ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51411

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.012, 0.028, 0.043, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.028 std_dev=0.016
N1 A 0, 0.013, 0.033, 0.053, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.033 std_dev=0.020
C5 A 0, 0.007, 0.030, 0.054, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.030 std_dev=0.024
N3 A 0, 0.011, 0.036, 0.060, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.036 std_dev=0.025
C4 A 0, 0.012, 0.040, 0.067, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.040 std_dev=0.028
C2 A 0, -0.006, 0.022, 0.050, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.022 std_dev=0.028
C1' A 0, 0.010, 0.039, 0.068, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.039 std_dev=0.029
N9 A 0, 0.020, 0.053, 0.086, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.053 std_dev=0.033
O6 A 0, 0.018, 0.055, 0.093, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.055 std_dev=0.038
N7 A 0, -0.003, 0.048, 0.098, 0.142 max_d=0.142 avg_d=0.048 std_dev=0.050
C8 A 0, -0.004, 0.057, 0.118, 0.172 max_d=0.172 avg_d=0.057 std_dev=0.061
N2 A 0, 0.013, 0.091, 0.170, 0.214 max_d=0.214 avg_d=0.091 std_dev=0.079
P B 0, 0.119, 0.418, 0.716, 0.875 max_d=0.875 avg_d=0.418 std_dev=0.298
O5' A 0, 0.199, 0.509, 0.819, 0.993 max_d=0.993 avg_d=0.509 std_dev=0.310
O4' A 0, 0.053, 0.387, 0.721, 0.917 max_d=0.917 avg_d=0.387 std_dev=0.334
C2' A 0, 0.094, 0.495, 0.896, 1.042 max_d=1.042 avg_d=0.495 std_dev=0.401
C5' A 0, 0.171, 0.714, 1.257, 1.596 max_d=1.596 avg_d=0.714 std_dev=0.543
C5 B 0, 0.187, 0.742, 1.296, 1.438 max_d=1.438 avg_d=0.742 std_dev=0.554
C6 B 0, 0.210, 0.765, 1.320, 1.424 max_d=1.424 avg_d=0.765 std_dev=0.555
C4' A 0, 0.139, 0.701, 1.264, 1.563 max_d=1.563 avg_d=0.701 std_dev=0.563
O2' A 0, 0.134, 0.712, 1.290, 1.482 max_d=1.482 avg_d=0.712 std_dev=0.578
OP2 B 0, 0.175, 0.758, 1.340, 1.575 max_d=1.575 avg_d=0.758 std_dev=0.582
O4' B 0, 0.353, 0.987, 1.620, 1.735 max_d=1.735 avg_d=0.987 std_dev=0.633
N1 B 0, 0.330, 0.979, 1.628, 1.662 max_d=1.662 avg_d=0.979 std_dev=0.649
C1' B 0, 0.406, 1.105, 1.803, 1.859 max_d=1.859 avg_d=1.105 std_dev=0.699
C4 B 0, 0.260, 0.991, 1.721, 1.820 max_d=1.820 avg_d=0.991 std_dev=0.731
P A 0, -0.060, 0.687, 1.435, 2.314 max_d=2.314 avg_d=0.687 std_dev=0.748
OP1 B 0, 0.142, 0.911, 1.679, 1.924 max_d=1.924 avg_d=0.911 std_dev=0.768
C3' A 0, 0.186, 0.963, 1.740, 1.896 max_d=1.896 avg_d=0.963 std_dev=0.777
C4' B 0, 0.352, 1.142, 1.932, 1.944 max_d=1.944 avg_d=1.142 std_dev=0.790
C5' B 0, 0.280, 1.087, 1.894, 2.141 max_d=2.141 avg_d=1.087 std_dev=0.807
O5' B 0, 0.178, 0.990, 1.802, 1.829 max_d=1.829 avg_d=0.990 std_dev=0.812
C2 B 0, 0.417, 1.230, 2.043, 2.139 max_d=2.139 avg_d=1.230 std_dev=0.813
N4 B 0, 0.273, 1.110, 1.946, 2.116 max_d=2.116 avg_d=1.110 std_dev=0.836
