ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51403

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 1, 2, 6, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.015, 0.026, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.015 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.009, 0.026, 0.043, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.026 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.010, 0.028, 0.045, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.028 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.012, 0.030, 0.047, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.030 std_dev=0.018
N3 A 0, 0.012, 0.031, 0.050, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.031 std_dev=0.019
C5 A 0, 0.007, 0.030, 0.053, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.030 std_dev=0.023
C4 A 0, 0.006, 0.031, 0.057, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.031 std_dev=0.026
N2 A 0, 0.022, 0.055, 0.088, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.055 std_dev=0.033
N9 A 0, 0.016, 0.050, 0.085, 0.122 max_d=0.122 avg_d=0.050 std_dev=0.034
O6 A 0, 0.006, 0.045, 0.083, 0.152 max_d=0.152 avg_d=0.045 std_dev=0.039
N7 A 0, -0.002, 0.049, 0.099, 0.211 max_d=0.211 avg_d=0.049 std_dev=0.051
C8 A 0, -0.003, 0.055, 0.112, 0.242 max_d=0.242 avg_d=0.055 std_dev=0.057
O4' A 0, 0.074, 0.181, 0.288, 0.406 max_d=0.406 avg_d=0.181 std_dev=0.107
C2' A 0, 0.032, 0.178, 0.325, 0.636 max_d=0.636 avg_d=0.178 std_dev=0.147
OP1 B 0, 0.190, 0.339, 0.487, 0.613 max_d=0.613 avg_d=0.339 std_dev=0.148
C3' A 0, 0.127, 0.280, 0.433, 0.503 max_d=0.503 avg_d=0.280 std_dev=0.153
OP2 B 0, 0.269, 0.444, 0.619, 0.641 max_d=0.641 avg_d=0.444 std_dev=0.175
P B 0, 0.229, 0.404, 0.580, 0.682 max_d=0.682 avg_d=0.404 std_dev=0.176
C4' A 0, 0.170, 0.391, 0.612, 0.688 max_d=0.688 avg_d=0.391 std_dev=0.221
O3' A 0, 0.273, 0.563, 0.854, 0.894 max_d=0.894 avg_d=0.563 std_dev=0.290
O5' B 0, 0.239, 0.547, 0.854, 1.089 max_d=1.089 avg_d=0.547 std_dev=0.308
O2' A 0, 0.102, 0.414, 0.725, 1.324 max_d=1.324 avg_d=0.414 std_dev=0.312
OP1 A 0, 0.385, 0.711, 1.037, 1.061 max_d=1.061 avg_d=0.711 std_dev=0.326
OP2 A 0, 0.371, 0.732, 1.093, 1.100 max_d=1.100 avg_d=0.732 std_dev=0.361
P A 0, 0.361, 0.748, 1.134, 1.194 max_d=1.194 avg_d=0.748 std_dev=0.386
C6 B 0, 0.474, 0.873, 1.272, 1.403 max_d=1.403 avg_d=0.873 std_dev=0.399
C5 B 0, 0.485, 0.907, 1.330, 1.447 max_d=1.447 avg_d=0.907 std_dev=0.422
C5' A 0, 0.326, 0.771, 1.216, 1.355 max_d=1.355 avg_d=0.771 std_dev=0.445
C5' B 0, 0.361, 0.810, 1.258, 1.421 max_d=1.421 avg_d=0.810 std_dev=0.449
C4' B 0, 0.439, 0.945, 1.451, 1.541 max_d=1.541 avg_d=0.945 std_dev=0.506
O4' B 0, 0.463, 0.978, 1.493, 1.603 max_d=1.603 avg_d=0.978 std_dev=0.515
N1 B 0, 0.513, 1.039, 1.565, 1.705 max_d=1.705 avg_d=1.039 std_dev=0.526
C3' B 0, 0.443, 0.975, 1.507, 1.613 max_d=1.613 avg_d=0.975 std_dev=0.532
