ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51422

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 19, 10, 6, 3, 4, 5, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.004, 0.010, 0.015, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.010 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.006, 0.014, 0.023, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.014 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.003, 0.014, 0.024, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.001, 0.012, 0.024, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.012 std_dev=0.011
N2 A 0, 0.009, 0.023, 0.036, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.023 std_dev=0.014
O6 A 0, 0.008, 0.025, 0.041, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.025 std_dev=0.016
N9 A 0, -0.001, 0.017, 0.034, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.017 std_dev=0.017
N7 A 0, -0.001, 0.028, 0.057, 0.143 max_d=0.143 avg_d=0.028 std_dev=0.029
C8 A 0, -0.003, 0.030, 0.063, 0.153 max_d=0.153 avg_d=0.030 std_dev=0.033
C2' A 0, 0.031, 0.099, 0.168, 0.284 max_d=0.284 avg_d=0.099 std_dev=0.069
O4' A 0, 0.032, 0.104, 0.177, 0.291 max_d=0.291 avg_d=0.104 std_dev=0.073
C4' A 0, 0.068, 0.163, 0.257, 0.420 max_d=0.420 avg_d=0.163 std_dev=0.094
C3' A 0, 0.032, 0.127, 0.222, 0.423 max_d=0.423 avg_d=0.127 std_dev=0.095
O3' A 0, 0.039, 0.136, 0.234, 0.513 max_d=0.513 avg_d=0.136 std_dev=0.098
O2' A 0, 0.069, 0.173, 0.278, 0.465 max_d=0.465 avg_d=0.173 std_dev=0.105
C5' A 0, 0.128, 0.270, 0.412, 0.597 max_d=0.597 avg_d=0.270 std_dev=0.142
O5' A 0, 0.143, 0.298, 0.454, 0.695 max_d=0.695 avg_d=0.298 std_dev=0.156
OP1 B 0, 0.096, 0.259, 0.421, 0.765 max_d=0.765 avg_d=0.259 std_dev=0.162
P A 0, 0.208, 0.379, 0.551, 0.746 max_d=0.746 avg_d=0.379 std_dev=0.172
C5' B 0, 0.119, 0.306, 0.494, 0.854 max_d=0.854 avg_d=0.306 std_dev=0.188
P B 0, 0.065, 0.276, 0.486, 0.937 max_d=0.937 avg_d=0.276 std_dev=0.211
C8 B 0, 0.168, 0.379, 0.591, 0.895 max_d=0.895 avg_d=0.379 std_dev=0.211
N7 B 0, 0.185, 0.403, 0.621, 0.923 max_d=0.923 avg_d=0.403 std_dev=0.218
O5' B 0, 0.080, 0.301, 0.522, 0.971 max_d=0.971 avg_d=0.301 std_dev=0.221
O4' B 0, 0.159, 0.385, 0.611, 0.987 max_d=0.987 avg_d=0.385 std_dev=0.226
OP2 A 0, 0.212, 0.440, 0.667, 1.342 max_d=1.342 avg_d=0.440 std_dev=0.228
OP1 A 0, 0.217, 0.453, 0.689, 0.979 max_d=0.979 avg_d=0.453 std_dev=0.236
C4' B 0, 0.127, 0.366, 0.605, 1.056 max_d=1.056 avg_d=0.366 std_dev=0.239
OP2 B 0, 0.144, 0.401, 0.657, 1.189 max_d=1.189 avg_d=0.401 std_dev=0.257
N9 B 0, 0.171, 0.428, 0.686, 1.020 max_d=1.020 avg_d=0.428 std_dev=0.258
C5 B 0, 0.201, 0.469, 0.736, 1.098 max_d=1.098 avg_d=0.469 std_dev=0.267
C4 B 0, 0.198, 0.488, 0.777, 1.120 max_d=1.120 avg_d=0.488 std_dev=0.290
C1' B 0, 0.137, 0.429, 0.721, 1.174 max_d=1.174 avg_d=0.429 std_dev=0.292