OP1 A 0, -0.087, 0.761, 1.609, 2.613 max_d=2.613 avg_d=0.761 std_dev=0.848
N3 B 0, 0.369, 1.250, 2.131, 2.272 max_d=2.272 avg_d=1.250 std_dev=0.881
C3' B 0, 0.409, 1.291, 2.173, 2.200 max_d=2.200 avg_d=1.291 std_dev=0.882
C2' B 0, 0.477, 1.449, 2.420, 2.430 max_d=2.430 avg_d=1.449 std_dev=0.972
O2 B 0, 0.522, 1.503, 2.484, 2.671 max_d=2.671 avg_d=1.503 std_dev=0.981
OP2 A 0, -0.060, 0.946, 1.953, 3.131 max_d=3.131 avg_d=0.946 std_dev=1.006
O3' B 0, 0.404, 1.610, 2.816, 2.901 max_d=2.901 avg_d=1.610 std_dev=1.206
O2' B 0, 0.659, 1.894, 3.128, 3.258 max_d=3.258 avg_d=1.894 std_dev=1.235
O3' A 0, 0.201, 1.706, 3.211, 3.351 max_d=3.351 avg_d=1.706 std_dev=1.505

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.09 0.06 0.03 0.06 0.09 0.06 0.02 0.01 0.02 0.33 0.00 0.21 0.07 0.22 0.25 0.19
C2 0.07 0.00 0.31 0.29 0.01 0.09 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.22 0.30 0.08 0.17 0.03 0.18 0.20 0.14
C2' 0.00 0.31 0.00 0.00 0.17 0.01 0.14 0.22 0.21 0.12 0.27 0.34 0.29 0.09 0.04 0.01 0.03 0.01 0.42 0.21 0.52 0.52 0.46
C3' 0.01 0.29 0.00 0.00 0.30 0.01 0.42 0.01 0.45 0.41 0.37 0.25 0.24 0.47 0.26 0.01 0.01 0.03 0.10 0.51 0.05 0.15 0.08
C4 0.03 0.01 0.17 0.30 0.00 0.09 0.01 0.07 0.03 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.20 0.12 0.04 0.16 0.05 0.18 0.21 0.15
C4' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.09 0.00 0.13 0.01 0.15 0.14 0.12 0.10 0.08 0.15 0.08 0.33 0.03 0.00 0.02 0.18 0.05 0.08 0.04
C5 0.03 0.01 0.14 0.42 0.01 0.13 0.00 0.08 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.25 0.16 0.03 0.14 0.04 0.15 0.19 0.15
C5' 0.09 0.08 0.22 0.01 0.07 0.01 0.08 0.00 0.10 0.08 0.09 0.11 0.08 0.09 0.06 0.10 0.25 0.01 0.01 0.12 0.07 0.03 0.02
C6 0.06 0.01 0.21 0.45 0.03 0.15 0.02 0.10 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.24 0.18 0.03 0.14 0.02 0.14 0.18 0.14
C8 0.03 0.01 0.12 0.41 0.01 0.14 0.01 0.08 0.03 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.26 0.26 0.04 0.14 0.04 0.16 0.22 0.17
N1 0.06 0.01 0.27 0.37 0.03 0.12 0.01 0.09 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.22 0.16 0.05 0.15 0.02 0.15 0.18 0.13
N2 0.09 0.01 0.34 0.25 0.02 0.10 0.01 0.11 0.02 0.03 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.27 0.47 0.12 0.20 0.05 0.20 0.21 0.16
N3 0.06 0.01 0.29 0.24 0.00 0.08 0.01 0.08 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.02 0.19 0.34 0.07 0.17 0.04 0.18 0.21 0.15
N7 0.02 0.01 0.09 0.47 0.01 0.15 0.00 0.09 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.29 0.31 0.03 0.13 0.04 0.15 0.20 0.17
N9 0.01 0.02 0.04 0.26 0.01 0.08 0.02 0.06 0.04 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.19 0.07 0.01 0.17 0.06 0.19 0.22 0.16
O2' 0.02 0.22 0.01 0.01 0.20 0.33 0.25 0.10 0.24 0.26 0.22 0.27 0.19 0.29 0.19 0.00 0.05 0.23 0.26 0.24 0.37 0.53 0.33
