ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51419

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 3, 12, 20, 14, 4, 2, 1, 8, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.007, 0.015, 0.024, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.015 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.011, 0.021, 0.032, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.021 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.001, 0.015, 0.028, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.015 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.007, 0.022, 0.036, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.022 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.015, 0.031, 0.047, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.031 std_dev=0.016
O6 A 0, 0.014, 0.031, 0.048, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.031 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.011, 0.029, 0.046, 0.124 max_d=0.124 avg_d=0.029 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.014, 0.032, 0.050, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.032 std_dev=0.018
N3 A 0, 0.014, 0.032, 0.051, 0.136 max_d=0.136 avg_d=0.032 std_dev=0.018
N7 A 0, 0.021, 0.043, 0.066, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.043 std_dev=0.022
C8 A 0, 0.024, 0.053, 0.082, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.053 std_dev=0.029
N2 A 0, -0.009, 0.049, 0.108, 0.443 max_d=0.443 avg_d=0.049 std_dev=0.059
P B 0, 0.198, 0.325, 0.451, 0.678 max_d=0.678 avg_d=0.325 std_dev=0.127
O5' B 0, 0.276, 0.446, 0.617, 0.845 max_d=0.845 avg_d=0.446 std_dev=0.171
O4' A 0, 0.154, 0.400, 0.646, 0.962 max_d=0.962 avg_d=0.400 std_dev=0.246
C2' A 0, 0.148, 0.423, 0.699, 1.094 max_d=1.094 avg_d=0.423 std_dev=0.275
O5' A 0, 0.345, 0.666, 0.987, 1.314 max_d=1.314 avg_d=0.666 std_dev=0.321
OP2 B 0, 0.152, 0.491, 0.830, 1.262 max_d=1.262 avg_d=0.491 std_dev=0.339
OP1 B 0, 0.234, 0.583, 0.932, 1.497 max_d=1.497 avg_d=0.583 std_dev=0.349
OP2 A 0, 0.409, 0.772, 1.135, 1.685 max_d=1.685 avg_d=0.772 std_dev=0.363
P A 0, 0.451, 0.820, 1.189, 1.778 max_d=1.778 avg_d=0.820 std_dev=0.369
OP1 A 0, 0.678, 1.078, 1.478, 2.124 max_d=2.124 avg_d=1.078 std_dev=0.400
C4' A 0, 0.167, 0.608, 1.048, 1.430 max_d=1.430 avg_d=0.608 std_dev=0.440
C5' A 0, 0.335, 0.790, 1.244, 1.919 max_d=1.919 avg_d=0.790 std_dev=0.455
C3' B 0, 0.259, 0.742, 1.225, 1.851 max_d=1.851 avg_d=0.742 std_dev=0.483
C3' A 0, 0.089, 0.619, 1.148, 1.633 max_d=1.633 avg_d=0.619 std_dev=0.530
