ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51412

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.019, 0.034, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.019 std_dev=0.016
C5 A 0, 0.009, 0.030, 0.050, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.030 std_dev=0.021
N1 A 0, 0.008, 0.029, 0.050, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.029 std_dev=0.021
C4 A 0, 0.011, 0.037, 0.062, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.037 std_dev=0.025
C1' A 0, 0.004, 0.031, 0.058, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.031 std_dev=0.027
N3 A 0, 0.005, 0.034, 0.064, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.034 std_dev=0.029
C2 A 0, -0.002, 0.028, 0.058, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.028 std_dev=0.030
N9 A 0, 0.011, 0.044, 0.077, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.044 std_dev=0.033
N7 A 0, 0.010, 0.053, 0.096, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.053 std_dev=0.043
C8 A 0, 0.012, 0.064, 0.117, 0.146 max_d=0.146 avg_d=0.064 std_dev=0.053
N2 A 0, -0.003, 0.051, 0.104, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.051 std_dev=0.053
O6 A 0, -0.006, 0.069, 0.144, 0.211 max_d=0.211 avg_d=0.069 std_dev=0.075
P B 0, 0.046, 0.273, 0.499, 0.556 max_d=0.556 avg_d=0.273 std_dev=0.227
O4' A 0, 0.087, 0.736, 1.385, 1.481 max_d=1.481 avg_d=0.736 std_dev=0.649
OP2 B 0, 0.019, 0.786, 1.552, 1.716 max_d=1.716 avg_d=0.786 std_dev=0.766
C2' A 0, 0.092, 0.860, 1.627, 1.760 max_d=1.760 avg_d=0.860 std_dev=0.767
OP1 B 0, -0.062, 0.784, 1.631, 1.940 max_d=1.940 avg_d=0.784 std_dev=0.846
C3' A 0, -0.022, 0.915, 1.851, 2.088 max_d=2.088 avg_d=0.915 std_dev=0.937
C4' A 0, -0.036, 0.930, 1.897, 2.125 max_d=2.125 avg_d=0.930 std_dev=0.967
C5' B 0, -0.065, 0.923, 1.910, 2.126 max_d=2.126 avg_d=0.923 std_dev=0.987
O3' A 0, -0.019, 1.028, 2.074, 2.413 max_d=2.413 avg_d=1.028 std_dev=1.047
O2' A 0, 0.194, 1.363, 2.531, 2.719 max_d=2.719 avg_d=1.363 std_dev=1.169
O5' B 0, -0.122, 1.117, 2.357, 2.674 max_d=2.674 avg_d=1.117 std_dev=1.239
O3' B 0, -0.026, 1.358, 2.742, 3.147 max_d=3.147 avg_d=1.358 std_dev=1.384
C5' A 0, 0.027, 1.473, 2.919, 3.217 max_d=3.217 avg_d=1.473 std_dev=1.446
C4' B 0, -0.246, 1.795, 3.836, 4.362 max_d=4.362 avg_d=1.795 std_dev=2.041
C3' B 0, -0.242, 1.861, 3.964, 4.511 max_d=4.511 avg_d=1.861 std_dev=2.103
O5' A 0, -0.028, 2.472, 4.972, 5.570 max_d=5.570 avg_d=2.472 std_dev=2.500
P A 0, -0.248, 2.931, 6.110, 6.893 max_d=6.893 avg_d=2.931 std_dev=3.179
O4' B 0, -0.354, 2.879, 6.113, 6.837 max_d=6.837 avg_d=2.879 std_dev=3.233
OP2 A 0, -0.215, 3.050, 6.315, 7.183 max_d=7.183 avg_d=3.050 std_dev=3.265
C2' B 0, -0.472, 3.012, 6.496, 7.362 max_d=7.362 avg_d=3.012 std_dev=3.484
OP1 A 0, -0.418, 3.083, 6.583, 7.402 max_d=7.402 avg_d=3.083 std_dev=3.501
