ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51421

back

Distances from reference structure (by RMSD)

5, 21, 11, 8, 1, 1, 1, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.012, 0.019, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.002, 0.011, 0.020, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.011 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.007, 0.016, 0.026, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.016 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.003, 0.016, 0.030, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.016 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.005, 0.019, 0.033, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.019 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.003, 0.019, 0.036, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.019 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.005, 0.023, 0.041, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.023 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.004, 0.022, 0.041, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.022 std_dev=0.018
N2 A 0, 0.010, 0.032, 0.053, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.032 std_dev=0.022
N7 A 0, 0.011, 0.036, 0.062, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.036 std_dev=0.025
C8 A 0, 0.012, 0.041, 0.070, 0.132 max_d=0.132 avg_d=0.041 std_dev=0.029
O6 A 0, 0.004, 0.040, 0.076, 0.194 max_d=0.194 avg_d=0.040 std_dev=0.036
P B 0, 0.080, 0.216, 0.352, 0.703 max_d=0.703 avg_d=0.216 std_dev=0.136
OP2 B 0, 0.034, 0.227, 0.420, 0.912 max_d=0.912 avg_d=0.227 std_dev=0.193
O4' A 0, -0.058, 0.163, 0.384, 0.796 max_d=0.796 avg_d=0.163 std_dev=0.221
C2' A 0, -0.049, 0.179, 0.408, 0.970 max_d=0.970 avg_d=0.179 std_dev=0.229
OP1 B 0, -0.005, 0.371, 0.748, 1.548 max_d=1.548 avg_d=0.371 std_dev=0.376
O5' B 0, -0.081, 0.393, 0.867, 1.928 max_d=1.928 avg_d=0.393 std_dev=0.474
O2' A 0, -0.182, 0.348, 0.879, 1.933 max_d=1.933 avg_d=0.348 std_dev=0.531
C4' A 0, -0.257, 0.294, 0.844, 1.943 max_d=1.943 avg_d=0.294 std_dev=0.551
C3' A 0, -0.228, 0.325, 0.879, 2.005 max_d=2.005 avg_d=0.325 std_dev=0.554
C3' B 0, -0.158, 0.450, 1.059, 3.273 max_d=3.273 avg_d=0.450 std_dev=0.608
P A 0, -0.238, 0.482, 1.202, 2.589 max_d=2.589 avg_d=0.482 std_dev=0.720
C5' A 0, -0.301, 0.449, 1.199, 2.707 max_d=2.707 avg_d=0.449 std_dev=0.750
O5' A 0, -0.285, 0.495, 1.274, 2.834 max_d=2.834 avg_d=0.495 std_dev=0.779
O3' A 0, -0.400, 0.486, 1.372, 3.204 max_d=3.204 avg_d=0.486 std_dev=0.886