O2' A 0, 0.198, 0.728, 1.259, 1.834 max_d=1.834 avg_d=0.728 std_dev=0.530
O3' B 0, 0.856, 1.500, 2.144, 2.880 max_d=2.880 avg_d=1.500 std_dev=0.644
C5' B 0, 0.796, 1.496, 2.195, 2.367 max_d=2.367 avg_d=1.496 std_dev=0.699
C4' B 0, 0.876, 1.580, 2.285, 2.519 max_d=2.519 avg_d=1.580 std_dev=0.704
O3' A 0, -0.067, 0.887, 1.840, 2.769 max_d=2.769 avg_d=0.887 std_dev=0.954
C2' B 0, 1.388, 2.418, 3.447, 3.520 max_d=3.520 avg_d=2.418 std_dev=1.029
O2' B 0, 1.842, 3.196, 4.549, 4.438 max_d=4.438 avg_d=3.196 std_dev=1.354
O4' B 0, 0.886, 2.498, 4.111, 4.330 max_d=4.330 avg_d=2.498 std_dev=1.613
C1' B 0, 0.945, 2.861, 4.777, 5.001 max_d=5.001 avg_d=2.861 std_dev=1.916
C8 B 0, 1.848, 4.230, 6.612, 6.459 max_d=6.459 avg_d=4.230 std_dev=2.382
N9 B 0, 1.379, 3.839, 6.298, 6.381 max_d=6.381 avg_d=3.839 std_dev=2.459
C4 B 0, 2.051, 5.082, 8.113, 8.044 max_d=8.044 avg_d=5.082 std_dev=3.031
N7 B 0, 2.310, 5.368, 8.426, 8.055 max_d=8.055 avg_d=5.368 std_dev=3.058
N3 B 0, 2.581, 5.744, 8.907, 8.678 max_d=8.678 avg_d=5.744 std_dev=3.163
C5 B 0, 2.359, 5.805, 9.251, 8.988 max_d=8.988 avg_d=5.805 std_dev=3.446
C2 B 0, 3.131, 6.961, 10.791, 10.278 max_d=10.278 avg_d=6.961 std_dev=3.830
C6 B 0, 2.965, 7.104, 11.243, 10.748 max_d=10.748 avg_d=7.104 std_dev=4.139
N2 B 0, 3.635, 7.843, 12.050, 11.138 max_d=11.138 avg_d=7.843 std_dev=4.208
N1 B 0, 3.263, 7.542, 11.822, 11.249 max_d=11.249 avg_d=7.542 std_dev=4.280
O6 B 0, 3.369, 7.982, 12.595, 11.869 max_d=11.869 avg_d=7.982 std_dev=4.613

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.02 0.01 0.03 0.06 0.03 0.01 0.00 0.03 0.31 0.01 0.23 0.02 0.23 0.35 0.26
C2 0.03 0.00 0.30 0.24 0.01 0.06 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.19 0.18 0.19 0.14 0.01 0.16 0.26 0.20
C2' 0.01 0.30 0.00 0.00 0.15 0.02 0.08 0.22 0.14 0.15 0.24 0.37 0.29 0.07 0.02 0.01 0.03 0.02 0.46 0.11 0.49 0.62 0.51
C3' 0.01 0.24 0.00 0.00 0.26 0.01 0.34 0.03 0.37 0.30 0.32 0.21 0.19 0.36 0.22 0.03 0.01 0.03 0.10 0.40 0.17 0.18 0.12
C4 0.01 0.01 0.15 0.26 0.00 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.19 0.11 0.10 0.14 0.01 0.17 0.29 0.21
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.05 0.00 0.09 0.01 0.08 0.15 0.06 0.10 0.06 0.15 0.07 0.30 0.04 0.00 0.02 0.11 0.07 0.06 0.02
C5 0.01 0.01 0.08 0.34 0.01 0.09 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.29 0.11 0.05 0.11 0.01 0.15 0.26 0.18
C5' 0.10 0.13 0.22 0.03 0.09 0.01 0.08 0.00 0.09 0.08 0.11 0.15 0.13 0.09 0.07 0.12 0.22 0.02 0.01 0.10 0.07 0.03 0.01
