ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51399

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 4, 8, 6, 4, 3, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.008, 0.015, 0.021, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.015 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.002, 0.011, 0.019, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.004, 0.014, 0.023, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.006, 0.016, 0.027, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.016 std_dev=0.011
N9 A 0, 0.016, 0.027, 0.038, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.027 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.008, 0.019, 0.030, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.019 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.006, 0.019, 0.031, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.019 std_dev=0.012
N7 A 0, 0.025, 0.047, 0.068, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.047 std_dev=0.021
C8 A 0, 0.031, 0.054, 0.078, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.054 std_dev=0.023
N2 A 0, -0.002, 0.024, 0.050, 0.128 max_d=0.128 avg_d=0.024 std_dev=0.026
O6 A 0, 0.007, 0.040, 0.073, 0.201 max_d=0.201 avg_d=0.040 std_dev=0.033
O4' A 0, 0.082, 0.156, 0.229, 0.346 max_d=0.346 avg_d=0.156 std_dev=0.073
C2' A 0, 0.092, 0.170, 0.247, 0.363 max_d=0.363 avg_d=0.170 std_dev=0.077
O2' A 0, 0.134, 0.242, 0.351, 0.592 max_d=0.592 avg_d=0.242 std_dev=0.108
C3' A 0, 0.125, 0.244, 0.363, 0.499 max_d=0.499 avg_d=0.244 std_dev=0.119
C4' A 0, 0.096, 0.241, 0.386, 0.761 max_d=0.761 avg_d=0.241 std_dev=0.145
C5 B 0, 0.202, 0.361, 0.521, 0.751 max_d=0.751 avg_d=0.361 std_dev=0.160
C4 B 0, 0.220, 0.383, 0.545, 0.878 max_d=0.878 avg_d=0.383 std_dev=0.163
C6 B 0, 0.206, 0.371, 0.536, 0.765 max_d=0.765 avg_d=0.371 std_dev=0.165
OP2 B 0, 0.174, 0.354, 0.534, 0.661 max_d=0.661 avg_d=0.354 std_dev=0.180
N1 B 0, 0.231, 0.412, 0.593, 0.973 max_d=0.973 avg_d=0.412 std_dev=0.181
N4 B 0, 0.198, 0.379, 0.561, 1.101 max_d=1.101 avg_d=0.379 std_dev=0.182
O5' B 0, 0.185, 0.373, 0.561, 0.873 max_d=0.873 avg_d=0.373 std_dev=0.188
O3' A 0, 0.160, 0.350, 0.539, 0.964 max_d=0.964 avg_d=0.350 std_dev=0.189
N3 B 0, 0.239, 0.433, 0.628, 0.981 max_d=0.981 avg_d=0.433 std_dev=0.194
P B 0, 0.134, 0.332, 0.529, 0.748 max_d=0.748 avg_d=0.332 std_dev=0.197
P A 0, 0.225, 0.435, 0.644, 0.928 max_d=0.928 avg_d=0.435 std_dev=0.209
C2 B 0, 0.240, 0.450, 0.661, 1.170 max_d=1.170 avg_d=0.450 std_dev=0.210
C2' B 0, 0.247, 0.457, 0.667, 1.135 max_d=1.135 avg_d=0.457 std_dev=0.210
C1' B 0, 0.226, 0.437, 0.648, 1.148 max_d=1.148 avg_d=0.437 std_dev=0.211
C3' B 0, 0.177, 0.390, 0.604, 1.029 max_d=1.029 avg_d=0.390 std_dev=0.213
C5' B 0, 0.194, 0.408, 0.621, 1.006 max_d=1.006 avg_d=0.408 std_dev=0.214
