ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51401

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 3, 7, 6, 1, 3, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.014, 0.021, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.013, 0.022, 0.030, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.022 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.006, 0.015, 0.024, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.015 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.008, 0.019, 0.029, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.019 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.013, 0.025, 0.037, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.025 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.009, 0.022, 0.035, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.022 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.013, 0.027, 0.041, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.027 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.014, 0.031, 0.048, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.031 std_dev=0.017
N7 A 0, 0.017, 0.038, 0.060, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.038 std_dev=0.022
N2 A 0, 0.005, 0.030, 0.055, 0.140 max_d=0.140 avg_d=0.030 std_dev=0.025
O6 A 0, 0.008, 0.035, 0.062, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.035 std_dev=0.027
C8 A 0, 0.019, 0.049, 0.079, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.049 std_dev=0.030
C2' A 0, 0.008, 0.189, 0.370, 0.926 max_d=0.926 avg_d=0.189 std_dev=0.181
O4' A 0, -0.060, 0.132, 0.325, 0.956 max_d=0.956 avg_d=0.132 std_dev=0.193
OP2 B 0, 0.120, 0.321, 0.523, 0.880 max_d=0.880 avg_d=0.321 std_dev=0.202
P B 0, 0.130, 0.353, 0.575, 1.096 max_d=1.096 avg_d=0.353 std_dev=0.223
C4' A 0, -0.117, 0.222, 0.561, 1.110 max_d=1.110 avg_d=0.222 std_dev=0.339
O2' A 0, -0.101, 0.350, 0.801, 1.913 max_d=1.913 avg_d=0.350 std_dev=0.451
OP1 B 0, 0.003, 0.506, 1.010, 2.100 max_d=2.100 avg_d=0.506 std_dev=0.503
C5' A 0, -0.210, 0.339, 0.889, 2.724 max_d=2.724 avg_d=0.339 std_dev=0.550
C3' A 0, -0.183, 0.382, 0.947, 2.115 max_d=2.115 avg_d=0.382 std_dev=0.565
O5' B 0, -0.014, 0.656, 1.326, 2.651 max_d=2.651 avg_d=0.656 std_dev=0.670
O5' A 0, -0.415, 0.527, 1.469, 4.878 max_d=4.878 avg_d=0.527 std_dev=0.942
C5' B 0, -0.153, 0.877, 1.906, 4.123 max_d=4.123 avg_d=0.877 std_dev=1.030
O3' A 0, -0.400, 0.637, 1.674, 3.563 max_d=3.563 avg_d=0.637 std_dev=1.037
P A 0, -0.704, 0.860, 2.423, 7.602 max_d=7.602 avg_d=0.860 std_dev=1.564
OP2 A 0, -0.686, 0.952, 2.590, 8.150 max_d=8.150 avg_d=0.952 std_dev=1.638
C4' B 0, -0.579, 1.157, 2.894, 6.703 max_d=6.703 avg_d=1.157 std_dev=1.737
O4' B 0, -0.639, 1.144, 2.926, 6.999 max_d=6.999 avg_d=1.144 std_dev=1.782
OP1 A 0, -0.787, 1.110, 3.007, 8.870 max_d=8.870 avg_d=1.110 std_dev=1.897