C6 0.02 0.01 0.14 0.37 0.01 0.08 0.01 0.09 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.27 0.12 0.09 0.11 0.00 0.14 0.24 0.17
C8 0.01 0.01 0.15 0.30 0.01 0.15 0.01 0.08 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.35 0.14 0.11 0.11 0.02 0.18 0.33 0.20
N1 0.03 0.01 0.24 0.32 0.02 0.06 0.01 0.11 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.21 0.09 0.15 0.12 0.01 0.14 0.24 0.18
N2 0.06 0.01 0.37 0.21 0.02 0.10 0.01 0.15 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.25 0.26 0.23 0.16 0.02 0.17 0.26 0.20
N3 0.03 0.01 0.29 0.19 0.01 0.06 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.18 0.24 0.18 0.16 0.02 0.18 0.29 0.21
N7 0.01 0.01 0.07 0.36 0.01 0.15 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.37 0.20 0.06 0.10 0.02 0.16 0.27 0.17
N9 0.00 0.01 0.02 0.22 0.01 0.07 0.01 0.07 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.21 0.10 0.02 0.16 0.02 0.20 0.33 0.23
O2' 0.03 0.19 0.01 0.03 0.19 0.30 0.29 0.12 0.27 0.35 0.21 0.25 0.18 0.37 0.21 0.00 0.08 0.19 0.35 0.32 0.42 0.70 0.45
O3' 0.31 0.18 0.03 0.01 0.11 0.04 0.11 0.22 0.12 0.14 0.09 0.26 0.24 0.20 0.10 0.08 0.00 0.22 0.28 0.19 0.51 0.44 0.40
O4' 0.01 0.19 0.02 0.03 0.10 0.00 0.05 0.02 0.09 0.11 0.15 0.23 0.18 0.06 0.02 0.19 0.22 0.00 0.10 0.07 0.09 0.16 0.12
O5' 0.23 0.14 0.46 0.10 0.14 0.02 0.11 0.01 0.11 0.11 0.12 0.16 0.16 0.10 0.16 0.35 0.28 0.10 0.00 0.11 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.11 0.40 0.01 0.11 0.01 0.10 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.32 0.19 0.07 0.11 0.00 0.14 0.22 0.15
OP1 0.23 0.16 0.49 0.17 0.17 0.07 0.15 0.07 0.14 0.18 0.14 0.17 0.18 0.16 0.20 0.42 0.51 0.09 0.02 0.14 0.00 0.02 0.01
OP2 0.35 0.26 0.62 0.18 0.29 0.06 0.26 0.03 0.24 0.33 0.24 0.26 0.29 0.27 0.33 0.70 0.44 0.16 0.02 0.22 0.02 0.00 0.01
P 0.26 0.20 0.51 0.12 0.21 0.02 0.18 0.01 0.17 0.20 0.18 0.20 0.21 0.17 0.23 0.45 0.40 0.12 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.40 1.65 1.13 0.64 1.08 0.65 1.53 0.81 1.92 1.16 1.82 2.01 1.28 1.71 0.72 1.78 0.61 0.56 0.23 2.44 0.30 0.12 0.12
C2 0.33 1.74 0.98 0.57 0.83 0.56 1.04 0.72 1.27 1.02 1.48 2.36 1.43 1.42 0.44 1.43 0.48 0.54 0.24 1.54 0.28 0.14 0.11
C2' 0.90 2.40 1.53 0.94 1.75 0.43 2.12 0.54 2.59 1.52 2.63 2.72 1.95 2.08 1.30 2.17 0.88 0.20 0.55 3.03 0.50 0.35 0.34
C3' 0.65 2.18 1.29 0.69 1.56 0.55 2.03 0.70 2.54 1.43 2.51 2.47 1.70 2.03 1.11 1.91 0.63 0.32 0.44 3.07 0.55 0.37 0.35
C4 0.32 1.60 1.00 0.60 0.72 0.59 0.97 0.71 1.23 0.95 1.40 2.24 1.27 1.34 0.38 1.52 0.53 0.61 0.25 1.60 0.31 0.10 0.11
