ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51418

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C1' A 0, 0.000, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N9 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C8 A 0, 0.000, 0.005, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N7 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.000, 0.013, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N6 A 0, 0.000, 0.016, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C2' A 0, 0.000, 0.058, 0.117, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.058 std_dev=0.058
O4' A 0, 0.000, 0.061, 0.121, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.061 std_dev=0.061
C4' A 0, 0.000, 0.069, 0.138, 0.138 max_d=0.138 avg_d=0.069 std_dev=0.069
C3' A 0, 0.000, 0.073, 0.146, 0.146 max_d=0.146 avg_d=0.073 std_dev=0.073
O2' A 0, 0.000, 0.076, 0.153, 0.153 max_d=0.153 avg_d=0.076 std_dev=0.076
O3' A 0, 0.000, 0.095, 0.190, 0.190 max_d=0.190 avg_d=0.095 std_dev=0.095
C5' A 0, 0.000, 0.114, 0.228, 0.228 max_d=0.228 avg_d=0.114 std_dev=0.114
OP2 A 0, 0.000, 0.131, 0.262, 0.262 max_d=0.262 avg_d=0.131 std_dev=0.131
P A 0, 0.000, 0.192, 0.384, 0.384 max_d=0.384 avg_d=0.192 std_dev=0.192
OP1 A 0, 0.000, 0.198, 0.395, 0.395 max_d=0.395 avg_d=0.198 std_dev=0.198
O5' A 0, 0.000, 0.262, 0.524, 0.524 max_d=0.524 avg_d=0.262 std_dev=0.262
N1 B 0, 0.000, 0.291, 0.583, 0.583 max_d=0.583 avg_d=0.291 std_dev=0.291
C6 B 0, 0.000, 0.312, 0.624, 0.624 max_d=0.624 avg_d=0.312 std_dev=0.312
O6 B 0, 0.000, 0.324, 0.648, 0.648 max_d=0.648 avg_d=0.324 std_dev=0.324
C2 B 0, 0.000, 0.331, 0.661, 0.661 max_d=0.661 avg_d=0.331 std_dev=0.331
N2 B 0, 0.000, 0.338, 0.676, 0.676 max_d=0.676 avg_d=0.338 std_dev=0.338
C5 B 0, 0.000, 0.349, 0.699, 0.699 max_d=0.699 avg_d=0.349 std_dev=0.349
N3 B 0, 0.000, 0.370, 0.740, 0.740 max_d=0.740 avg_d=0.370 std_dev=0.370
C4 B 0, 0.000, 0.371, 0.742, 0.742 max_d=0.742 avg_d=0.371 std_dev=0.371
N7 B 0, 0.000, 0.375, 0.750, 0.750 max_d=0.750 avg_d=0.375 std_dev=0.375
C8 B 0, 0.000, 0.425, 0.850, 0.850 max_d=0.850 avg_d=0.425 std_dev=0.425
N9 B 0, 0.000, 0.432, 0.865, 0.865 max_d=0.865 avg_d=0.432 std_dev=0.432
O5' B 0, 0.000, 0.458, 0.917, 0.917 max_d=0.917 avg_d=0.458 std_dev=0.458
C1' B 0, 0.000, 0.494, 0.989, 0.989 max_d=0.989 avg_d=0.494 std_dev=0.494
C2' B 0, 0.000, 0.517, 1.033, 1.033 max_d=1.033 avg_d=0.517 std_dev=0.517
O4' B 0, 0.000, 0.520, 1.040, 1.040 max_d=1.040 avg_d=0.520 std_dev=0.520
C3' B 0, 0.000, 0.535, 1.071, 1.071 max_d=1.071 avg_d=0.535 std_dev=0.535
O2' B 0, 0.000, 0.539, 1.078, 1.078 max_d=1.078 avg_d=0.539 std_dev=0.539
C5' B 0, 0.000, 0.548, 1.097, 1.097 max_d=1.097 avg_d=0.548 std_dev=0.548
C4' B 0, 0.000, 0.555, 1.109, 1.109 max_d=1.109 avg_d=0.555 std_dev=0.555
O3' B 0, 0.000, 0.591, 1.182, 1.182 max_d=1.182 avg_d=0.591 std_dev=0.591
P B 0, 0.000, 0.616, 1.233, 1.233 max_d=1.233 avg_d=0.616 std_dev=0.616
OP2 B 0, 0.000, 0.646, 1.292, 1.292 max_d=1.292 avg_d=0.646 std_dev=0.646
OP1 B 0, 0.000, 0.780, 1.559, 1.559 max_d=1.559 avg_d=0.780 std_dev=0.780

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.05 0.02
C2 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.07 0.08 0.07 0.06
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.02 0.01 0.05
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.11 0.04 0.01 0.07
C4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.07 0.07 0.06
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01
C5 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.10 0.08 0.07 0.07
C5' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.05 0.01
C6 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.09 0.07 0.06 0.07
C8 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.07 0.06 0.05
N1 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.08 0.08 0.07 0.07
N3 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.07 0.07 0.07 0.05
N6 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.09 0.08 0.06 0.07
N7 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.10 0.09 0.07 0.07
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.08 0.07 0.06 0.04
O2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.02 0.02 0.05
O3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.15 0.08 0.03 0.10
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.09 0.08 0.06
O5' 0.05 0.07 0.06 0.11 0.08 0.00 0.10 0.00 0.09 0.09 0.08 0.07 0.09 0.10 0.08 0.06 0.15 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01
