ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51420

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 11, 17, 15, 5, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.008, 0.013, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.008 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.000, 0.007, 0.013, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.005, 0.012, 0.020, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.012 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.006, 0.015, 0.023, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.015 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.012 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.005, 0.015, 0.025, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.015 std_dev=0.010
N9 A 0, 0.006, 0.017, 0.028, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.005, 0.017, 0.028, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.017 std_dev=0.012
O6 A 0, 0.011, 0.024, 0.036, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.024 std_dev=0.013
N2 A 0, 0.004, 0.017, 0.030, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.017 std_dev=0.013
N7 A 0, 0.007, 0.024, 0.040, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.024 std_dev=0.016
C8 A 0, 0.008, 0.028, 0.048, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.028 std_dev=0.020
O4' A 0, 0.020, 0.051, 0.082, 0.140 max_d=0.140 avg_d=0.051 std_dev=0.031
C2' A 0, 0.031, 0.074, 0.117, 0.212 max_d=0.212 avg_d=0.074 std_dev=0.043
C4' A 0, 0.039, 0.088, 0.137, 0.215 max_d=0.215 avg_d=0.088 std_dev=0.049
C3' A 0, 0.042, 0.106, 0.169, 0.295 max_d=0.295 avg_d=0.106 std_dev=0.064
O2' A 0, 0.046, 0.113, 0.181, 0.310 max_d=0.310 avg_d=0.113 std_dev=0.067
C5' A 0, 0.061, 0.145, 0.230, 0.398 max_d=0.398 avg_d=0.145 std_dev=0.084
O3' A 0, 0.080, 0.176, 0.272, 0.480 max_d=0.480 avg_d=0.176 std_dev=0.096
O5' A 0, 0.064, 0.166, 0.267, 0.545 max_d=0.545 avg_d=0.166 std_dev=0.102
OP1 B 0, 0.151, 0.285, 0.419, 0.682 max_d=0.682 avg_d=0.285 std_dev=0.134
P B 0, 0.128, 0.265, 0.403, 0.695 max_d=0.695 avg_d=0.265 std_dev=0.137
P A 0, 0.066, 0.212, 0.358, 0.810 max_d=0.810 avg_d=0.212 std_dev=0.146
OP2 B 0, 0.145, 0.296, 0.448, 0.705 max_d=0.705 avg_d=0.296 std_dev=0.152
O5' B 0, 0.151, 0.304, 0.458, 0.764 max_d=0.764 avg_d=0.304 std_dev=0.153
OP1 A 0, 0.095, 0.254, 0.413, 0.894 max_d=0.894 avg_d=0.254 std_dev=0.159
OP2 A 0, 0.076, 0.249, 0.421, 0.928 max_d=0.928 avg_d=0.249 std_dev=0.172
C5' B 0, 0.173, 0.348, 0.522, 0.838 max_d=0.838 avg_d=0.348 std_dev=0.174
C3' B 0, 0.220, 0.408, 0.596, 0.884 max_d=0.884 avg_d=0.408 std_dev=0.188
C4' B 0, 0.214, 0.417, 0.621, 0.893 max_d=0.893 avg_d=0.417 std_dev=0.203
O3' B 0, 0.242, 0.477, 0.712, 1.308 max_d=1.308 avg_d=0.477 std_dev=0.235
O4' B 0, 0.229, 0.466, 0.703, 1.048 max_d=1.048 avg_d=0.466 std_dev=0.237
C1' B 0, 0.237, 0.485, 0.733, 1.042 max_d=1.042 avg_d=0.485 std_dev=0.248
