ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51405

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 2, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.003, 0.006, 0.010, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.004, 0.009, 0.013, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.003, 0.008, 0.014, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.008 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.003, 0.010, 0.016, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.010 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.002, 0.009, 0.016, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.011 std_dev=0.008
N9 A 0, 0.005, 0.014, 0.024, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.014 std_dev=0.010
N2 A 0, 0.007, 0.017, 0.028, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.010
N7 A 0, 0.007, 0.019, 0.032, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.019 std_dev=0.013
O6 A 0, 0.009, 0.022, 0.036, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.022 std_dev=0.013
C8 A 0, 0.009, 0.024, 0.039, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.024 std_dev=0.015
O3' A 0, 0.042, 0.094, 0.146, 0.184 max_d=0.184 avg_d=0.094 std_dev=0.052
C3' A 0, 0.038, 0.094, 0.151, 0.181 max_d=0.181 avg_d=0.094 std_dev=0.057
C2' A 0, 0.009, 0.082, 0.155, 0.227 max_d=0.227 avg_d=0.082 std_dev=0.073
O4' A 0, 0.013, 0.096, 0.178, 0.278 max_d=0.278 avg_d=0.096 std_dev=0.083
C4' A 0, 0.028, 0.136, 0.244, 0.385 max_d=0.385 avg_d=0.136 std_dev=0.108
O5' A 0, 0.062, 0.174, 0.286, 0.398 max_d=0.398 avg_d=0.174 std_dev=0.112
P A 0, 0.069, 0.203, 0.338, 0.477 max_d=0.477 avg_d=0.203 std_dev=0.135
O2' A 0, 0.005, 0.141, 0.276, 0.386 max_d=0.386 avg_d=0.141 std_dev=0.136
OP1 A 0, 0.100, 0.246, 0.391, 0.510 max_d=0.510 avg_d=0.246 std_dev=0.145
P B 0, 0.224, 0.386, 0.549, 0.534 max_d=0.534 avg_d=0.386 std_dev=0.162
OP2 B 0, 0.221, 0.386, 0.551, 0.582 max_d=0.582 avg_d=0.386 std_dev=0.165
OP2 A 0, 0.090, 0.259, 0.427, 0.594 max_d=0.594 avg_d=0.259 std_dev=0.168
C5' B 0, 0.242, 0.413, 0.584, 0.616 max_d=0.616 avg_d=0.413 std_dev=0.171
OP1 B 0, 0.237, 0.417, 0.597, 0.653 max_d=0.653 avg_d=0.417 std_dev=0.180
C4' B 0, 0.218, 0.408, 0.597, 0.722 max_d=0.722 avg_d=0.408 std_dev=0.190
C3' B 0, 0.175, 0.370, 0.564, 0.744 max_d=0.744 avg_d=0.370 std_dev=0.194
O5' B 0, 0.222, 0.418, 0.614, 0.766 max_d=0.766 avg_d=0.418 std_dev=0.196
C5' A 0, 0.021, 0.219, 0.416, 0.689 max_d=0.689 avg_d=0.219 std_dev=0.197
O4' B 0, 0.211, 0.415, 0.620, 0.774 max_d=0.774 avg_d=0.415 std_dev=0.204
C6 B 0, 0.169, 0.376, 0.582, 0.760 max_d=0.760 avg_d=0.376 std_dev=0.206
O3' B 0, 0.165, 0.378, 0.591, 0.806 max_d=0.806 avg_d=0.378 std_dev=0.213
C5 B 0, 0.143, 0.363, 0.583, 0.788 max_d=0.788 avg_d=0.363 std_dev=0.220
C1' B 0, 0.169, 0.397, 0.625, 0.858 max_d=0.858 avg_d=0.397 std_dev=0.228
C2' B 0, 0.130, 0.368, 0.606, 0.859 max_d=0.859 avg_d=0.368 std_dev=0.238
N1 B 0, 0.144, 0.382, 0.620, 0.912 max_d=0.912 avg_d=0.382 std_dev=0.238
C4 B 0, 0.147, 0.388, 0.630, 0.962 max_d=0.962 avg_d=0.388 std_dev=0.241
N4 B 0, 0.149, 0.395, 0.640, 0.969 max_d=0.969 avg_d=0.395 std_dev=0.245
O2' B 0, 0.157, 0.412, 0.666, 0.918 max_d=0.918 avg_d=0.412 std_dev=0.255
N3 B 0, 0.185, 0.481, 0.777, 1.147 max_d=1.147 avg_d=0.481 std_dev=0.296
C2 B 0, 0.166, 0.471, 0.776, 1.139 max_d=1.139 avg_d=0.471 std_dev=0.305
O2 B 0, 0.208, 0.590, 0.972, 1.351 max_d=1.351 avg_d=0.590 std_dev=0.382

