ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51409

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 2, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.009, 0.016, 0.023, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.016 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.015, 0.030, 0.046, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.030 std_dev=0.016
N3 A 0, 0.016, 0.035, 0.054, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.035 std_dev=0.019
N1 A 0, 0.019, 0.038, 0.057, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.038 std_dev=0.019
C4 A 0, 0.016, 0.036, 0.056, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.036 std_dev=0.020
C1' A 0, 0.019, 0.040, 0.061, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.040 std_dev=0.021
N9 A 0, 0.020, 0.042, 0.064, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.042 std_dev=0.022
C2 A 0, 0.010, 0.033, 0.055, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.033 std_dev=0.022
N7 A 0, 0.032, 0.060, 0.087, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.060 std_dev=0.027
N2 A 0, 0.025, 0.054, 0.083, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.054 std_dev=0.029
C8 A 0, 0.035, 0.067, 0.099, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.067 std_dev=0.032
O6 A 0, 0.030, 0.073, 0.115, 0.156 max_d=0.156 avg_d=0.073 std_dev=0.043
O4' A 0, 0.047, 0.247, 0.448, 0.672 max_d=0.672 avg_d=0.247 std_dev=0.201
OP1 B 0, 0.185, 0.387, 0.589, 0.650 max_d=0.650 avg_d=0.387 std_dev=0.202
C2' A 0, 0.082, 0.311, 0.539, 0.641 max_d=0.641 avg_d=0.311 std_dev=0.228
P B 0, 0.006, 0.249, 0.491, 0.783 max_d=0.783 avg_d=0.249 std_dev=0.243
C4' A 0, 0.133, 0.544, 0.955, 1.293 max_d=1.293 avg_d=0.544 std_dev=0.411
O5' A 0, 0.161, 0.575, 0.990, 1.142 max_d=1.142 avg_d=0.575 std_dev=0.415
C5' A 0, 0.254, 0.689, 1.123, 1.228 max_d=1.228 avg_d=0.689 std_dev=0.435
O2' A 0, 0.205, 0.727, 1.248, 1.432 max_d=1.432 avg_d=0.727 std_dev=0.521
C3' A 0, 0.068, 0.679, 1.289, 1.639 max_d=1.639 avg_d=0.679 std_dev=0.611
OP2 B 0, 0.081, 0.722, 1.364, 1.713 max_d=1.713 avg_d=0.722 std_dev=0.642
O5' B 0, 0.051, 0.880, 1.709, 2.161 max_d=2.161 avg_d=0.880 std_dev=0.829
P A 0, 0.248, 1.108, 1.969, 2.719 max_d=2.719 avg_d=1.108 std_dev=0.861
OP2 A 0, 0.314, 1.310, 2.305, 3.408 max_d=3.408 avg_d=1.310 std_dev=0.996
O3' A 0, -0.245, 1.038, 2.322, 3.118 max_d=3.118 avg_d=1.038 std_dev=1.284
OP1 A 0, 0.725, 2.033, 3.341, 3.635 max_d=3.635 avg_d=2.033 std_dev=1.308
C5' B 0, 0.078, 1.752, 3.425, 4.380 max_d=4.380 avg_d=1.752 std_dev=1.673
C4' B 0, -0.453, 2.157, 4.767, 6.363 max_d=6.363 avg_d=2.157 std_dev=2.610
O4' B 0, 0.015, 2.889, 5.763, 7.480 max_d=7.480 avg_d=2.889 std_dev=2.874
C3' B 0, 0.084, 3.168, 6.252, 7.731 max_d=7.731 avg_d=3.168 std_dev=3.084
O3' B 0, 0.494, 3.714, 6.934, 8.446 max_d=8.446 avg_d=3.714 std_dev=3.220