C8 B 0, 0.212, 0.462, 0.712, 1.023 max_d=1.023 avg_d=0.462 std_dev=0.250
C2' B 0, 0.191, 0.455, 0.719, 1.688 max_d=1.688 avg_d=0.455 std_dev=0.264
N9 B 0, 0.228, 0.495, 0.761, 1.139 max_d=1.139 avg_d=0.495 std_dev=0.267
N7 B 0, 0.216, 0.509, 0.802, 1.214 max_d=1.214 avg_d=0.509 std_dev=0.293
C4 B 0, 0.239, 0.561, 0.884, 1.396 max_d=1.396 avg_d=0.561 std_dev=0.323
C5 B 0, 0.236, 0.573, 0.911, 1.448 max_d=1.448 avg_d=0.573 std_dev=0.338
N3 B 0, 0.260, 0.618, 0.976, 1.574 max_d=1.574 avg_d=0.618 std_dev=0.358
C6 B 0, 0.268, 0.664, 1.059, 1.735 max_d=1.735 avg_d=0.664 std_dev=0.395
C2 B 0, 0.281, 0.690, 1.098, 1.818 max_d=1.818 avg_d=0.690 std_dev=0.409
O6 B 0, 0.296, 0.720, 1.143, 1.876 max_d=1.876 avg_d=0.720 std_dev=0.423
N1 B 0, 0.284, 0.710, 1.137, 1.892 max_d=1.892 avg_d=0.710 std_dev=0.426
N2 B 0, 0.311, 0.758, 1.204, 2.020 max_d=2.020 avg_d=0.758 std_dev=0.447
O2' B 0, 0.081, 0.536, 0.990, 3.390 max_d=3.390 avg_d=0.536 std_dev=0.454

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.05 0.03
C2 0.02 0.00 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.06 0.02 0.06 0.01 0.07 0.08 0.06
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.05 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.05 0.04 0.03
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.05 0.04 0.06 0.05 0.05 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.05 0.06 0.04 0.04
C4 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.06 0.01 0.07 0.07 0.06
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.04 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.07 0.01 0.08 0.09 0.07
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.06 0.04 0.04 0.03 0.06 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.06 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.07 0.00 0.09 0.10 0.08
C8 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.08 0.01 0.08 0.08 0.07
N1 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.05 0.01 0.06 0.00 0.08 0.09 0.07
N2 0.02 0.00 0.05 0.06 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.08 0.02 0.05 0.01 0.07 0.07 0.06
N3 0.02 0.00 0.04 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.06 0.02 0.05 0.01 0.06 0.07 0.05
N7 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.02 0.08 0.01 0.09 0.10 0.09
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.06 0.06 0.05
O2' 0.01 0.05 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.04 0.06 0.05 0.02 0.01 0.00 0.04 0.02 0.03 0.04 0.06 0.03 0.03
O3' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.05 0.05 0.08 0.06 0.06 0.03 0.04 0.00 0.01 0.04 0.06 0.08 0.06 0.05
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.06 0.04
O5' 0.03 0.06 0.03 0.03 0.06 0.01 0.07 0.00 0.07 0.08 0.06 0.05 0.05 0.08 0.05 0.03 0.04 0.03 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.08 0.00 0.10 0.11 0.09