C6 B 0, 0.216, 0.525, 0.833, 1.264 max_d=1.264 avg_d=0.525 std_dev=0.309
O6 B 0, 0.214, 0.526, 0.838, 1.311 max_d=1.311 avg_d=0.526 std_dev=0.312
C3' B 0, 0.096, 0.413, 0.730, 1.316 max_d=1.316 avg_d=0.413 std_dev=0.317
C2' B 0, 0.107, 0.439, 0.772, 1.332 max_d=1.332 avg_d=0.439 std_dev=0.333
N3 B 0, 0.209, 0.557, 0.905, 1.408 max_d=1.408 avg_d=0.557 std_dev=0.348
N1 B 0, 0.230, 0.592, 0.953, 1.455 max_d=1.455 avg_d=0.592 std_dev=0.361
O3' B 0, 0.085, 0.458, 0.831, 1.458 max_d=1.458 avg_d=0.458 std_dev=0.373
C2 B 0, 0.227, 0.608, 0.988, 1.573 max_d=1.573 avg_d=0.608 std_dev=0.381
O2' B 0, 0.079, 0.518, 0.958, 1.705 max_d=1.705 avg_d=0.518 std_dev=0.440
N2 B 0, 0.246, 0.687, 1.129, 1.874 max_d=1.874 avg_d=0.687 std_dev=0.442

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.08 0.10 0.06
C2 0.02 0.00 0.03 0.03 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.06 0.07 0.10 0.01 0.11 0.12 0.10
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.04 0.11 0.14 0.08
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.11 0.17 0.06
C4 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.04 0.04 0.10 0.01 0.11 0.12 0.10
C4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.04 0.05 0.05 0.04 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.08 0.09 0.02
C5 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.08 0.04 0.04 0.12 0.01 0.12 0.15 0.12
C5' 0.02 0.08 0.03 0.01 0.07 0.00 0.09 0.00 0.10 0.08 0.09 0.08 0.07 0.10 0.06 0.03 0.02 0.01 0.01 0.11 0.07 0.05 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.04 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.05 0.05 0.13 0.00 0.13 0.16 0.13
C8 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.04 0.02 0.12 0.01 0.12 0.14 0.12
N1 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.05 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.05 0.06 0.12 0.01 0.12 0.14 0.12
N2 0.02 0.00 0.03 0.04 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.07 0.07 0.09 0.01 0.11 0.12 0.09
N3 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.06 0.06 0.09 0.01 0.10 0.11 0.09
N7 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.04 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.04 0.02 0.13 0.01 0.13 0.17 0.13
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.09 0.01 0.10 0.11 0.09
O2' 0.01 0.09 0.00 0.02 0.07 0.01 0.08 0.03 0.09 0.05 0.10 0.10 0.08 0.06 0.04 0.00 0.05 0.01 0.06 0.10 0.14 0.18 0.10
O3' 0.04 0.06 0.02 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.05 0.04 0.05 0.07 0.06 0.04 0.04 0.05 0.00 0.05 0.03 0.04 0.11 0.18 0.07
O4' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.06 0.07 0.06 0.02 0.01 0.01 0.05 0.00 0.04 0.05 0.06 0.07 0.04
O5' 0.05 0.10 0.05 0.03 0.10 0.01 0.12 0.01 0.13 0.12 0.12 0.09 0.09 0.13 0.09 0.06 0.03 0.04 0.00 0.14 0.01 0.02 0.00