OP2 A 0, 0.213, 0.431, 0.649, 1.094 max_d=1.094 avg_d=0.431 std_dev=0.218
C4' B 0, 0.194, 0.419, 0.644, 1.157 max_d=1.157 avg_d=0.419 std_dev=0.225
OP1 B 0, 0.098, 0.324, 0.549, 1.077 max_d=1.077 avg_d=0.324 std_dev=0.225
O2' B 0, 0.283, 0.509, 0.735, 1.283 max_d=1.283 avg_d=0.509 std_dev=0.226
O4' B 0, 0.200, 0.429, 0.657, 1.195 max_d=1.195 avg_d=0.429 std_dev=0.229
O5' A 0, 0.187, 0.418, 0.648, 1.090 max_d=1.090 avg_d=0.418 std_dev=0.231
O3' B 0, 0.174, 0.406, 0.638, 1.155 max_d=1.155 avg_d=0.406 std_dev=0.232
O2 B 0, 0.236, 0.513, 0.791, 1.583 max_d=1.583 avg_d=0.513 std_dev=0.278
OP1 A 0, 0.297, 0.585, 0.873, 1.373 max_d=1.373 avg_d=0.585 std_dev=0.288
C5' A 0, 0.162, 0.451, 0.740, 1.451 max_d=1.451 avg_d=0.451 std_dev=0.289

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.18 0.03 0.17 0.05 0.12
C2 0.02 0.00 0.08 0.08 0.01 0.02 0.01 0.18 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.10 0.12 0.03 0.26 0.02 0.20 0.12 0.17
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.02 0.02 0.05 0.03 0.03 0.06 0.10 0.08 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.13 0.02 0.16 0.06 0.08
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.02 0.04 0.05 0.06 0.10 0.07 0.05 0.03 0.01 0.00 0.01 0.09 0.05 0.15 0.09 0.06
C4 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.04 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.07 0.02 0.26 0.02 0.19 0.11 0.17
C4' 0.01 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.08 0.08 0.05 0.02 0.02 0.08 0.05 0.05 0.01 0.00 0.01 0.11 0.11 0.15 0.03
C5 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.07 0.00 0.24 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.07 0.02 0.28 0.03 0.20 0.14 0.19
C5' 0.09 0.18 0.05 0.02 0.19 0.01 0.24 0.00 0.26 0.24 0.22 0.15 0.15 0.26 0.18 0.03 0.04 0.03 0.02 0.30 0.18 0.25 0.03
C6 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.08 0.01 0.26 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.08 0.03 0.27 0.01 0.19 0.16 0.18
C8 0.01 0.02 0.03 0.05 0.01 0.08 0.02 0.24 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.03 0.28 0.06 0.20 0.10 0.19
N1 0.01 0.01 0.06 0.06 0.01 0.05 0.01 0.22 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.07 0.10 0.03 0.26 0.01 0.19 0.14 0.18
N2 0.03 0.00 0.10 0.10 0.01 0.02 0.02 0.15 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.13 0.15 0.03 0.25 0.02 0.20 0.12 0.17
N3 0.02 0.00 0.08 0.07 0.00 0.02 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.10 0.03 0.24 0.02 0.20 0.10 0.16
N7 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.08 0.01 0.26 0.03 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.07 0.02 0.29 0.06 0.20 0.15 0.20
N9 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.05 0.01 0.18 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.24 0.03 0.19 0.08 0.15
O2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.05 0.05 0.03 0.03 0.04 0.02 0.07 0.13 0.09 0.02 0.02 0.00 0.03 0.03 0.07 0.03 0.14 0.07 0.05
