d=16.393 avg_d=2.361 std_dev=4.717
N3 B 0, -2.468, 2.288, 7.045, 16.277 max_d=16.277 avg_d=2.288 std_dev=4.756
N4 B 0, -2.789, 2.345, 7.480, 17.288 max_d=17.288 avg_d=2.345 std_dev=5.134

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.08 0.00 0.11 0.02 0.23 0.28 0.12
C2 0.03 0.00 0.15 0.17 0.01 0.14 0.00 0.23 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.13 0.11 0.09 0.13 0.01 0.38 0.47 0.16
C2' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.07 0.01 0.03 0.07 0.06 0.10 0.11 0.19 0.15 0.06 0.02 0.00 0.02 0.01 0.22 0.05 0.33 0.37 0.24
C3' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.08 0.00 0.04 0.01 0.07 0.09 0.13 0.22 0.16 0.06 0.02 0.01 0.01 0.01 0.11 0.06 0.16 0.14 0.13
C4 0.01 0.01 0.07 0.08 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.07 0.05 0.09 0.01 0.33 0.51 0.18
C4' 0.01 0.14 0.01 0.00 0.06 0.00 0.02 0.00 0.05 0.09 0.10 0.18 0.13 0.06 0.01 0.04 0.03 0.00 0.01 0.03 0.09 0.11 0.04
C5 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.06 0.03 0.16 0.01 0.41 0.67 0.30
C5' 0.03 0.23 0.07 0.01 0.08 0.00 0.04 0.00 0.07 0.19 0.16 0.32 0.21 0.15 0.05 0.04 0.03 0.02 0.01 0.05 0.21 0.23 0.01
C6 0.02 0.00 0.06 0.07 0.01 0.05 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.07 0.04 0.12 0.01 0.40 0.68 0.27
C8 0.01 0.01 0.10 0.09 0.00 0.09 0.01 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.11 0.07 0.05 0.33 0.01 0.51 0.73 0.44
N1 0.03 0.00 0.11 0.13 0.01 0.10 0.01 0.16 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.09 0.07 0.09 0.01 0.38 0.57 0.19
N2 0.04 0.00 0.19 0.22 0.01 0.18 0.01 0.32 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.17 0.13 0.11 0.21 0.01 0.46 0.43 0.22
N3 0.03 0.00 0.15 0.16 0.00 0.13 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.12 0.10 0.08 0.11 0.01 0.34 0.41 0.13
N7 0.01 0.01 0.06 0.06 0.00 0.06 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.10 0.06 0.03 0.29 0.01 0.53 0.82 0.45
N9 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.05 0.07 0.01 0.17 0.02 0.34 0.49 0.24
O2' 0.01 0.13 0.00 0.01 0.06 0.04 0.07 0.04 0.08 0.11 0.10 0.17 0.12 0.10 0.05 0.00 0.06 0.03 0.22 0.09 0.39 0.43 0.25
O3' 0.08 0.11 0.02 0.01 0.07 0.03 0.06 0.03 0.07 0.07 0.09 0.13 0.10 0.06 0.07 0.06 0.00 0.08 0.05 0.06 0.14 0.09 0.11
O4' 0.00 0.09 0.01 0.01 0.05 0.00 0.03 0.02 0.04 0.05 0.07 0.11 0.08 0.03 0.01 0.03 0.08 0.00 0.06 0.04 0.09 0.12 0.09
O5' 0.11 0.13 0.22 0.11 0.09 0.01 0.16 0.01 0.12 0.33 0.09 0.21 0.11 0.29 0.17 0.22 0.05 0.06 0.00 0.15 0.01 0.01 0.00
O6 0.02 0.01 0.05 0.06 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.09 0.06 0.04 0.15 0.00 0.45 0.76 0.33
