ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51406

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 2, 2, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.007, 0.018, 0.030, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.018 std_dev=0.011
N7 A 0, 0.015, 0.027, 0.038, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.027 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.013, 0.025, 0.037, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.025 std_dev=0.012
C8 A 0, 0.016, 0.029, 0.042, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.029 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.008, 0.022, 0.036, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.022 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.009, 0.023, 0.038, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.023 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.013, 0.029, 0.045, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.029 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.014, 0.031, 0.049, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.031 std_dev=0.017
C6 A 0, 0.020, 0.040, 0.061, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.040 std_dev=0.020
N9 A 0, 0.021, 0.044, 0.067, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.044 std_dev=0.023
O6 A 0, 0.035, 0.077, 0.119, 0.131 max_d=0.131 avg_d=0.077 std_dev=0.042
N2 A 0, 0.011, 0.054, 0.098, 0.144 max_d=0.144 avg_d=0.054 std_dev=0.044
O4' A 0, 0.057, 0.145, 0.234, 0.242 max_d=0.242 avg_d=0.145 std_dev=0.089
C4' A 0, 0.073, 0.173, 0.273, 0.289 max_d=0.289 avg_d=0.173 std_dev=0.100
C2' A 0, 0.068, 0.179, 0.290, 0.323 max_d=0.323 avg_d=0.179 std_dev=0.111
P B 0, 0.132, 0.279, 0.426, 0.470 max_d=0.470 avg_d=0.279 std_dev=0.147
OP1 B 0, 0.070, 0.223, 0.377, 0.477 max_d=0.477 avg_d=0.223 std_dev=0.154
C3' A 0, 0.070, 0.229, 0.387, 0.430 max_d=0.430 avg_d=0.229 std_dev=0.158
O2' A 0, 0.115, 0.275, 0.435, 0.498 max_d=0.498 avg_d=0.275 std_dev=0.160
C5' A 0, 0.136, 0.317, 0.499, 0.535 max_d=0.535 avg_d=0.317 std_dev=0.181
OP2 B 0, 0.139, 0.335, 0.531, 0.637 max_d=0.637 avg_d=0.335 std_dev=0.196
O5' A 0, 0.193, 0.423, 0.654, 0.702 max_d=0.702 avg_d=0.423 std_dev=0.230
OP2 A 0, 0.216, 0.448, 0.681, 0.650 max_d=0.650 avg_d=0.448 std_dev=0.233
O3' A 0, 0.113, 0.350, 0.588, 0.670 max_d=0.670 avg_d=0.350 std_dev=0.237
P A 0, 0.216, 0.466, 0.715, 0.678 max_d=0.678 avg_d=0.466 std_dev=0.250
O5' B 0, 0.253, 0.522, 0.791, 0.767 max_d=0.767 avg_d=0.522 std_dev=0.269
OP1 A 0, 0.253, 0.533, 0.813, 0.826 max_d=0.826 avg_d=0.533 std_dev=0.280
O3' B 0, 0.323, 0.678, 1.032, 0.964 max_d=0.964 avg_d=0.678 std_dev=0.355
C4' B 0, 0.317, 0.682, 1.047, 1.056 max_d=1.056 avg_d=0.682 std_dev=0.365
O4' B 0, 0.274, 0.641, 1.008, 1.177 max_d=1.177 avg_d=0.641 std_dev=0.367
C3' B 0, 0.320, 0.688, 1.057, 1.115 max_d=1.115 avg_d=0.688 std_dev=0.369