C3' B 0, -0.901, 1.414, 3.730, 8.751 max_d=8.751 avg_d=1.414 std_dev=2.316
C1' B 0, -1.097, 1.327, 3.751, 9.344 max_d=9.344 avg_d=1.327 std_dev=2.424
C6 B 0, -1.122, 1.451, 4.023, 9.426 max_d=9.426 avg_d=1.451 std_dev=2.573
C2' B 0, -1.091, 1.496, 4.083, 9.936 max_d=9.936 avg_d=1.496 std_dev=2.587
N1 B 0, -1.222, 1.418, 4.057, 9.953 max_d=9.953 avg_d=1.418 std_dev=2.640
O3' B 0, -1.256, 1.777, 4.811, 10.894 max_d=10.894 avg_d=1.777 std_dev=3.034
C5 B 0, -1.460, 1.668, 4.797, 10.840 max_d=10.840 avg_d=1.668 std_dev=3.128
C2 B 0, -1.537, 1.641, 4.819, 11.722 max_d=11.722 avg_d=1.641 std_dev=3.178
O2' B 0, -1.477, 1.747, 4.971, 11.914 max_d=11.914 avg_d=1.747 std_dev=3.224
O2 B 0, -1.550, 1.798, 5.146, 12.600 max_d=12.600 avg_d=1.798 std_dev=3.348
N3 B 0, -1.838, 1.789, 5.416, 12.900 max_d=12.900 avg_d=1.789 std_dev=3.627
C4 B 0, -1.854, 1.793, 5.441, 12.528 max_d=12.528 avg_d=1.793 std_dev=3.647
N4 B 0, -2.214, 2.045, 6.303, 14.212 max_d=14.212 avg_d=2.045 std_dev=4.258

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.25 0.00 0.12 0.01 0.49 0.29 0.25
C2 0.02 0.00 0.13 0.07 0.01 0.09 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.29 0.40 0.13 0.23 0.02 0.38 0.16 0.16
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.07 0.01 0.05 0.12 0.08 0.07 0.11 0.15 0.12 0.05 0.02 0.00 0.03 0.02 0.33 0.06 0.96 0.58 0.62
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.12 0.01 0.22 0.02 0.21 0.30 0.13 0.09 0.06 0.31 0.16 0.01 0.01 0.01 0.14 0.25 0.69 0.18 0.31
C4 0.01 0.01 0.07 0.12 0.00 0.07 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.24 0.21 0.07 0.13 0.01 0.33 0.29 0.12
C4' 0.00 0.09 0.01 0.01 0.07 0.00 0.10 0.01 0.11 0.13 0.09 0.10 0.07 0.13 0.07 0.22 0.01 0.00 0.03 0.12 0.26 0.15 0.07
C5 0.01 0.01 0.05 0.22 0.01 0.10 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.26 0.07 0.04 0.17 0.01 0.30 0.43 0.22
C5' 0.03 0.19 0.12 0.02 0.14 0.01 0.16 0.00 0.19 0.13 0.20 0.21 0.16 0.15 0.08 0.11 0.17 0.03 0.01 0.20 0.16 0.20 0.02
C6 0.01 0.01 0.08 0.21 0.01 0.11 0.01 0.19 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.29 0.12 0.07 0.18 0.00 0.26 0.40 0.19
C8 0.01 0.01 0.07 0.30 0.01 0.13 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.18 0.17 0.06 0.32 0.01 0.49 0.58 0.42
N1 0.02 0.01 0.11 0.13 0.01 0.09 0.01 0.20 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.30 0.27 0.11 0.21 0.02 0.29 0.26 0.14
N2 0.03 0.01 0.15 0.09 0.01 0.10 0.01 0.21 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.30 0.53 0.16 0.30 0.03 0.48 0.11 0.26
N3 0.02 0.01 0.12 0.06 0.01 0.07 0.01 0.16 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.25 0.41 0.13 0.19 0.02 0.38 0.16 0.12
N7 0.01 0.01 0.05 0.31 0.01 0.13 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.24 0.15 0.03 0.27 0.01 0.42 0.61 0.40
N9 0.01 0.01 0.02 0.16 0.01 0.07 0.01 0.08 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.16 0.10 0.01 0.15 0.01 0.41 0.37 0.24