O3' B 0, 0.485, 1.029, 1.572, 1.640 max_d=1.640 avg_d=1.029 std_dev=0.544
C1' B 0, 0.509, 1.059, 1.610, 1.718 max_d=1.718 avg_d=1.059 std_dev=0.550
C2' B 0, 0.515, 1.087, 1.659, 1.741 max_d=1.741 avg_d=1.087 std_dev=0.572
C4 B 0, 0.539, 1.119, 1.698, 1.801 max_d=1.801 avg_d=1.119 std_dev=0.580
N4 B 0, 0.565, 1.187, 1.809, 1.891 max_d=1.891 avg_d=1.187 std_dev=0.622
O2' B 0, 0.567, 1.194, 1.821, 1.844 max_d=1.844 avg_d=1.194 std_dev=0.627
C2 B 0, 0.544, 1.217, 1.891, 1.991 max_d=1.991 avg_d=1.217 std_dev=0.673
N3 B 0, 0.554, 1.263, 1.972, 2.066 max_d=2.066 avg_d=1.263 std_dev=0.709
O5' A 0, 0.560, 1.289, 2.019, 1.888 max_d=1.888 avg_d=1.289 std_dev=0.730
O2 B 0, 0.559, 1.329, 2.100, 2.336 max_d=2.336 avg_d=1.329 std_dev=0.771

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.07 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.01 0.00 0.01 0.13 0.01 0.17 0.02 0.26 0.21 0.11
C2 0.04 0.00 0.05 0.04 0.01 0.05 0.01 0.15 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.12 0.15 0.08 0.41 0.02 0.33 0.33 0.26
C2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.12 0.05 0.10 0.03 0.09 0.06 0.10 0.03 0.00 0.04 0.02 0.17 0.07 0.18 0.15 0.13
C3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.26 0.03 0.06 0.12 0.22
C4 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.13 0.05 0.30 0.02 0.32 0.32 0.23
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.05 0.00 0.07 0.01 0.07 0.08 0.07 0.05 0.04 0.09 0.05 0.05 0.04 0.01 0.02 0.09 0.13 0.14 0.13
C5 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.07 0.00 0.24 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.14 0.13 0.05 0.26 0.02 0.35 0.37 0.26
C5' 0.07 0.15 0.12 0.02 0.19 0.01 0.24 0.00 0.24 0.27 0.20 0.12 0.13 0.29 0.19 0.08 0.15 0.02 0.01 0.27 0.35 0.15 0.01
C6 0.02 0.02 0.05 0.02 0.01 0.07 0.01 0.24 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.13 0.14 0.06 0.31 0.01 0.37 0.40 0.29
C8 0.02 0.01 0.10 0.02 0.01 0.08 0.01 0.27 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.21 0.11 0.03 0.15 0.04 0.32 0.32 0.20
N1 0.03 0.01 0.03 0.03 0.01 0.07 0.01 0.20 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.08 0.14 0.08 0.38 0.01 0.35 0.37 0.29
N2 0.05 0.01 0.09 0.05 0.01 0.05 0.02 0.12 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.17 0.16 0.09 0.45 0.02 0.31 0.31 0.26
N3 0.04 0.01 0.06 0.04 0.01 0.04 0.02 0.13 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.13 0.15 0.07 0.37 0.03 0.31 0.30 0.23
N7 0.01 0.02 0.10 0.02 0.01 0.09 0.01 0.29 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.22 0.12 0.05 0.18 0.04 0.35 0.37 0.24
N9 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.05 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.08 0.12 0.03 0.21 0.03 0.31 0.30 0.20
O2' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.08 0.05 0.14 0.08 0.13 0.21 0.08 0.17 0.13 0.22 0.08 0.00 0.04 0.02 0.19 0.17 0.10 0.12 0.12