O6 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.05 0.01 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.04 0.05 0.14 0.00 0.14 0.18 0.15
OP1 0.08 0.11 0.11 0.11 0.11 0.08 0.12 0.07 0.13 0.12 0.12 0.11 0.10 0.13 0.10 0.14 0.11 0.06 0.01 0.14 0.00 0.02 0.01
OP2 0.10 0.12 0.14 0.17 0.12 0.09 0.15 0.05 0.16 0.14 0.14 0.12 0.11 0.17 0.11 0.18 0.18 0.07 0.02 0.18 0.02 0.00 0.01
P 0.06 0.10 0.08 0.06 0.10 0.02 0.12 0.01 0.13 0.12 0.12 0.09 0.09 0.13 0.09 0.10 0.07 0.04 0.00 0.15 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.10 0.15 0.07 0.08 0.12 0.10 0.13 0.08 0.16 0.10 0.16 0.16 0.14 0.12 0.10 0.07 0.10 0.11 0.07 0.17 0.06 0.06 0.06
C2 0.07 0.09 0.07 0.08 0.08 0.09 0.09 0.08 0.10 0.07 0.09 0.09 0.08 0.09 0.07 0.08 0.09 0.09 0.08 0.10 0.07 0.07 0.06
C2' 0.09 0.14 0.07 0.08 0.11 0.10 0.13 0.08 0.15 0.09 0.15 0.15 0.12 0.11 0.09 0.07 0.09 0.11 0.07 0.16 0.07 0.06 0.06
C3' 0.09 0.15 0.07 0.08 0.12 0.09 0.12 0.08 0.15 0.09 0.16 0.16 0.13 0.11 0.09 0.07 0.10 0.11 0.07 0.16 0.06 0.06 0.06
C4 0.08 0.11 0.07 0.08 0.10 0.09 0.11 0.08 0.12 0.08 0.12 0.12 0.10 0.10 0.08 0.07 0.09 0.10 0.07 0.13 0.06 0.05 0.05
C4' 0.11 0.17 0.08 0.09 0.13 0.10 0.13 0.08 0.16 0.09 0.17 0.18 0.15 0.11 0.11 0.08 0.11 0.12 0.07 0.17 0.06 0.07 0.06
C5 0.08 0.11 0.07 0.09 0.10 0.09 0.10 0.09 0.11 0.08 0.11 0.11 0.10 0.10 0.08 0.07 0.09 0.10 0.08 0.12 0.06 0.05 0.06
C5' 0.10 0.15 0.08 0.09 0.12 0.10 0.11 0.09 0.14 0.08 0.16 0.17 0.14 0.09 0.10 0.08 0.11 0.11 0.08 0.14 0.09 0.10 0.08
C6 0.06 0.09 0.07 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.09 0.07 0.09 0.09 0.08 0.08 0.07 0.06 0.08 0.08 0.08 0.10 0.07 0.07 0.08
C8 0.11 0.16 0.09 0.10 0.14 0.11 0.14 0.09 0.16 0.11 0.17 0.17 0.15 0.13 0.12 0.09 0.11 0.13 0.08 0.17 0.06 0.05 0.06
N1 0.07 0.09 0.07 0.07 0.08 0.08 0.09 0.08 0.09 0.08 0.09 0.09 0.08 0.09 0.07 0.07 0.08 0.09 0.07 0.10 0.06 0.06 0.07
N2 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.10 0.09 0.09 0.09 0.08 0.09 0.09 0.09 0.09 0.08 0.09 0.11 0.10 0.10 0.10 0.09 0.10 0.09
N3 0.08 0.10 0.07 0.08 0.09 0.09 0.10 0.08 0.11 0.07 0.11 0.10 0.09 0.09 0.07 0.07 0.09 0.10 0.07 0.12 0.07 0.07 0.06
N7 0.11 0.14 0.10 0.11 0.12 0.11 0.13 0.10 0.14 0.11 0.14 0.14 0.13 0.12 0.11 0.10 0.11 0.12 0.09 0.15 0.06 0.06 0.07
N9 0.10 0.14 0.08 0.08 0.12 0.10 0.13 0.08 0.15 0.10 0.15 0.15 0.13 0.11 0.10 0.08 0.10 0.11 0.07 0.16 0.06 0.05 0.05
O2' 0.10 0.15 0.10 0.11 0.13 0.12 0.14 0.11 0.16 0.11 0.16 0.15 0.13 0.13 0.11 0.10 0.11 0.13 0.10 0.18 0.10 0.09 0.09
O3' 0.09 0.15 0.08 0.07 0.12 0.09 0.13 0.08 0.15 0.10 0.16 0.15 0.13 0.12 0.10 0.08 0.09 0.10 0.07 0.16 0.07 0.08 0.07
O4' 0.12 0.19 0.09 0.09 0.15 0.11 0.16 0.08 0.18 0.11 0.20 0.20 0.17 0.13 0.12 0.09 0.11 0.13 0.07 0.20 0.07 0.08 0.07
O5' 0.10 0.14 0.08 0.10 0.10 0.11 0.10 0.10 0.12 0.08 0.14 0.16 0.12 0.08 0.09 0.08 0.11 0.11 0.11 0.13 0.11 0.12 0.11