OP1 0.05 0.08 0.02 0.04 0.07 0.03 0.08 0.06 0.07 0.07 0.08 0.07 0.08 0.09 0.07 0.02 0.08 0.09 0.00 0.00 0.02 0.00
OP2 0.05 0.07 0.01 0.01 0.07 0.04 0.07 0.05 0.06 0.06 0.07 0.07 0.06 0.07 0.06 0.02 0.03 0.08 0.00 0.02 0.00 0.01
P 0.02 0.06 0.05 0.07 0.06 0.01 0.07 0.01 0.07 0.05 0.07 0.05 0.07 0.07 0.04 0.05 0.10 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.06 0.05 0.06 0.06 0.06 0.05 0.07 0.04 0.07 0.08 0.05 0.08 0.05 0.08 0.06 0.07 0.07 0.06 0.05 0.10 0.03 0.10 0.04
C2 0.05 0.00 0.03 0.03 0.04 0.03 0.06 0.03 0.05 0.08 0.01 0.01 0.01 0.08 0.05 0.04 0.02 0.05 0.04 0.11 0.01 0.09 0.03
C2' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.05 0.02 0.03
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.08 0.02 0.04
C4 0.09 0.06 0.08 0.07 0.08 0.07 0.10 0.06 0.09 0.10 0.07 0.09 0.07 0.11 0.09 0.08 0.08 0.08 0.07 0.14 0.06 0.12 0.07
C4' 0.04 0.02 0.04 0.03 0.04 0.02 0.04 0.01 0.04 0.05 0.02 0.06 0.03 0.06 0.04 0.05 0.04 0.03 0.02 0.06 0.04 0.08 0.00
C5 0.12 0.10 0.11 0.10 0.11 0.10 0.12 0.09 0.13 0.13 0.11 0.12 0.10 0.13 0.12 0.11 0.10 0.11 0.09 0.17 0.11 0.14 0.10
C5' 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.00 0.04 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.08 0.07 0.02
C6 0.12 0.11 0.11 0.10 0.12 0.11 0.13 0.09 0.13 0.14 0.12 0.12 0.11 0.14 0.12 0.11 0.10 0.12 0.10 0.17 0.11 0.14 0.10
C8 0.11 0.10 0.11 0.11 0.11 0.10 0.12 0.09 0.12 0.12 0.10 0.13 0.10 0.12 0.11 0.12 0.12 0.11 0.09 0.15 0.11 0.14 0.10
N1 0.09 0.04 0.06 0.05 0.08 0.07 0.10 0.06 0.10 0.11 0.06 0.05 0.05 0.11 0.09 0.07 0.05 0.09 0.06 0.15 0.06 0.11 0.06
N3 0.05 0.02 0.04 0.04 0.05 0.04 0.06 0.03 0.05 0.07 0.02 0.04 0.02 0.08 0.05 0.05 0.04 0.05 0.04 0.10 0.01 0.09 0.03
N6 0.17 0.16 0.15 0.14 0.16 0.15 0.16 0.13 0.16 0.17 0.16 0.18 0.15 0.16 0.16 0.15 0.14 0.16 0.13 0.19 0.16 0.16 0.14
N7 0.14 0.12 0.13 0.12 0.13 0.12 0.14 0.11 0.14 0.14 0.12 0.15 0.12 0.14 0.13 0.13 0.13 0.13 0.11 0.18 0.14 0.16 0.12
N9 0.09 0.07 0.08 0.08 0.08 0.07 0.09 0.06 0.09 0.10 0.07 0.10 0.07 0.10 0.08 0.09 0.09 0.08 0.07 0.13 0.06 0.12 0.07
O2' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.05 0.01 0.03
O3' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.12 0.01 0.06
O4' 0.08 0.06 0.08 0.08 0.08 0.07 0.09 0.06 0.08 0.10 0.06 0.09 0.07 0.11 0.08 0.09 0.08 0.08 0.06 0.11 0.03 0.13 0.06
O5' 0.05 0.05 0.07 0.07 0.06 0.05 0.07 0.04 0.06 0.07 0.05 0.08 0.05 0.08 0.06 0.07 0.09 0.04 0.06 0.07 0.00 0.10 0.04
OP1 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.05 0.01 0.04 0.02 0.03 0.04 0.00 0.01 0.01 0.09 0.07 0.02
OP2 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.13 0.03 0.05
P 0.04 0.02 0.05 0.05 0.04 0.03 0.05 0.02 0.03 0.06 0.02 0.05 0.03 0.07 0.04 0.05 0.06 0.03 0.04 0.03 0.04 0.10 0.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.06 0.00
C2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.00
C2' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.09 0.04 0.03
C3' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.03 0.04
C4 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01
C4' 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.09 0.01
C5 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02
C5' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.05 0.01 0.08 0.01
C6 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.03
C8 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.04 0.03 0.03
N1 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01
N2 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.07 0.04 0.01 0.00
N3 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.00
N7 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.07 0.01 0.04
N9 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00
O2' 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02 0.10 0.04 0.04
O3' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.15 0.02 0.06
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.10 0.02
O5' 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00
O6 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.04 0.07 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.05 0.00 0.09 0.02 0.07
OP1 0.03 0.03 0.09 0.11 0.01 0.03 0.03 0.01 0.04 0.04 0.00 0.04 0.04 0.07 0.01 0.10 0.15 0.01 0.01 0.09 0.00 0.05 0.04
OP2 0.06 0.00 0.04 0.03 0.02 0.09 0.00 0.08 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.02 0.10 0.00 0.02 0.05 0.00 0.01
P 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.06 0.02 0.00 0.07 0.04 0.01 0.00