C5' B 0, 0.373, 0.790, 1.206, 1.180 max_d=1.180 avg_d=0.790 std_dev=0.416
C6 B 0, 0.204, 0.663, 1.122, 1.630 max_d=1.630 avg_d=0.663 std_dev=0.459
C1' B 0, 0.205, 0.677, 1.148, 1.692 max_d=1.692 avg_d=0.677 std_dev=0.471
C5 B 0, 0.267, 0.751, 1.234, 1.715 max_d=1.715 avg_d=0.751 std_dev=0.484
C2' B 0, 0.248, 0.745, 1.242, 1.788 max_d=1.788 avg_d=0.745 std_dev=0.497
N1 B 0, 0.224, 0.729, 1.233, 1.810 max_d=1.810 avg_d=0.729 std_dev=0.504
C4 B 0, 0.334, 0.892, 1.451, 1.956 max_d=1.956 avg_d=0.892 std_dev=0.558
O2' B 0, 0.179, 0.743, 1.308, 2.073 max_d=2.073 avg_d=0.743 std_dev=0.565
C2 B 0, 0.316, 0.903, 1.490, 2.096 max_d=2.096 avg_d=0.903 std_dev=0.587
N4 B 0, 0.397, 1.001, 1.604, 2.040 max_d=2.040 avg_d=1.001 std_dev=0.604
N3 B 0, 0.355, 0.965, 1.575, 2.149 max_d=2.149 avg_d=0.965 std_dev=0.610
O2 B 0, 0.347, 0.979, 1.610, 2.240 max_d=2.240 avg_d=0.979 std_dev=0.631

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.06 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.04 0.05 0.06 0.04
C2 0.04 0.00 0.08 0.06 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.11 0.09 0.03 0.06 0.02 0.04 0.15 0.08
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.02 0.04 0.01 0.05 0.05 0.06 0.11 0.08 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.06 0.08 0.02 0.01
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.04 0.09 0.06 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.10 0.05 0.02
C4 0.02 0.02 0.04 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.06 0.04 0.01 0.06 0.03 0.03 0.12 0.07
C4' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.06 0.04 0.04 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.08 0.01 0.02
C5 0.02 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.06 0.03 0.02 0.08 0.03 0.08 0.17 0.10
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.06 0.07 0.03 0.04 0.02 0.08 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.07 0.09 0.03 0.02
C6 0.03 0.02 0.05 0.02 0.02 0.02 0.01 0.06 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.08 0.04 0.02 0.09 0.01 0.09 0.19 0.12
C8 0.01 0.03 0.05 0.04 0.02 0.04 0.01 0.07 0.02 0.00 0.02 0.04 0.02 0.00 0.01 0.04 0.04 0.05 0.08 0.04 0.07 0.14 0.11
N1 0.04 0.01 0.06 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.10 0.06 0.02 0.07 0.02 0.06 0.17 0.09
N2 0.06 0.01 0.11 0.09 0.03 0.06 0.03 0.04 0.03 0.04 0.02 0.00 0.02 0.04 0.04 0.14 0.12 0.05 0.05 0.03 0.04 0.14 0.06
N3 0.04 0.01 0.08 0.06 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.10 0.08 0.03 0.04 0.03 0.03 0.12 0.05
N7 0.01 0.03 0.04 0.04 0.02 0.04 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.00 0.01 0.05 0.04 0.04 0.10 0.04 0.11 0.18 0.13
N9 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.05 0.04 0.03 0.10 0.06
O2' 0.02 0.11 0.01 0.01 0.06 0.03 0.06 0.03 0.08 0.04 0.10 0.14 0.10 0.05 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.08 0.09 0.01 0.02