C2' B 0, -0.271, 0.632, 1.536, 3.322 max_d=3.322 avg_d=0.632 std_dev=0.904
O3' B 0, -0.364, 0.543, 1.450, 4.596 max_d=4.596 avg_d=0.543 std_dev=0.907
C5' B 0, -0.461, 0.592, 1.645, 4.348 max_d=4.348 avg_d=0.592 std_dev=1.053
O2' B 0, -0.341, 0.718, 1.776, 4.274 max_d=4.274 avg_d=0.718 std_dev=1.059
OP1 A 0, -0.434, 0.641, 1.716, 4.265 max_d=4.265 avg_d=0.641 std_dev=1.075
C4' B 0, -0.479, 0.637, 1.754, 4.561 max_d=4.561 avg_d=0.637 std_dev=1.116
OP2 A 0, -0.624, 0.737, 2.098, 4.667 max_d=4.667 avg_d=0.737 std_dev=1.361
O4' B 0, -0.710, 0.828, 2.366, 5.923 max_d=5.923 avg_d=0.828 std_dev=1.538
C1' B 0, -0.692, 0.879, 2.450, 5.865 max_d=5.865 avg_d=0.879 std_dev=1.571
N9 B 0, -0.959, 1.096, 3.152, 7.244 max_d=7.244 avg_d=1.096 std_dev=2.055
N3 B 0, -1.092, 1.092, 3.276, 7.565 max_d=7.565 avg_d=1.092 std_dev=2.184
C4 B 0, -1.149, 1.188, 3.525, 8.098 max_d=8.098 avg_d=1.188 std_dev=2.337
C8 B 0, -1.251, 1.350, 3.950, 9.091 max_d=9.091 avg_d=1.350 std_dev=2.601
C2 B 0, -1.435, 1.319, 4.073, 9.505 max_d=9.505 avg_d=1.319 std_dev=2.754
N2 B 0, -1.521, 1.362, 4.245, 10.099 max_d=10.099 avg_d=1.362 std_dev=2.883
C5 B 0, -1.524, 1.482, 4.488, 10.306 max_d=10.306 avg_d=1.482 std_dev=3.006
N7 B 0, -1.574, 1.573, 4.720, 10.835 max_d=10.835 avg_d=1.573 std_dev=3.147
N1 B 0, -1.786, 1.589, 4.963, 11.494 max_d=11.494 avg_d=1.589 std_dev=3.374
C6 B 0, -1.860, 1.695, 5.249, 12.085 max_d=12.085 avg_d=1.695 std_dev=3.554
O6 B 0, -2.226, 1.983, 6.192, 14.247 max_d=14.247 avg_d=1.983 std_dev=4.209

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.00 0.02 0.19 0.00 0.07 0.01 0.44 0.15 0.16
C2 0.03 0.00 0.17 0.16 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.17 0.16 0.10 0.29 0.02 0.41 0.63 0.11
C2' 0.00 0.17 0.00 0.00 0.09 0.01 0.05 0.10 0.08 0.08 0.13 0.20 0.17 0.05 0.02 0.00 0.02 0.02 0.25 0.07 0.47 0.21 0.40
C3' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.20 0.00 0.29 0.01 0.29 0.30 0.23 0.11 0.12 0.34 0.19 0.02 0.01 0.01 0.09 0.34 0.13 0.13 0.12
C4 0.01 0.01 0.09 0.20 0.00 0.06 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.20 0.06 0.05 0.32 0.01 0.40 0.57 0.10
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.06 0.00 0.14 0.01 0.13 0.23 0.06 0.09 0.05 0.23 0.10 0.22 0.02 0.00 0.02 0.18 0.19 0.06 0.07
C5 0.01 0.01 0.05 0.29 0.00 0.14 0.00 0.24 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.28 0.11 0.03 0.48 0.01 0.31 0.81 0.23
C5' 0.02 0.06 0.10 0.01 0.12 0.01 0.24 0.00 0.24 0.30 0.15 0.04 0.03 0.34 0.13 0.11 0.11 0.01 0.01 0.31 0.07 0.09 0.01
