ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51402

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 1, 7, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.003, 0.006, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.002, 0.006, 0.009, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C4 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.007 std_dev=0.005
O6 A 0, 0.005, 0.011, 0.016, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.011 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.007 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.009 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.002, 0.008, 0.015, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.008 std_dev=0.006
N9 A 0, 0.001, 0.008, 0.016, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N2 A 0, 0.006, 0.016, 0.025, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.016 std_dev=0.009
N7 A 0, 0.001, 0.012, 0.023, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.012 std_dev=0.011
C8 A 0, 0.000, 0.013, 0.027, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.013 std_dev=0.013
O3' A 0, 0.040, 0.083, 0.126, 0.174 max_d=0.174 avg_d=0.083 std_dev=0.043
C3' A 0, 0.046, 0.100, 0.154, 0.215 max_d=0.215 avg_d=0.100 std_dev=0.054
C2' A 0, 0.047, 0.106, 0.164, 0.234 max_d=0.234 avg_d=0.106 std_dev=0.059
O4' A 0, 0.029, 0.100, 0.171, 0.297 max_d=0.297 avg_d=0.100 std_dev=0.071
O2' A 0, 0.089, 0.195, 0.302, 0.459 max_d=0.459 avg_d=0.195 std_dev=0.107
C4' A 0, 0.018, 0.131, 0.244, 0.430 max_d=0.430 avg_d=0.131 std_dev=0.113
C5' A 0, 0.038, 0.241, 0.444, 0.791 max_d=0.791 avg_d=0.241 std_dev=0.203
OP2 B 0, 0.179, 0.387, 0.596, 1.006 max_d=1.006 avg_d=0.387 std_dev=0.209
O5' B 0, 0.241, 0.460, 0.679, 0.980 max_d=0.980 avg_d=0.460 std_dev=0.219
C2' B 0, 0.222, 0.445, 0.668, 0.935 max_d=0.935 avg_d=0.445 std_dev=0.223
P B 0, 0.205, 0.441, 0.676, 1.114 max_d=1.114 avg_d=0.441 std_dev=0.236
C1' B 0, 0.210, 0.461, 0.712, 1.024 max_d=1.024 avg_d=0.461 std_dev=0.251
N1 B 0, 0.102, 0.360, 0.619, 0.879 max_d=0.879 avg_d=0.360 std_dev=0.258
C3' B 0, 0.298, 0.562, 0.825, 1.059 max_d=1.059 avg_d=0.562 std_dev=0.264
OP1 B 0, 0.233, 0.500, 0.766, 1.267 max_d=1.267 avg_d=0.500 std_dev=0.267
OP1 A 0, 0.204, 0.484, 0.764, 1.192 max_d=1.192 avg_d=0.484 std_dev=0.280
O4' B 0, 0.258, 0.542, 0.825, 1.063 max_d=1.063 avg_d=0.542 std_dev=0.283
O2 B 0, 0.249, 0.534, 0.818, 1.195 max_d=1.195 avg_d=0.534 std_dev=0.285
C2 B 0, 0.127, 0.414, 0.702, 1.154 max_d=1.154 avg_d=0.414 std_dev=0.288
P A 0, 0.198, 0.489, 0.779, 1.226 max_d=1.226 avg_d=0.489 std_dev=0.291
C6 B 0, 0.094, 0.392, 0.690, 1.109 max_d=1.109 avg_d=0.392 std_dev=0.298
O5' A 0, 0.096, 0.399, 0.702, 1.240 max_d=1.240 avg_d=0.399 std_dev=0.303
C4' B 0, 0.305, 0.609, 0.913, 1.076 max_d=1.076 avg_d=0.609 std_dev=0.304
C5' B 0, 0.327, 0.631, 0.935, 1.210 max_d=1.210 avg_d=0.631 std_dev=0.304
O2' B 0, 0.237, 0.559, 0.881, 1.308 max_d=1.308 avg_d=0.559 std_dev=0.322
OP2 A 0, 0.237, 0.588, 0.939, 1.392 max_d=1.392 avg_d=0.588 std_dev=0.351
C5 B 0, 0.105, 0.457, 0.808, 1.557 max_d=1.557 avg_d=0.457 std_dev=0.352
N3 B 0, 0.054, 0.433, 0.812, 1.572 max_d=1.572 avg_d=0.433 std_dev=0.379
C4 B 0, 0.030, 0.438, 0.847, 1.746 max_d=1.746 avg_d=0.438 std_dev=0.409
O3' B 0, 0.320, 0.745, 1.170, 1.658 max_d=1.658 avg_d=0.745 std_dev=0.425
N4 B 0, 0.038, 0.558, 1.078, 2.230 max_d=2.230 avg_d=0.558 std_dev=0.520

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.15 0.20 0.10