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.07 0.03 0.02
C2 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.06 0.06 0.07 0.01 0.07 0.06 0.05
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.05 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.08 0.03 0.14 0.07 0.09
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.03 0.11 0.08 0.08
C4 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.05 0.03 0.07 0.01 0.07 0.06 0.05
C4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.05 0.04 0.06 0.04 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.05 0.01
C5 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02 0.10 0.01 0.08 0.09 0.08
C5' 0.02 0.06 0.03 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.07 0.06 0.08 0.06 0.07 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.02 0.06 0.02
C6 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.05 0.03 0.10 0.00 0.08 0.10 0.09
C8 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.05 0.01 0.07 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.05 0.11 0.03 0.06 0.08 0.08
N1 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.06 0.05 0.09 0.01 0.07 0.08 0.07
N2 0.02 0.00 0.05 0.03 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.11 0.07 0.08 0.06 0.02 0.07 0.05 0.05
N3 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.08 0.06 0.06 0.06 0.01 0.07 0.04 0.04
N7 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.03 0.12 0.02 0.08 0.11 0.10
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.07 0.02 0.06 0.04 0.04
O2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.04 0.04 0.07 0.11 0.08 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.09 0.03 0.17 0.08 0.12
O3' 0.03 0.06 0.02 0.00 0.05 0.01 0.04 0.01 0.05 0.03 0.06 0.07 0.06 0.03 0.04 0.03 0.00 0.02 0.06 0.05 0.10 0.05 0.06
O4' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.05 0.05 0.08 0.06 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.06 0.03 0.04 0.09 0.06
O5' 0.03 0.07 0.08 0.08 0.07 0.00 0.10 0.01 0.10 0.11 0.09 0.06 0.06 0.12 0.07 0.09 0.06 0.06 0.00 0.10 0.02 0.01 0.01
O6 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.05 0.03 0.10 0.00 0.09 0.11 0.09
OP1 0.07 0.07 0.14 0.11 0.07 0.03 0.08 0.02 0.08 0.06 0.07 0.07 0.07 0.08 0.06 0.17 0.10 0.04 0.02 0.09 0.00 0.01 0.01
OP2 0.03 0.06 0.07 0.08 0.06 0.05 0.09 0.06 0.10 0.08 0.08 0.05 0.04 0.11 0.04 0.08 0.05 0.09 0.01 0.11 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.05 0.09 0.08 0.05 0.01 0.08 0.02 0.09 0.08 0.07 0.05 0.04 0.10 0.04 0.12 0.06 0.06 0.01 0.09 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.17 0.13 0.09 0.16 0.08 0.11 0.07 0.10 0.14 0.19 0.18 0.20 0.14 0.07 0.11 0.07 0.13 0.10 0.08
C2 0.12 0.16 0.11 0.08 0.16 0.07 0.13 0.06 0.11 0.13 0.17 0.18 0.17 0.11 0.06 0.11 0.06 0.14 0.08 0.07
C2' 0.13 0.18 0.13 0.09 0.16 0.09 0.12 0.09 0.11 0.14 0.19 0.18 0.20 0.13 0.08 0.12 0.09 0.14 0.12 0.10
C3' 0.13 0.17 0.13 0.08 0.15 0.07 0.11 0.06 0.11 0.14 0.18 0.17 0.20 0.15 0.06 0.11 0.07 0.13 0.10 0.08
C4 0.13 0.17 0.12 0.09 0.16 0.09 0.13 0.09 0.11 0.13 0.18 0.18 0.19 0.12 0.08 0.12 0.10 0.14 0.14 0.10
C4' 0.15 0.18 0.15 0.09 0.16 0.08 0.13 0.06 0.13 0.15 0.19 0.17 0.20 0.17 0.05 0.11 0.07 0.12 0.09 0.07
C5 0.14 0.18 0.13 0.12 0.17 0.13 0.14 0.13 0.12 0.15 0.19 0.19 0.20 0.13 0.11 0.14 0.16 0.16 0.20 0.15
C5' 0.16 0.19 0.17 0.10 0.17 0.08 0.15 0.05 0.14 0.16 0.19 0.18 0.21 0.19 0.06 0.12 0.06 0.12 0.09 0.07
