ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51410

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.008, 0.022, 0.036, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.022 std_dev=0.014
C6 A 0, 0.013, 0.030, 0.047, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.030 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.015, 0.037, 0.059, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.037 std_dev=0.022
N1 A 0, 0.018, 0.043, 0.069, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.043 std_dev=0.026
C5 A 0, 0.017, 0.046, 0.075, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.046 std_dev=0.029
N9 A 0, 0.015, 0.049, 0.083, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.049 std_dev=0.034
N3 A 0, 0.020, 0.056, 0.092, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.056 std_dev=0.036
C4 A 0, 0.025, 0.068, 0.112, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.068 std_dev=0.043
N7 A 0, 0.033, 0.085, 0.137, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.085 std_dev=0.052
O6 A 0, 0.035, 0.093, 0.151, 0.142 max_d=0.142 avg_d=0.093 std_dev=0.058
N2 A 0, 0.018, 0.082, 0.146, 0.167 max_d=0.167 avg_d=0.082 std_dev=0.064
O4' A 0, 0.041, 0.107, 0.172, 0.154 max_d=0.154 avg_d=0.107 std_dev=0.065
C8 A 0, 0.040, 0.108, 0.176, 0.162 max_d=0.162 avg_d=0.108 std_dev=0.068
C2' A 0, 0.012, 0.106, 0.199, 0.237 max_d=0.237 avg_d=0.106 std_dev=0.094
C4' A 0, 0.049, 0.158, 0.266, 0.289 max_d=0.289 avg_d=0.158 std_dev=0.109
C3' A 0, 0.016, 0.135, 0.255, 0.302 max_d=0.302 avg_d=0.135 std_dev=0.119
O2' A 0, 0.021, 0.162, 0.303, 0.355 max_d=0.355 avg_d=0.162 std_dev=0.141
O3' A 0, 0.097, 0.251, 0.404, 0.399 max_d=0.399 avg_d=0.251 std_dev=0.153
C5' A 0, 0.067, 0.253, 0.439, 0.489 max_d=0.489 avg_d=0.253 std_dev=0.186
OP1 B 0, 0.057, 0.327, 0.596, 0.680 max_d=0.680 avg_d=0.327 std_dev=0.269
O5' A 0, -0.003, 0.287, 0.577, 0.699 max_d=0.699 avg_d=0.287 std_dev=0.290
C5' B 0, 0.063, 0.396, 0.729, 0.862 max_d=0.862 avg_d=0.396 std_dev=0.333
P B 0, 0.040, 0.412, 0.784, 0.950 max_d=0.950 avg_d=0.412 std_dev=0.372
C4' B 0, 0.130, 0.511, 0.891, 1.001 max_d=1.001 avg_d=0.511 std_dev=0.380
OP2 A 0, 0.066, 0.469, 0.872, 0.993 max_d=0.993 avg_d=0.469 std_dev=0.403
C3' B 0, 0.126, 0.529, 0.933, 1.065 max_d=1.065 avg_d=0.529 std_dev=0.403
P A 0, 0.013, 0.436, 0.859, 1.022 max_d=1.022 avg_d=0.436 std_dev=0.423
O3' B 0, 0.149, 0.575, 1.000, 1.109 max_d=1.109 avg_d=0.575 std_dev=0.425
O2' B 0, 0.217, 0.643, 1.069, 1.094 max_d=1.094 avg_d=0.643 std_dev=0.426
O4' B 0, 0.160, 0.588, 1.015, 1.113 max_d=1.113 avg_d=0.588 std_dev=0.427
C2' B 0, 0.174, 0.609, 1.045, 1.157 max_d=1.157 avg_d=0.609 std_dev=0.435
O5' B 0, 0.144, 0.579, 1.015, 1.135 max_d=1.135 avg_d=0.579 std_dev=0.436
