ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51413

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.002
C4 A 0, 0.001, 0.004, 0.008, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.001, 0.006, 0.010, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.002, 0.006, 0.011, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.006 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.001, 0.005, 0.010, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.007 std_dev=0.005
N9 A 0, 0.000, 0.006, 0.011, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.005
N7 A 0, 0.002, 0.007, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.006
C1' A 0, -0.001, 0.005, 0.011, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.005 std_dev=0.006
C8 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N2 A 0, 0.001, 0.013, 0.025, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.013 std_dev=0.012
O6 A 0, -0.004, 0.012, 0.028, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.012 std_dev=0.016
C4' A 0, -0.016, 0.051, 0.119, 0.146 max_d=0.146 avg_d=0.051 std_dev=0.067
C2' A 0, -0.010, 0.068, 0.147, 0.178 max_d=0.178 avg_d=0.068 std_dev=0.078
C3' A 0, -0.018, 0.062, 0.142, 0.175 max_d=0.175 avg_d=0.062 std_dev=0.080
P A 0, -0.032, 0.088, 0.209, 0.259 max_d=0.259 avg_d=0.088 std_dev=0.120
C5' A 0, -0.024, 0.097, 0.219, 0.269 max_d=0.269 avg_d=0.097 std_dev=0.122
O4' A 0, -0.031, 0.092, 0.216, 0.267 max_d=0.267 avg_d=0.092 std_dev=0.123
O3' A 0, -0.042, 0.131, 0.304, 0.376 max_d=0.376 avg_d=0.131 std_dev=0.173
O2' A 0, -0.023, 0.152, 0.327, 0.397 max_d=0.397 avg_d=0.152 std_dev=0.175
OP2 A 0, -0.054, 0.163, 0.381, 0.471 max_d=0.471 avg_d=0.163 std_dev=0.218
C6 B 0, -0.048, 0.226, 0.500, 0.612 max_d=0.612 avg_d=0.226 std_dev=0.274
P B 0, -0.056, 0.226, 0.508, 0.623 max_d=0.623 avg_d=0.226 std_dev=0.282
C1' B 0, -0.055, 0.229, 0.514, 0.630 max_d=0.630 avg_d=0.229 std_dev=0.285
OP2 B 0, -0.066, 0.224, 0.514, 0.633 max_d=0.633 avg_d=0.224 std_dev=0.290
N1 B 0, -0.062, 0.243, 0.549, 0.674 max_d=0.674 avg_d=0.243 std_dev=0.305
OP1 B 0, -0.054, 0.256, 0.566, 0.692 max_d=0.692 avg_d=0.256 std_dev=0.310
C2' B 0, -0.057, 0.258, 0.574, 0.703 max_d=0.703 avg_d=0.258 std_dev=0.316
C5 B 0, -0.056, 0.261, 0.579, 0.708 max_d=0.708 avg_d=0.261 std_dev=0.317
O2' B 0, -0.055, 0.286, 0.628, 0.766 max_d=0.766 avg_d=0.286 std_dev=0.341
C2 B 0, -0.076, 0.292, 0.661, 0.812 max_d=0.812 avg_d=0.292 std_dev=0.368
O5' B 0, -0.078, 0.299, 0.676, 0.831 max_d=0.831 avg_d=0.299 std_dev=0.377
OP1 A 0, -0.107, 0.270, 0.647, 0.803 max_d=0.803 avg_d=0.270 std_dev=0.377
O2 B 0, -0.073, 0.311, 0.696, 0.853 max_d=0.853 avg_d=0.311 std_dev=0.384
O5' A 0, -0.107, 0.291, 0.690, 0.854 max_d=0.854 avg_d=0.291 std_dev=0.398
C4 B 0, -0.082, 0.319, 0.719, 0.884 max_d=0.884 avg_d=0.319 std_dev=0.401
O4' B 0, -0.097, 0.311, 0.718, 0.886 max_d=0.886 avg_d=0.311 std_dev=0.407
N3 B 0, -0.087, 0.325, 0.738, 0.907 max_d=0.907 avg_d=0.325 std_dev=0.413
C3' B 0, -0.091, 0.346, 0.783, 0.962 max_d=0.962 avg_d=0.346 std_dev=0.437
C4' B 0, -0.102, 0.336, 0.774, 0.955 max_d=0.955 avg_d=0.336 std_dev=0.438
O3' B 0, -0.091, 0.386, 0.864, 1.059 max_d=1.059 avg_d=0.386 std_dev=0.477
N4 B 0, -0.101, 0.381, 0.863, 1.061 max_d=1.061 avg_d=0.381 std_dev=0.482
C5' B 0, -0.139, 0.438, 1.014, 1.252 max_d=1.252 avg_d=0.438 std_dev=0.577

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.07 0.00 0.09 0.00 0.19 0.14 0.02
C2 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.09 0.11 0.06 0.04 0.01 0.20 0.15 0.01
