ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51414

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.001, 0.005, 0.008, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.003, 0.011, 0.018, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.004, 0.012, 0.021, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.012 std_dev=0.009
N2 A 0, 0.005, 0.016, 0.028, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.016 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.005, 0.017, 0.029, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.017 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.005, 0.018, 0.031, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.018 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.006, 0.021, 0.037, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.021 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.008, 0.027, 0.047, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.027 std_dev=0.019
N9 A 0, 0.009, 0.030, 0.051, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.030 std_dev=0.021
N7 A 0, 0.011, 0.041, 0.070, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.041 std_dev=0.029
O6 A 0, 0.013, 0.045, 0.077, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.045 std_dev=0.032
C8 A 0, 0.014, 0.048, 0.082, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.048 std_dev=0.034
O2' A 0, 0.042, 0.142, 0.242, 0.215 max_d=0.215 avg_d=0.142 std_dev=0.100
C2' A 0, 0.057, 0.196, 0.335, 0.298 max_d=0.298 avg_d=0.196 std_dev=0.139
O4' A 0, 0.066, 0.225, 0.384, 0.344 max_d=0.344 avg_d=0.225 std_dev=0.159
O5' A 0, 0.078, 0.268, 0.457, 0.406 max_d=0.406 avg_d=0.268 std_dev=0.189
OP2 A 0, 0.081, 0.276, 0.472, 0.428 max_d=0.428 avg_d=0.276 std_dev=0.196
C4' A 0, 0.110, 0.376, 0.642, 0.579 max_d=0.579 avg_d=0.376 std_dev=0.266
C3' A 0, 0.111, 0.381, 0.651, 0.589 max_d=0.589 avg_d=0.381 std_dev=0.270
P A 0, 0.125, 0.427, 0.730, 0.650 max_d=0.650 avg_d=0.427 std_dev=0.302
C5' A 0, 0.143, 0.487, 0.832, 0.739 max_d=0.739 avg_d=0.487 std_dev=0.345
OP2 B 0, 0.172, 0.589, 1.005, 0.896 max_d=0.896 avg_d=0.589 std_dev=0.416
O3' A 0, 0.172, 0.589, 1.006, 0.907 max_d=0.907 avg_d=0.589 std_dev=0.417
OP1 A 0, 0.196, 0.669, 1.142, 1.008 max_d=1.008 avg_d=0.669 std_dev=0.473
P B 0, 0.274, 0.935, 1.595, 1.410 max_d=1.410 avg_d=0.935 std_dev=0.661
OP1 B 0, 0.300, 1.024, 1.747, 1.539 max_d=1.539 avg_d=1.024 std_dev=0.724
O5' B 0, 0.346, 1.182, 2.017, 1.785 max_d=1.785 avg_d=1.182 std_dev=0.836
C5' B 0, 0.664, 2.268, 3.871, 3.404 max_d=3.404 avg_d=2.268 std_dev=1.603
C6 B 0, 0.740, 2.528, 4.315, 3.798 max_d=3.798 avg_d=2.528 std_dev=1.787
C5 B 0, 0.756, 2.581, 4.406, 3.873 max_d=3.873 avg_d=2.581 std_dev=1.825
C4' B 0, 0.808, 2.758, 4.709, 4.146 max_d=4.146 avg_d=2.758 std_dev=1.950
C3' B 0, 0.834, 2.847, 4.860, 4.280 max_d=4.280 avg_d=2.847 std_dev=2.013
O4' B 0, 0.863, 2.947, 5.031, 4.432 max_d=4.432 avg_d=2.947 std_dev=2.084
O3' B 0, 0.912, 3.113, 5.314, 4.680 max_d=4.680 avg_d=3.113 std_dev=2.201
C1' B 0, 0.957, 3.267, 5.577, 4.915 max_d=4.915 avg_d=3.267 std_dev=2.310
N1 B 0, 0.959, 3.273, 5.588, 4.921 max_d=4.921 avg_d=3.273 std_dev=2.315
C2' B 0, 0.963, 3.288, 5.612, 4.947 max_d=4.947 avg_d=3.288 std_dev=2.325
C4 B 0, 1.001, 3.419, 5.837, 5.131 max_d=5.131 avg_d=3.419 std_dev=2.418
N4 B 0, 1.035, 3.535, 6.035, 5.305 max_d=5.305 avg_d=3.535 std_dev=2.500
O2' B 0, 1.044, 3.565, 6.086, 5.375 max_d=5.375 avg_d=3.565 std_dev=2.521
C2 B 0, 1.203, 4.109, 7.014, 6.174 max_d=6.174 avg_d=4.109 std_dev=2.905