O3' 0.01 0.12 0.01 0.00 0.07 0.01 0.07 0.04 0.08 0.06 0.10 0.15 0.10 0.07 0.04 0.03 0.00 0.02 0.05 0.07 0.14 0.13 0.07
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.16 0.05 0.19 0.05 0.12
O5' 0.18 0.26 0.13 0.09 0.26 0.01 0.28 0.02 0.27 0.28 0.26 0.25 0.24 0.29 0.24 0.07 0.05 0.16 0.00 0.25 0.01 0.01 0.01
O6 0.03 0.02 0.02 0.05 0.02 0.11 0.03 0.30 0.01 0.06 0.01 0.02 0.02 0.06 0.03 0.03 0.07 0.05 0.25 0.00 0.18 0.17 0.18
OP1 0.17 0.20 0.16 0.15 0.19 0.11 0.20 0.18 0.19 0.20 0.19 0.20 0.20 0.20 0.19 0.14 0.14 0.19 0.01 0.18 0.00 0.01 0.01
OP2 0.05 0.12 0.06 0.09 0.11 0.15 0.14 0.25 0.16 0.10 0.14 0.12 0.10 0.15 0.08 0.07 0.13 0.05 0.01 0.17 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.17 0.08 0.06 0.17 0.03 0.19 0.03 0.18 0.19 0.18 0.17 0.16 0.20 0.15 0.05 0.07 0.12 0.01 0.18 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.11 0.13 0.12 0.09 0.12 0.11 0.14 0.10 0.10 0.11 0.09 0.13 0.14 0.13 0.11 0.15 0.15 0.14 0.15
C2 0.12 0.13 0.14 0.12 0.11 0.12 0.09 0.14 0.10 0.11 0.14 0.12 0.15 0.15 0.13 0.11 0.15 0.15 0.14 0.16
C2' 0.11 0.12 0.14 0.10 0.09 0.10 0.10 0.11 0.10 0.10 0.12 0.09 0.14 0.16 0.11 0.10 0.11 0.12 0.12 0.11
C3' 0.13 0.15 0.16 0.11 0.13 0.10 0.11 0.10 0.11 0.13 0.16 0.13 0.17 0.18 0.12 0.12 0.11 0.11 0.12 0.10
C4 0.12 0.13 0.14 0.13 0.11 0.13 0.11 0.15 0.11 0.11 0.14 0.12 0.14 0.15 0.13 0.12 0.16 0.16 0.15 0.16
C4' 0.10 0.12 0.13 0.11 0.09 0.11 0.09 0.14 0.09 0.10 0.12 0.10 0.14 0.15 0.12 0.10 0.15 0.16 0.14 0.16
C5 0.14 0.14 0.16 0.13 0.15 0.15 0.14 0.16 0.14 0.14 0.15 0.16 0.15 0.16 0.13 0.14 0.16 0.18 0.16 0.17
C5' 0.16 0.14 0.17 0.20 0.13 0.22 0.15 0.28 0.16 0.15 0.14 0.12 0.15 0.17 0.21 0.19 0.29 0.31 0.28 0.31
C6 0.16 0.16 0.17 0.15 0.16 0.16 0.16 0.16 0.16 0.16 0.16 0.17 0.16 0.17 0.13 0.16 0.16 0.18 0.16 0.17
C8 0.13 0.14 0.15 0.13 0.13 0.15 0.13 0.17 0.13 0.13 0.15 0.15 0.15 0.15 0.13 0.14 0.17 0.18 0.16 0.18
N1 0.15 0.15 0.16 0.14 0.14 0.14 0.14 0.15 0.15 0.14 0.16 0.15 0.15 0.16 0.13 0.15 0.15 0.16 0.15 0.16
N2 0.11 0.15 0.14 0.12 0.13 0.12 0.09 0.15 0.09 0.11 0.16 0.13 0.17 0.14 0.13 0.11 0.16 0.15 0.15 0.16
N3 0.11 0.12 0.14 0.12 0.09 0.13 0.09 0.15 0.09 0.10 0.13 0.10 0.14 0.15 0.13 0.11 0.16 0.15 0.15 0.16
N7 0.15 0.15 0.16 0.14 0.15 0.15 0.15 0.17 0.15 0.14 0.16 0.17 0.15 0.16 0.13 0.15 0.17 0.19 0.17 0.18
N9 0.11 0.12 0.14 0.12 0.11 0.13 0.11 0.15 0.11 0.11 0.13 0.11 0.14 0.15 0.13 0.12 0.16 0.16 0.15 0.16
O2' 0.10 0.10 0.12 0.10 0.10 0.10 0.13 0.11 0.12 0.10 0.09 0.12 0.11 0.15 0.11 0.11 0.12 0.12 0.13 0.12
O3' 0.18 0.20 0.20 0.14 0.18 0.13 0.16 0.10 0.16 0.18 0.21 0.18 0.22 0.23 0.14 0.16 0.09 0.11 0.14 0.09
O4' 0.11 0.11 0.13 0.13 0.09 0.13 0.11 0.16 0.11 0.10 0.12 0.09 0.13 0.14 0.15 0.12 0.17 0.17 0.16 0.17
O5' 0.26 0.27 0.27 0.23 0.27 0.23 0.26 0.20 0.26 0.26 0.27 0.27 0.27 0.28 0.23 0.25 0.20 0.24 0.25 0.20