OP1 0.23 0.38 0.33 0.16 0.33 0.09 0.41 0.21 0.40 0.51 0.38 0.46 0.34 0.53 0.34 0.39 0.14 0.09 0.01 0.45 0.00 0.01 0.00
OP2 0.28 0.47 0.37 0.14 0.51 0.11 0.67 0.23 0.68 0.73 0.57 0.43 0.41 0.82 0.49 0.43 0.09 0.12 0.01 0.76 0.01 0.00 0.00
P 0.12 0.16 0.24 0.13 0.18 0.04 0.30 0.01 0.27 0.44 0.19 0.22 0.13 0.45 0.24 0.25 0.11 0.09 0.00 0.33 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.51 2.61 1.12 0.52 3.26 0.53 2.82 0.28 2.25 2.16 3.13 3.71 2.47 0.83 0.13 1.21 0.55 0.20 0.14 0.11
C2 0.93 1.49 0.67 0.29 1.73 0.34 1.56 0.17 1.31 1.28 1.70 1.86 1.43 0.39 0.22 0.83 0.48 0.22 0.12 0.09
C2' 1.78 2.95 1.39 0.73 3.70 0.69 3.21 0.40 2.57 2.46 3.53 4.23 2.78 1.13 0.30 1.41 0.61 0.30 0.19 0.18
C3' 1.65 2.85 1.28 0.67 3.66 0.57 3.17 0.30 2.51 2.37 3.47 4.25 2.67 0.98 0.34 1.28 0.57 0.29 0.24 0.22
C4 1.56 2.41 1.19 0.65 2.73 0.70 2.39 0.37 2.02 2.04 2.73 2.94 2.35 0.93 0.27 1.33 0.62 0.24 0.15 0.10
C4' 1.58 2.78 1.21 0.65 3.50 0.53 2.99 0.24 2.37 2.27 3.37 4.05 2.64 0.91 0.35 1.21 0.56 0.25 0.25 0.20
C5 1.86 2.64 1.47 0.94 2.69 1.01 2.29 0.55 2.05 2.23 2.84 2.81 2.68 1.29 0.65 1.64 0.73 0.27 0.17 0.11
C5' 1.88 3.12 1.53 0.94 3.74 0.79 3.16 0.44 2.56 2.54 3.70 4.27 3.04 1.27 0.61 1.46 0.67 0.37 0.36 0.32
C6 1.73 2.24 1.39 0.95 2.10 1.08 1.78 0.60 1.67 1.93 2.30 2.13 2.35 1.23 0.74 1.61 0.76 0.29 0.18 0.12
C8 2.04 3.13 1.62 1.00 3.41 1.00 2.85 0.54 2.43 2.57 3.52 3.69 3.14 1.46 0.66 1.70 0.72 0.26 0.17 0.12
N1 1.22 1.65 0.96 0.58 1.64 0.72 1.41 0.40 1.29 1.42 1.73 1.69 1.68 0.74 0.32 1.17 0.65 0.27 0.15 0.10
N2 0.39 0.86 0.30 0.34 1.16 0.16 1.07 0.27 0.84 0.72 1.07 1.30 0.77 0.29 0.65 0.29 0.24 0.18 0.11 0.09
N3 1.11 1.87 0.80 0.34 2.27 0.36 2.05 0.18 1.68 1.59 2.18 2.49 1.75 0.49 0.22 0.94 0.48 0.22 0.13 0.09
N7 2.15 3.10 1.73 1.14 3.13 1.17 2.60 0.64 2.31 2.57 3.35 3.28 3.20 1.61 0.88 1.83 0.77 0.28 0.19 0.12
N9 1.71 2.75 1.31 0.72 3.20 0.74 2.75 0.39 2.27 2.28 3.17 3.51 2.67 1.07 0.32 1.42 0.63 0.24 0.15 0.11
O2' 1.71 2.82 1.33 0.65 3.65 0.68 3.23 0.47 2.57 2.39 3.40 4.18 2.60 1.10 0.23 1.37 0.59 0.31 0.14 0.17
O3' 1.31 2.46 0.93 0.36 3.35 0.30 2.95 0.20 2.27 2.04 3.09 3.94 2.22 0.59 0.36 1.00 0.48 0.17 0.15 0.16
O4' 1.47 2.61 1.10 0.55 3.25 0.47 2.77 0.19 2.19 2.12 3.15 3.73 2.49 0.79 0.25 1.14 0.53 0.20 0.21 0.15
O5' 2.10 3.39 1.71 1.04 3.91 0.93 3.24 0.49 2.67 2.74 3.95 4.42 3.37 1.52 0.66 1.64 0.68 0.33 0.26 0.22
O6 1.90 2.26 1.58 1.18 1.90 1.32 1.54 0.74 1.54 1.94 2.21 1.86 2.49 1.50 1.09 1.79 0.81 0.30 0.21 0.14
OP1 2.90 4.25 2.52 1.77 4.61 1.62 3.85 1.06 3.33 3.52 4.79 5.08 4.32 2.42 1.42 2.35 1.19 0.34 0.61 0.56