C2 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.06 0.05 0.05 0.00 0.12 0.21 0.10
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.08 0.02 0.15 0.19 0.09
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.01 0.13 0.12 0.06
C4 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.06 0.01 0.13 0.21 0.10
C4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.05 0.04 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.10 0.05
C5 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.08 0.01 0.13 0.20 0.10
C5' 0.02 0.03 0.02 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.05 0.09 0.04 0.04 0.03 0.09 0.05 0.02 0.01 0.01 0.00 0.07 0.09 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02 0.08 0.00 0.12 0.19 0.10
C8 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.03 0.09 0.01 0.15 0.22 0.11
N1 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.05 0.03 0.07 0.00 0.12 0.20 0.10
N2 0.02 0.00 0.03 0.03 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.07 0.06 0.05 0.01 0.12 0.21 0.10
N3 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.05 0.04 0.05 0.00 0.13 0.21 0.10
N7 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.02 0.09 0.01 0.14 0.20 0.10
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.06 0.01 0.15 0.21 0.11
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.04 0.06 0.05 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.09 0.04 0.13 0.20 0.08
O3' 0.02 0.06 0.01 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.07 0.05 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.05 0.04 0.12 0.13 0.06
O4' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.06 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.15 0.17 0.10
O5' 0.04 0.05 0.08 0.07 0.06 0.01 0.08 0.00 0.08 0.09 0.07 0.05 0.05 0.09 0.06 0.09 0.05 0.03 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.08 0.00 0.13 0.18 0.09
OP1 0.15 0.12 0.15 0.13 0.13 0.13 0.13 0.09 0.12 0.15 0.12 0.12 0.13 0.14 0.15 0.13 0.12 0.15 0.01 0.13 0.00 0.00 0.00
OP2 0.20 0.21 0.19 0.12 0.21 0.10 0.20 0.01 0.19 0.22 0.20 0.21 0.21 0.20 0.21 0.20 0.13 0.17 0.01 0.18 0.00 0.00 0.00
P 0.10 0.10 0.09 0.06 0.10 0.05 0.10 0.01 0.10 0.11 0.10 0.10 0.10 0.10 0.11 0.08 0.06 0.10 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.18 0.23 0.23 0.19 0.12 0.14 0.21 0.16 0.21 0.17 0.26 0.11 0.31 0.34 0.27 0.16 0.15 0.13 0.16 0.12
C2 0.16 0.18 0.23 0.18 0.19 0.13 0.14 0.16 0.18 0.12 0.24 0.26 0.21 0.31 0.23 0.15 0.17 0.14 0.15 0.13
C2' 0.19 0.21 0.25 0.21 0.12 0.15 0.20 0.16 0.21 0.17 0.22 0.12 0.29 0.36 0.30 0.17 0.14 0.12 0.15 0.12
C3' 0.17 0.25 0.23 0.18 0.16 0.14 0.18 0.19 0.18 0.17 0.28 0.18 0.33 0.34 0.26 0.16 0.16 0.13 0.16 0.13
C4 0.20 0.13 0.25 0.21 0.05 0.14 0.20 0.13 0.23 0.16 0.14 0.11 0.22 0.36 0.30 0.18 0.14 0.14 0.17 0.13
C4' 0.17 0.26 0.22 0.18 0.15 0.14 0.22 0.19 0.18 0.16 0.28 0.14 0.36 0.33 0.25 0.15 0.17 0.15 0.17 0.14
C5 0.24 0.07 0.27 0.25 0.18 0.17 0.25 0.11 0.27 0.20 0.10 0.21 0.12 0.40 0.37 0.21 0.13 0.17 0.20 0.15
C5' 0.18 0.24 0.23 0.20 0.17 0.16 0.28 0.18 0.22 0.17 0.21 0.23 0.36 0.34 0.29 0.17 0.16 0.14 0.15 0.13
C6 0.24 0.08 0.29 0.27 0.16 0.18 0.20 0.11 0.24 0.18 0.15 0.19 0.10 0.41 0.38 0.21 0.13 0.19 0.21 0.17
C8 0.23 0.14 0.26 0.25 0.25 0.17 0.33 0.11 0.29 0.21 0.10 0.33 0.22 0.38 0.38 0.21 0.12 0.16 0.19 0.14
N1 0.19 0.09 0.26 0.22 0.10 0.15 0.13 0.12 0.19 0.11 0.15 0.16 0.15 0.35 0.29 0.17 0.15 0.17 0.19 0.16
N2 0.14 0.23 0.20 0.16 0.31 0.16 0.24 0.21 0.19 0.15 0.31 0.37 0.23 0.26 0.18 0.15 0.19 0.11 0.09 0.12