C1' B 0, -0.059, 3.794, 7.647, 9.715 max_d=9.715 avg_d=3.794 std_dev=3.853
C2' B 0, -0.051, 4.049, 8.149, 10.129 max_d=10.129 avg_d=4.049 std_dev=4.100
C6 B 0, -0.246, 4.226, 8.699, 10.046 max_d=10.046 avg_d=4.226 std_dev=4.472
N1 B 0, -0.001, 4.530, 9.061, 10.829 max_d=10.829 avg_d=4.530 std_dev=4.531
O2' B 0, 0.186, 4.874, 9.562, 12.110 max_d=12.110 avg_d=4.874 std_dev=4.688
O2 B 0, 1.009, 6.328, 11.647, 13.953 max_d=13.953 avg_d=6.328 std_dev=5.319
C2 B 0, 0.509, 5.837, 11.165, 13.084 max_d=13.084 avg_d=5.837 std_dev=5.328
C5 B 0, -0.277, 5.104, 10.486, 11.947 max_d=11.947 avg_d=5.104 std_dev=5.381
N3 B 0, 0.424, 6.623, 12.821, 14.559 max_d=14.559 avg_d=6.623 std_dev=6.199
C4 B 0, -0.139, 6.211, 12.561, 14.219 max_d=14.219 avg_d=6.211 std_dev=6.350
N4 B 0, -0.241, 7.119, 14.478, 16.243 max_d=16.243 avg_d=7.119 std_dev=7.359

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.02 0.01 0.04 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.34 0.01 0.12 0.03 0.36 0.37 0.08
C2 0.04 0.00 0.21 0.12 0.01 0.09 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.19 0.43 0.16 0.13 0.01 0.46 0.90 0.41
C2' 0.00 0.21 0.00 0.00 0.11 0.02 0.06 0.22 0.10 0.09 0.17 0.25 0.20 0.04 0.02 0.00 0.02 0.03 0.41 0.06 0.83 0.54 0.55
C3' 0.02 0.12 0.00 0.00 0.19 0.00 0.31 0.03 0.29 0.40 0.21 0.09 0.09 0.42 0.22 0.02 0.01 0.01 0.13 0.33 0.55 0.29 0.24
C4 0.01 0.01 0.11 0.19 0.00 0.03 0.00 0.10 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.19 0.22 0.10 0.14 0.01 0.48 0.84 0.37
C4' 0.01 0.09 0.02 0.00 0.03 0.00 0.10 0.01 0.07 0.23 0.05 0.14 0.09 0.20 0.09 0.26 0.03 0.00 0.04 0.10 0.36 0.17 0.07
C5 0.01 0.01 0.06 0.31 0.00 0.10 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.27 0.05 0.06 0.24 0.02 0.68 1.07 0.54
C5' 0.06 0.12 0.22 0.03 0.10 0.01 0.16 0.00 0.16 0.24 0.13 0.15 0.11 0.25 0.10 0.06 0.19 0.03 0.01 0.19 0.36 0.36 0.02
C6 0.02 0.01 0.10 0.29 0.01 0.07 0.01 0.16 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.26 0.09 0.10 0.24 0.00 0.73 1.17 0.60
C8 0.01 0.01 0.09 0.40 0.00 0.23 0.01 0.24 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.33 0.22 0.08 0.28 0.05 0.66 0.87 0.45
N1 0.04 0.00 0.17 0.21 0.02 0.05 0.01 0.13 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.21 0.26 0.14 0.19 0.02 0.61 1.07 0.53
N2 0.04 0.00 0.25 0.09 0.01 0.14 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.22 0.57 0.19 0.10 0.02 0.41 0.86 0.37
N3 0.03 0.01 0.20 0.09 0.00 0.09 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.17 0.46 0.15 0.10 0.01 0.40 0.76 0.31
N7 0.01 0.01 0.04 0.42 0.00 0.20 0.01 0.25 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.34 0.22 0.04 0.33 0.06 0.82 1.15 0.62
N9 0.01 0.02 0.02 0.22 0.01 0.09 0.01 0.10 0.01 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.20 0.11 0.02 0.12 0.03 0.43 0.66 0.26
O2' 0.01 0.19 0.00 0.02 0.19 0.26 0.27 0.06 0.26 0.33 0.21 0.22 0.17 0.34 0.20 0.00 0.03 0.19 0.31 0.31 0.87 0.66 0.55