C4' 0.30 1.41 1.00 0.50 0.93 0.81 1.45 0.93 1.87 1.08 1.70 1.71 1.04 1.62 0.61 1.67 0.53 0.76 0.19 2.46 0.32 0.15 0.15
C5 0.34 1.54 0.88 0.55 0.45 0.53 0.48 0.60 0.64 0.87 1.10 2.34 1.25 1.08 0.12 1.32 0.49 0.66 0.25 0.92 0.34 0.08 0.12
C5' 0.31 1.17 0.92 0.47 0.64 0.87 1.10 0.95 1.45 0.90 1.32 1.57 0.87 1.36 0.38 1.56 0.50 0.89 0.18 2.00 0.32 0.19 0.18
C6 0.40 1.60 0.80 0.50 0.43 0.47 0.25 0.50 0.30 0.93 1.05 2.45 1.31 1.03 0.22 1.12 0.45 0.66 0.25 0.50 0.34 0.09 0.13
C8 0.31 1.45 0.96 0.60 0.53 0.58 0.72 0.66 0.94 0.86 1.17 2.14 1.15 1.17 0.23 1.49 0.53 0.67 0.25 1.31 0.34 0.08 0.12
N1 0.33 1.65 0.83 0.51 0.50 0.48 0.42 0.56 0.58 0.89 1.15 2.46 1.37 1.06 0.11 1.15 0.43 0.60 0.25 0.76 0.31 0.09 0.12
N2 0.43 1.84 1.06 0.58 1.11 0.59 1.38 0.81 1.58 1.24 1.68 2.28 1.58 1.71 0.71 1.48 0.49 0.45 0.25 1.83 0.23 0.19 0.12
N3 0.37 1.73 1.07 0.61 0.99 0.61 1.33 0.78 1.62 1.12 1.67 2.24 1.39 1.62 0.62 1.62 0.54 0.54 0.24 2.01 0.28 0.13 0.11
N7 0.36 1.47 0.88 0.56 0.40 0.53 0.40 0.58 0.52 0.86 1.02 2.27 1.19 1.05 0.14 1.33 0.50 0.70 0.25 0.82 0.35 0.08 0.13
N9 0.32 1.55 1.04 0.62 0.78 0.61 1.10 0.73 1.39 0.97 1.46 2.12 1.22 1.40 0.45 1.61 0.56 0.62 0.24 1.82 0.32 0.10 0.11
O2' 1.05 2.64 1.51 0.84 2.05 0.30 2.51 0.57 3.02 1.83 2.99 2.82 2.15 2.43 1.58 2.21 0.80 0.27 0.39 3.48 0.19 0.19 0.20
O3' 0.51 2.16 0.93 0.32 1.58 0.86 2.20 1.04 2.80 1.51 2.68 2.32 1.59 2.18 1.11 1.53 0.44 0.64 0.14 3.43 0.22 0.15 0.14
O4' 0.32 1.08 0.88 0.45 0.61 0.92 1.16 1.03 1.49 0.98 1.26 1.47 0.79 1.47 0.40 1.54 0.50 0.96 0.17 2.09 0.27 0.29 0.24
O5' 0.31 1.31 0.90 0.47 0.59 0.79 0.95 0.87 1.26 0.85 1.29 1.85 0.99 1.24 0.32 1.49 0.44 0.83 0.19 1.72 0.34 0.16 0.17
O6 0.51 1.63 0.73 0.45 0.57 0.40 0.47 0.38 0.38 1.11 1.07 2.51 1.35 1.17 0.50 0.96 0.45 0.68 0.24 0.47 0.34 0.12 0.15
OP1 0.32 1.34 0.91 0.46 0.60 0.78 0.89 0.85 1.22 0.78 1.31 1.87 1.01 1.14 0.30 1.51 0.44 0.81 0.20 1.64 0.35 0.17 0.19
OP2 0.39 1.40 0.82 0.42 0.45 0.74 0.56 0.80 0.80 0.79 1.15 2.11 1.08 1.00 0.23 1.32 0.36 0.85 0.22 1.12 0.38 0.22 0.24
P 0.36 1.22 0.83 0.42 0.42 0.79 0.70 0.85 0.94 0.81 1.06 1.83 0.94 1.10 0.23 1.39 0.37 0.89 0.17 1.37 0.32 0.18 0.19

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.02 0.01 0.03 0.06 0.04 0.01 0.00 0.03 0.30 0.01 0.14 0.02 0.69 0.46 0.34
C2 0.04 0.00 0.50 0.44 0.01 0.42 0.01 0.87 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.27 0.20 0.32 1.23 0.02 1.33 1.71 1.48
C2' 0.00 0.50 0.00 0.00 0.24 0.01 0.10 0.18 0.20 0.28 0.37 0.60 0.49 0.17 0.03 0.00 0.03 0.02 0.40 0.14 0.70 0.52 0.50