C6 0.01 0.01 0.08 0.29 0.01 0.13 0.01 0.24 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.30 0.10 0.03 0.51 0.01 0.29 0.91 0.29
C8 0.02 0.01 0.08 0.30 0.00 0.23 0.01 0.30 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.26 0.19 0.09 0.49 0.03 0.31 0.64 0.18
N1 0.02 0.00 0.13 0.23 0.01 0.06 0.01 0.15 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.25 0.07 0.07 0.41 0.02 0.35 0.80 0.21
N2 0.03 0.01 0.20 0.11 0.01 0.09 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.15 0.26 0.13 0.23 0.02 0.44 0.58 0.08
N3 0.03 0.00 0.17 0.12 0.00 0.05 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.20 0.10 0.22 0.02 0.44 0.49 0.06
N7 0.01 0.01 0.05 0.34 0.01 0.23 0.00 0.34 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.32 0.22 0.07 0.58 0.03 0.26 0.88 0.31
N9 0.00 0.01 0.02 0.19 0.01 0.10 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.18 0.03 0.01 0.28 0.02 0.41 0.44 0.06
O2' 0.02 0.17 0.00 0.02 0.20 0.22 0.28 0.11 0.30 0.26 0.25 0.15 0.13 0.32 0.18 0.00 0.04 0.16 0.17 0.34 0.32 0.22 0.32
O3' 0.19 0.16 0.02 0.01 0.06 0.02 0.11 0.11 0.10 0.19 0.07 0.26 0.20 0.22 0.03 0.04 0.00 0.11 0.06 0.17 0.23 0.21 0.12
O4' 0.00 0.10 0.02 0.01 0.05 0.00 0.03 0.01 0.03 0.09 0.07 0.13 0.10 0.07 0.01 0.16 0.11 0.00 0.10 0.04 0.45 0.13 0.13
O5' 0.07 0.29 0.25 0.09 0.32 0.02 0.48 0.01 0.51 0.49 0.41 0.23 0.22 0.58 0.28 0.17 0.06 0.10 0.00 0.60 0.02 0.02 0.00
O6 0.01 0.02 0.07 0.34 0.01 0.18 0.01 0.31 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.34 0.17 0.04 0.60 0.00 0.24 1.06 0.39
OP1 0.44 0.41 0.47 0.13 0.40 0.19 0.31 0.07 0.29 0.31 0.35 0.44 0.44 0.26 0.41 0.32 0.23 0.45 0.02 0.24 0.00 0.01 0.01
OP2 0.15 0.63 0.21 0.13 0.57 0.06 0.81 0.09 0.91 0.64 0.80 0.58 0.49 0.88 0.44 0.22 0.21 0.13 0.02 1.06 0.01 0.00 0.01
P 0.16 0.11 0.40 0.12 0.10 0.07 0.23 0.01 0.29 0.18 0.21 0.08 0.06 0.31 0.06 0.32 0.12 0.13 0.00 0.39 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.78 1.93 0.44 0.09 1.87 0.19 2.59 0.34 3.05 2.07 2.66 1.63 1.50 2.68 1.55 0.13 0.73 0.43 0.23 3.64 0.14 0.13 0.11
C2 0.63 1.05 0.36 0.10 1.33 0.15 1.96 0.29 2.04 1.90 1.55 0.78 0.85 2.31 1.28 0.11 0.60 0.35 0.22 2.40 0.11 0.13 0.10
C2' 1.19 2.43 0.77 0.25 2.32 0.22 3.05 0.12 3.57 2.47 3.19 2.10 1.96 3.09 1.97 0.43 0.50 0.84 0.37 4.19 0.19 0.15 0.19
C3' 1.03 2.39 0.56 0.11 2.23 0.12 2.98 0.14 3.54 2.36 3.18 2.11 1.88 3.02 1.85 0.18 0.72 0.71 0.33 4.23 0.17 0.15 0.19
C4 0.75 1.44 0.43 0.08 1.63 0.13 2.35 0.27 2.61 2.09 2.09 1.09 1.16 2.63 1.47 0.13 0.62 0.44 0.22 3.14 0.15 0.11 0.10