O3' 0.33 0.30 0.03 0.01 0.12 0.03 0.16 0.25 0.18 0.26 0.16 0.47 0.34 0.31 0.07 0.05 0.00 0.24 0.32 0.28 0.41 0.39 0.35
O4' 0.00 0.08 0.01 0.03 0.04 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.05 0.12 0.07 0.03 0.01 0.23 0.24 0.00 0.07 0.03 0.05 0.12 0.06
O5' 0.21 0.17 0.42 0.10 0.16 0.02 0.14 0.01 0.14 0.14 0.15 0.20 0.17 0.13 0.17 0.26 0.32 0.07 0.00 0.14 0.01 0.02 0.01
O6 0.07 0.03 0.21 0.51 0.05 0.18 0.04 0.12 0.02 0.04 0.02 0.05 0.04 0.04 0.06 0.24 0.28 0.03 0.14 0.00 0.13 0.16 0.14
OP1 0.22 0.18 0.52 0.05 0.18 0.05 0.15 0.07 0.14 0.16 0.15 0.20 0.18 0.15 0.19 0.37 0.41 0.05 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00
OP2 0.25 0.20 0.52 0.15 0.21 0.08 0.19 0.03 0.18 0.22 0.18 0.21 0.21 0.20 0.22 0.53 0.39 0.12 0.02 0.16 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.14 0.46 0.08 0.15 0.04 0.15 0.02 0.14 0.17 0.13 0.16 0.15 0.17 0.16 0.33 0.35 0.06 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.63 0.48 0.76 0.69 0.29 0.54 0.40 0.38 0.53 0.55 0.36 0.20 0.50 0.81 0.78 0.56 0.71 0.46 0.16 0.05
C2 0.43 0.29 0.44 0.47 0.32 0.43 0.27 0.37 0.43 0.36 0.37 0.46 0.31 0.44 0.50 0.47 0.70 0.39 0.22 0.06
C2' 0.52 0.50 0.65 0.49 0.31 0.31 0.25 0.14 0.35 0.46 0.44 0.34 0.57 0.72 0.59 0.40 0.50 0.63 0.39 0.24
C3' 0.63 0.61 0.84 0.66 0.42 0.39 0.31 0.07 0.37 0.54 0.54 0.53 0.73 0.96 0.83 0.46 0.49 0.67 0.48 0.32
C4 0.56 0.44 0.60 0.54 0.34 0.44 0.47 0.33 0.56 0.53 0.37 0.28 0.43 0.61 0.57 0.53 0.67 0.42 0.09 0.06
C4' 0.58 0.47 0.78 0.69 0.30 0.47 0.27 0.27 0.40 0.49 0.39 0.36 0.54 0.86 0.86 0.48 0.65 0.48 0.19 0.10
C5 0.52 0.46 0.50 0.41 0.43 0.34 0.54 0.26 0.58 0.52 0.42 0.38 0.45 0.49 0.41 0.48 0.59 0.40 0.16 0.07
C5' 0.69 0.63 0.84 0.72 0.47 0.52 0.46 0.28 0.55 0.63 0.56 0.40 0.68 0.91 0.85 0.58 0.70 0.43 0.09 0.05
C6 0.40 0.36 0.34 0.26 0.36 0.23 0.47 0.21 0.50 0.42 0.35 0.34 0.35 0.32 0.26 0.40 0.51 0.37 0.24 0.08
C8 0.62 0.59 0.66 0.54 0.54 0.42 0.59 0.29 0.62 0.62 0.55 0.47 0.59 0.67 0.56 0.54 0.63 0.43 0.14 0.07
N1 0.36 0.29 0.31 0.28 0.30 0.28 0.35 0.25 0.44 0.35 0.32 0.34 0.30 0.29 0.29 0.40 0.58 0.37 0.10 0.07
N2 0.34 0.38 0.38 0.50 0.49 0.47 0.19 0.45 0.29 0.25 0.57 0.64 0.40 0.38 0.56 0.44 0.72 0.39 0.45 0.10
N3 0.53 0.33 0.61 0.60 0.25 0.50 0.33 0.40 0.49 0.45 0.32 0.39 0.35 0.61 0.66 0.53 0.73 0.41 0.20 0.06
N7 0.56 0.56 0.55 0.43 0.55 0.33 0.60 0.24 0.61 0.59 0.53 0.52 0.54 0.55 0.42 0.49 0.56 0.41 0.21 0.08
N9 0.62 0.52 0.70 0.61 0.41 0.49 0.51 0.35 0.59 0.59 0.44 0.29 0.53 0.72 0.66 0.56 0.68 0.44 0.08 0.06
O2' 0.95 0.83 1.08 0.95 0.60 0.83 0.69 0.61 0.81 0.88 0.69 0.35 0.85 1.14 1.02 0.87 1.01 0.35 0.15 0.29
O3' 0.94 0.81 1.31 1.17 0.46 0.82 0.36 0.45 0.53 0.77 0.64 0.61 0.98 1.46 1.44 0.75 0.91 0.41 0.28 0.20
O4' 0.64 0.46 0.80 0.75 0.29 0.59 0.40 0.44 0.53 0.55 0.35 0.23 0.48 0.85 0.88 0.59 0.77 0.37 0.11 0.07
