Doublet Group distance statistics: 51404

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 4, 0, 2, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C2	A	0, 0.013, 0.021, 0.029, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.021 std_dev=0.008
C1'	A	0, 0.014, 0.033, 0.053, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.033 std_dev=0.019
C6	A	0, 0.010, 0.030, 0.049, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.030 std_dev=0.019
N2	A	0, 0.038, 0.063, 0.088, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.063 std_dev=0.025
N3	A	0, 0.016, 0.041, 0.067, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.041 std_dev=0.026
N1	A	0, 0.000, 0.031, 0.062, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.031 std_dev=0.031
C5	A	0, 0.012, 0.046, 0.081, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.046 std_dev=0.035
C4	A	0, 0.006, 0.054, 0.102, 0.144 max_d=0.144 avg_d=0.054 std_dev=0.048
N9	A	0, 0.008, 0.059, 0.111, 0.154 max_d=0.154 avg_d=0.059 std_dev=0.052
O6	A	0, 0.032, 0.097, 0.161, 0.200 max_d=0.200 avg_d=0.097 std_dev=0.065
N7	A	0, 0.025, 0.099, 0.174, 0.225 max_d=0.225 avg_d=0.099 std_dev=0.075
C8	A	0, 0.020, 0.115, 0.210, 0.276 max_d=0.276 avg_d=0.115 std_dev=0.095
O4'	A	0, 0.015, 0.214, 0.413, 0.609 max_d=0.609 avg_d=0.214 std_dev=0.199
OP2	A	0, 0.116, 0.332, 0.548, 0.669 max_d=0.669 avg_d=0.332 std_dev=0.216
P	B	0, 0.129, 0.365, 0.600, 0.768 max_d=0.768 avg_d=0.365 std_dev=0.235
OP1	B	0, 0.206, 0.458, 0.710, 0.930 max_d=0.930 avg_d=0.458 std_dev=0.252
P	A	0, 0.088, 0.352, 0.616, 0.777 max_d=0.777 avg_d=0.352 std_dev=0.264
O5'	A	0, 0.057, 0.332, 0.607, 0.913 max_d=0.913 avg_d=0.332 std_dev=0.275
C4'	A	0, 0.003, 0.302, 0.601, 1.048 max_d=1.048 avg_d=0.302 std_dev=0.299
OP2	B	0, 0.067, 0.367, 0.668, 1.004 max_d=1.004 avg_d=0.367 std_dev=0.300
C5'	B	0, 0.152, 0.475, 0.799, 0.919 max_d=0.919 avg_d=0.475 std_dev=0.324
OP1	A	0, 0.093, 0.423, 0.752, 1.112 max_d=1.112 avg_d=0.423 std_dev=0.330
O5'	B	0, 0.139, 0.472, 0.805, 0.989 max_d=0.989 avg_d=0.472 std_dev=0.333
C3'	A	0, 0.003, 0.341, 0.678, 1.196 max_d=1.196 avg_d=0.341 std_dev=0.337
C2'	A	0, -0.024, 0.325, 0.674, 0.887 max_d=0.887 avg_d=0.325 std_dev=0.349
C5'	A	0, 0.017, 0.397, 0.778, 1.226 max_d=1.226 avg_d=0.397 std_dev=0.381
C4'	B	0, 0.213, 0.639, 1.065, 1.245 max_d=1.245 avg_d=0.639 std_dev=0.426
O2	B	0, 0.238, 0.676, 1.113, 1.382 max_d=1.382 avg_d=0.676 std_dev=0.437
C2	B	0, 0.233, 0.675, 1.116, 1.320 max_d=1.320 avg_d=0.675 std_dev=0.441
N3	B	0, 0.273, 0.715, 1.158, 1.386 max_d=1.386 avg_d=0.715 std_dev=0.442
O4'	B	0, 0.220, 0.665, 1.110, 1.270 max_d=1.270 avg_d=0.665 std_dev=0.445
C3'	B	0, 0.239, 0.699, 1.160, 1.545 max_d=1.545 avg_d=0.699 std_dev=0.460
C4	B	0, 0.296, 0.780, 1.265, 1.435 max_d=1.435 avg_d=0.780 std_dev=0.484