OP2 1.88 3.17 1.50 0.82 3.49 0.71 2.74 0.29 2.24 2.45 3.69 3.97 3.28 1.42 0.54 1.39 0.28 0.77 0.53 0.51
P 2.24 3.57 1.87 1.16 3.99 1.01 3.25 0.51 2.71 2.86 4.13 4.50 3.62 1.75 0.82 1.72 0.63 0.41 0.23 0.20

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.19 0.00 0.15 0.17 0.16 0.14
C2 0.01 0.00 0.13 0.15 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.12 0.09 0.22 0.27 0.46 0.28
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.03 0.02 0.10 0.12 0.13 0.02 0.10 0.04 0.24 0.00 0.02 0.01 0.14 0.24 0.10 0.09
C3' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.21 0.01 0.22 0.02 0.20 0.14 0.19 0.23 0.15 0.02 0.00 0.02 0.25 0.37 0.11 0.14
C4 0.01 0.01 0.03 0.21 0.00 0.08 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.22 0.11 0.02 0.38 0.41 0.97 0.56
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.08 0.00 0.10 0.01 0.10 0.05 0.06 0.08 0.06 0.20 0.02 0.00 0.02 0.13 0.30 0.06
C5 0.01 0.01 0.10 0.22 0.00 0.10 0.00 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.26 0.16 0.07 0.48 0.48 1.12 0.67
C5' 0.05 0.11 0.12 0.02 0.10 0.01 0.09 0.00 0.07 0.06 0.12 0.12 0.13 0.09 0.14 0.01 0.01 0.23 0.20 0.01
C6 0.01 0.01 0.13 0.20 0.01 0.10 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.24 0.13 0.10 0.46 0.43 0.88 0.58
N1 0.01 0.01 0.02 0.14 0.01 0.05 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.06 0.01 0.27 0.28 0.49 0.33
N3 0.01 0.00 0.10 0.19 0.00 0.06 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.16 0.10 0.07 0.28 0.33 0.69 0.40
N4 0.01 0.01 0.04 0.23 0.00 0.08 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.23 0.14 0.03 0.40 0.44 1.11 0.62
O2 0.03 0.01 0.24 0.15 0.01 0.06 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.21 0.23 0.15 0.14 0.25 0.24 0.16
O2' 0.01 0.13 0.00 0.02 0.22 0.20 0.26 0.09 0.24 0.12 0.16 0.23 0.21 0.00 0.04 0.13 0.22 0.34 0.10 0.15
O3' 0.19 0.12 0.02 0.00 0.11 0.02 0.16 0.14 0.13 0.06 0.10 0.14 0.23 0.04 0.00 0.13 0.28 0.50 0.21 0.18
O4' 0.00 0.09 0.01 0.02 0.02 0.00 0.07 0.01 0.10 0.01 0.07 0.03 0.15 0.13 0.13 0.00 0.12 0.08 0.14 0.13
O5' 0.15 0.22 0.14 0.25 0.38 0.02 0.48 0.01 0.46 0.27 0.28 0.40 0.14 0.22 0.28 0.12 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.17 0.27 0.24 0.37 0.41 0.13 0.48 0.23 0.43 0.28 0.33 0.44 0.25 0.34 0.50 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.16 0.46 0.10 0.11 0.97 0.30 1.12 0.20 0.88 0.49 0.69 1.11 0.24 0.10 0.21 0.14 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.14 0.28 0.09 0.14 0.56 0.06 0.67 0.01 0.58 0.33 0.40 0.62 0.16 0.15 0.18 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00