O3' 0.02 0.09 0.01 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.04 0.04 0.06 0.12 0.08 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.04 0.05 0.14 0.09 0.04
O4' 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.05 0.03 0.04 0.01 0.03 0.02 0.00 0.04 0.04 0.04 0.07 0.05
O5' 0.03 0.06 0.02 0.03 0.06 0.01 0.08 0.01 0.09 0.08 0.07 0.05 0.04 0.10 0.05 0.02 0.04 0.04 0.00 0.10 0.02 0.02 0.01
O6 0.04 0.02 0.06 0.03 0.03 0.04 0.03 0.07 0.01 0.04 0.02 0.03 0.03 0.04 0.04 0.08 0.05 0.04 0.10 0.00 0.13 0.22 0.14
OP1 0.05 0.04 0.08 0.10 0.03 0.08 0.08 0.09 0.09 0.07 0.06 0.04 0.03 0.11 0.03 0.09 0.14 0.04 0.02 0.13 0.00 0.03 0.02
OP2 0.06 0.15 0.02 0.05 0.12 0.01 0.17 0.03 0.19 0.14 0.17 0.14 0.12 0.18 0.10 0.01 0.09 0.07 0.02 0.22 0.03 0.00 0.02
P 0.04 0.08 0.01 0.02 0.07 0.02 0.10 0.02 0.12 0.11 0.09 0.06 0.05 0.13 0.06 0.02 0.04 0.05 0.01 0.14 0.02 0.02 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.27 0.23 0.29 0.23 0.25 0.24 0.26 0.17 0.24 0.23 0.24 0.28 0.23 0.40 0.26 0.24 0.13 0.11 0.10 0.10
C2 0.19 0.16 0.23 0.23 0.22 0.22 0.23 0.18 0.20 0.16 0.19 0.27 0.14 0.30 0.29 0.18 0.12 0.06 0.07 0.07
C2' 0.32 0.29 0.34 0.25 0.30 0.26 0.30 0.18 0.29 0.29 0.29 0.32 0.28 0.45 0.27 0.28 0.15 0.10 0.10 0.10
C3' 0.34 0.30 0.37 0.28 0.31 0.28 0.31 0.20 0.30 0.30 0.30 0.33 0.30 0.49 0.30 0.29 0.15 0.09 0.08 0.10
C4 0.22 0.18 0.25 0.22 0.22 0.21 0.23 0.16 0.21 0.18 0.19 0.26 0.17 0.35 0.27 0.20 0.12 0.10 0.08 0.09
C4' 0.30 0.26 0.33 0.25 0.26 0.26 0.27 0.18 0.26 0.25 0.25 0.29 0.26 0.45 0.29 0.26 0.14 0.10 0.09 0.09
C5 0.17 0.13 0.21 0.18 0.18 0.18 0.20 0.16 0.17 0.14 0.14 0.22 0.14 0.30 0.25 0.17 0.12 0.12 0.09 0.10
C5' 0.29 0.24 0.33 0.26 0.25 0.26 0.26 0.18 0.25 0.24 0.24 0.28 0.24 0.47 0.31 0.25 0.13 0.09 0.07 0.08
C6 0.13 0.11 0.16 0.16 0.15 0.15 0.17 0.15 0.14 0.11 0.11 0.20 0.13 0.24 0.24 0.15 0.13 0.13 0.10 0.11
C8 0.21 0.17 0.24 0.19 0.20 0.20 0.22 0.17 0.20 0.17 0.17 0.23 0.17 0.35 0.24 0.20 0.13 0.11 0.09 0.10
N1 0.13 0.11 0.18 0.19 0.18 0.16 0.19 0.13 0.15 0.12 0.13 0.23 0.11 0.25 0.27 0.14 0.11 0.08 0.08 0.08
N2 0.21 0.20 0.25 0.27 0.26 0.26 0.27 0.26 0.23 0.20 0.23 0.31 0.17 0.31 0.32 0.21 0.16 0.03 0.05 0.06
N3 0.23 0.20 0.26 0.24 0.24 0.24 0.25 0.17 0.22 0.20 0.22 0.29 0.18 0.35 0.29 0.21 0.12 0.08 0.08 0.07
N7 0.18 0.13 0.20 0.16 0.17 0.17 0.19 0.17 0.17 0.14 0.13 0.21 0.14 0.31 0.23 0.17 0.13 0.12 0.09 0.10
N9 0.24 0.20 0.28 0.22 0.23 0.23 0.24 0.17 0.22 0.20 0.21 0.27 0.19 0.39 0.27 0.22 0.13 0.10 0.09 0.09
O2' 0.30 0.29 0.31 0.22 0.29 0.24 0.29 0.17 0.28 0.28 0.29 0.31 0.29 0.41 0.22 0.27 0.14 0.12 0.12 0.12
O3' 0.36 0.33 0.39 0.29 0.33 0.29 0.33 0.20 0.33 0.33 0.33 0.34 0.33 0.51 0.30 0.31 0.16 0.08 0.08 0.10
O4' 0.25 0.21 0.29 0.23 0.23 0.23 0.24 0.17 0.22 0.21 0.22 0.27 0.21 0.41 0.28 0.23 0.12 0.11 0.09 0.09