O2' 0.02 0.29 0.00 0.01 0.24 0.22 0.26 0.11 0.29 0.18 0.30 0.30 0.25 0.24 0.16 0.00 0.05 0.16 0.18 0.31 0.89 0.57 0.52
O3' 0.25 0.40 0.03 0.01 0.21 0.01 0.07 0.17 0.12 0.17 0.27 0.53 0.41 0.15 0.10 0.05 0.00 0.16 0.17 0.07 0.42 0.28 0.11
O4' 0.00 0.13 0.02 0.01 0.07 0.00 0.04 0.03 0.07 0.06 0.11 0.16 0.13 0.03 0.01 0.16 0.16 0.00 0.07 0.06 0.17 0.09 0.06
O5' 0.12 0.23 0.33 0.14 0.13 0.03 0.17 0.01 0.18 0.32 0.21 0.30 0.19 0.27 0.15 0.18 0.17 0.07 0.00 0.19 0.02 0.01 0.01
O6 0.01 0.02 0.06 0.25 0.01 0.12 0.01 0.20 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.31 0.07 0.06 0.19 0.00 0.26 0.48 0.24
OP1 0.49 0.38 0.96 0.69 0.33 0.26 0.30 0.16 0.26 0.49 0.29 0.48 0.38 0.42 0.41 0.89 0.42 0.17 0.02 0.26 0.00 0.01 0.01
OP2 0.29 0.16 0.58 0.18 0.29 0.15 0.43 0.20 0.40 0.58 0.26 0.11 0.16 0.61 0.37 0.57 0.28 0.09 0.01 0.48 0.01 0.00 0.01
P 0.25 0.16 0.62 0.31 0.12 0.07 0.22 0.02 0.19 0.42 0.14 0.26 0.12 0.40 0.24 0.52 0.11 0.06 0.01 0.24 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.45 2.56 1.49 0.83 3.51 0.45 3.08 0.26 2.46 2.18 3.25 4.02 2.20 1.60 0.67 0.85 0.24 0.51 0.12 0.11
C2 1.04 1.73 1.23 0.60 2.31 0.31 2.23 0.22 1.87 1.60 2.08 2.47 1.41 1.20 0.37 0.58 0.21 0.44 0.12 0.14
C2' 1.24 2.37 1.30 0.63 3.34 0.25 2.94 0.14 2.30 1.99 3.07 3.92 2.02 1.40 0.43 0.65 0.11 0.55 0.18 0.18
C3' 1.41 2.54 1.39 0.74 3.59 0.44 3.16 0.24 2.48 2.15 3.27 4.25 2.17 1.50 0.57 0.85 0.21 0.54 0.18 0.14
C4 1.50 2.46 1.65 0.95 3.04 0.50 2.73 0.26 2.29 2.12 2.92 3.26 2.18 1.78 0.79 0.88 0.24 0.49 0.13 0.13
C4' 1.62 2.74 1.59 0.97 3.74 0.66 3.28 0.43 2.62 2.34 3.48 4.39 2.40 1.73 0.87 1.06 0.36 0.50 0.17 0.15
C5 1.69 2.55 1.92 1.21 2.82 0.65 2.50 0.31 2.19 2.18 2.85 2.96 2.43 2.16 1.11 1.01 0.27 0.49 0.15 0.15
C5' 1.75 2.82 1.73 1.13 3.65 0.83 3.17 0.54 2.57 2.38 3.49 4.25 2.58 1.95 1.09 1.18 0.44 0.63 0.30 0.29
C6 1.57 2.21 1.90 1.23 2.35 0.64 2.12 0.29 1.91 1.94 2.40 2.42 2.15 2.14 1.11 0.95 0.26 0.46 0.17 0.17
C8 1.81 2.87 1.95 1.25 3.29 0.71 2.85 0.35 2.42 2.39 3.34 3.57 2.75 2.23 1.20 1.10 0.29 0.52 0.15 0.14
N1 1.24 1.81 1.53 0.90 2.10 0.42 1.98 0.21 1.75 1.65 2.03 2.19 1.64 1.60 0.68 0.73 0.22 0.43 0.13 0.15
N2 0.59 1.18 0.74 0.28 1.86 0.38 1.90 0.34 1.53 1.13 1.54 2.04 0.81 0.63 0.35 0.33 0.26 0.39 0.16 0.16
N3 1.18 2.05 1.30 0.66 2.82 0.35 2.64 0.23 2.15 1.84 2.53 3.06 1.68 1.32 0.45 0.66 0.22 0.47 0.12 0.13
N7 1.87 2.80 2.07 1.38 3.01 0.78 2.62 0.37 2.29 2.34 3.13 3.19 2.78 2.42 1.36 1.15 0.30 0.50 0.17 0.15
N9 1.60 2.68 1.70 1.01 3.35 0.55 2.93 0.28 2.43 2.26 3.25 3.69 2.41 1.87 0.88 0.95 0.25 0.51 0.13 0.13
O2' 1.11 2.17 1.22 0.58 3.21 0.17 2.90 0.15 2.26 1.88 2.85 3.77 1.76 1.26 0.33 0.54 0.21 0.39 0.26 0.23
O3' 1.66 2.77 1.61 0.96 3.97 0.65 3.62 0.55 2.89 2.46 3.53 4.68 2.32 1.62 0.71 1.14 0.58 0.29 0.30 0.38
O4' 1.68 2.81 1.67 1.05 3.73 0.71 3.24 0.45 2.62 2.38 3.52 4.29 2.48 1.83 0.97 1.09 0.39 0.50 0.18 0.17