O3' 0.34 0.43 0.02 0.01 0.22 0.03 0.05 0.19 0.09 0.22 0.26 0.57 0.46 0.22 0.11 0.03 0.00 0.26 0.27 0.07 0.58 0.30 0.22
O4' 0.01 0.16 0.03 0.01 0.10 0.00 0.06 0.03 0.10 0.08 0.14 0.19 0.15 0.04 0.02 0.19 0.26 0.00 0.08 0.10 0.24 0.24 0.18
O5' 0.12 0.13 0.41 0.13 0.14 0.04 0.24 0.01 0.24 0.28 0.19 0.10 0.10 0.33 0.12 0.31 0.27 0.08 0.00 0.28 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.01 0.06 0.33 0.01 0.10 0.02 0.19 0.00 0.05 0.02 0.02 0.01 0.06 0.03 0.31 0.07 0.10 0.28 0.00 0.84 1.28 0.67
OP1 0.36 0.46 0.83 0.55 0.48 0.36 0.68 0.36 0.73 0.66 0.61 0.41 0.40 0.82 0.43 0.87 0.58 0.24 0.02 0.84 0.00 0.01 0.01
OP2 0.37 0.90 0.54 0.29 0.84 0.17 1.07 0.36 1.17 0.87 1.07 0.86 0.76 1.15 0.66 0.66 0.30 0.24 0.02 1.28 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.41 0.55 0.24 0.37 0.07 0.54 0.02 0.60 0.45 0.53 0.37 0.31 0.62 0.26 0.55 0.22 0.18 0.01 0.67 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 2.92 4.40 2.53 1.67 5.16 1.63 4.46 1.08 3.71 3.72 5.08 5.72 4.27 2.31 1.27 2.46 0.83 0.21 0.28 0.11
C2 1.97 2.65 1.67 1.09 2.79 1.24 2.48 0.89 2.25 2.34 2.85 2.88 2.62 1.34 0.73 1.85 0.77 0.21 0.22 0.13
C2' 3.15 4.78 2.81 1.86 5.69 1.74 4.85 1.11 4.00 4.01 5.57 6.41 4.64 2.70 1.48 2.56 0.75 0.20 0.52 0.14
C3' 2.93 4.57 2.62 1.69 5.52 1.55 4.70 0.98 3.83 3.80 5.39 6.32 4.43 2.47 1.31 2.35 0.67 0.18 0.46 0.10
C4 2.62 3.78 2.21 1.51 4.13 1.53 3.59 1.01 3.13 3.24 4.20 4.35 3.72 1.94 1.19 2.30 0.81 0.24 0.21 0.09
C4' 2.86 4.50 2.47 1.60 5.34 1.54 4.51 1.00 3.69 3.71 5.28 6.06 4.40 2.26 1.23 2.37 0.81 0.30 0.25 0.16
C5 2.56 3.71 2.14 1.54 3.80 1.53 3.21 0.95 2.85 3.11 4.02 3.95 3.74 1.90 1.37 2.25 0.78 0.28 0.13 0.06
C5' 2.87 4.64 2.43 1.58 5.43 1.49 4.50 0.90 3.68 3.75 5.46 6.20 4.59 2.22 1.26 2.34 0.78 0.31 0.25 0.17
C6 2.15 2.95 1.77 1.34 2.82 1.37 2.34 0.84 2.15 2.48 3.08 2.87 3.06 1.52 1.25 1.97 0.74 0.29 0.07 0.04
C8 2.93 4.51 2.50 1.76 4.93 1.67 4.08 1.02 3.47 3.69 5.11 5.31 4.50 2.33 1.57 2.44 0.81 0.27 0.17 0.07
N1 1.84 2.43 1.52 1.08 2.36 1.21 2.01 0.82 1.87 2.10 2.54 2.40 2.49 1.22 0.89 1.76 0.75 0.28 0.11 0.07
N2 1.57 2.05 1.34 0.79 2.17 0.99 1.95 0.77 1.77 1.83 2.21 2.24 2.03 1.00 0.38 1.51 0.68 0.14 0.29 0.19
N3 2.35 3.29 2.01 1.31 3.64 1.40 3.26 0.98 2.86 2.88 3.64 3.84 3.20 1.70 0.90 2.12 0.80 0.21 0.26 0.13
N7 2.77 4.20 2.33 1.71 4.32 1.61 3.55 0.96 3.09 3.41 4.62 4.56 4.28 2.16 1.61 2.33 0.78 0.30 0.11 0.06
N9 2.86 4.30 2.44 1.66 4.85 1.63 4.15 1.05 3.52 3.61 4.88 5.24 4.21 2.22 1.34 2.43 0.83 0.24 0.22 0.09
O2' 3.61 5.15 3.35 2.34 6.17 2.20 5.43 1.57 4.54 4.46 5.93 6.90 4.95 3.29 1.91 3.00 1.11 0.28 0.27 0.27
O3' 3.18 4.64 2.97 2.07 5.58 1.94 4.89 1.43 4.06 3.98 5.39 6.32 4.48 2.83 1.70 2.65 1.11 0.58 0.20 0.47
O4' 2.78 4.31 2.35 1.54 5.05 1.54 4.30 1.03 3.56 3.58 5.01 5.65 4.22 2.10 1.17 2.36 0.88 0.36 0.22 0.26
O5' 2.94 4.79 2.49 1.63 5.55 1.49 4.54 0.84 3.72 3.84 5.63 6.30 4.77 2.30 1.35 2.36 0.73 0.21 0.30 0.15