O5' 0.86 0.86 0.96 0.78 0.74 0.60 0.71 0.33 0.76 0.84 0.82 0.67 0.90 1.01 0.85 0.73 0.77 0.40 0.19 0.11
O6 0.33 0.34 0.22 0.13 0.38 0.12 0.45 0.20 0.45 0.37 0.34 0.37 0.33 0.19 0.18 0.31 0.36 0.34 0.41 0.09
OP1 1.00 1.08 1.07 0.85 0.97 0.67 0.89 0.36 0.91 1.01 1.07 0.94 1.13 1.12 0.89 0.85 0.82 0.33 0.27 0.15
OP2 1.00 1.10 1.00 0.79 1.09 0.64 1.02 0.37 0.99 1.04 1.12 1.11 1.11 1.02 0.78 0.86 0.81 0.25 0.40 0.20
P 0.91 0.96 0.96 0.77 0.89 0.61 0.85 0.35 0.86 0.92 0.95 0.87 0.98 0.99 0.80 0.78 0.78 0.34 0.27 0.12

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.03 0.03 0.08 0.03 0.02 0.01 0.32 0.22 0.51 0.16
C2 0.03 0.00 0.02 0.08 0.02 0.05 0.02 0.17 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.08 0.06 0.03 0.33 0.45 0.64 0.24
C2' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.04 0.01 0.02 0.04 0.07 0.00 0.03 0.01 0.14 0.30 0.70 0.24
C3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.13 0.01 0.12 0.01 0.09 0.06 0.12 0.15 0.06 0.02 0.01 0.02 0.13 0.31 0.78 0.34
C4 0.03 0.02 0.03 0.13 0.00 0.13 0.01 0.32 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.06 0.13 0.03 0.37 0.47 0.53 0.23
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.13 0.00 0.15 0.01 0.12 0.06 0.10 0.15 0.04 0.06 0.02 0.01 0.02 0.11 0.55 0.09
C5 0.02 0.02 0.04 0.12 0.01 0.15 0.00 0.34 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.13 0.06 0.45 0.35 0.43 0.21
C5' 0.04 0.17 0.02 0.01 0.32 0.01 0.34 0.00 0.27 0.17 0.26 0.36 0.08 0.06 0.06 0.02 0.01 0.38 0.44 0.02
C6 0.02 0.02 0.04 0.09 0.01 0.12 0.00 0.27 0.00 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.10 0.06 0.50 0.31 0.42 0.25
N1 0.01 0.01 0.01 0.06 0.02 0.06 0.01 0.17 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.04 0.05 0.01 0.39 0.31 0.53 0.20
N3 0.03 0.01 0.02 0.12 0.01 0.10 0.02 0.26 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.07 0.10 0.02 0.32 0.54 0.64 0.27
N4 0.03 0.02 0.04 0.15 0.01 0.15 0.02 0.36 0.02 0.03 0.01 0.00 0.03 0.06 0.16 0.03 0.35 0.53 0.48 0.23
O2 0.08 0.01 0.07 0.06 0.02 0.04 0.03 0.08 0.03 0.03 0.02 0.03 0.00 0.13 0.06 0.09 0.32 0.47 0.67 0.26
O2' 0.03 0.08 0.00 0.02 0.06 0.06 0.03 0.06 0.02 0.04 0.07 0.06 0.13 0.00 0.05 0.04 0.07 0.22 0.70 0.22
O3' 0.02 0.06 0.03 0.01 0.13 0.02 0.13 0.06 0.10 0.05 0.10 0.16 0.06 0.05 0.00 0.01 0.34 0.52 0.91 0.54
O4' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.06 0.02 0.06 0.01 0.02 0.03 0.09 0.04 0.01 0.00 0.35 0.35 0.37 0.26
O5' 0.32 0.33 0.14 0.13 0.37 0.02 0.45 0.01 0.50 0.39 0.32 0.35 0.32 0.07 0.34 0.35 0.00 0.01 0.05 0.01
OP1 0.22 0.45 0.30 0.31 0.47 0.11 0.35 0.38 0.31 0.31 0.54 0.53 0.47 0.22 0.52 0.35 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.51 0.64 0.70 0.78 0.53 0.55 0.43 0.44 0.42 0.53 0.64 0.48 0.67 0.70 0.91 0.37 0.05 0.02 0.00 0.02
P 0.16 0.24 0.24 0.34 0.23 0.09 0.21 0.02 0.25 0.20 0.27 0.23 0.26 0.22 0.54 0.26 0.01 0.01 0.02 0.00