N3 0.17 0.21 0.23 0.18 0.19 0.14 0.13 0.17 0.19 0.14 0.28 0.26 0.25 0.32 0.24 0.16 0.16 0.12 0.14 0.12
N7 0.26 0.14 0.28 0.27 0.29 0.19 0.32 0.11 0.30 0.23 0.17 0.35 0.14 0.41 0.41 0.23 0.12 0.18 0.20 0.15
N9 0.20 0.17 0.25 0.21 0.11 0.15 0.25 0.13 0.25 0.18 0.13 0.13 0.26 0.36 0.31 0.18 0.14 0.14 0.18 0.13
O2' 0.20 0.21 0.26 0.21 0.16 0.16 0.19 0.17 0.22 0.18 0.24 0.20 0.26 0.37 0.29 0.18 0.15 0.13 0.15 0.12
O3' 0.16 0.28 0.20 0.15 0.25 0.15 0.16 0.23 0.16 0.17 0.35 0.34 0.35 0.31 0.21 0.16 0.18 0.16 0.18 0.15
O4' 0.17 0.25 0.21 0.18 0.14 0.14 0.25 0.17 0.20 0.16 0.27 0.14 0.36 0.32 0.25 0.15 0.16 0.14 0.18 0.14
O5' 0.16 0.17 0.22 0.20 0.23 0.15 0.32 0.17 0.24 0.14 0.13 0.36 0.30 0.33 0.30 0.16 0.17 0.14 0.14 0.13
O6 0.26 0.17 0.30 0.31 0.22 0.22 0.22 0.13 0.25 0.21 0.23 0.25 0.17 0.44 0.44 0.23 0.13 0.22 0.22 0.18
OP1 0.15 0.19 0.22 0.20 0.20 0.16 0.26 0.23 0.20 0.14 0.18 0.28 0.29 0.34 0.28 0.15 0.25 0.24 0.24 0.23
OP2 0.10 0.13 0.16 0.15 0.33 0.12 0.35 0.23 0.24 0.12 0.19 0.47 0.21 0.27 0.25 0.13 0.30 0.33 0.35 0.32
P 0.13 0.14 0.19 0.18 0.24 0.13 0.31 0.19 0.22 0.12 0.13 0.36 0.25 0.30 0.27 0.14 0.23 0.23 0.24 0.22

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.06 0.00 0.05 0.08 0.12 0.06
C2 0.01 0.00 0.08 0.03 0.01 0.02 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.10 0.02 0.19 0.22 0.25 0.22
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.03 0.01 0.06 0.03 0.07 0.02 0.06 0.04 0.14 0.00 0.04 0.01 0.06 0.11 0.14 0.07
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01 0.03 0.04 0.06 0.02 0.01 0.00 0.04 0.11 0.14 0.06
C4 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.05 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.01 0.21 0.21 0.28 0.25
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.06 0.03 0.03 0.06 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.09 0.02
C5 0.00 0.00 0.06 0.05 0.00 0.06 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.05 0.02 0.20 0.19 0.24 0.24
C5' 0.02 0.11 0.03 0.01 0.15 0.00 0.15 0.00 0.13 0.09 0.13 0.17 0.10 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01
C6 0.00 0.00 0.07 0.05 0.00 0.06 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.04 0.03 0.17 0.15 0.22 0.20
N1 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.01 0.12 0.12 0.16 0.13
N3 0.01 0.00 0.06 0.03 0.00 0.03 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.10 0.01 0.22 0.23 0.30 0.26
N4 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.06 0.01 0.17 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.01 0.24 0.25 0.32 0.30
O2 0.02 0.00 0.14 0.06 0.01 0.02 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.16 0.13 0.03 0.22 0.29 0.30 0.26
O2' 0.00 0.07 0.00 0.02 0.01 0.01 0.05 0.03 0.06 0.01 0.05 0.01 0.16 0.00 0.07 0.01 0.07 0.14 0.16 0.09
O3' 0.06 0.10 0.04 0.01 0.08 0.01 0.05 0.01 0.04 0.07 0.10 0.08 0.13 0.07 0.00 0.02 0.04 0.14 0.15 0.07
O4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.04 0.04 0.10 0.05
O5' 0.05 0.19 0.06 0.04 0.21 0.01 0.20 0.00 0.17 0.12 0.22 0.24 0.22 0.07 0.04 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.08 0.22 0.11 0.11 0.21 0.06 0.19 0.01 0.15 0.12 0.23 0.25 0.29 0.14 0.14 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.12 0.25 0.14 0.14 0.28 0.09 0.24 0.04 0.22 0.16 0.30 0.32 0.30 0.16 0.15 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.06 0.22 0.07 0.06 0.25 0.02 0.24 0.01 0.20 0.13 0.26 0.30 0.26 0.09 0.07 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00