O3' 0.13 0.15 0.04 0.01 0.13 0.04 0.13 0.15 0.14 0.11 0.14 0.16 0.15 0.12 0.12 0.04 0.00 0.12 0.27 0.14 0.21 0.25 0.34
O4' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.06 0.03 0.08 0.09 0.07 0.05 0.03 0.02 0.12 0.00 0.33 0.07 0.32 0.21 0.17
O5' 0.17 0.41 0.17 0.26 0.30 0.02 0.26 0.01 0.31 0.15 0.38 0.45 0.37 0.18 0.21 0.19 0.27 0.33 0.00 0.30 0.02 0.02 0.00
O6 0.02 0.02 0.07 0.03 0.02 0.09 0.02 0.27 0.01 0.04 0.01 0.02 0.03 0.04 0.03 0.17 0.14 0.07 0.30 0.00 0.38 0.43 0.32
OP1 0.26 0.33 0.18 0.06 0.32 0.13 0.35 0.35 0.37 0.32 0.35 0.31 0.31 0.35 0.31 0.10 0.21 0.32 0.02 0.38 0.00 0.01 0.01
OP2 0.21 0.33 0.15 0.12 0.32 0.14 0.37 0.15 0.40 0.32 0.37 0.31 0.30 0.37 0.30 0.12 0.25 0.21 0.02 0.43 0.01 0.00 0.00
P 0.11 0.26 0.13 0.22 0.23 0.13 0.26 0.01 0.29 0.20 0.29 0.26 0.23 0.24 0.20 0.12 0.34 0.17 0.00 0.32 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.17 0.10 0.11 0.22 0.08 0.19 0.09 0.14 0.13 0.21 0.27 0.17 0.14 0.17 0.11 0.09 0.11 0.13 0.09
C2 0.11 0.14 0.07 0.08 0.20 0.10 0.20 0.13 0.16 0.13 0.17 0.24 0.12 0.13 0.14 0.15 0.13 0.15 0.16 0.14
C2' 0.15 0.22 0.16 0.17 0.26 0.13 0.23 0.13 0.18 0.17 0.26 0.32 0.22 0.20 0.24 0.14 0.12 0.13 0.17 0.11
C3' 0.11 0.18 0.12 0.12 0.24 0.10 0.20 0.11 0.16 0.14 0.23 0.29 0.18 0.18 0.19 0.11 0.10 0.12 0.15 0.09
C4 0.10 0.16 0.09 0.10 0.20 0.07 0.18 0.09 0.14 0.13 0.19 0.24 0.16 0.11 0.16 0.11 0.09 0.11 0.13 0.09
C4' 0.07 0.14 0.07 0.09 0.18 0.04 0.15 0.05 0.12 0.10 0.17 0.22 0.13 0.13 0.15 0.07 0.06 0.09 0.10 0.07
C5 0.10 0.16 0.10 0.11 0.19 0.06 0.16 0.06 0.13 0.13 0.19 0.23 0.16 0.09 0.17 0.10 0.06 0.08 0.10 0.07
C5' 0.23 0.26 0.18 0.17 0.29 0.18 0.29 0.18 0.27 0.25 0.28 0.31 0.25 0.11 0.13 0.23 0.20 0.18 0.19 0.20
C6 0.10 0.15 0.11 0.13 0.17 0.06 0.15 0.06 0.12 0.12 0.16 0.20 0.15 0.09 0.18 0.10 0.06 0.07 0.09 0.06
C8 0.12 0.19 0.12 0.12 0.23 0.06 0.19 0.06 0.15 0.15 0.22 0.27 0.19 0.11 0.17 0.11 0.07 0.09 0.11 0.08
N1 0.09 0.12 0.06 0.09 0.17 0.06 0.16 0.07 0.13 0.10 0.15 0.21 0.11 0.09 0.16 0.11 0.08 0.09 0.13 0.09
N2 0.16 0.17 0.11 0.10 0.23 0.16 0.24 0.20 0.21 0.17 0.20 0.26 0.14 0.19 0.13 0.20 0.19 0.20 0.18 0.19
N3 0.12 0.16 0.09 0.09 0.21 0.11 0.20 0.13 0.16 0.14 0.19 0.25 0.15 0.15 0.15 0.15 0.13 0.15 0.16 0.13
N7 0.13 0.20 0.13 0.13 0.22 0.07 0.19 0.06 0.16 0.16 0.22 0.25 0.20 0.10 0.18 0.12 0.07 0.08 0.10 0.07
N9 0.10 0.17 0.10 0.10 0.21 0.07 0.18 0.08 0.14 0.13 0.21 0.26 0.17 0.12 0.16 0.11 0.08 0.11 0.13 0.09
O2' 0.24 0.31 0.26 0.26 0.36 0.25 0.33 0.24 0.28 0.27 0.35 0.43 0.31 0.31 0.34 0.24 0.21 0.18 0.25 0.19
O3' 0.18 0.20 0.15 0.15 0.28 0.19 0.28 0.21 0.24 0.20 0.24 0.34 0.16 0.21 0.18 0.21 0.19 0.20 0.21 0.17
O4' 0.09 0.14 0.07 0.09 0.18 0.06 0.16 0.07 0.13 0.11 0.17 0.22 0.14 0.08 0.11 0.10 0.07 0.10 0.10 0.07
O5' 0.43 0.39 0.43 0.42 0.37 0.47 0.37 0.47 0.38 0.39 0.38 0.38 0.40 0.53 0.48 0.46 0.44 0.50 0.41 0.43