O2' B 0, -0.575, 3.196, 6.968, 7.966 max_d=7.966 avg_d=3.196 std_dev=3.771
C1' B 0, -0.521, 3.624, 7.769, 8.774 max_d=8.774 avg_d=3.624 std_dev=4.145
N1 B 0, -0.602, 4.499, 9.601, 10.742 max_d=10.742 avg_d=4.499 std_dev=5.102
C6 B 0, -0.584, 4.616, 9.816, 10.983 max_d=10.983 avg_d=4.616 std_dev=5.200
C2 B 0, -0.725, 5.402, 11.529, 13.056 max_d=13.056 avg_d=5.402 std_dev=6.127
O2 B 0, -0.733, 5.459, 11.652, 13.445 max_d=13.445 avg_d=5.459 std_dev=6.192
C5 B 0, -0.699, 5.546, 11.791, 13.295 max_d=13.295 avg_d=5.546 std_dev=6.245
N3 B 0, -0.836, 6.304, 13.444, 15.120 max_d=15.120 avg_d=6.304 std_dev=7.140
C4 B 0, -0.828, 6.368, 13.565, 15.225 max_d=15.225 avg_d=6.368 std_dev=7.196
N4 B 0, -0.955, 7.335, 15.626, 17.582 max_d=17.582 avg_d=7.335 std_dev=8.290

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.07 0.03 0.03 0.03 0.07 0.05 0.02 0.01 0.04 0.24 0.01 0.19 0.05 0.08 0.25 0.17
C2 0.05 0.00 0.43 0.30 0.01 0.08 0.01 0.18 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.32 0.16 0.24 0.20 0.02 0.13 0.19 0.07
C2' 0.00 0.43 0.00 0.01 0.20 0.02 0.10 0.17 0.18 0.21 0.33 0.52 0.41 0.12 0.03 0.00 0.02 0.01 0.30 0.14 0.22 0.06 0.21
C3' 0.02 0.30 0.01 0.00 0.25 0.01 0.28 0.02 0.31 0.18 0.33 0.30 0.26 0.24 0.18 0.02 0.01 0.03 0.43 0.32 0.22 0.27 0.34
C4 0.01 0.01 0.20 0.25 0.00 0.04 0.00 0.16 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.14 0.14 0.33 0.03 0.21 0.20 0.26
C4' 0.03 0.08 0.02 0.01 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.15 0.05 0.12 0.08 0.12 0.06 0.26 0.02 0.01 0.02 0.09 0.13 0.29 0.04
C5 0.02 0.01 0.10 0.28 0.00 0.06 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.16 0.17 0.08 0.52 0.04 0.38 0.39 0.47
C5' 0.07 0.18 0.17 0.02 0.16 0.01 0.20 0.00 0.21 0.28 0.19 0.21 0.16 0.27 0.17 0.15 0.20 0.02 0.01 0.23 0.10 0.27 0.02
C6 0.03 0.01 0.18 0.31 0.02 0.06 0.01 0.21 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.08 0.20 0.13 0.46 0.01 0.34 0.32 0.39
C8 0.03 0.02 0.21 0.18 0.02 0.15 0.01 0.28 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.00 0.41 0.13 0.14 0.80 0.06 0.58 0.66 0.79
N1 0.03 0.01 0.33 0.33 0.02 0.05 0.01 0.19 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.15 0.18 0.19 0.29 0.02 0.18 0.14 0.17
N2 0.07 0.00 0.52 0.30 0.01 0.12 0.01 0.21 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.50 0.16 0.28 0.23 0.03 0.22 0.32 0.21
N3 0.05 0.01 0.41 0.26 0.01 0.08 0.01 0.16 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.32 0.15 0.23 0.17 0.01 0.12 0.20 0.04
N7 0.02 0.02 0.12 0.24 0.02 0.12 0.00 0.27 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.37 0.17 0.07 0.77 0.07 0.61 0.71 0.79
N9 0.01 0.03 0.03 0.18 0.01 0.06 0.01 0.17 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03 0.01 0.00 0.15 0.13 0.01 0.46 0.05 0.29 0.29 0.40
O2' 0.04 0.32 0.00 0.02 0.03 0.26 0.16 0.15 0.08 0.41 0.15 0.50 0.32 0.37 0.15 0.00 0.08 0.19 0.34 0.16 0.21 0.14 0.27