OP1 0.04 0.07 0.05 0.06 0.07 0.04 0.08 0.04 0.09 0.08 0.08 0.07 0.06 0.09 0.06 0.06 0.08 0.04 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.08 0.04 0.04 0.07 0.02 0.09 0.01 0.10 0.08 0.09 0.07 0.07 0.10 0.06 0.03 0.06 0.06 0.01 0.11 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.06 0.03 0.04 0.06 0.01 0.07 0.01 0.08 0.07 0.07 0.06 0.05 0.09 0.05 0.03 0.05 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.07 0.08 0.18 0.06 0.07 0.05 0.08 0.06 0.09 0.08 0.09 0.09 0.07 0.08 0.07 0.22 0.09 0.07 0.05 0.11 0.09 0.09 0.05
C2 0.07 0.07 0.18 0.07 0.07 0.06 0.08 0.06 0.10 0.07 0.09 0.08 0.07 0.09 0.06 0.22 0.09 0.06 0.05 0.12 0.11 0.10 0.05
C2' 0.07 0.07 0.17 0.06 0.07 0.05 0.07 0.05 0.08 0.08 0.08 0.08 0.07 0.08 0.07 0.19 0.09 0.07 0.04 0.10 0.10 0.08 0.05
C3' 0.07 0.07 0.17 0.06 0.07 0.06 0.08 0.06 0.09 0.08 0.08 0.08 0.07 0.08 0.07 0.18 0.09 0.07 0.05 0.10 0.10 0.09 0.06
C4 0.07 0.07 0.18 0.06 0.07 0.05 0.08 0.06 0.09 0.07 0.09 0.08 0.07 0.08 0.06 0.22 0.10 0.06 0.05 0.11 0.09 0.10 0.05
C4' 0.07 0.08 0.18 0.06 0.07 0.05 0.08 0.05 0.09 0.08 0.09 0.08 0.07 0.08 0.07 0.21 0.10 0.07 0.05 0.11 0.09 0.09 0.05
C5 0.08 0.08 0.17 0.06 0.08 0.06 0.09 0.07 0.10 0.08 0.09 0.08 0.08 0.09 0.07 0.21 0.11 0.08 0.07 0.12 0.08 0.12 0.07
C5' 0.07 0.08 0.18 0.06 0.07 0.06 0.08 0.06 0.09 0.08 0.08 0.08 0.07 0.08 0.07 0.20 0.10 0.07 0.06 0.11 0.09 0.09 0.06
C6 0.09 0.10 0.17 0.07 0.09 0.07 0.10 0.08 0.11 0.09 0.11 0.10 0.09 0.11 0.09 0.20 0.12 0.09 0.09 0.13 0.09 0.14 0.09
C8 0.07 0.08 0.18 0.06 0.07 0.06 0.08 0.07 0.09 0.07 0.09 0.08 0.07 0.08 0.07 0.21 0.11 0.07 0.07 0.11 0.09 0.11 0.07
N1 0.07 0.09 0.17 0.06 0.08 0.05 0.10 0.06 0.11 0.09 0.10 0.09 0.08 0.10 0.08 0.21 0.10 0.07 0.06 0.13 0.08 0.13 0.07
N2 0.08 0.07 0.18 0.09 0.07 0.08 0.08 0.10 0.10 0.08 0.09 0.07 0.07 0.09 0.07 0.22 0.10 0.08 0.08 0.12 0.15 0.08 0.09
N3 0.07 0.07 0.18 0.07 0.07 0.06 0.08 0.06 0.09 0.07 0.09 0.08 0.07 0.08 0.06 0.22 0.09 0.07 0.05 0.11 0.10 0.09 0.05
N7 0.08 0.08 0.18 0.07 0.08 0.08 0.09 0.08 0.10 0.08 0.09 0.09 0.08 0.09 0.07 0.21 0.12 0.09 0.08 0.12 0.09 0.13 0.08
N9 0.07 0.08 0.18 0.06 0.07 0.05 0.08 0.06 0.09 0.07 0.09 0.08 0.07 0.08 0.06 0.22 0.10 0.07 0.05 0.11 0.09 0.10 0.05
O2' 0.07 0.09 0.16 0.07 0.07 0.06 0.08 0.07 0.09 0.08 0.09 0.10 0.08 0.08 0.07 0.19 0.09 0.08 0.06 0.11 0.11 0.08 0.05
O3' 0.08 0.09 0.17 0.08 0.08 0.07 0.09 0.07 0.10 0.09 0.09 0.09 0.08 0.10 0.08 0.17 0.10 0.08 0.06 0.12 0.10 0.09 0.06
O4' 0.07 0.08 0.18 0.06 0.08 0.05 0.09 0.06 0.10 0.08 0.10 0.09 0.08 0.09 0.07 0.23 0.10 0.07 0.05 0.12 0.09 0.09 0.05
O5' 0.08 0.08 0.18 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.09 0.09 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.20 0.11 0.09 0.07 0.11 0.09 0.10 0.07
O6 0.11 0.12 0.18 0.09 0.11 0.10 0.12 0.12 0.13 0.11 0.12 0.12 0.11 0.13 0.11 0.20 0.14 0.12 0.12 0.14 0.12 0.16 0.12
OP1 0.10 0.10 0.18 0.09 0.10 0.09 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.19 0.13 0.11 0.09 0.12 0.10 0.11 0.09
OP2 0.10 0.09 0.18 0.09 0.09 0.10 0.09 0.10 0.10 0.10 0.09 0.10 0.09 0.10 0.10 0.19 0.14 0.11 0.10 0.11 0.10 0.12 0.09