C1' B 0, 0.174, 0.632, 1.090, 1.203 max_d=1.203 avg_d=0.632 std_dev=0.458
OP2 B 0, 0.071, 0.571, 1.071, 1.308 max_d=1.308 avg_d=0.571 std_dev=0.500
N1 B 0, 0.143, 0.662, 1.182, 1.337 max_d=1.337 avg_d=0.662 std_dev=0.519
C6 B 0, 0.181, 0.716, 1.251, 1.361 max_d=1.361 avg_d=0.716 std_dev=0.535
C2 B 0, 0.142, 0.683, 1.225, 1.400 max_d=1.400 avg_d=0.683 std_dev=0.542
O2 B 0, 0.185, 0.728, 1.271, 1.416 max_d=1.416 avg_d=0.728 std_dev=0.543
C5 B 0, 0.157, 0.723, 1.288, 1.446 max_d=1.446 avg_d=0.723 std_dev=0.565
N3 B 0, 0.153, 0.729, 1.304, 1.490 max_d=1.490 avg_d=0.729 std_dev=0.576
C4 B 0, 0.120, 0.707, 1.294, 1.510 max_d=1.510 avg_d=0.707 std_dev=0.587
N4 B 0, 0.141, 0.752, 1.362, 1.594 max_d=1.594 avg_d=0.752 std_dev=0.610
OP1 A 0, 0.091, 0.714, 1.337, 1.543 max_d=1.543 avg_d=0.714 std_dev=0.623

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.12 0.13 0.07
C2 0.02 0.00 0.04 0.03 0.00 0.06 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.08 0.06 0.05 0.01 0.08 0.15 0.07
C2' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.06 0.02 0.03 0.03 0.07 0.04 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.16 0.12 0.09
C3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.04 0.02 0.04 0.03 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.04 0.03 0.13 0.09 0.07
C4 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.05 0.05 0.05 0.00 0.12 0.18 0.09
C4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.07 0.04 0.05 0.06 0.05 0.02 0.02 0.03 0.00 0.03 0.04 0.06 0.06 0.04
C5 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.06 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.04 0.03 0.07 0.01 0.11 0.20 0.10
C5' 0.05 0.05 0.06 0.02 0.04 0.01 0.06 0.00 0.03 0.17 0.02 0.06 0.05 0.14 0.08 0.05 0.04 0.02 0.01 0.05 0.02 0.08 0.02
C6 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.06 0.04 0.04 0.04 0.00 0.07 0.17 0.06
C8 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.07 0.02 0.17 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.03 0.16 0.03 0.21 0.25 0.18
N1 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.08 0.07 0.05 0.02 0.01 0.06 0.16 0.05
N2 0.05 0.01 0.07 0.04 0.01 0.05 0.02 0.06 0.03 0.02 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.12 0.12 0.05 0.06 0.04 0.07 0.15 0.07
N3 0.03 0.01 0.04 0.03 0.00 0.06 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.07 0.07 0.07 0.05 0.01 0.10 0.16 0.09
N7 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.05 0.00 0.14 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.04 0.05 0.02 0.15 0.03 0.18 0.24 0.15
N9 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.05 0.02 0.07 0.01 0.15 0.18 0.11
O2' 0.01 0.08 0.00 0.03 0.04 0.02 0.05 0.05 0.06 0.03 0.08 0.12 0.07 0.04 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.06 0.17 0.11 0.09