O3' 0.24 0.16 0.02 0.01 0.14 0.02 0.17 0.20 0.20 0.13 0.18 0.16 0.15 0.17 0.13 0.08 0.00 0.17 0.42 0.23 0.35 0.38 0.41
O4' 0.01 0.24 0.01 0.03 0.14 0.01 0.08 0.02 0.13 0.14 0.19 0.28 0.23 0.07 0.01 0.19 0.17 0.00 0.08 0.13 0.07 0.39 0.09
O5' 0.19 0.20 0.30 0.43 0.33 0.02 0.52 0.01 0.46 0.80 0.29 0.23 0.17 0.77 0.46 0.34 0.42 0.08 0.00 0.54 0.01 0.02 0.01
O6 0.05 0.02 0.14 0.32 0.03 0.09 0.04 0.23 0.01 0.06 0.02 0.03 0.01 0.07 0.05 0.16 0.23 0.13 0.54 0.00 0.43 0.44 0.49
OP1 0.08 0.13 0.22 0.22 0.21 0.13 0.38 0.10 0.34 0.58 0.18 0.22 0.12 0.61 0.29 0.21 0.35 0.07 0.01 0.43 0.00 0.01 0.01
OP2 0.25 0.19 0.06 0.27 0.20 0.29 0.39 0.27 0.32 0.66 0.14 0.32 0.20 0.71 0.29 0.14 0.38 0.39 0.02 0.44 0.01 0.00 0.01
P 0.17 0.07 0.21 0.34 0.26 0.04 0.47 0.02 0.39 0.79 0.17 0.21 0.04 0.79 0.40 0.27 0.41 0.09 0.01 0.49 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 2.54 3.11 1.88 1.09 2.68 1.49 2.41 0.67 2.29 2.56 3.09 2.70 3.67 2.11 0.88 2.24 0.90 0.15 0.37 0.09
C2 1.95 2.19 1.40 0.82 1.58 1.26 1.41 0.57 1.48 1.81 2.01 1.46 2.72 1.49 0.64 1.87 0.86 0.16 0.30 0.09
C2' 3.14 3.61 2.47 1.65 3.10 2.04 2.86 1.15 2.80 3.10 3.55 3.06 4.20 2.81 1.49 2.78 1.30 0.46 0.10 0.45
C3' 3.02 3.55 2.36 1.53 3.09 1.89 2.82 1.00 2.72 3.01 3.52 3.10 4.12 2.70 1.38 2.63 1.21 0.40 0.08 0.40
C4 1.95 2.23 1.39 0.78 1.63 1.23 1.52 0.54 1.53 1.81 2.07 1.54 2.84 1.58 0.66 1.82 0.78 0.21 0.44 0.07
C4' 2.57 3.27 1.93 1.09 2.93 1.40 2.61 0.53 2.41 2.66 3.33 3.04 3.82 2.20 0.90 2.17 0.80 0.09 0.37 0.05
C5 1.45 1.54 0.99 0.52 0.85 0.99 0.99 0.41 0.99 1.17 1.29 0.76 2.20 1.21 0.50 1.42 0.63 0.38 0.56 0.06
C5' 2.38 3.04 1.79 0.99 2.68 1.28 2.37 0.43 2.19 2.44 3.09 2.78 3.62 2.07 0.85 2.00 0.72 0.08 0.43 0.12
C6 1.07 1.03 0.70 0.34 0.45 0.81 0.86 0.33 0.73 0.72 0.73 0.52 1.69 0.89 0.37 1.11 0.54 0.48 0.59 0.07
C8 1.76 1.99 1.24 0.66 1.33 1.13 1.33 0.47 1.32 1.56 1.79 1.25 2.65 1.50 0.61 1.65 0.68 0.35 0.56 0.06
N1 1.32 1.35 0.90 0.49 0.68 0.95 0.79 0.41 0.80 1.03 1.10 0.58 1.94 1.03 0.44 1.34 0.68 0.26 0.45 0.07
N2 2.24 2.52 1.64 1.01 1.96 1.41 1.71 0.66 1.79 2.16 2.37 1.83 2.97 1.64 0.72 2.15 0.98 0.41 0.12 0.11
N3 2.24 2.62 1.62 0.95 2.09 1.36 1.89 0.61 1.89 2.18 2.51 2.01 3.18 1.76 0.74 2.07 0.88 0.15 0.32 0.09
N7 1.38 1.45 0.93 0.47 0.76 0.95 1.00 0.38 0.96 1.08 1.18 0.69 2.14 1.19 0.48 1.35 0.57 0.45 0.62 0.05
N9 2.11 2.48 1.52 0.85 1.91 1.29 1.76 0.56 1.73 2.00 2.36 1.85 3.09 1.75 0.72 1.93 0.79 0.22 0.46 0.07
O2' 3.26 3.88 2.54 1.63 3.47 2.01 3.17 1.10 3.03 3.32 3.88 3.48 4.43 2.90 1.40 2.85 1.17 0.32 0.23 0.31
O3' 2.97 3.58 2.29 1.40 3.19 1.72 2.90 0.77 2.75 3.01 3.60 3.25 4.13 2.67 1.22 2.51 0.98 0.13 0.15 0.21
O4' 2.27 2.93 1.64 0.84 2.58 1.18 2.29 0.37 2.10 2.34 2.98 2.68 3.49 1.86 0.65 1.94 0.65 0.15 0.58 0.18
O5' 2.26 2.85 1.73 1.00 2.46 1.26 2.20 0.46 2.05 2.28 2.87 2.53 3.45 1.98 0.91 1.89 0.81 0.24 0.23 0.20