C3' 0.01 0.44 0.00 0.00 0.28 0.00 0.36 0.02 0.38 0.49 0.39 0.54 0.41 0.48 0.25 0.02 0.01 0.03 0.07 0.42 0.15 0.09 0.09
C4 0.02 0.01 0.24 0.28 0.00 0.16 0.01 0.32 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.19 0.09 0.16 0.44 0.02 0.89 0.54 0.49
C4' 0.01 0.42 0.01 0.00 0.16 0.00 0.11 0.01 0.12 0.39 0.27 0.57 0.42 0.32 0.11 0.32 0.02 0.01 0.02 0.12 0.12 0.44 0.06
C5 0.01 0.01 0.10 0.36 0.01 0.11 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.29 0.12 0.06 0.21 0.02 1.17 0.17 0.28
C5' 0.06 0.87 0.18 0.02 0.32 0.01 0.12 0.00 0.25 0.59 0.60 1.17 0.81 0.47 0.10 0.12 0.20 0.04 0.01 0.17 0.36 0.46 0.02
C6 0.02 0.01 0.20 0.38 0.02 0.12 0.01 0.25 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.29 0.11 0.12 0.37 0.01 1.05 0.43 0.36
C8 0.01 0.01 0.28 0.49 0.00 0.39 0.00 0.59 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.39 0.21 0.21 0.84 0.02 1.77 0.98 1.06
N1 0.03 0.01 0.37 0.39 0.02 0.27 0.01 0.60 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.26 0.07 0.23 0.85 0.01 1.06 1.19 1.00
N2 0.06 0.01 0.60 0.54 0.01 0.57 0.01 1.17 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.35 0.31 0.39 1.66 0.02 1.88 2.45 2.10
N3 0.04 0.01 0.49 0.41 0.00 0.42 0.01 0.81 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.25 0.25 0.32 1.15 0.02 1.17 1.43 1.29
N7 0.01 0.01 0.17 0.48 0.01 0.32 0.00 0.47 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.40 0.26 0.13 0.70 0.02 1.78 0.87 0.92
N9 0.00 0.02 0.03 0.25 0.00 0.11 0.01 0.10 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.20 0.06 0.02 0.16 0.02 1.04 0.36 0.39
O2' 0.03 0.27 0.00 0.02 0.19 0.32 0.29 0.12 0.29 0.39 0.26 0.35 0.25 0.40 0.20 0.00 0.05 0.23 0.28 0.33 0.62 0.52 0.39
O3' 0.30 0.20 0.03 0.01 0.09 0.02 0.12 0.20 0.11 0.21 0.07 0.31 0.25 0.26 0.06 0.05 0.00 0.20 0.24 0.20 0.60 0.23 0.36
O4' 0.01 0.32 0.02 0.03 0.16 0.01 0.06 0.04 0.12 0.21 0.23 0.39 0.32 0.13 0.02 0.23 0.20 0.00 0.07 0.08 0.39 0.62 0.24
O5' 0.14 1.23 0.40 0.07 0.44 0.02 0.21 0.01 0.37 0.84 0.85 1.66 1.15 0.70 0.16 0.28 0.24 0.07 0.00 0.30 0.03 0.02 0.01
O6 0.02 0.02 0.14 0.42 0.02 0.12 0.02 0.17 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.33 0.20 0.08 0.30 0.00 1.19 0.25 0.23
OP1 0.69 1.33 0.70 0.15 0.89 0.12 1.17 0.36 1.05 1.77 1.06 1.88 1.17 1.78 1.04 0.62 0.60 0.39 0.03 1.19 0.00 0.01 0.01
OP2 0.46 1.71 0.52 0.09 0.54 0.44 0.17 0.46 0.43 0.98 1.19 2.45 1.43 0.87 0.36 0.52 0.23 0.62 0.02 0.25 0.01 0.00 0.01
P 0.34 1.48 0.50 0.09 0.49 0.06 0.28 0.02 0.36 1.06 1.00 2.10 1.29 0.92 0.39 0.39 0.36 0.24 0.01 0.23 0.01 0.01 0.00