O6 1.87 2.57 1.56 1.29 2.28 1.25 1.78 0.69 1.65 2.08 2.62 2.30 2.80 1.38 1.39 1.69 0.63 0.28 0.10 0.09
OP1 3.65 5.66 3.19 2.32 6.31 2.09 5.19 1.34 4.37 4.58 6.53 7.08 5.72 3.04 2.01 2.97 1.27 0.55 0.55 0.60
OP2 1.87 3.80 1.39 0.69 4.55 0.55 3.53 0.65 2.69 2.81 4.67 5.36 3.83 1.18 0.67 1.32 0.65 1.05 1.20 1.10
P 2.74 4.72 2.25 1.39 5.49 1.20 4.42 0.61 3.56 3.69 5.61 6.31 4.73 2.05 1.07 2.11 0.57 0.49 0.62 0.49

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.08 0.03 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.28 0.01 0.26 0.10 0.38 0.20
C2 0.02 0.00 0.22 0.25 0.01 0.04 0.02 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.15 0.30 0.14 0.44 0.19 0.87 0.42
C2' 0.01 0.22 0.00 0.01 0.07 0.03 0.10 0.16 0.15 0.04 0.18 0.08 0.35 0.00 0.11 0.04 0.17 0.27 0.15 0.12
C3' 0.02 0.25 0.01 0.00 0.39 0.01 0.39 0.05 0.33 0.24 0.33 0.42 0.18 0.03 0.01 0.02 0.29 0.54 0.18 0.25
C4 0.01 0.01 0.07 0.39 0.00 0.14 0.00 0.27 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.34 0.34 0.08 0.78 0.40 1.54 0.81
C4' 0.03 0.04 0.03 0.01 0.14 0.00 0.21 0.01 0.21 0.08 0.07 0.15 0.11 0.33 0.03 0.00 0.03 0.23 0.17 0.03
C5 0.02 0.02 0.10 0.39 0.00 0.21 0.00 0.33 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.41 0.34 0.07 0.96 0.54 1.70 0.96
C5' 0.08 0.16 0.16 0.05 0.27 0.01 0.33 0.00 0.28 0.15 0.21 0.31 0.16 0.19 0.16 0.02 0.01 0.35 0.26 0.03
C6 0.03 0.01 0.15 0.33 0.01 0.21 0.00 0.28 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.38 0.26 0.10 0.88 0.48 1.37 0.82
N1 0.00 0.00 0.04 0.24 0.01 0.08 0.01 0.15 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.21 0.21 0.03 0.54 0.23 0.89 0.48
N3 0.00 0.01 0.18 0.33 0.00 0.07 0.01 0.21 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.23 0.32 0.14 0.58 0.27 1.19 0.58
N4 0.02 0.01 0.08 0.42 0.00 0.15 0.01 0.31 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.37 0.39 0.09 0.84 0.46 1.75 0.91
O2 0.06 0.01 0.35 0.18 0.01 0.11 0.02 0.16 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.20 0.39 0.20 0.27 0.21 0.57 0.25
O2' 0.01 0.15 0.00 0.03 0.34 0.33 0.41 0.19 0.38 0.21 0.23 0.37 0.20 0.00 0.17 0.21 0.32 0.53 0.20 0.26
O3' 0.28 0.30 0.11 0.01 0.34 0.03 0.34 0.16 0.26 0.21 0.32 0.39 0.39 0.17 0.00 0.13 0.43 0.81 0.42 0.46
O4' 0.01 0.14 0.04 0.02 0.08 0.00 0.07 0.02 0.10 0.03 0.14 0.09 0.20 0.21 0.13 0.00 0.29 0.08 0.35 0.24
O5' 0.26 0.44 0.17 0.29 0.78 0.03 0.96 0.01 0.88 0.54 0.58 0.84 0.27 0.32 0.43 0.29 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.10 0.19 0.27 0.54 0.40 0.23 0.54 0.35 0.48 0.23 0.27 0.46 0.21 0.53 0.81 0.08 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.38 0.87 0.15 0.18 1.54 0.17 1.70 0.26 1.37 0.89 1.19 1.75 0.57 0.20 0.42 0.35 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.20 0.42 0.12 0.25 0.81 0.03 0.96 0.03 0.82 0.48 0.58 0.91 0.25 0.26 0.46 0.24 0.01 0.00 0.00 0.00