O3' 0.05 0.08 0.02 0.01 0.05 0.03 0.04 0.04 0.04 0.05 0.07 0.12 0.07 0.05 0.05 0.05 0.00 0.07 0.10 0.04 0.11 0.13 0.10
O4' 0.01 0.06 0.01 0.02 0.05 0.00 0.03 0.02 0.04 0.03 0.05 0.05 0.07 0.02 0.02 0.01 0.07 0.00 0.02 0.05 0.06 0.09 0.04
O5' 0.02 0.05 0.02 0.04 0.05 0.03 0.07 0.01 0.04 0.16 0.02 0.06 0.05 0.15 0.07 0.01 0.10 0.02 0.00 0.05 0.04 0.04 0.01
O6 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.06 0.04 0.05 0.05 0.00 0.05 0.17 0.05
OP1 0.12 0.08 0.16 0.13 0.12 0.06 0.11 0.02 0.07 0.21 0.06 0.07 0.10 0.18 0.15 0.17 0.11 0.06 0.04 0.05 0.00 0.01 0.01
OP2 0.13 0.15 0.12 0.09 0.18 0.06 0.20 0.08 0.17 0.25 0.16 0.15 0.16 0.24 0.18 0.11 0.13 0.09 0.04 0.17 0.01 0.00 0.00
P 0.07 0.07 0.09 0.07 0.09 0.04 0.10 0.02 0.06 0.18 0.05 0.07 0.09 0.15 0.11 0.09 0.10 0.04 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.16 0.02 0.16 0.01 0.11 0.06 0.13 0.20 0.04 0.09 0.05 0.02 0.03 0.07 0.11 0.04
C2 0.03 0.09 0.03 0.04 0.18 0.03 0.18 0.02 0.12 0.08 0.14 0.21 0.06 0.06 0.02 0.05 0.05 0.06 0.08 0.05
C2' 0.01 0.07 0.02 0.02 0.16 0.03 0.15 0.02 0.10 0.06 0.12 0.19 0.03 0.11 0.06 0.01 0.03 0.08 0.12 0.05
C3' 0.02 0.09 0.01 0.02 0.17 0.02 0.16 0.01 0.11 0.07 0.14 0.21 0.05 0.09 0.05 0.02 0.02 0.07 0.12 0.04
C4 0.01 0.08 0.00 0.01 0.16 0.01 0.17 0.01 0.12 0.07 0.12 0.19 0.04 0.08 0.04 0.02 0.02 0.07 0.10 0.04
C4' 0.03 0.11 0.02 0.02 0.20 0.02 0.19 0.01 0.14 0.09 0.16 0.24 0.07 0.07 0.04 0.02 0.01 0.06 0.12 0.04
C5 0.02 0.06 0.03 0.02 0.14 0.03 0.16 0.01 0.12 0.06 0.10 0.17 0.02 0.10 0.05 0.02 0.02 0.08 0.10 0.06
C5' 0.02 0.07 0.03 0.04 0.17 0.05 0.19 0.04 0.13 0.06 0.12 0.22 0.04 0.11 0.09 0.03 0.04 0.09 0.16 0.08
C6 0.04 0.04 0.04 0.03 0.13 0.05 0.16 0.03 0.13 0.06 0.08 0.15 0.02 0.12 0.05 0.04 0.03 0.08 0.08 0.06
C8 0.04 0.08 0.03 0.03 0.15 0.04 0.17 0.02 0.13 0.08 0.11 0.18 0.04 0.09 0.05 0.04 0.02 0.09 0.13 0.06
N1 0.01 0.06 0.01 0.02 0.15 0.03 0.16 0.01 0.12 0.05 0.10 0.17 0.03 0.09 0.02 0.03 0.01 0.06 0.07 0.04
N2 0.08 0.15 0.09 0.10 0.23 0.05 0.22 0.06 0.16 0.13 0.20 0.26 0.12 0.03 0.07 0.07 0.13 0.15 0.17 0.15
N3 0.05 0.10 0.03 0.03 0.18 0.03 0.18 0.03 0.13 0.08 0.15 0.22 0.07 0.07 0.02 0.05 0.05 0.04 0.08 0.02
N7 0.04 0.06 0.04 0.04 0.14 0.04 0.16 0.03 0.13 0.07 0.10 0.16 0.02 0.11 0.05 0.04 0.03 0.09 0.13 0.07
N9 0.02 0.08 0.01 0.01 0.16 0.01 0.17 0.00 0.12 0.07 0.12 0.19 0.04 0.09 0.04 0.01 0.02 0.08 0.11 0.05
O2' 0.03 0.06 0.04 0.04 0.15 0.05 0.14 0.04 0.08 0.04 0.11 0.19 0.03 0.14 0.07 0.04 0.05 0.09 0.11 0.06
O3' 0.08 0.06 0.07 0.07 0.12 0.09 0.10 0.09 0.06 0.06 0.10 0.16 0.06 0.14 0.10 0.10 0.11 0.09 0.14 0.09
O4' 0.04 0.11 0.03 0.03 0.19 0.02 0.19 0.02 0.14 0.09 0.15 0.23 0.07 0.06 0.03 0.02 0.02 0.06 0.11 0.04