O6 0.57 0.43 0.32 0.13 0.78 0.57 1.25 0.21 0.89 0.19 0.25 1.08 1.12 0.56 0.24 0.69 0.35 0.70 0.68 0.08
OP1 2.18 2.74 1.68 0.97 2.33 1.21 2.10 0.40 1.96 2.17 2.75 2.41 3.35 1.97 0.93 1.80 0.75 0.24 0.18 0.10
OP2 1.74 2.16 1.31 0.74 1.66 0.99 1.57 0.31 1.47 1.64 2.08 1.68 2.81 1.57 0.76 1.45 0.63 0.36 0.28 0.17
P 2.02 2.59 1.53 0.86 2.18 1.10 1.95 0.32 1.81 2.02 2.59 2.25 3.20 1.78 0.81 1.67 0.70 0.24 0.19 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.02 0.07 0.01 0.04 0.01 0.16 0.01 0.19 0.01 0.17 0.08 0.08 0.15
C2 0.06 0.00 0.23 0.24 0.01 0.04 0.02 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.29 0.22 0.17 0.32 0.24 0.72 0.43
C2' 0.01 0.23 0.00 0.01 0.08 0.02 0.17 0.08 0.22 0.03 0.17 0.10 0.37 0.00 0.01 0.03 0.26 0.31 0.02 0.17
C3' 0.02 0.24 0.01 0.00 0.42 0.00 0.49 0.02 0.44 0.24 0.32 0.47 0.24 0.03 0.01 0.01 0.35 0.52 0.11 0.21
C4 0.01 0.01 0.08 0.42 0.00 0.20 0.01 0.37 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.28 0.33 0.03 0.90 0.75 1.78 1.21
C4' 0.02 0.04 0.02 0.00 0.20 0.00 0.33 0.01 0.33 0.11 0.06 0.23 0.20 0.25 0.03 0.01 0.03 0.15 0.47 0.11
C5 0.06 0.02 0.17 0.49 0.01 0.33 0.00 0.62 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.27 0.30 0.16 1.22 1.14 2.07 1.57
C5' 0.02 0.08 0.08 0.02 0.37 0.01 0.62 0.00 0.59 0.18 0.12 0.42 0.31 0.16 0.09 0.01 0.01 0.41 0.39 0.01
C6 0.07 0.01 0.22 0.44 0.01 0.33 0.01 0.59 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.25 0.19 0.22 1.12 0.99 1.59 1.31
N1 0.01 0.01 0.03 0.24 0.01 0.11 0.02 0.18 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.18 0.13 0.01 0.55 0.38 0.82 0.64
N3 0.04 0.00 0.17 0.32 0.01 0.06 0.01 0.12 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.29 0.29 0.12 0.53 0.34 1.20 0.73
N4 0.01 0.01 0.10 0.47 0.01 0.23 0.01 0.42 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.28 0.40 0.04 0.98 0.87 2.09 1.38
O2 0.16 0.01 0.37 0.24 0.03 0.20 0.02 0.31 0.02 0.04 0.03 0.04 0.00 0.35 0.22 0.32 0.25 0.61 0.31 0.30
O2' 0.01 0.29 0.00 0.03 0.28 0.25 0.27 0.16 0.25 0.18 0.29 0.28 0.35 0.00 0.04 0.18 0.29 0.41 0.29 0.21
O3' 0.19 0.22 0.01 0.01 0.33 0.03 0.30 0.09 0.19 0.13 0.29 0.40 0.22 0.04 0.00 0.10 0.25 0.54 0.47 0.09
O4' 0.01 0.17 0.03 0.01 0.03 0.01 0.16 0.01 0.22 0.01 0.12 0.04 0.32 0.18 0.10 0.00 0.03 0.05 0.12 0.02
O5' 0.17 0.32 0.26 0.35 0.90 0.03 1.22 0.01 1.12 0.55 0.53 0.98 0.25 0.29 0.25 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01
OP1 0.08 0.24 0.31 0.52 0.75 0.15 1.14 0.41 0.99 0.38 0.34 0.87 0.61 0.41 0.54 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01
OP2 0.08 0.72 0.02 0.11 1.78 0.47 2.07 0.39 1.59 0.82 1.20 2.09 0.31 0.29 0.47 0.12 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.15 0.43 0.17 0.21 1.21 0.11 1.57 0.01 1.31 0.64 0.73 1.38 0.30 0.21 0.09 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00