P 0.09 0.08 0.18 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.08 0.09 0.09 0.19 0.12 0.10 0.08 0.11 0.09 0.11 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.09 0.00 0.05 0.01 0.06 0.10 0.05
C2 0.02 0.00 0.05 0.03 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.13 0.05 0.08 0.00 0.07 0.12 0.07
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.07 0.03 0.06 0.04 0.06 0.05 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01 0.13 0.04 0.16 0.17 0.14
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.08 0.03 0.04 0.03 0.08 0.04 0.02 0.01 0.00 0.03 0.06 0.09 0.05 0.04
C4 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.08 0.03 0.09 0.01 0.08 0.11 0.07
C4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.06 0.03 0.06 0.04 0.06 0.02 0.09 0.02 0.00 0.01 0.03 0.05 0.05 0.02
C5 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.11 0.05 0.01 0.11 0.01 0.11 0.13 0.10
C5' 0.03 0.06 0.07 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.06 0.09 0.05 0.07 0.06 0.09 0.05 0.03 0.06 0.01 0.00 0.06 0.05 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.02 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.07 0.02 0.11 0.00 0.11 0.14 0.10
C8 0.01 0.01 0.06 0.08 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.14 0.04 0.04 0.12 0.01 0.11 0.12 0.11
N1 0.02 0.00 0.04 0.03 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.10 0.04 0.10 0.00 0.09 0.13 0.08
N2 0.03 0.01 0.06 0.04 0.01 0.06 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.16 0.07 0.08 0.01 0.06 0.11 0.06
N3 0.02 0.00 0.05 0.03 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.13 0.06 0.08 0.01 0.06 0.11 0.06
N7 0.01 0.00 0.05 0.08 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.15 0.03 0.03 0.13 0.01 0.13 0.14 0.12
N9 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.05 0.00 0.09 0.01 0.08 0.11 0.07
O2' 0.01 0.06 0.00 0.02 0.06 0.09 0.11 0.03 0.11 0.14 0.07 0.08 0.05 0.15 0.07 0.00 0.04 0.07 0.11 0.13 0.16 0.20 0.13
O3' 0.09 0.13 0.01 0.01 0.08 0.02 0.05 0.06 0.07 0.04 0.10 0.16 0.13 0.03 0.05 0.04 0.00 0.06 0.05 0.06 0.12 0.06 0.06
O4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.04 0.07 0.06 0.03 0.00 0.07 0.06 0.00 0.03 0.02 0.05 0.09 0.06
O5' 0.05 0.08 0.13 0.03 0.09 0.01 0.11 0.00 0.11 0.12 0.10 0.08 0.08 0.13 0.09 0.11 0.05 0.03 0.00 0.12 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.04 0.06 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.06 0.02 0.12 0.00 0.13 0.15 0.12
OP1 0.06 0.07 0.16 0.09 0.08 0.05 0.11 0.05 0.11 0.11 0.09 0.06 0.06 0.13 0.08 0.16 0.12 0.05 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00
OP2 0.10 0.12 0.17 0.05 0.11 0.05 0.13 0.02 0.14 0.12 0.13 0.11 0.11 0.14 0.11 0.20 0.06 0.09 0.01 0.15 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.07 0.14 0.04 0.07 0.02 0.10 0.01 0.10 0.11 0.08 0.06 0.06 0.12 0.07 0.13 0.06 0.06 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00