N1	B	0, 0.203, 0.699, 1.195, 1.366 max_d=1.366 avg_d=0.699 std_dev=0.496
N4	B	0, 0.359, 0.861, 1.364, 1.478 max_d=1.478 avg_d=0.861 std_dev=0.503
C1'	B	0, 0.220, 0.731, 1.243, 1.349 max_d=1.349 avg_d=0.731 std_dev=0.511
C2'	B	0, 0.279, 0.805, 1.331, 1.708 max_d=1.708 avg_d=0.805 std_dev=0.526
O3'	B	0, 0.239, 0.785, 1.332, 1.859 max_d=1.859 avg_d=0.785 std_dev=0.547
C5	B	0, 0.255, 0.818, 1.380, 1.596 max_d=1.596 avg_d=0.818 std_dev=0.563
C6	B	0, 0.203, 0.771, 1.340, 1.581 max_d=1.581 avg_d=0.771 std_dev=0.569
O2'	B	0, 0.333, 0.950, 1.568, 2.039 max_d=2.039 avg_d=0.950 std_dev=0.618
O3'	A	0, -0.106, 0.537, 1.180, 2.160 max_d=2.160 avg_d=0.537 std_dev=0.643
O2'	A	0, -0.116, 0.683, 1.481, 2.056 max_d=2.056 avg_d=0.683 std_dev=0.798

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.03	0.01	0.01	0.01	0.06	0.02	0.01	0.02	0.02	0.02	0.01	0.01	0.03	0.25	0.00	0.13	0.02	0.17	0.17	0.13
C2	0.02	0.00	0.16	0.15	0.01	0.04	0.00	0.07	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.25	0.23	0.09	0.08	0.01	0.10	0.10	0.08
C2'	0.00	0.16	0.00	0.00	0.07	0.03	0.03	0.15	0.03	0.14	0.09	0.21	0.18	0.12	0.02	0.01	0.03	0.01	0.34	0.05	0.43	0.48	0.40
C3'	0.03	0.15	0.00	0.00	0.18	0.01	0.23	0.01	0.23	0.24	0.19	0.12	0.13	0.26	0.17	0.02	0.01	0.03	0.04	0.25	0.16	0.08	0.07
C4	0.01	0.01	0.07	0.18	0.00	0.05	0.00	0.06	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.23	0.15	0.05	0.07	0.01	0.10	0.11	0.08
C4'	0.01	0.04	0.03	0.01	0.05	0.00	0.09	0.01	0.09	0.12	0.06	0.04	0.03	0.12	0.06	0.27	0.03	0.00	0.01	0.11	0.09	0.03	0.03
C5	0.01	0.00	0.03	0.23	0.00	0.09	0.00	0.09	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.34	0.15	0.03	0.08	0.01	0.09	0.08	0.07
C5'	0.06	0.07	0.15	0.01	0.06	0.01	0.09	0.00	0.09	0.10	0.07	0.07	0.07	0.10	0.06	0.14	0.20	0.01	0.01	0.10	0.07	0.02	0.02
C6	0.02	0.01	0.03	0.23	0.01	0.09	0.01	0.09	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.37	0.16	0.04	0.09	0.01	0.09	0.07	0.07
C8	0.01	0.01	0.14	0.24	0.01	0.12	0.00	0.10	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.28	0.18	0.07	0.10	0.01	0.10	0.10	0.08
N1	0.02	0.00	0.09	0.19	0.01	0.06	0.01	0.07	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.32	0.18	0.06	0.07	0.01	0.08	0.08	0.07
N2	0.02	0.00	0.21	0.12	0.01	0.04	0.01	0.07	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.25	0.28	0.11	0.08	0.01	0.10	0.11	0.08
N3	0.02	0.00	0.18	0.13	0.00	0.03	0.00	0.07	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.21	0.23	0.10	0.08	0.01	0.11	0.12	0.09
N7	0.01	0.01	0.12	0.26	0.01	0.12	0.00	0.10	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.36	0.20	0.06	0.11	0.01	0.10	0.08	0.08
N9	0.01	0.01	0.02	0.17	0.01	0.06	0.01	0.06	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.18	0.13	0.02	0.08	0.02	0.11	0.13	0.09