N3 B 0, 1.217, 4.156, 7.096, 6.242 max_d=6.242 avg_d=4.156 std_dev=2.939
O2 B 0, 1.408, 4.806, 8.205, 7.225 max_d=7.225 avg_d=4.806 std_dev=3.399

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03
C2 0.00 0.00 0.07 0.09 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.11 0.02 0.03 0.00 0.02 0.03 0.03
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.06 0.08 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.03 0.04 0.05
C3' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.06 0.00 0.06 0.01 0.08 0.02 0.09 0.09 0.07 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.04 0.08 0.02 0.03 0.04
C4 0.00 0.00 0.04 0.06 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.04
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02
C5 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.02 0.02 0.00 0.02 0.03 0.04
C5' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02
C6 0.00 0.00 0.05 0.08 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.10 0.02 0.03 0.00 0.01 0.03 0.04
C8 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.05
N1 0.00 0.00 0.06 0.09 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.11 0.02 0.03 0.00 0.02 0.03 0.04
N2 0.00 0.00 0.08 0.09 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.12 0.02 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03
N3 0.00 0.00 0.06 0.07 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.09 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.03
N7 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.04
N9 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.04
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.05 0.03 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03
O3' 0.01 0.11 0.01 0.01 0.07 0.01 0.07 0.02 0.10 0.02 0.11 0.12 0.09 0.04 0.03 0.02 0.00 0.01 0.05 0.10 0.02 0.02 0.03
O4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03
O5' 0.01 0.03 0.03 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.05 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01
O6 0.01 0.00 0.04 0.08 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.10 0.02 0.03 0.00 0.01 0.02 0.03
OP1 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.03 0.03 0.05 0.04 0.04 0.02 0.04 0.02 0.04 0.05 0.04 0.03 0.03 0.04 0.04 0.03 0.03 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.43 0.43 0.51 0.50 0.17 0.42 0.03 0.28 0.09 0.31 0.35 0.11 0.61 0.55 0.64 0.34 0.29 0.09 0.01 0.07
C2 0.23 0.16 0.35 0.39 0.06 0.27 0.14 0.15 0.07 0.10 0.08 0.11 0.28 0.37 0.53 0.15 0.26 0.07 0.02 0.09
C2' 0.37 0.36 0.45 0.45 0.13 0.35 0.00 0.22 0.06 0.26 0.29 0.08 0.52 0.48 0.59 0.27 0.31 0.04 0.09 0.16
C3' 0.39 0.39 0.46 0.46 0.14 0.38 0.02 0.26 0.08 0.28 0.31 0.09 0.54 0.49 0.58 0.31 0.34 0.08 0.12 0.20
C4 0.38 0.34 0.45 0.46 0.08 0.40 0.03 0.27 0.04 0.25 0.25 0.02 0.49 0.48 0.57 0.31 0.33 0.07 0.02 0.12
C4' 0.44 0.45 0.51 0.50 0.18 0.42 0.03 0.28 0.10 0.32 0.37 0.12 0.63 0.55 0.63 0.35 0.30 0.05 0.01 0.10
C5 0.39 0.34 0.45 0.45 0.08 0.42 0.03 0.32 0.05 0.26 0.24 0.01 0.48 0.47 0.53 0.35 0.38 0.04 0.03 0.18
C5' 0.47 0.48 0.52 0.50 0.19 0.44 0.04 0.31 0.11 0.35 0.40 0.13 0.67 0.56 0.61 0.39 0.31 0.06 0.00 0.10
C6 0.32 0.24 0.39 0.40 0.01 0.37 0.09 0.29 0.01 0.18 0.15 0.07 0.37 0.40 0.47 0.30 0.38 0.02 0.04 0.21
C8 0.48 0.46 0.51 0.50 0.18 0.48 0.04 0.36 0.13 0.35 0.36 0.11 0.62 0.54 0.58 0.43 0.38 0.06 0.02 0.15
N1 0.24 0.15 0.34 0.37 0.07 0.30 0.15 0.20 0.07 0.10 0.07 0.13 0.27 0.35 0.47 0.19 0.33 0.03 0.04 0.17