C4' 0.72 2.14 0.33 0.18 1.94 0.28 2.68 0.41 3.24 2.04 2.91 1.90 1.62 2.72 1.54 0.14 0.89 0.38 0.22 3.91 0.16 0.11 0.11
C5 0.74 1.19 0.42 0.09 1.49 0.10 2.22 0.22 2.40 2.10 1.82 0.84 0.96 2.61 1.43 0.15 0.55 0.46 0.21 2.94 0.21 0.10 0.10
C5' 0.77 2.15 0.37 0.13 1.98 0.23 2.74 0.35 3.29 2.13 2.93 1.90 1.64 2.81 1.60 0.13 0.83 0.44 0.24 3.98 0.12 0.09 0.10
C6 0.67 0.83 0.38 0.11 1.24 0.11 1.92 0.19 1.98 1.99 1.39 0.60 0.68 2.41 1.28 0.16 0.48 0.42 0.20 2.44 0.24 0.11 0.11
C8 0.81 1.58 0.46 0.08 1.73 0.11 2.49 0.25 2.82 2.19 2.29 1.20 1.25 2.77 1.55 0.16 0.61 0.49 0.22 3.45 0.20 0.10 0.10
N1 0.61 0.76 0.35 0.12 1.15 0.11 1.78 0.21 1.80 1.90 1.25 0.61 0.63 2.26 1.21 0.14 0.50 0.37 0.20 2.18 0.18 0.10 0.10
N2 0.53 0.90 0.31 0.13 1.15 0.20 1.67 0.34 1.69 1.67 1.29 0.72 0.74 1.98 1.13 0.09 0.63 0.28 0.23 1.95 0.10 0.16 0.11
N3 0.70 1.42 0.41 0.09 1.59 0.17 2.25 0.32 2.48 1.98 2.01 1.09 1.14 2.49 1.42 0.11 0.66 0.39 0.23 2.91 0.11 0.13 0.11
N7 0.78 1.30 0.44 0.09 1.58 0.10 2.32 0.21 2.56 2.16 1.98 0.93 1.05 2.69 1.48 0.17 0.55 0.49 0.21 3.16 0.24 0.10 0.10
N9 0.79 1.68 0.45 0.08 1.77 0.14 2.51 0.28 2.87 2.14 2.39 1.33 1.33 2.72 1.55 0.14 0.65 0.46 0.23 3.47 0.16 0.10 0.10
O2' 0.98 2.24 0.58 0.12 2.07 0.13 2.73 0.28 3.25 2.15 2.98 1.96 1.76 2.73 1.71 0.31 0.69 0.61 0.24 3.80 0.22 0.33 0.24
O3' 0.73 2.26 0.22 0.35 1.97 0.32 2.71 0.42 3.34 2.01 3.06 2.04 1.69 2.69 1.54 0.25 1.13 0.42 0.22 4.01 0.21 0.22 0.17
O4' 0.62 1.89 0.31 0.21 1.76 0.35 2.49 0.50 2.98 1.93 2.63 1.63 1.42 2.56 1.41 0.18 0.86 0.27 0.24 3.61 0.21 0.18 0.17
O5' 1.04 2.19 0.60 0.19 2.15 0.17 2.93 0.15 3.41 2.44 2.98 1.88 1.75 3.09 1.85 0.21 0.58 0.74 0.45 4.11 0.27 0.34 0.35
O6 0.62 0.59 0.35 0.13 1.06 0.13 1.72 0.17 1.72 1.91 1.10 0.54 0.49 2.27 1.18 0.18 0.43 0.41 0.18 2.18 0.32 0.12 0.13
OP1 0.46 1.65 0.11 0.46 1.58 0.57 2.36 0.72 2.87 1.86 2.44 1.37 1.18 2.53 1.26 0.37 1.14 0.17 0.38 3.58 0.59 0.40 0.41
OP2 1.39 2.34 0.94 0.54 2.41 0.54 3.21 0.49 3.62 2.84 3.11 1.98 1.95 3.47 2.18 0.53 0.22 1.14 0.85 4.31 0.69 0.80 0.81
P 0.87 1.93 0.45 0.09 1.94 0.13 2.73 0.21 3.18 2.29 2.71 1.60 1.51 2.94 1.67 0.09 0.70 0.57 0.28 3.88 0.10 0.18 0.17

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.10 0.01 0.08 0.25 0.07
C2 0.03 0.00 0.10 0.38 0.01 0.39 0.01 0.54 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.14 0.34 0.34 0.86 0.01 0.88 0.62 0.89
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.04 0.07 0.07 0.13 0.11 0.06 0.03 0.00 0.02 0.01 0.06 0.04 0.20 0.20 0.08