O2'	0.03	0.25	0.01	0.02	0.23	0.27	0.34	0.14	0.37	0.28	0.32	0.25	0.21	0.36	0.18	0.00	0.06	0.18	0.25	0.43	0.38	0.52	0.34
O3'	0.25	0.23	0.03	0.01	0.15	0.03	0.15	0.20	0.16	0.18	0.18	0.28	0.23	0.20	0.13	0.06	0.00	0.16	0.21	0.19	0.32	0.26	0.26
O4'	0.00	0.09	0.01	0.03	0.05	0.00	0.03	0.01	0.04	0.07	0.06	0.11	0.10	0.06	0.02	0.18	0.16	0.00	0.05	0.04	0.07	0.09	0.06
O5'	0.13	0.08	0.34	0.04	0.07	0.01	0.08	0.01	0.09	0.10	0.07	0.08	0.08	0.11	0.08	0.25	0.21	0.05	0.00	0.11	0.02	0.02	0.01
O6	0.02	0.01	0.05	0.25	0.01	0.11	0.01	0.10	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.43	0.19	0.04	0.11	0.00	0.10	0.07	0.09
OP1	0.17	0.10	0.43	0.16	0.10	0.09	0.09	0.07	0.09	0.10	0.08	0.10	0.11	0.10	0.11	0.38	0.32	0.07	0.02	0.10	0.00	0.01	0.01
OP2	0.17	0.10	0.48	0.08	0.11	0.03	0.08	0.02	0.07	0.10	0.08	0.11	0.12	0.08	0.13	0.52	0.26	0.09	0.02	0.07	0.01	0.00	0.00
P	0.13	0.08	0.40	0.07	0.08	0.03	0.07	0.02	0.07	0.08	0.07	0.08	0.09	0.08	0.09	0.34	0.26	0.06	0.01	0.09	0.01	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.15	0.17	0.19	0.18	0.20	0.12	0.23	0.10	0.21	0.16	0.19	0.23	0.23	0.19	0.18	0.11	0.05	0.19	0.08	0.10
C2	0.12	0.11	0.14	0.14	0.18	0.11	0.23	0.10	0.22	0.14	0.13	0.20	0.18	0.14	0.13	0.10	0.08	0.17	0.13	0.10
C2'	0.35	0.43	0.38	0.36	0.44	0.29	0.44	0.27	0.42	0.40	0.45	0.46	0.48	0.36	0.33	0.30	0.19	0.19	0.12	0.16
C3'	0.24	0.26	0.25	0.23	0.27	0.21	0.30	0.20	0.30	0.26	0.26	0.28	0.31	0.25	0.22	0.22	0.19	0.24	0.19	0.19
C4	0.12	0.12	0.15	0.15	0.18	0.12	0.24	0.11	0.22	0.14	0.14	0.21	0.18	0.16	0.16	0.10	0.06	0.15	0.06	0.07
C4'	0.14	0.17	0.16	0.15	0.20	0.11	0.22	0.09	0.21	0.16	0.20	0.24	0.23	0.16	0.14	0.11	0.08	0.19	0.10	0.11
C5	0.14	0.11	0.18	0.19	0.19	0.16	0.25	0.14	0.24	0.15	0.13	0.21	0.17	0.20	0.22	0.13	0.10	0.14	0.07	0.07
C5'	0.11	0.15	0.13	0.12	0.19	0.08	0.22	0.06	0.20	0.13	0.18	0.23	0.20	0.13	0.13	0.08	0.06	0.19	0.09	0.10
C6	0.17	0.13	0.21	0.22	0.20	0.19	0.26	0.17	0.25	0.17	0.14	0.21	0.19	0.22	0.26	0.16	0.13	0.13	0.09	0.08
C8	0.13	0.12	0.17	0.18	0.19	0.14	0.24	0.12	0.23	0.14	0.14	0.22	0.17	0.19	0.20	0.11	0.08	0.14	0.06	0.06
N1	0.14	0.12	0.17	0.18	0.19	0.15	0.25	0.14	0.24	0.16	0.14	0.21	0.19	0.17	0.20	0.13	0.09	0.14	0.07	0.07
N2	0.14	0.12	0.15	0.14	0.17	0.13	0.22	0.12	0.21	0.14	0.13	0.19	0.19	0.16	0.13	0.12	0.13	0.20	0.22	0.16
N3	0.14	0.14	0.15	0.15	0.19	0.12	0.24	0.11	0.22	0.15	0.15	0.21	0.19	0.16	0.14	0.11	0.08	0.17	0.11	0.10
N7	0.15	0.11	0.20	0.21	0.19	0.17	0.25	0.15	0.24	0.15	0.13	0.21	0.17	0.22	0.25	0.14	0.12	0.13	0.09	0.07
N9	0.13	0.13	0.16	0.16	0.19	0.12	0.23	0.10	0.22	0.15	0.15	0.22	0.19	0.17	0.16	0.10	0.06	0.16	0.06	0.07
O2'	0.21	0.35	0.30	0.28	0.33	0.20	0.29	0.21	0.26	0.26	0.38	0.36	0.44	0.27	0.26	0.17	0.28	0.53	0.36	0.39
O3'	0.18	0.22	0.17	0.18	0.23	0.17	0.24	0.17	0.21	0.17	0.25	0.27	0.29	0.16	0.20	0.18	0.19	0.29	0.22	0.23