O6 0.15 0.17 0.17 0.18 0.16 0.12 0.15 0.12 0.15 0.16 0.17 0.18 0.17 0.14 0.23 0.13 0.10 0.10 0.07 0.10
OP1 0.33 0.34 0.32 0.31 0.39 0.33 0.38 0.33 0.35 0.33 0.37 0.43 0.33 0.38 0.34 0.34 0.37 0.41 0.43 0.38
OP2 0.31 0.34 0.29 0.28 0.39 0.29 0.38 0.30 0.35 0.32 0.37 0.43 0.31 0.33 0.30 0.31 0.35 0.40 0.44 0.38
P 0.29 0.30 0.27 0.26 0.34 0.29 0.33 0.29 0.31 0.29 0.32 0.37 0.28 0.34 0.28 0.31 0.32 0.37 0.37 0.34

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.05 0.02 0.03 0.01 0.06 0.07 0.10 0.06
C2 0.03 0.00 0.06 0.06 0.02 0.04 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.09 0.07 0.03 0.06 0.09 0.14 0.09
C2' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.03 0.03 0.04 0.02 0.04 0.01 0.05 0.03 0.09 0.01 0.02 0.01 0.08 0.12 0.15 0.10
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.10 0.01 0.11 0.02 0.11 0.06 0.08 0.11 0.08 0.01 0.01 0.01 0.11 0.16 0.15 0.13
C4 0.02 0.02 0.03 0.10 0.00 0.06 0.00 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.05 0.10 0.04 0.05 0.08 0.11 0.08
C4' 0.01 0.04 0.03 0.01 0.06 0.00 0.08 0.01 0.07 0.04 0.05 0.07 0.05 0.07 0.05 0.01 0.02 0.06 0.05 0.03
C5 0.03 0.02 0.04 0.11 0.00 0.08 0.00 0.06 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.13 0.06 0.07 0.07 0.10 0.08
C5' 0.02 0.03 0.02 0.02 0.05 0.01 0.06 0.00 0.05 0.03 0.03 0.07 0.05 0.07 0.06 0.02 0.01 0.05 0.04 0.02
C6 0.03 0.01 0.04 0.11 0.02 0.07 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.12 0.05 0.05 0.06 0.09 0.07
N1 0.01 0.01 0.01 0.06 0.02 0.04 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.06 0.02 0.05 0.07 0.11 0.07
N3 0.02 0.01 0.05 0.08 0.01 0.05 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.08 0.08 0.03 0.05 0.09 0.13 0.08
N4 0.02 0.02 0.03 0.11 0.00 0.07 0.01 0.07 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.05 0.12 0.05 0.07 0.10 0.13 0.10
O2 0.05 0.01 0.09 0.08 0.02 0.05 0.02 0.05 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.14 0.10 0.05 0.08 0.12 0.15 0.10
O2' 0.02 0.09 0.01 0.01 0.05 0.07 0.02 0.07 0.03 0.03 0.08 0.05 0.14 0.00 0.04 0.04 0.05 0.13 0.12 0.07
O3' 0.03 0.07 0.02 0.01 0.10 0.05 0.13 0.06 0.12 0.06 0.08 0.12 0.10 0.04 0.00 0.04 0.13 0.21 0.18 0.16
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.06 0.02 0.05 0.02 0.03 0.05 0.05 0.04 0.04 0.00 0.08 0.06 0.06 0.07
O5' 0.06 0.06 0.08 0.11 0.05 0.02 0.07 0.01 0.05 0.05 0.05 0.07 0.08 0.05 0.13 0.08 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.07 0.09 0.12 0.16 0.08 0.06 0.07 0.05 0.06 0.07 0.09 0.10 0.12 0.13 0.21 0.06 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.10 0.14 0.15 0.15 0.11 0.05 0.10 0.04 0.09 0.11 0.13 0.13 0.15 0.12 0.18 0.06 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.06 0.09 0.10 0.13 0.08 0.03 0.08 0.02 0.07 0.07 0.08 0.10 0.10 0.07 0.16 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00