N2 0.11 0.04 0.27 0.33 0.14 0.15 0.21 0.02 0.16 0.01 0.03 0.18 0.15 0.30 0.52 0.00 0.15 0.08 0.02 0.03
N3 0.30 0.26 0.41 0.43 0.02 0.33 0.08 0.19 0.01 0.18 0.17 0.03 0.40 0.44 0.58 0.21 0.26 0.08 0.01 0.08
N7 0.46 0.42 0.49 0.48 0.14 0.47 0.02 0.37 0.11 0.32 0.32 0.07 0.57 0.51 0.53 0.42 0.40 0.04 0.03 0.19
N9 0.44 0.42 0.50 0.49 0.15 0.44 0.02 0.31 0.09 0.31 0.33 0.09 0.58 0.53 0.60 0.37 0.33 0.08 0.01 0.11
O2' 0.32 0.34 0.42 0.43 0.11 0.30 0.02 0.16 0.03 0.22 0.27 0.06 0.49 0.46 0.59 0.21 0.24 0.01 0.05 0.09
O3' 0.34 0.35 0.42 0.43 0.12 0.33 0.02 0.22 0.06 0.24 0.28 0.07 0.49 0.44 0.56 0.25 0.34 0.13 0.16 0.23
O4' 0.47 0.48 0.54 0.52 0.19 0.45 0.04 0.30 0.11 0.35 0.40 0.13 0.67 0.59 0.65 0.38 0.27 0.14 0.05 0.03
O5' 0.49 0.49 0.52 0.50 0.21 0.47 0.06 0.35 0.14 0.37 0.41 0.15 0.67 0.55 0.58 0.43 0.36 0.02 0.04 0.16
O6 0.31 0.22 0.36 0.37 0.03 0.37 0.11 0.31 0.01 0.17 0.12 0.10 0.34 0.36 0.40 0.31 0.40 0.02 0.05 0.26
OP1 0.48 0.49 0.50 0.48 0.19 0.46 0.04 0.34 0.12 0.36 0.40 0.12 0.68 0.54 0.55 0.43 0.34 0.04 0.01 0.14
OP2 0.46 0.46 0.47 0.44 0.17 0.45 0.02 0.34 0.11 0.34 0.36 0.09 0.63 0.49 0.48 0.43 0.36 0.04 0.00 0.16
P 0.48 0.48 0.49 0.47 0.18 0.46 0.03 0.34 0.11 0.35 0.39 0.11 0.67 0.53 0.54 0.43 0.33 0.08 0.03 0.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.19 0.19 0.16 0.20
C2 0.02 0.00 0.10 0.16 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.14 0.03 0.29 0.32 0.36 0.35
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.06 0.02 0.09 0.05 0.17 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.07 0.02
C3' 0.02 0.16 0.00 0.00 0.15 0.00 0.10 0.02 0.06 0.10 0.18 0.17 0.17 0.01 0.00 0.01 0.12 0.14 0.16 0.14
C4 0.01 0.00 0.04 0.15 0.00 0.08 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.17 0.01 0.40 0.47 0.52 0.50
C4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.08 0.00 0.09 0.01 0.08 0.05 0.07 0.09 0.03 0.06 0.00 0.00 0.02 0.07 0.00 0.02
C5 0.01 0.00 0.03 0.10 0.00 0.09 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.12 0.04 0.43 0.50 0.54 0.52
C5' 0.01 0.07 0.01 0.02 0.13 0.01 0.15 0.00 0.13 0.08 0.09 0.14 0.04 0.06 0.05 0.00 0.01 0.14 0.02 0.01
C6 0.00 0.00 0.06 0.06 0.00 0.08 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.07 0.06 0.40 0.43 0.44 0.46
N1 0.01 0.00 0.02 0.10 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.08 0.01 0.31 0.32 0.33 0.35
N3 0.02 0.00 0.09 0.18 0.00 0.07 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.18 0.02 0.34 0.39 0.45 0.42
N4 0.01 0.01 0.05 0.17 0.00 0.09 0.00 0.14 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.20 0.01 0.42 0.51 0.57 0.53
O2 0.02 0.00 0.17 0.17 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.08 0.13 0.05 0.23 0.24 0.29 0.28
O2' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.06 0.06 0.06 0.06 0.02 0.01 0.02 0.08 0.00 0.07 0.05 0.01 0.05 0.07 0.02
O3' 0.02 0.14 0.02 0.00 0.17 0.00 0.12 0.05 0.07 0.08 0.18 0.20 0.13 0.07 0.00 0.01 0.27 0.32 0.26 0.29
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.02 0.01 0.05 0.05 0.01 0.00 0.26 0.28 0.21 0.26
O5' 0.19 0.29 0.00 0.12 0.40 0.02 0.43 0.01 0.40 0.31 0.34 0.42 0.23 0.01 0.27 0.26 0.00 0.02 0.00 0.01
OP1 0.19 0.32 0.04 0.14 0.47 0.07 0.50 0.14 0.43 0.32 0.39 0.51 0.24 0.05 0.32 0.28 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.16 0.36 0.07 0.16 0.52 0.00 0.54 0.02 0.44 0.33 0.45 0.57 0.29 0.07 0.26 0.21 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.20 0.35 0.02 0.14 0.50 0.02 0.52 0.01 0.46 0.35 0.42 0.53 0.28 0.02 0.29 0.26 0.01 0.00 0.00 0.00