O6 0.19 0.18 0.19 0.17 0.18 0.18 0.19 0.18 0.19 0.18 0.18 0.19 0.17 0.19 0.15 0.20 0.17 0.21 0.18 0.19
OP1 0.24 0.27 0.25 0.20 0.27 0.19 0.24 0.16 0.24 0.25 0.28 0.28 0.29 0.27 0.19 0.22 0.16 0.17 0.19 0.15
OP2 0.17 0.19 0.18 0.15 0.19 0.14 0.16 0.14 0.16 0.17 0.20 0.21 0.20 0.19 0.14 0.15 0.14 0.15 0.15 0.13
P 0.20 0.23 0.22 0.17 0.22 0.16 0.20 0.14 0.20 0.21 0.23 0.24 0.23 0.23 0.16 0.19 0.14 0.17 0.17 0.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.04 0.03 0.12 0.05
C2 0.02 0.00 0.04 0.07 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.07 0.03 0.10 0.07 0.12 0.06
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.04 0.08 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.10 0.04
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.07 0.00 0.07 0.01 0.06 0.05 0.07 0.08 0.09 0.02 0.00 0.01 0.03 0.04 0.07 0.04
C4 0.03 0.01 0.04 0.07 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.08 0.04 0.12 0.10 0.13 0.09
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.06 0.00 0.06 0.01 0.06 0.03 0.05 0.07 0.05 0.04 0.01 0.00 0.01 0.04 0.06 0.03
C5 0.02 0.01 0.04 0.07 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.08 0.04 0.12 0.10 0.15 0.09
C5' 0.02 0.07 0.01 0.01 0.09 0.01 0.10 0.00 0.09 0.06 0.08 0.10 0.07 0.04 0.03 0.02 0.01 0.06 0.02 0.01
C6 0.02 0.01 0.04 0.06 0.01 0.06 0.00 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.07 0.04 0.10 0.07 0.15 0.07
N1 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.03 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.05 0.02 0.08 0.05 0.13 0.05
N3 0.02 0.00 0.04 0.07 0.00 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.08 0.03 0.11 0.08 0.12 0.08
N4 0.03 0.01 0.04 0.08 0.01 0.07 0.01 0.10 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.10 0.05 0.13 0.11 0.13 0.11
O2 0.03 0.01 0.08 0.09 0.01 0.05 0.02 0.07 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.06 0.10 0.03 0.10 0.07 0.11 0.06
O2' 0.01 0.04 0.00 0.02 0.04 0.04 0.03 0.04 0.03 0.02 0.04 0.04 0.06 0.00 0.03 0.03 0.03 0.05 0.08 0.04
O3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.08 0.01 0.08 0.03 0.07 0.05 0.08 0.10 0.10 0.03 0.00 0.01 0.05 0.06 0.07 0.05
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.02 0.04 0.02 0.03 0.05 0.03 0.03 0.01 0.00 0.04 0.04 0.13 0.06
O5' 0.04 0.10 0.03 0.03 0.12 0.01 0.12 0.01 0.10 0.08 0.11 0.13 0.10 0.03 0.05 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.03 0.07 0.03 0.04 0.10 0.04 0.10 0.06 0.07 0.05 0.08 0.11 0.07 0.05 0.06 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.12 0.12 0.10 0.07 0.13 0.06 0.15 0.02 0.15 0.13 0.12 0.13 0.11 0.08 0.07 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.06 0.04 0.04 0.09 0.03 0.09 0.01 0.07 0.05 0.08 0.11 0.06 0.04 0.05 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00