C3' 0.01 0.38 0.00 0.00 0.11 0.00 0.09 0.02 0.08 0.33 0.23 0.52 0.37 0.28 0.10 0.01 0.01 0.02 0.06 0.09 0.26 0.23 0.11
C4 0.01 0.01 0.04 0.11 0.00 0.13 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.09 0.17 0.31 0.01 0.27 0.35 0.21
C4' 0.01 0.39 0.01 0.00 0.13 0.00 0.04 0.00 0.07 0.33 0.25 0.52 0.38 0.26 0.07 0.06 0.02 0.00 0.01 0.04 0.09 0.17 0.03
C5 0.01 0.01 0.03 0.09 0.00 0.04 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.09 0.06 0.16 0.01 0.10 0.72 0.19
C5' 0.04 0.54 0.02 0.02 0.13 0.00 0.16 0.00 0.09 0.59 0.33 0.78 0.50 0.51 0.18 0.06 0.07 0.02 0.01 0.15 0.13 0.20 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.08 0.01 0.07 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.07 0.13 0.24 0.00 0.22 0.59 0.13
C8 0.01 0.01 0.07 0.33 0.00 0.33 0.00 0.59 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.17 0.29 0.21 0.61 0.02 0.59 1.20 0.78
N1 0.02 0.00 0.07 0.23 0.01 0.25 0.01 0.33 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.20 0.26 0.60 0.01 0.63 0.38 0.57
N2 0.04 0.00 0.13 0.52 0.01 0.52 0.01 0.78 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.21 0.49 0.41 1.17 0.01 1.25 1.06 1.32
N3 0.03 0.00 0.11 0.37 0.00 0.38 0.01 0.50 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.32 0.34 0.79 0.01 0.74 0.52 0.77
N7 0.01 0.01 0.06 0.28 0.00 0.26 0.00 0.51 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.15 0.26 0.12 0.51 0.02 0.52 1.26 0.72
N9 0.01 0.01 0.03 0.10 0.00 0.07 0.01 0.18 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.08 0.01 0.16 0.01 0.14 0.57 0.22
O2' 0.02 0.14 0.00 0.01 0.04 0.06 0.07 0.06 0.05 0.17 0.09 0.21 0.14 0.15 0.06 0.00 0.04 0.07 0.05 0.07 0.22 0.19 0.09
O3' 0.04 0.34 0.02 0.01 0.09 0.02 0.09 0.07 0.07 0.29 0.20 0.49 0.32 0.26 0.08 0.04 0.00 0.02 0.15 0.10 0.42 0.40 0.19
O4' 0.00 0.34 0.01 0.02 0.17 0.00 0.06 0.02 0.13 0.21 0.26 0.41 0.34 0.12 0.01 0.07 0.02 0.00 0.15 0.09 0.21 0.15 0.10
O5' 0.10 0.86 0.06 0.06 0.31 0.01 0.16 0.01 0.24 0.61 0.60 1.17 0.79 0.51 0.16 0.05 0.15 0.15 0.00 0.17 0.02 0.02 0.00
O6 0.01 0.01 0.04 0.09 0.01 0.04 0.01 0.15 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.07 0.10 0.09 0.17 0.00 0.13 0.81 0.17
OP1 0.08 0.88 0.20 0.26 0.27 0.09 0.10 0.13 0.22 0.59 0.63 1.25 0.74 0.52 0.14 0.22 0.42 0.21 0.02 0.13 0.00 0.01 0.01
OP2 0.25 0.62 0.20 0.23 0.35 0.17 0.72 0.20 0.59 1.20 0.38 1.06 0.52 1.26 0.57 0.19 0.40 0.15 0.02 0.81 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.89 0.08 0.11 0.21 0.03 0.19 0.01 0.13 0.78 0.57 1.32 0.77 0.72 0.22 0.09 0.19 0.10 0.00 0.17 0.01 0.01 0.00