O4'	0.11	0.14	0.14	0.13	0.19	0.09	0.21	0.07	0.18	0.12	0.17	0.23	0.19	0.14	0.13	0.07	0.07	0.19	0.10	0.11
O5'	0.09	0.13	0.11	0.12	0.18	0.08	0.22	0.07	0.19	0.11	0.17	0.23	0.20	0.12	0.14	0.06	0.06	0.18	0.08	0.08
O6	0.23	0.17	0.27	0.28	0.22	0.25	0.29	0.22	0.29	0.21	0.17	0.23	0.22	0.29	0.34	0.21	0.19	0.13	0.15	0.13
OP1	0.12	0.17	0.14	0.14	0.24	0.09	0.27	0.09	0.23	0.15	0.22	0.30	0.23	0.14	0.15	0.08	0.09	0.17	0.10	0.09
OP2	0.09	0.14	0.14	0.16	0.19	0.13	0.23	0.10	0.20	0.10	0.17	0.24	0.23	0.16	0.20	0.08	0.08	0.15	0.09	0.08
P	0.08	0.13	0.11	0.12	0.19	0.08	0.23	0.07	0.20	0.11	0.17	0.24	0.21	0.13	0.15	0.05	0.06	0.16	0.08	0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.03	0.03	0.02	0.02	0.00	0.06	0.08	0.08	0.05
C2	0.02	0.00	0.06	0.03	0.02	0.07	0.01	0.14	0.01	0.01	0.01	0.02	0.00	0.06	0.05	0.09	0.24	0.15	0.22	0.18
C2'	0.00	0.06	0.00	0.00	0.02	0.01	0.06	0.01	0.06	0.02	0.04	0.02	0.12	0.01	0.02	0.01	0.04	0.05	0.10	0.03
C3'	0.01	0.03	0.00	0.00	0.02	0.01	0.02	0.02	0.02	0.02	0.03	0.02	0.04	0.02	0.01	0.01	0.02	0.03	0.11	0.02
C4	0.02	0.02	0.02	0.02	0.00	0.04	0.01	0.09	0.01	0.02	0.00	0.00	0.02	0.02	0.03	0.05	0.16	0.19	0.13	0.14
C4'	0.01	0.07	0.01	0.01	0.04	0.00	0.06	0.01	0.06	0.01	0.05	0.05	0.14	0.05	0.03	0.00	0.01	0.03	0.10	0.02
C5	0.01	0.01	0.06	0.02	0.01	0.06	0.00	0.10	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.07	0.03	0.07	0.15	0.31	0.16	0.20
C5'	0.01	0.14	0.01	0.02	0.09	0.01	0.10	0.00	0.09	0.04	0.13	0.11	0.27	0.04	0.04	0.01	0.01	0.02	0.09	0.02
C6	0.01	0.01	0.06	0.02	0.01	0.06	0.00	0.09	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.08	0.03	0.09	0.14	0.29	0.14	0.20
N1	0.01	0.01	0.02	0.02	0.02	0.01	0.01	0.04	0.00	0.00	0.01	0.02	0.01	0.01	0.02	0.01	0.11	0.12	0.10	0.08
N3	0.02	0.01	0.04	0.03	0.00	0.05	0.01	0.13	0.01	0.01	0.00	0.02	0.01	0.04	0.05	0.07	0.23	0.16	0.20	0.17
N4	0.03	0.02	0.02	0.02	0.00	0.05	0.01	0.11	0.01	0.02	0.02	0.00	0.03	0.03	0.03	0.06	0.17	0.22	0.15	0.16
O2	0.03	0.00	0.12	0.04	0.02	0.14	0.01	0.27	0.01	0.01	0.01	0.03	0.00	0.13	0.08	0.17	0.38	0.32	0.39	0.35
O2'	0.02	0.06	0.01	0.02	0.02	0.05	0.07	0.04	0.08	0.01	0.04	0.03	0.13	0.00	0.05	0.04	0.06	0.08	0.08	0.06
O3'	0.02	0.05	0.02	0.01	0.03	0.03	0.03	0.04	0.03	0.02	0.05	0.03	0.08	0.05	0.00	0.03	0.05	0.05	0.12	0.04
O4'	0.00	0.09	0.01	0.01	0.05	0.00	0.07	0.01	0.09	0.01	0.07	0.06	0.17	0.04	0.03	0.00	0.06	0.07	0.08	0.04
O5'	0.06	0.24	0.04	0.02	0.16	0.01	0.15	0.01	0.14	0.11	0.23	0.17	0.38	0.06	0.05	0.06	0.00	0.01	0.02	0.01
OP1	0.08	0.15	0.05	0.03	0.19	0.03	0.31	0.02	0.29	0.12	0.16	0.22	0.32	0.08	0.05	0.07	0.01	0.00	0.01	0.01
OP2	0.08	0.22	0.10	0.11	0.13	0.10	0.16	0.09	0.14	0.10	0.20	0.15	0.39	0.08	0.12	0.08	0.02	0.01	0.00	0.01
P	0.05	0.18	0.03	0.02	0.14	0.02	0.20	0.02	0.20	0.08	0.17	0.16	0.35	0.06	0.04	0.04	0.01	0.01	0.01	0.00