O5' 0.03 0.07 0.05 0.05 0.17 0.07 0.18 0.05 0.12 0.05 0.12 0.22 0.06 0.13 0.11 0.04 0.06 0.10 0.16 0.08
O6 0.08 0.03 0.08 0.06 0.11 0.09 0.16 0.06 0.14 0.07 0.05 0.12 0.05 0.16 0.08 0.08 0.07 0.08 0.08 0.07
OP1 0.05 0.06 0.07 0.07 0.18 0.09 0.18 0.08 0.13 0.06 0.12 0.23 0.03 0.16 0.12 0.07 0.06 0.11 0.14 0.08
OP2 0.18 0.11 0.20 0.20 0.11 0.21 0.15 0.19 0.15 0.13 0.08 0.13 0.14 0.29 0.25 0.19 0.19 0.24 0.27 0.21
P 0.07 0.05 0.09 0.09 0.16 0.10 0.18 0.08 0.13 0.06 0.10 0.20 0.03 0.17 0.13 0.07 0.08 0.13 0.17 0.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.06 0.06 0.15 0.07
C2 0.01 0.00 0.10 0.09 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.09 0.11 0.01 0.10 0.13 0.25 0.14
C2' 0.00 0.10 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.06 0.02 0.08 0.03 0.17 0.00 0.02 0.01 0.04 0.06 0.15 0.06
C3' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.08 0.01 0.11 0.02 0.07 0.01 0.16 0.01 0.00 0.01 0.05 0.05 0.10 0.03
C4 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.12 0.17 0.26 0.18
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.06 0.01 0.02 0.01 0.06 0.05 0.02 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01
C5 0.01 0.01 0.04 0.08 0.01 0.06 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.08 0.03 0.14 0.19 0.25 0.20
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.07 0.00 0.11 0.00 0.11 0.04 0.04 0.07 0.04 0.04 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01
C6 0.01 0.01 0.06 0.11 0.01 0.06 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.10 0.03 0.13 0.16 0.21 0.17
N1 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.08 0.10 0.19 0.11
N3 0.01 0.01 0.08 0.07 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.10 0.01 0.11 0.16 0.27 0.17
N4 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.03 0.02 0.12 0.19 0.27 0.20
O2 0.02 0.00 0.17 0.16 0.01 0.06 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.16 0.19 0.03 0.10 0.14 0.27 0.14
O2' 0.02 0.09 0.00 0.01 0.04 0.05 0.02 0.04 0.04 0.03 0.09 0.05 0.16 0.00 0.03 0.05 0.03 0.03 0.11 0.02
O3' 0.02 0.11 0.02 0.00 0.02 0.02 0.08 0.01 0.10 0.02 0.10 0.03 0.19 0.03 0.00 0.02 0.07 0.04 0.07 0.04
O4' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.05 0.02 0.00 0.07 0.05 0.12 0.06
O5' 0.06 0.10 0.04 0.05 0.12 0.01 0.14 0.01 0.13 0.08 0.11 0.12 0.10 0.03 0.07 0.07 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.06 0.13 0.06 0.05 0.17 0.02 0.19 0.03 0.16 0.10 0.16 0.19 0.14 0.03 0.04 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.15 0.25 0.15 0.10 0.26 0.07 0.25 0.03 0.21 0.19 0.27 0.27 0.27 0.11 0.07 0.12 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.07 0.14 0.06 0.03 0.18 0.01 0.20 0.01 0.17 0.11 0.17 0.20 0.14 0.02 0.04 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00