O5' 0.28 0.22 0.34 0.27 0.24 0.26 0.25 0.19 0.24 0.23 0.22 0.27 0.22 0.48 0.33 0.25 0.13 0.10 0.10 0.10
O6 0.13 0.12 0.13 0.13 0.13 0.13 0.15 0.17 0.12 0.11 0.10 0.17 0.16 0.19 0.21 0.16 0.15 0.16 0.11 0.12
OP1 0.28 0.22 0.34 0.27 0.24 0.26 0.26 0.19 0.24 0.23 0.22 0.27 0.21 0.47 0.35 0.24 0.14 0.10 0.05 0.09
OP2 0.34 0.28 0.39 0.34 0.32 0.33 0.34 0.26 0.32 0.29 0.29 0.35 0.26 0.51 0.42 0.31 0.22 0.18 0.12 0.18
P 0.30 0.24 0.36 0.30 0.26 0.29 0.28 0.22 0.27 0.25 0.24 0.30 0.23 0.49 0.37 0.27 0.16 0.11 0.05 0.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.05 0.01 0.03 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.05 0.05 0.09 0.06
C2 0.04 0.00 0.10 0.06 0.02 0.03 0.02 0.06 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.13 0.08 0.01 0.05 0.07 0.07 0.06
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.02 0.02 0.07 0.01 0.09 0.01 0.08 0.03 0.20 0.00 0.01 0.01 0.04 0.13 0.05 0.06
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.08 0.01 0.16 0.01 0.15 0.03 0.03 0.10 0.16 0.02 0.01 0.02 0.06 0.16 0.07 0.10
C4 0.01 0.02 0.02 0.08 0.00 0.09 0.01 0.18 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.06 0.08 0.06 0.16 0.15 0.12 0.13
C4' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.09 0.00 0.15 0.01 0.14 0.03 0.03 0.12 0.12 0.03 0.01 0.01 0.01 0.06 0.02 0.01
C5 0.03 0.02 0.07 0.16 0.01 0.15 0.00 0.22 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.05 0.17 0.09 0.19 0.17 0.11 0.14
C5' 0.02 0.06 0.01 0.01 0.18 0.01 0.22 0.00 0.17 0.07 0.11 0.23 0.09 0.03 0.03 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01
C6 0.05 0.03 0.09 0.15 0.02 0.14 0.00 0.17 0.00 0.01 0.03 0.03 0.04 0.07 0.16 0.08 0.12 0.10 0.05 0.06
N1 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.04 0.06 0.09 0.05
N3 0.03 0.01 0.08 0.03 0.01 0.03 0.02 0.11 0.03 0.01 0.00 0.03 0.02 0.13 0.04 0.02 0.09 0.10 0.07 0.07
N4 0.01 0.04 0.03 0.10 0.01 0.12 0.03 0.23 0.03 0.01 0.03 0.00 0.05 0.07 0.10 0.07 0.22 0.22 0.21 0.21
O2 0.10 0.01 0.20 0.16 0.03 0.12 0.03 0.09 0.04 0.04 0.02 0.05 0.00 0.25 0.20 0.07 0.10 0.10 0.11 0.11
O2' 0.01 0.13 0.00 0.02 0.06 0.03 0.05 0.03 0.07 0.02 0.13 0.07 0.25 0.00 0.02 0.04 0.04 0.15 0.04 0.06
O3' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.08 0.01 0.17 0.03 0.16 0.03 0.04 0.10 0.20 0.02 0.00 0.02 0.10 0.26 0.16 0.18
O4' 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.09 0.01 0.08 0.02 0.02 0.07 0.07 0.04 0.02 0.00 0.10 0.08 0.17 0.13
O5' 0.05 0.05 0.04 0.06 0.16 0.01 0.19 0.01 0.12 0.04 0.09 0.22 0.10 0.04 0.10 0.10 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.05 0.07 0.13 0.16 0.15 0.06 0.17 0.05 0.10 0.06 0.10 0.22 0.10 0.15 0.26 0.08 0.02 0.00 0.03 0.02
OP2 0.09 0.07 0.05 0.07 0.12 0.02 0.11 0.02 0.05 0.09 0.07 0.21 0.11 0.04 0.16 0.17 0.01 0.03 0.00 0.01
P 0.06 0.06 0.06 0.10 0.13 0.01 0.14 0.01 0.06 0.05 0.07 0.21 0.11 0.06 0.18 0.13 0.01 0.02 0.01 0.00