C6 0.15 0.18 0.14 0.13 0.17 0.14 0.14 0.15 0.13 0.15 0.19 0.18 0.20 0.13 0.12 0.16 0.18 0.17 0.24 0.18
C8 0.14 0.18 0.13 0.12 0.16 0.12 0.13 0.12 0.11 0.14 0.19 0.18 0.21 0.13 0.11 0.13 0.14 0.15 0.18 0.14
N1 0.13 0.17 0.12 0.10 0.16 0.11 0.14 0.11 0.12 0.14 0.18 0.18 0.18 0.12 0.09 0.14 0.12 0.15 0.19 0.12
N2 0.12 0.16 0.13 0.09 0.16 0.07 0.14 0.05 0.12 0.14 0.17 0.18 0.16 0.12 0.08 0.10 0.08 0.16 0.10 0.08
N3 0.12 0.16 0.12 0.08 0.16 0.07 0.13 0.05 0.11 0.13 0.18 0.19 0.17 0.12 0.06 0.10 0.05 0.14 0.08 0.07
N7 0.15 0.19 0.14 0.13 0.17 0.14 0.14 0.15 0.12 0.15 0.19 0.18 0.21 0.14 0.13 0.15 0.18 0.17 0.22 0.17
N9 0.13 0.17 0.13 0.10 0.16 0.09 0.12 0.09 0.11 0.14 0.18 0.18 0.20 0.13 0.08 0.12 0.10 0.14 0.14 0.10
O2' 0.16 0.21 0.15 0.12 0.20 0.13 0.15 0.12 0.15 0.17 0.22 0.22 0.23 0.15 0.10 0.16 0.12 0.17 0.14 0.13
O3' 0.16 0.20 0.16 0.11 0.18 0.11 0.14 0.09 0.14 0.16 0.21 0.19 0.22 0.17 0.08 0.14 0.09 0.14 0.09 0.09
O4' 0.14 0.17 0.14 0.08 0.15 0.07 0.12 0.05 0.12 0.14 0.17 0.16 0.19 0.15 0.05 0.10 0.06 0.13 0.09 0.08
O5' 0.12 0.15 0.11 0.11 0.13 0.11 0.12 0.13 0.11 0.12 0.15 0.15 0.17 0.11 0.14 0.12 0.14 0.15 0.18 0.15
O6 0.18 0.20 0.16 0.17 0.18 0.19 0.16 0.20 0.15 0.18 0.20 0.18 0.22 0.17 0.17 0.20 0.24 0.22 0.29 0.23
OP1 0.11 0.14 0.11 0.13 0.09 0.14 0.06 0.15 0.06 0.10 0.13 0.11 0.19 0.11 0.16 0.12 0.18 0.17 0.21 0.17
OP2 0.16 0.20 0.16 0.17 0.15 0.17 0.12 0.18 0.13 0.16 0.19 0.14 0.23 0.15 0.19 0.17 0.21 0.17 0.22 0.19
P 0.12 0.16 0.12 0.13 0.12 0.14 0.10 0.16 0.10 0.12 0.15 0.13 0.19 0.11 0.16 0.13 0.18 0.17 0.21 0.18

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.05 0.09 0.07 0.03
C2 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.05 0.06 0.06 0.03
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.12 0.03 0.03
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.05 0.02 0.04 0.05 0.05 0.01 0.01 0.00 0.02 0.14 0.04 0.03
C4 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.09 0.09 0.11 0.07
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.11 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.06 0.01 0.13 0.13 0.17 0.11
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.06 0.03 0.03 0.05 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.09 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.13 0.12 0.15 0.10
N1 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.08 0.08 0.09 0.05
N3 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.06 0.06 0.07 0.04
N4 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.07 0.01 0.09 0.10 0.11 0.08
O2 0.02 0.00 0.04 0.05 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.06 0.02 0.04 0.07 0.05 0.02
O2' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.03 0.04 0.00 0.03 0.02 0.02 0.13 0.03 0.02
O3' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.06 0.02 0.06 0.01 0.05 0.02 0.05 0.07 0.06 0.03 0.00 0.02 0.06 0.16 0.08 0.05
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.05 0.07 0.08 0.04
O5' 0.05 0.05 0.02 0.02 0.09 0.01 0.13 0.01 0.13 0.08 0.06 0.09 0.04 0.02 0.06 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.09 0.06 0.12 0.14 0.09 0.11 0.13 0.09 0.12 0.08 0.06 0.10 0.07 0.13 0.16 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.06 0.03 0.04 0.11 0.02 0.17 0.02 0.15 0.09 0.07 0.11 0.05 0.03 0.08 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.03 0.03 0.03 0.03 0.07 0.01 0.11 0.01 0.10 0.05 0.04 0.08 0.02 0.02 0.05 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00