O6 0.06 0.09 0.07 0.08 0.08 0.08 0.09 0.11 0.09 0.07 0.09 0.09 0.08 0.09 0.07 0.07 0.07 0.08 0.11 0.10 0.10 0.11 0.11
OP1 0.12 0.19 0.10 0.11 0.14 0.12 0.14 0.11 0.17 0.10 0.19 0.21 0.17 0.11 0.12 0.11 0.13 0.13 0.11 0.17 0.12 0.12 0.11
OP2 0.20 0.29 0.19 0.19 0.24 0.19 0.23 0.17 0.26 0.18 0.29 0.31 0.26 0.19 0.20 0.19 0.20 0.20 0.16 0.27 0.14 0.14 0.15
P 0.12 0.18 0.11 0.12 0.14 0.13 0.13 0.12 0.16 0.10 0.18 0.20 0.16 0.10 0.12 0.11 0.13 0.13 0.11 0.16 0.11 0.11 0.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.06 0.03 0.02
C2 0.02 0.00 0.05 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.05 0.03 0.03 0.01 0.07 0.04 0.04
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.05 0.05 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.05 0.03 0.05 0.07 0.06
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.03 0.06 0.03
C4 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.02 0.03 0.01 0.07 0.05 0.05
C4' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.05 0.04 0.02
C5 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.02 0.05 0.01 0.08 0.07 0.07
C5' 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.05 0.03 0.03 0.03 0.06 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.05 0.04 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.04 0.02 0.05 0.00 0.08 0.07 0.07
C8 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.03 0.06 0.01 0.08 0.07 0.07
N1 0.01 0.00 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.05 0.02 0.04 0.01 0.08 0.05 0.05
N2 0.02 0.00 0.05 0.04 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.06 0.04 0.03 0.01 0.07 0.04 0.04
N3 0.01 0.00 0.05 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.05 0.03 0.03 0.01 0.07 0.04 0.04
N7 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.03 0.07 0.01 0.09 0.09 0.08
N9 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.07 0.05 0.05
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.05 0.04 0.06 0.09 0.08 0.04 0.02 0.00 0.04 0.01 0.05 0.05 0.05 0.09 0.07
O3' 0.03 0.05 0.02 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.04 0.04 0.05 0.06 0.05 0.04 0.04 0.04 0.00 0.03 0.04 0.04 0.06 0.07 0.04
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.03 0.07 0.04 0.03
O5' 0.02 0.03 0.05 0.03 0.03 0.01 0.05 0.01 0.05 0.06 0.04 0.03 0.03 0.07 0.03 0.05 0.04 0.02 0.00 0.06 0.02 0.02 0.00
O6 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.04 0.03 0.06 0.00 0.09 0.08 0.08
OP1 0.06 0.07 0.05 0.03 0.07 0.05 0.08 0.04 0.08 0.08 0.08 0.07 0.07 0.09 0.07 0.05 0.06 0.07 0.02 0.09 0.00 0.01 0.01
OP2 0.03 0.04 0.07 0.06 0.05 0.04 0.07 0.02 0.07 0.07 0.05 0.04 0.04 0.09 0.05 0.09 0.07 0.04 0.02 0.08 0.01 0.00 0.01
P 0.02 0.04 0.06 0.03 0.05 0.02 0.07 0.01 0.07 0.07 0.05 0.04 0.04 0.08 0.05 0.07 0.04 0.03 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00