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.08 0.03 0.01 0.04 0.03 0.04 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.13 0.03 0.27 0.03 0.04
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.14 0.01 0.26 0.07 0.02
C4 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.09 0.03 0.07 0.00 0.16 0.15 0.02
C4' 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.21 0.12 0.02
C5 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.07 0.01 0.07 0.00 0.12 0.14 0.04
C5' 0.02 0.03 0.08 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.06 0.08 0.05 0.03 0.02 0.08 0.05 0.05 0.03 0.02 0.01 0.07 0.13 0.14 0.03
C6 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.08 0.02 0.06 0.00 0.12 0.14 0.03
C8 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.05 0.11 0.01 0.08 0.13 0.05
N1 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.09 0.04 0.05 0.01 0.16 0.15 0.02
N2 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.12 0.08 0.01 0.02 0.23 0.15 0.01
N3 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.09 0.10 0.05 0.05 0.01 0.20 0.15 0.01
N7 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.08 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.03 0.10 0.01 0.07 0.13 0.06
N9 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.01 0.09 0.01 0.14 0.14 0.03
O2' 0.02 0.09 0.00 0.02 0.04 0.03 0.02 0.05 0.04 0.04 0.07 0.11 0.09 0.02 0.01 0.00 0.07 0.02 0.16 0.03 0.34 0.01 0.06
O3' 0.07 0.11 0.00 0.00 0.09 0.02 0.07 0.03 0.08 0.05 0.09 0.12 0.10 0.05 0.07 0.07 0.00 0.10 0.13 0.07 0.23 0.10 0.01
O4' 0.00 0.06 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.04 0.08 0.05 0.03 0.01 0.02 0.10 0.00 0.06 0.02 0.09 0.23 0.08
O5' 0.09 0.04 0.13 0.14 0.07 0.00 0.07 0.01 0.06 0.11 0.05 0.01 0.05 0.10 0.09 0.16 0.13 0.06 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00
O6 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.07 0.02 0.06 0.00 0.10 0.13 0.04
OP1 0.19 0.20 0.27 0.26 0.16 0.21 0.12 0.13 0.12 0.08 0.16 0.23 0.20 0.07 0.14 0.34 0.23 0.09 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00
OP2 0.14 0.15 0.03 0.07 0.15 0.12 0.14 0.14 0.14 0.13 0.15 0.15 0.15 0.13 0.14 0.01 0.10 0.23 0.01 0.13 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.01 0.04 0.02 0.02 0.02 0.04 0.03 0.03 0.05 0.02 0.01 0.01 0.06 0.03 0.06 0.01 0.08 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.04 0.08 0.09 0.12 0.13 0.05 0.10 0.14 0.05 0.05 0.11 0.17 0.07 0.13 0.26 0.15 0.02 0.15 0.11 0.00
C2 0.03 0.06 0.11 0.16 0.11 0.02 0.09 0.11 0.05 0.04 0.09 0.15 0.05 0.15 0.30 0.15 0.00 0.18 0.13 0.02
C2' 0.06 0.10 0.07 0.10 0.15 0.06 0.12 0.14 0.08 0.07 0.13 0.19 0.09 0.11 0.25 0.18 0.03 0.16 0.07 0.02
C3' 0.02 0.05 0.10 0.13 0.10 0.03 0.07 0.12 0.03 0.03 0.09 0.14 0.05 0.14 0.27 0.14 0.01 0.15 0.09 0.00
C4 0.03 0.07 0.10 0.13 0.13 0.04 0.10 0.13 0.06 0.05 0.11 0.17 0.07 0.15 0.28 0.15 0.01 0.14 0.15 0.02
C4' 0.06 0.10 0.07 0.08 0.16 0.08 0.12 0.18 0.07 0.07 0.14 0.21 0.10 0.11 0.23 0.18 0.05 0.18 0.06 0.04
C5 0.04 0.08 0.10 0.13 0.13 0.05 0.11 0.14 0.07 0.05 0.11 0.17 0.07 0.16 0.29 0.16 0.01 0.10 0.19 0.04
C5' 0.04 0.11 0.08 0.09 0.17 0.06 0.12 0.16 0.07 0.07 0.16 0.23 0.10 0.13 0.25 0.16 0.03 0.13 0.09 0.00
C6 0.03 0.07 0.11 0.15 0.12 0.04 0.11 0.13 0.07 0.05 0.10 0.16 0.06 0.17 0.31 0.15 0.01 0.09 0.21 0.05
C8 0.04 0.08 0.09 0.11 0.14 0.06 0.11 0.15 0.07 0.06 0.12 0.18 0.08 0.15 0.26 0.16 0.01 0.10 0.17 0.04
N1 0.02 0.06 0.12 0.17 0.11 0.02 0.10 0.12 0.06 0.04 0.09 0.15 0.05 0.17 0.32 0.15 0.01 0.15 0.20 0.03