O5' 1.77 2.81 1.79 1.20 3.47 0.90 2.96 0.60 2.43 2.33 3.42 3.98 2.67 2.08 1.20 1.19 0.46 0.76 0.32 0.38
O6 1.62 2.13 2.02 1.41 2.11 0.74 1.86 0.33 1.72 1.85 2.23 2.15 2.19 2.38 1.38 0.99 0.26 0.44 0.21 0.20
OP1 1.98 2.90 2.07 1.53 3.58 1.22 3.11 0.90 2.59 2.47 3.47 4.12 2.75 2.38 1.56 1.43 0.72 0.60 0.35 0.41
OP2 1.79 2.83 1.87 1.22 3.31 0.79 2.79 0.39 2.31 2.30 3.34 3.75 2.79 2.24 1.24 1.13 0.25 0.70 0.19 0.24
P 1.79 2.75 1.85 1.28 3.34 0.97 2.84 0.66 2.34 2.28 3.31 3.83 2.66 2.19 1.30 1.21 0.49 0.80 0.27 0.38

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.04 0.09 0.02 0.20 0.00 0.27 0.33 0.59 0.32
C2 0.05 0.00 0.10 0.07 0.02 0.10 0.02 0.08 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.27 0.20 0.14 0.33 0.46 0.82 0.42
C2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.03 0.02 0.09 0.10 0.12 0.03 0.08 0.04 0.17 0.01 0.02 0.01 0.44 0.55 0.91 0.58
C3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.19 0.01 0.27 0.02 0.27 0.13 0.10 0.20 0.10 0.02 0.01 0.01 0.22 0.50 0.55 0.35
C4 0.02 0.02 0.03 0.19 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.19 0.05 0.05 0.52 0.65 1.00 0.58
C4' 0.01 0.10 0.02 0.01 0.06 0.00 0.09 0.01 0.10 0.04 0.08 0.06 0.18 0.19 0.03 0.00 0.02 0.21 0.14 0.07
C5 0.01 0.02 0.09 0.27 0.00 0.09 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.18 0.15 0.11 0.60 0.67 0.98 0.61
C5' 0.03 0.08 0.10 0.02 0.08 0.01 0.13 0.00 0.12 0.03 0.07 0.09 0.16 0.09 0.11 0.02 0.01 0.15 0.05 0.02
C6 0.01 0.02 0.12 0.27 0.01 0.10 0.01 0.12 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.19 0.14 0.14 0.56 0.57 0.87 0.54
N1 0.01 0.01 0.03 0.13 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.12 0.08 0.02 0.40 0.45 0.78 0.43
N3 0.04 0.01 0.08 0.10 0.01 0.08 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.26 0.13 0.11 0.41 0.56 0.93 0.51
N4 0.04 0.03 0.04 0.20 0.01 0.06 0.01 0.09 0.01 0.02 0.03 0.00 0.05 0.20 0.07 0.05 0.54 0.70 1.05 0.61
O2 0.09 0.02 0.17 0.10 0.03 0.18 0.04 0.16 0.03 0.03 0.02 0.05 0.00 0.41 0.36 0.25 0.20 0.36 0.70 0.32
O2' 0.02 0.27 0.01 0.02 0.19 0.19 0.18 0.09 0.19 0.12 0.26 0.20 0.41 0.00 0.04 0.13 0.24 0.50 0.85 0.48
O3' 0.20 0.20 0.02 0.01 0.05 0.03 0.15 0.11 0.14 0.08 0.13 0.07 0.36 0.04 0.00 0.15 0.11 0.41 0.35 0.17
O4' 0.00 0.14 0.01 0.01 0.05 0.00 0.11 0.02 0.14 0.02 0.11 0.05 0.25 0.13 0.15 0.00 0.16 0.30 0.38 0.24
O5' 0.27 0.33 0.44 0.22 0.52 0.02 0.60 0.01 0.56 0.40 0.41 0.54 0.20 0.24 0.11 0.16 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.33 0.46 0.55 0.50 0.65 0.21 0.67 0.15 0.57 0.45 0.56 0.70 0.36 0.50 0.41 0.30 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.59 0.82 0.91 0.55 1.00 0.14 0.98 0.05 0.87 0.78 0.93 1.05 0.70 0.85 0.35 0.38 0.01 0.02 0.00 0.00
P 0.32 0.42 0.58 0.35 0.58 0.07 0.61 0.02 0.54 0.43 0.51 0.61 0.32 0.48 0.17 0.24 0.00 0.01 0.00 0.00