N2 0.02 0.05 0.11 0.17 0.10 0.01 0.08 0.09 0.04 0.03 0.08 0.14 0.04 0.14 0.30 0.14 0.01 0.21 0.05 0.06
N3 0.03 0.06 0.10 0.15 0.12 0.03 0.09 0.12 0.05 0.04 0.10 0.16 0.06 0.14 0.29 0.15 0.01 0.17 0.11 0.01
N7 0.04 0.08 0.10 0.12 0.13 0.05 0.11 0.15 0.07 0.06 0.12 0.17 0.08 0.16 0.27 0.16 0.01 0.07 0.19 0.06
N9 0.04 0.08 0.09 0.12 0.13 0.05 0.10 0.14 0.06 0.05 0.11 0.17 0.07 0.14 0.27 0.16 0.01 0.13 0.14 0.02
O2' 0.10 0.15 0.03 0.08 0.21 0.07 0.18 0.12 0.13 0.12 0.19 0.25 0.14 0.07 0.23 0.20 0.04 0.17 0.02 0.05
O3' 0.09 0.06 0.21 0.25 0.02 0.09 0.05 0.01 0.09 0.09 0.03 0.03 0.07 0.24 0.38 0.03 0.10 0.07 0.16 0.09
O4' 0.01 0.02 0.13 0.14 0.07 0.03 0.03 0.14 0.00 0.01 0.06 0.12 0.02 0.17 0.28 0.12 0.01 0.13 0.15 0.03
O5' 0.03 0.06 0.10 0.10 0.11 0.08 0.08 0.20 0.04 0.04 0.09 0.15 0.05 0.14 0.25 0.18 0.06 0.21 0.06 0.06
O6 0.04 0.08 0.11 0.14 0.13 0.05 0.12 0.14 0.08 0.06 0.11 0.16 0.07 0.17 0.31 0.16 0.01 0.04 0.22 0.07
OP1 0.14 0.12 0.23 0.24 0.10 0.09 0.13 0.01 0.15 0.14 0.10 0.06 0.11 0.27 0.36 0.02 0.16 0.02 0.29 0.19
OP2 0.26 0.32 0.16 0.15 0.37 0.29 0.32 0.39 0.27 0.28 0.36 0.42 0.32 0.11 0.01 0.38 0.24 0.32 0.09 0.19
P 0.07 0.10 0.04 0.05 0.14 0.11 0.10 0.21 0.07 0.07 0.13 0.19 0.10 0.08 0.18 0.19 0.06 0.18 0.07 0.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.10 0.05 0.12 0.11
C2 0.02 0.00 0.11 0.08 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.13 0.12 0.01 0.15 0.14 0.23 0.18
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.08 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.11 0.09 0.15 0.00 0.02 0.01 0.01 0.09 0.04 0.03
C3' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.09 0.07 0.12 0.02 0.01 0.00 0.08 0.16 0.15 0.13
C4 0.03 0.00 0.08 0.05 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.09 0.06 0.06 0.18 0.23 0.33 0.25
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.05 0.06 0.05 0.07 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00
C5 0.03 0.00 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.09 0.17 0.22 0.31 0.25
C5' 0.02 0.06 0.01 0.01 0.09 0.00 0.08 0.00 0.07 0.04 0.07 0.10 0.05 0.07 0.02 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01
C6 0.03 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.10 0.15 0.17 0.23 0.20
N1 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.03 0.03 0.13 0.11 0.19 0.16
N3 0.02 0.00 0.11 0.09 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.11 0.02 0.17 0.19 0.29 0.22
N4 0.03 0.00 0.09 0.07 0.01 0.06 0.01 0.10 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.11 0.08 0.06 0.19 0.27 0.37 0.27
O2 0.01 0.00 0.15 0.12 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.18 0.18 0.02 0.14 0.11 0.20 0.16
O2' 0.01 0.13 0.00 0.02 0.09 0.07 0.04 0.07 0.01 0.04 0.13 0.11 0.18 0.00 0.02 0.07 0.05 0.18 0.08 0.09
O3' 0.03 0.12 0.02 0.01 0.06 0.00 0.01 0.02 0.04 0.03 0.11 0.08 0.18 0.02 0.00 0.01 0.16 0.33 0.31 0.26
O4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.00 0.09 0.02 0.10 0.03 0.02 0.06 0.02 0.07 0.01 0.00 0.16 0.12 0.20 0.18
O5' 0.10 0.15 0.01 0.08 0.18 0.01 0.17 0.00 0.15 0.13 0.17 0.19 0.14 0.05 0.16 0.16 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.05 0.14 0.09 0.16 0.23 0.03 0.22 0.03 0.17 0.11 0.19 0.27 0.11 0.18 0.33 0.12 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.12 0.23 0.04 0.15 0.33 0.00 0.31 0.03 0.23 0.19 0.29 0.37 0.20 0.08 0.31 0.20 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.11 0.18 0.03 0.13 0.25 0.00 0.25 0.01 0.20 0.16 0.22 0.27 0.16 0.09 0.26 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00